엄홍석 세무사

 

 

1. 사안의 제시
  

2004. 10. 22. 시행된 ‘재래시장 육성을 위한 특별법’에 의한 재래시장 활성화사업을 지 원·보조하기 위해(이 법 제6조 참조) 서울시는 재래시장 육성계획을 수립한 후 사업성과의 실현도가 상대적으로 우월한 재래시장을 선별하여(이 법 제4조 참조) 그 사업수행을 지원하기 위한 보조금의 예산계상을 신청토록 하였고, 오랜 기간동안 재래시장을 운영해 온 A법인이 그 적정대상 사업자로 선정되었다.
 

1) 당해시장에 대한 개선사업의 내용과 이에 소요될 경비내용을 기재한 보조금 예산계상신청서(지방비예산서, 예산확보계획서 및 사업자 부담금 확보에 관한 확약서 등을 첨부한)를 서울시에 제출해 중소기업청장(산업자원부장관의 권한대행)에게 이 보조금 예산계상을 신청했으며(이 법 제6조제1항 참조)
 

2) 기획예산처장관은 위 예산요구에 대해 국비지원 60%, 시비지원 30%, 사업자부담 10%로 조정했으며(보조금의 예산 및 관리에 관한 법률 제9조 참조)
 

3) 중소기업청장은 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률 제17조 각호의 사항을 조사하여 보조금의 교부결정을 하여 그 결정내용을 사업자에게 통지했으며(보조금의 예산 및 관리에 관한 법률 제19조 참조)
 

4) 이에 A법인은 지방비예산서 민간부담금 확보증빙자료를 첨부한 보조금교부신청서를 중소기업청장에게 제출했으며
 

5) 마침내 위 보조금을 교부받아 이 건 보조사업을 수행해 당초의 사업목적을 달성했다.
 

※A법인은 이 보조사업을 수행함에 있어 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률 제22조 등의 지침을 성실히 준수해 용도 외의 사용이나 보조사업의 내용변경 등에 의한 교부결정의 취소처분 등을 받는 일 없이 이 보조사업을 완료하고 급기야 보조사업실적보고서를 작성해 서울시 경유 중소기업청장에게 제출했다.(보조금의 예산및관리에관한법률 제27조 참조)

 

2. 해석의견의 분립
 

위 사안에서 A법인이 그 재래시장 시설현대화사업 수행을 위해 국가와 서울시가 교부한 이 건 보조금을 그 사업용자산의 취득 또는 개량에 사용한 경우, 당해 사업용자산의 가액 중 그 사업용자산의 취득 또는 개량에 사용된 국고보조금 등에 상당하는 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있는지에 관해 근자에 큰 논란을 불러 왔다.
 

1. 이에 대해 <법인세법 시행령 제64조제2항에서 “법 제36조제1항의 규정에 의하여 손금에 산입하는 금액은 개별사업용자산별로 당해 사업용자산의 가액 중 그 취득 또는 개량에 사용된 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률, 지방재정법 또는 제6항 각호의 1에 해당하는 법률(곧 1.농어촌전기공급사업촉진법 2.전기사업법 3.사회기반시설에 대한 민간투자법)에 의한 보조금 등에 상당하는 금액으로 한다”라고 규정하고 있다.
 

따라서 이 건 보조금은 위 제6항 각호의 법률에 해당하지 않는 ‘재래시장육성을 위한 특별법’에 의한 보조금이어서 이를 손금에 산입할 수 없다>고 하는 내용의 유권해석이 발표되었다.
 

2. 그러나 위 견해는 모법인 법인세법 제36조제1항의 규정에 관한 정상적인 문리해석을 그르침으로 인한 부당한 판단이라 할 것이다. 즉 법인세법 제36조제1항의 “내국법인이 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률, 지방재정법 그 밖에 대통령령이 정하는 법률에 의하여 보조금 등의 자산을 지급받아 …”라는 문언에 관해 이를 개조식으로 풀어 보면 “내국법인이 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률에 의하여 지급받은 보조금 등의 자산과 지방재정법에 의하여 교부받은 보조금 등의 자산 및 이들 외에 대통령령이 정하는 법률에 의하여 지급받은 보조금 등의 자산”으로 나타낼 수 있는 바, 따라서 이 건 보조금들은 ①보조금의 예산 및 관리에 관한 법률에 의해 교부받은 국고보조금 및 ②지방재정법에 의해 교부받은 자치단체보조금이므로, 곧장 위 규정의 적용대상이 됨을 알 수 있고 ‘그 밖에 대통령령이 정하는 법률 등’에 의한 보조금에의 해당여부는 논급할 소지가 없는 것이다.
 

다시 말하면 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률에 의한 보조금, 지방재정법에 의한 보조금 및 대통령령이 정하는 법률에 의한 보조금의 규정은 열거규정인 것이다.
 

3. 재래시장육성을 위한 특별법에 의한 국고보조금은 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률에 의한 보조금의 하나이다.
 

1) 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률 제2조1호에는 “보조금이라 함은 국가외의 자가 행하는 사무 또는 사업에 대하여 국가가 이를 조성하거나 재정상의 원조를 하기 위하여 교부하는 보조금(지방자치단체에 대한 것과 기타 법인 또는 개인의 시설자금이나 운영자금에 대한 것에 한한다”라고 규정해 그 보조사업의 성격, 내용이나 관련사업의 주무부처의 여하는 아무 상관이 없음을 알 수 있다.
 

따라서 재래시장육성을 위한 특별법에서 국가가 재래시장시설현대화사업을 재정적으로 지원, 협조하기 위하여 내국법인 등에게 보조금을 지급하도록 규정했다면 이 보조금의 지급절차를 규율하는 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률규정에 좇아 ①보조금예산계상신청 ②보조금 교부결정 ③보조금 교부신청 ④보조금 교부 ⑤보조금사용의 적확성 등의 검증단계로 그 관리내용이 이행되어가는 것이다.
 

2) 법인세법 제36조제1항 규정의 변개과정의 검토
 

(1) 1994년도까지는 구법인세법 제14조의4에서 엄격히 국고보조금만에, 그것도 90%의 범위내에서 손금산입할 수 있도록 했고
 

(2) 1995년도에는 그 대상국고보조금의 전액을 손금산입할 수 있도록 했으며
 

(3)2000년도에는 ‘보조금의 예산 및 관리에 관한 법률’ 이외에 ‘지방재정법’의 규정에 의한 보조금도 손금산입할 수 있도록 확장했으며
 

(4)2002년도에 ‘보조금의 예산 및 관리에 관한 법률, 지방재정법, 그 밖에 대통령령이 정하는 법률에 의한 보조금’이라 규정해 종전의 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률 및 지방재정법에 의한 보조금외에 대통령이 정하는 법률에 의한 보조금을 편입시킨 것을 알 수 있다.
 

따라서 법인세법의 시행 이후 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률에 의한 보조금은 줄곧 손금에의 산입대상이 되어져 왔고 지방재정법에 의한 지방자치단체 보조금은 2000년부터 그 손금산입적용대상이 되어진 것을 알 수 있다.
 

이러므로 2002년도에 추가설정된 이른바 ‘그 밖에 대통령령이 정하는 법률에 의한 보조금’이라는 규정이 종전부터 시행되어온 보조금의 에산 및 관리에 관한 법률이나 지방재정법에 의한 보조금의 손금산입을 배척하는 것이 결코 아님을 알 수 있다.

 

 

세무사신문 제434호 (2006.4.1)