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2026-03-27

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[보도자료] 세무사, 납세자 권익 지켰다... “통합고용세액공제 보완 건의 전격 수용...

	파일 : (2026.03.27.) [보도자료] 세무사, 납세자 권익 지켰다...“통합고용세액공제 보완 건의 전격 수용 이끌어내”.hwp

세무사, 납세자 권익 지켰다... “통합고용세액공제 보완 건의 전격 수용 이끌어내”

- 신고 턱밑 서식 개정, 엎친 데 덮친 ‘산식 소급 적용’에 현장 피로도 극심

- 고용 유지해도 공제 중단되는 모순, 과세당국에 건의해 구제책 전격 관철

- 구재이 회장 “서면신고 불사 여론 고조, 세무사 헌신에 걸맞은 제도적 뒷받침 시급”

한국세무사회(회장 구재이)가 12월 말 결산법인 법인세 신고 마감을 앞두고 실무 현장에서 겪고 있는 ‘통합고용세액공제’ 적용의 혼선과 불합리함을 해결하기 위해 재정경제부와 국세청에 조속한 제도 보완 및 명확한 지침 마련을 촉구하는 건의서를 제출하여, 마침내 과세당국의 합리적인 보완 지침을 이끌어냈다.

올해 법인세 신고 현장의 가장 큰 애로사항은 통합고용세액공제 관련 조세특례제한법 시행령 및 시행규칙 개정에 따른 실무적 혼란이었다.

통합고용세액공제 관련 서식인 ‘통합고용세액공제 공제세액계산서’와 ‘통합고용세액공제 상시근로자 명세서’가 지난 3월 20일에야 개정·확정됨에 따라 일선 세무사들은 그전까지 정상적인 전자신고를 진행하지 못한 채 신고 기한을 얼마 남기지 않은 시점까지 업무 처리에 큰 부담을 떠안아야 했다.

더 큰 문제는 개정된 상시근로자 수 산정 방식의 적용 시기다. 개정된 시행령 부칙이 ‘이 영 시행 이후 신고하는 경우부터 적용’하도록 규정함에 따라, 과거 연도(2023년, 2024년)에 발생한 2·3차년도 공제분을 올해 법인세 신고에 반영할 때도 일괄적으로 개정 산식을 적용해야 하는 상황이었다.

이로 인해 실제로는 기업의 고용 수준이 동일하게 유지되었음에도 불구하고, 종전 산식으로는 가능했던 2·3차년도 세액공제가 단순한 산정 방식의 차이만으로 상시근로자 수가 감소한 것으로 계산되어 정당한 혜택을 박탈당하는 불합리한 모순이 발생했다.

국세청은 실무적으로 개정 산식 적용을 안내하였으나, 신고 기한이 임박한 시점임에도 공식적이고 명확한 과세당국의 지침이 없어 현장의 혼란은 가중되고 있었으며 억울한 납세자에 대한 구제책이 필요한 상황이었다.

이러한 불확실성 속에서 실무를 담당하는 현장의 세무사들은 법인세 신고 기한이 임박해서야 세법 서식이 확정되고 명확한 실무 지침이 하달되지 않은 상황에 극심한 혼란과 피로감을 호소하였고, 실제로 일선 세무사들 사이에서는 “세무사들의 일방적인 희생으로 굴러가는 전자신고를 아예 거부하고 서면신고를 불사해야 하는 것 아니냐”는 격앙된 목소리까지 돌고 있을 정도였다.

이에 한국세무사회는 공문을 통해 ▲통합고용세액공제 2·3차년도 적용 시 산식 차이로 인한 납세자 불이익이 발생하지 않도록 명확한 해석과 보완 규정을 마련해 줄 것과 ▲제도 변경과 늦은 서식 확정 등 열악한 환경 속에서도 국가 세정을 뒷받침하고 있는 세무사들을 위해 ‘전자신고세액공제’ 제도를 개선하고 공제액을 확대해 줄 것을 재정경제부와 국세청에 요청했다.

그 결과, 재정경제부와 국세청은 한국세무사회의 건의를 적극 수용하여, 2·3차년도 공제 적용 시 종전 계산 방식을 적용하도록 하는 명확한 지침을 마련해 즉각 회신해 왔다.

이로써 고용을 유지한 기업들은 억울하게 공제가 중단되는 일 없이 정당한 세제 혜택을 온전히 받을 수 있게 되었으며, 일선 세무사들 역시 불확실성을 덜고 남은 기한 동안 안정적으로 신고 업무를 마무리할 수 있는 길이 열렸다.

한국세무사회 구재이 회장은 “수시로 바뀌는 세법과 뒤늦게 확정되는 서식 등 어려운 환경 속에서도 납세자의 억울한 피해를 막고 세무 행정이 돌아가는 것은 세무사들의 헌신적인 조력 덕분”이라며, “정부는 전자신고 거부까지 거론되는 현장의 절박한 목소리를 직시하고, 납세자 권익 보호와 합당한 제도적 뒷받침을 신속히 마련해야 한다”고 강조했다.

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