쟁      점 (1) 중복조사금지의 원칙에 위배된다는 청구주장의 당부(기각)
(2) 청구법인과 주주 이○○○이 각각 소유한 토지를 ○○○에게 아파트 사업용부지로 양도한 것을 일괄양도계약으로 보아 부당행위계산부인규정을 적용하여 매도금액(275억원)을 개별공시지가로 안분계산하여 과세한 처분의 당부(취소)
 
청구번호 2005서2392 결정일자 2006년03월08일 주세목 법인세
 
 
심판청구번호 국심2005서2392(2006. 3. 8.)

주 문

○○○세무서장이 2005.5.2. 청구법인에게 한 2002사업연도 법인세 2,228,088,090원의 부과처분과 ○○○국세청장이 2005.5.3. 청구법인에게 소득자를 이○○○으로 하여 소득금액 5,400,286,751원을 2002년도 배당으로 처분한 소득금액변동통지는 이를 취소한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 2001. 10. 18 ○○○ 공장용지 23,464㎡, 같은리 ○○○ 공장용지 270㎡, 같은리 ○○○ 임야 8,934㎡ 및 같은리 ○○○ 임야 2,580㎡ 합계 35,248㎡(이하 "법인토지"라 한다)를 제공하고, ○○○주식회사(이하 "청구외법인"이라 한다)는 이○○○(청구법인의 대주주인 이○○○의 장남으로 청구법인과 특수관계자임)으로부터 ○○○ 전 2,033㎡, 같은리 ○○○ 공장용지 6,230㎡, 같은리 ○○○ 전 12,742㎡, 같은리 ○○○ 전 995㎡, 같은리 ○○○ 전 2,996㎡, 같은리 ○○○ 전 641㎡, 같은리 ○○○ 도로 494㎡, 같은리 ○○○ 도로 130㎡, 같은리 ○○○ 도로 525㎡ 및 같은리 ○○○ 임야 46,779㎡ 합계 73,565㎡(이하 "이○○○토지"라 하며, 이○○○ 토지 중 임야 46,779㎡를 제외한 26,786㎡와 법인토지 35,248㎡ 합계 62,034㎡를 "쟁점토지"라 한다)를 양수하여 청구법인과 청구외법인은 쟁점토지를 아파트건설사업에 제공하기로 하며, 이○○○은 위 자기토지를 청구외법인에게 185억원에 양도하기로 하는 공동사업계약을 체결하였다.

청구법인은 법인토지를 제공하고 청구외법인과 공동사업시행자로 참여하여 공동사업이익 90억원을 확정배분 받기로 하고, 청구외법인은 이○○○으로부터 양수한 토지 73,535㎡ 중 아파트건설부지에서 제외된 46,779㎡를 제외한 26,786㎡를 제공하기로 하고 공동사업 시행자 및 시공자로 참여하여 시공·분양과 관련된 제업무와 비용을 부담하기로 하였다.

위 공동사업계약에 따라 이○○○은 같은 날(2001.10.18.) 자기토지 73,565㎡를 청구외법인에게 185억원에 양도한다는 부동산매매계약을 체결하였다.

이 후 청구법인은 2002. 12. 31. 법인토지를 청구외법인에게 90억원에 양도하기로 계약을 체결하고 잔금청산일 현재가치로 환산한 양도차익 20억1300만원을 익금산입하여 2002사업연도 법인세를 신고하였다.

나. ○○○국세청장은 청구법인에 대한 법인세조사 결과, 위 공동사업계약을 사실상 쟁점토지의 일괄양도계약으로 보아 양도가액 275억원 중 아파트건설부지에서 제외된 46,779㎡의 가액 141,510천원을 제외한 27,358,490천원(이하 "쟁점사업부지의 양도대금"이라 한다)의 현재가치 26,279,288천원을 공시지가 비율로 안분하여 산출된 법인소유 토지가액 13,603,722,111원과 청구법인이 신고한 법인소유 토지 양도가액 90억원의 현재가치 8,203,435,360원과의 차액 5,400,286,751원(현재가치할인전에는 56억원이 됨)을 청구법인이 특수관계자인 주주 이○○○에게 이익을 분여한 것으로 보아 부당행위계산 부인하여 2005.5.3. 청구법인에게 동 금액을 이○○○의 2002년도 배당소득으로 하여 소득금액변동통지를 하고, 동 금액을 익금산입하도록 과세자료를 처분청에 통보하였으며,

이에 처분청은 2005.5.2. 청구법인에게 2002사업연도 법인세 2,228,088,090원을 결정고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.6.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 이 건은 2003.7.10.∼2003.9.5. ○○○국세청장이 청구법인에 대하여 40일 이상 세무조사하면서 거론되어 세무조사 당시 추징하지 아니한 사항이며,

동일한 사항에 대하여 2003.11.17.∼2003.11.29. 다시 세무조사를 실시하여 당초 조사시와 사실내용이 아무런 차이가 없음에도 서로 다른 결론을 내린 것은 중복조사금지의 원칙에 위배된다.

(2) 청구법인의 소유토지와 이○○○ 개인의 소유토지는 개별적으로 매매계약을 체결하여 각각 시가가 확인됨에도 청구법인과 이○○○이 청구외법인에게 쟁점토지를 일괄양도하면서 법인토지의 가액은 낮게 책정하고 개인토지의 가액은 높게 책정하는 방법으로 하여 이○○○에게 청구법인의 이익을 부당하게 분여한 것으로 보아 개별공시지가로 안분계산하여 이 건을 과세한 처분은 아래와 같은 사유로 부당하다.

(가) 이○○○ 소유의 73,565㎡ 중 임야 46,779㎡를 제외한 26,786㎡는 도로에 연접하여 있을 뿐만 아니라, 1995.12.22. ○○○으로부터 일반창고부지로 농지전용허가를 받은 사실상의 대지이고,

반면, 청구법인의 토지는 도로가 없는 맹지 및 경사가 급한 산밑에 소재하고 있는 임야로서 토지의 실제 가치를 합리적인 방법으로 평가하여 청구법인과 이○○○은 쟁점토지 중 법인토지는 90억원에, 개인토지는 185억원에 청구외법인과 독립적이며 개별적으로 매매계약을 체결하여 양도한 것이므로 일괄양도한 것이 아니다.

(나) 청구외법인의 용지T/F 1팀이 아파트사업의 타당성을 조사하기 위하여 작성한 쟁점토지 조사보고서(2001.10.15.)에 의하면, 법인토지평가액은 90억원(토지원가 140억원에서 후면절개 토공사비 50억원을 차감한 금액)으로, 이○○○ 토지평가액은 185억원으로 평가한 것으로 확인되고, 청구외법인은 이를 바탕으로 쟁점토지 매입금액을 275억원으로 결정한 바 있다.

(다) 청구법인이 1999.3. 쟁점토지에 아파트를 신축분양하기 위하여 용인시에 제출한 사업계획승인신청서에 첨부된 주식회사 ○○○가 작성한 아파트 신축 수지분석 자료를 보면, 법인토지 10,662.39평은 6,040백만원(공장용지 7,179.5평은 평당 803천원, 임야 3,482.89평은 평당 79천원)으로 평가하고, 이○○○ 토지 8,102.81평은 15,104백만원(평당 1,864천원)으로 평가하여 총토지비를 21,147백만원으로 산정하였으며, 건축비 중에는 암석공사비 45억원이 포함되어 있다.

(라) 감정평가법인이 평가한 감정평가서(2003.12.24. 및 2004.1.20.)에 의하면, 청구법인소유 토지의 가액은 98억원, 이○○○ 소유의 토지가액은 156억원으로 실제거래가액 90억원 및 185억원과 큰 차이가 없어 당초 청구법인이 신고한 거래금액은 합리적이고 적정한 시가임이 확인된다.

나. 처분청 의견

(1) ○○○국세청장이 청구법인을 조사한 내용은 법인세통합조사로서 조사대상기간은 1999사업연도이며 이 건 처분과는 관계가 없고, 이 건 처분은 ○○○주식회사에 대한 법인세 조사시 파생된 과세자료를 처리하기 위하여 현지확인조사한 사항이므로 중복조사금지의 원칙에 위배되지 아니한다.

(2) 청구법인은 쟁점토지를 청구법인의 토지는 90억원에, 이○○○의 토지는 185억원에 청구외법인과 독립적이며 개별적으로 매매계약을 체결한 것이므로 일괄양도한 것이 아니라고 주장하나,

(가) 청구법인이 2004.5.19. 이 건 관련 과세전적부심사청구의 보충자료답변서 제출시 토지매매계약성사과정을 "쟁점토지의 매매를 추진하여 온 오○○○ 상무가 청구외법인의 회장을 잘 아는 안○○○을 청구법인에게 소개하였으며 안○○○을 통하여 청구외법인이 매입하고자 하는 275억원을 제시받아 매매쌍방은 매매금액을 조정하여 계약을 하게 된 것입니다"라고 답변하고 있는 바, 이 답변에서 보듯이 청구법인도 청구외법인과의 공동사업계약의 실질이 매매계약임을 자인하고 있는 점,

(나) 위 안○○○은 청구법인의 관련부동산 매입을 알선한 청구외법인의 용역수임자로서 매각대상 모든 토지가 청구법인 소유 토지로 알고 매매를 알선하였다고 진술하고 있고, 2001.10.18. 작성한 부동산매입 컨설팅용역계약서에는 "대상토지의 매입금액은 개인토지매입대금과 공동사업 배분이익을 포함하여 총 275억원을 초과할 수 없다"고 규정되어 있는 점,

(다) 청구외법인과 쟁점토지 매매계약을 추진한 청구법인의 오○○○상무는 이○○○의 부 이○○○의 지시로 이○○○의 토지매각대금 185억원을 수령하여 청구법인의 자금담당자 이○○○에게 전달한 사실이 있는 점,

(라) 청구법인이 당초 토지매매계약으로 하지 않고 공동사업계약으로 서류를 작성한 것은 ○○○의 인가 제한으로 인하여 사업시행자 변경이 불가능하여 형식상 공동사업으로 계약할 수 밖에 없었고 그 계약서의 내용을 보면, "아파트건설에 따른 시공, 분양, 분양금관리 등 일체의 모든 행위는 청구외법인이 맡고 청구법인에게는 분양수입금의 규모 및 수납과 손익결과에 불문하고 90억원으로 확정 배분"토록 규정되어 있으며, 아파트 사업의 제한이 해제되자 공동사업계약서상 확정된 90억원을 토지매매대금으로 하여 공동사업계약을 토지매매계약으로 전환함으로써 공동계약의 실질이 매매계약으로 인정되는 점 등,

이러한 일련의 사실을 종합해 볼 때 청구법인의 공동사업과 이○○○의 부동산매매계약은 부동산 일괄양도로 인정되므로 개별공시지가로 안분계산하여 이 건을 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 중복조사금지의 원칙에 위배되는지 여부

② 청구법인과 이○○○이 ○○○주식회사에게 양도한 토지의 양도대금을 시가로 볼 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 국세기본법 제81조의 3 【세무조사권 남용 금지】세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우 기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

(2) 국세기본법시행령 제63조의 2 【중복조사의 금지】 법 제81조의 3에서 “기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 부동산투기·매점매석·무자료거래 등 경제질서교란 등을 통한 탈세혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우

2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등과 법 제81조의 4 및 법 제81조의 7의 규정에 의한 부과처분을 위한 실지조사에 의하지 아니하고 재경정하는 경우

(3) 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

(4) 법인세법시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

9. 기타 제1호 내지 제8호에 준하는 행위 또는 계산 및 그외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우

(5) 법인세법 시행령 제89조【시가의 범위 등】① 법 제52조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.

② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액. 다만, 증권거래소에 상장되지 아니한 주식 등을 제외한다.

2. 상속세 및 증여세법 제38조·동법 제39조 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액

⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위 계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.

(6) 법인세법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

(7) 상속세 및 증여세법 제61조 【부동산 등의 평가】 ① 부동산에 대한 평가는 다음 각호의 1에서 정하는 방법에 의한다.

1. 토 지

「지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역의 토지에 대하여는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.

다. 쟁점①에 대하여 본다.

(1) 국세기본법 제81조의3【세무조사권 남용 금지】및 같은법시행령 제63조의2【중복조사의 금지】에서 "세무공무원이 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우로서 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사인 경우에는 이를 중복조사로 보지 아니한다"고 규정되어 있다.

(2) 청구법인은 쟁점토지에 대한 세무조사가 중복조사금지 규정에 위배되는 조사라고 주장하므로 먼저 이 건 조사 이전에 ○○○국세청장이 2003.7.10.∼2003.9.5. 청구법인에 대하여 실시한 세무조사내역을 살펴보면,

○○○국세청장은 청구법인의 신고내용에 대한 성실도를 분석한 결과 불성실혐의가 있어 세무조사대상자로 선정하고, 1998.1.1∼2002.12.31. 법인제세 통합조사를 실시하여 공장용지 재평가차액 2,232,140,000원을 익금산입하고, 접대비한도초과액 173,644,252원 및 감가상각비한도초과액 734,507,297원 등을 손금불산입하여 1998사업연도∼2002사업연도 법인세 1,112,571천원을 추징하였다.

위의 조사이후 ○○○국세청장은 청구외법인에 대한 세무조사시 파생된 과세자료인 청구법인과 이○○○이 소유하는 아파트승인부지를 총액(275억원)으로 매도하면서, 이○○○은 고가양도(평당 2,266천원)하고 법인은 저가양도(평당 844천원)한 것으로 제세를 신고함으로서, 법인이 특수관계자에게 부당하게 이익을 분여한 혐의에 대하여 2003.11.17. ∼ 2003.11.29. 현지확인조사를 실시한 것임이 조사결과통지서에 의하여 확인된다.

(3) 이에 대하여 청구법인은 1차 조사시 거론되어 추징하지 아니한 사항에 대하여 다시 세무조사를 실시하여 당초 조사 당시와 사실내용이 아무런 차이가 없음에도 서로 다른 결론을 내린 것은 중복조사금지의 원칙에 위배된다고 주장하고 있으나, 위에서 살펴본 바와 같이 이 건 과세는 국세기본법시행령 제63조의2【중복조사의 금지】제2호에 의한 각종 과세자료를 처리하기 위한 경우에 해당한다고 보여지므로 중복조사금지규정을 위반한 것은 아니라고 판단된다.

라. 쟁점②에 대하여 본다.

청구법인은 법인토지와 이○○○의 토지는 개별적으로 매매계약을 체결하여 각각 시가가 확인됨에도 청구법인과 이○○○이 청구외법인에게 쟁점토지를 일괄양도하면서 법인토지의 가액은 낮게 책정하고 개인토지의 가액은 높게 책정하는 방법으로 하여 청구법인이 이○○○에게 법인의 이익을 부당하게 분여한 것으로 보아 개별공시지가로 안분계산하여 이 건을 과세한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴 본다.

(1) 청구법인은 1999.11.26. 용인시청으로부터 주택건설사업자로 지정되어 쟁점토지에 아파트사업계획 승인을 받았음이 처분청의 조사관련 서류 등에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인, 이○○○ 및 청구외법인은 2001.10.18. 쟁점토지에 아파트를 건설하기로 공동사업계약을 체결하면서, 청구법인은 법인토지를 공동사업에 제공하고 공동사업시행자로 참여하여 시공·분양에 관한 모든 업무는 청구외법인에게 위임하고, 공동사업이익 90억원을 배분받기로 하였으며, 이○○○은 자기토지 26,786㎡를 제공하여 사업에 참여하되 청구외법인에게 2002.6.27.자로 사업부지 26,786㎡와 사업부지외 토지(○○○ 임야 46,779㎡)를 양도하고 토지대금 185억원을 수령한 후 청구외법인에게 소유권을 이전하기로 하였으며, 청구외법인은 시공자로 참여하되 이○○○토지를 매수, 소유권을 이전한 후 청구법인과 공동사업 시행자 및 시공자로 참여하여 시공·분양과 관련된 제업무와 비용을 부담하기로 약정하였음이 공동사업계약서에 의하여 확인된다.

(3) 청구외법인은 이○○○과 청구법인에게 토지 매매대금을 아래와 같이 지급하기로 계약을 체결한 것으로 확인된다.

○○○

(4) 청구외법인과 부동산중개업자 안○○○간에 체결된 쟁점토지 매입 컨설팅용역계약서(2001.10.18.) 제3조(용역조건)에 의하면 "쟁점토지 매입금액은 개인토지 매매대금과 공동사업 배분이익을 포함하여 총 275억원을 초과할 수 없다"고 기재되어 있다.

(5) ○○○국세청장은, 쟁점사업부지의 양도대금을 법인토지와 개인토지대금의 구분이 불분명한 것으로 보아, 아래와 같이 2002.1.31. 기준 현재가치로 환산(26,279,288천원)한 다음, 동 환산금액을 2002.1.1. 공시지가(평당 평균가액 : 청구법인 토지 819,628원, 이○○○ 토지 763,706원)로 안분계산하여 산출된 법인토지 양도금액 13,603,722천원과 실제 법인토지 양도금액의 현재가치환산액 8,203,435천원과의 차액 5,400,287천원을 청구법인이 특수관계자인 이○○○ 소유의 토지금액을 높게 책정하는 방법으로 이○○○에게 이익을 분여한 것으로 보아 부당행위계산부인하였다.

○○○

(6) 쟁점토지의 지적도를 보면, 이○○○토지 중 ○○○ 전 12,742㎡는 도로에 연접하여 있을 뿐만 아니라, 1995.12.22. ○○○로부터 일반창고부지로 농지전용허가를 받은 것임이 ○○○가 발행한 농지전용허가증 사본(○○○)에 의하여 확인되는 반면,

법인토지 중 ○○○는 공장용지로서 도로에 연접한 이○○○토지 후면에 위치하고 있어 도로와 직접 연결되지 않아 이○○○ 토지를 통과하지 아니하고는 접근할 수 없는 맹지인 것으로 확인되며, 청구외법인이 ○○○국세청장에게 제출한 공사비내역서와 항공사진(2000년 및 2002년 촬영) 등을 보면, 청구법인 토지인 ○○○ 및 ○○○ 임야 11,514㎡는 이○○○토지와 최대 45M의 표고차이가 있어 이를 아파트부지로 사용하기 위한 절개토공사비로 약 50억원이 소요된다고 되어 있다.

(7) 청구법인이 1999년 3월 쟁점토지에 아파트를 신축분양하기 위하여 ○○○에 제출한 사업계획승인신청서에 첨부된 주식회사 ○○○가 작성한 아파트 신축 수지분석 자료를 보면, 법인토지 10,662.39평은 6,040백만원(공장용지 7,179.5평은 평당 803천원, 임야 3,482.89평은 평당 79천원)으로 평가하고, 개인토지 8,102.81평은 15,104백만원(평당 1,864천원)으로 평가하여 총토지비를 21,147백만원으로 산정하였으며, 건축비 중에는 암석공사비 45억원이 포함되어 있음이 확인된다.

(8) 청구외법인의 용지T/F 1팀이 아파트사업의 타당성을 검토하기 위하여 2001.10.15. 작성한 쟁점토지에 대한 조사보고서에 의하면, 아래와 같이 청구법인의 토지금액을 90억원으로 평가하였고, 부대비용으로 임야절개비 50억원을 반영하였으며, 이○○○의 토지는 183억 5850만원으로 평가하였음이 확인된다.

○○○

(9) 청구법인이 쟁점토지에 대하여 2001.10.18.(공동사업계약일)을 가격시점으로 하는 ○○○감정평가법인(2004.1.20. 작성)과 ○○○감정평가법인(2003.12.24. 작성)의 감정평가서를 제출하였는 바, 법인토지와 이○○○토지의 감정가격은 아래와 같다.

○○○

(10) ○○○국세청장이 작성한 청구외법인 재경담당 부사장 박○○○(2003.11.14.) 및 청구법인 전무 오○○○(2003.11.28.)의 문답서를 보면,

박○○○은 "법인토지 및 이○○○ 개인토지의 가격은 구입할 당시 총액기준으로 사업성을 검토하였고, 모두 매도자 측에서 제시한 가격으로 구입하였으며, 아파트사업외 부지 46,779㎡는 소용이 없어 매입 제외하고자 하였으나 매도자가 사업부지에 포함하여 양도하는 조건을 제시하여 불가피하게 매수하였다"고 진술하였으며,

오○○○은 "개인토지를 먼저 청구외법인에게 양도한 것은 청구외법인과 공동사업을 하기 위해서는 양쪽회사 모두 사업부지를 소유해야 했기 때문이고, 이○○○ 소유 개인토지 이○○○의 아버지인 청구법인의 이○○○ 회장의 지시를 받아서 양도하였으며, 개인토지가격이 법인토지가격보다 높았던 것은 아파트사업 착공연기한(2001.11.24.)이 지나 사업이 취소되면, 개인토지는 이미 농지전용허가를 취득하였기 때문에 바로 물류창고를 건축하여도 되나, 법인토지는 자연녹지지역으로 변경되고 개인토지가 다른 사업으로 빠져나가면 출입구도 없는 맹지로 남게 되었기 때문이고, 이○○○의 토지 길 건너편에 위치한 ○○○지구 토지가격은 ○○○에서 평당 300만원에 분양한 사실이 있어 이○○○도 개인 토지를 평당 250만원 이상 받을 수 있을 것으로 생각하고 있었다"고 진술하였다.

(11) 청구법인의 토지 중 ○○○의 임야의 2000년 및 2001년 개별공시지가가 당시 비교표준지 산정이 잘못되어 지나치게 높게 책정되었다는 청구법인의 진정에 대한 감사원장의 처리의견(○○○)을 보면, 위 임야는 비교표준지 선정에 착오가 있었음을 개별공시지가를 산정한 ○○○도 인정한 사실이 확인된다.

(12) 위의 사실관계 및 관련법령을 종합해 보면, 청구법인과 이○○○이 청구외법인과 체결한 양도대금을 시가로 볼 수 있는지에 대하여는 거래당사자간의 계약내용, 토지의 특성, 지적도 및 주변 여건, 감정평가액 등을 종합적으로 고려하여야 하는 바,

(가) 이 건의 경우 청구외법인은 시공자로 참여하되 이○○○토지를 매수, 소유권을 이전한 후 청구법인과 공동사업 시행자 및 시공자로 참여하여 시공·분양과 관련된 제업무와 비용을 부담하기로 약정한 것으로 보아 공동사업계약서상에 공동사업자가 청구법인, 이○○○ 및 청구외법인 등 3인으로 기재되어 있으나, 실질적인 공동사업자는 청구법인과 청구외법인 2인으로 볼 수 있는 점.

(나) 쟁점토지의 양도대금 중 이○○○ 토지의 매매대금이 183억 5849만원(아파트 건설외 부지 46,779㎡를 포함하면 185억원)이며, 청구법인 토지의 매매대금이 90억원임이 각각 2001.10.18. 이○○○과 청구외법인이 체결한 부동산매매계약서 및 2002.12.31. 청구법인과 청구외법인이 체결한 토지 매매계약서에 의하여 확인되고 있어 그 매매계약서가 별도로 작성된 점,

(다) 이○○○의 토지는 도로에 연접하여 있을 뿐만 아니라 1995.12.22. ○○○으로부터 일반창고부지로 농지전용허가를 받은 토지로서 나대지 상태의 토지인 반면, 법인토지 중 ○○○는 공장용지로서 도로에 연접한 개인토지 후면에 위치하고 있어 도로와 직접 연결되지 않아 이○○○ 토지를 통과하지 아니하고는 접근할 수 없는 맹지일 뿐만 아니라 ○○○ 및 ○○○ 임야 11,514㎡는 개인토지와 최대 45M의 표고차이가 있는 임야인 점,

(라) 청구법인이 1999년 3월 ○○○에 제출한 사업계획승인신청서에 첨부된 주식회사 ○○○가 작성한 아파트 신축 수지분석 자료를 보면, 법인토지 10,662.39평은 6,043백만원(공장용지 7,179.5평은 평당 803천원, 임야 3,482.89평은 평당 79천원)으로 평가하고, 이○○○ 토지 8,102.81평은 15,104백만원(평당 1,864천원)으로 평가하여 이 건 청구법인 토지와 이○○○ 토지를 청구외법인에 양도하기 이전에 이미 개인토지의 가격이 법인토지의 가격보다 높게 평가되어 있었으며, 건축비 1369억 8천만원중에는 법인토지의 절개비로 보이는 암석공사비 45억원이 포함되어 있는 점,

(마) 청구외법인이 아파트사업의 타당성을 검토하기 위하여 2001.10.15. 작성한 쟁점토지에 대한 조사보고서에 청구법인의 토지를 90억원, 이○○○의 토지는 183억 5850만원(아파트 건설외 부지 46,779㎡를 포함하면 185억원)으로 평가하였고, 부대비용으로 법인토지인 임야절개비 50억원을 반영한 점,

(바) 2001.10.18.을 기준으로 한 쟁점토지에 대한 감정평가법인의 평균 감정가액이 청구법인의 토지는 9,748,647천원, 이○○○ 토지는 15,512,003천원으로 산정된 점,

(사) 공시지가의 경우 법인토지 중 ○○○ 임야 8,934㎡ 및 ○○○ 임야 2,580㎡의 공시지가가 195,000원/㎡ 및 201,000원/㎡인 바, 이는 이○○○ 및 나머지 법인토지와는 표고차이가 최대 45M이어서 절개공사비가 50억원이 소요되는 임야임에도 불구하고 법인토지인 ○○○ 공장용지의 공시지가(183,000원/㎡) 보다 더 높을 뿐만 아니라, 나대지이며 도로와 연접해 있는 이○○○ 토지인 ○○○의 공시지가(201,000원/㎡∼219,000원/㎡)와 유사하게 책정되어 위 법인토지 임야의 공시지가가 지나치게 높게 책정된 것으로 보이고, 이러한 사실은 위 법인토지 중 임야의 개별공시지가 산정을 위한 비교표준지 선정에 착오가 있었던 데 기인한 점을 ○○○도 인정한 사실이 청구법인의 진정서에 대한 감사원장의 처리의견에 나타나고 있는 점 등에 비추어 볼 때,

아파트 신축사업 신청시 ○○○이 평가한 토지가액, 청구외법인의 T/F 1팀이 평가한 토지가액 및 주변 토지의 시세 등을 감안하여 청구법인과 이○○○이 청구외법인과 각각 별도로 양수도계약을 체결한 것으로 보이는 이 건의 경우, 쟁점토지의 양도당시 청구법인 소유토지는 맹지인 공장용지와 급경사인 임야이나 이○○○ 소유토지는 농지전용된 전 등으로 각 토지의 위치 및 용도가 상이하고, 감정평가법인의 감정가액을 보더라도 청구법인의 소유토지가 이○○○의 소유토지보다 더 비싸야 할 이유가 없는 것으로 보이며, 쟁점토지의 거래 당사자들의 거래내용을 부인할 만한 근거도 없어 보이므로, 처분청이 쟁점토지의 양도대금 중 청구법인의 토지대금과 이○○○의 토지대금의 구분이 불분명한 것으로 보아 부당행위계산부인규정을 적용하여 양도대금을 개별공시지가로 안분계산하여 과세한 처분은 잘못이라고 판단된다.

라. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 쟁점①에서는 기각되었으나, 쟁점②에서 청구주장이 이유 있는 것으로 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.