쟁      점 (1) 쟁점아파트가 양도일 현재 고가주택에 해당한다 하여 조세특례제한법 제99조의 3  규정에 의한 과세특례를 배제한 처분의 당부(취소)
 
청구번호 2006서0259 결정일자 2006년03월13일 주세목 양도소득세
 
 
심판청구번호 국심2006서 0259(2006.3.13)

주 문

○○○세무서장이 2006.1.5. 청구인에게 부과한 2005년 귀속 양도소득세 23,000,300의 처분은 이를 취소한다.

 

이 유

1. 처분개요

청구인은 1981.1월 ○○○ ○○○아파트 ○○○를 취득하였고, 이 아파트는 1999.6.3.에 주택건설촉진법에 의한 재건축사업계획승인을 받아 2000.3.16.에 재건축 공사에 착공하여 2003.5.10.에 사용승인을 받았으며, 청구인은 재건축이 완료된 ○○○(전용면적 111.32㎡로 이하 "쟁점아파트"라 한다)를 분양받아 2005.6.30. 쟁점아파트를 1,050,000,000원에 양도하고 2005.8.31. 양도소득세 신고를 하면서 구 조세특례제한법 제99조의 3에 의한 양도소득세 감면대상이라 하여 농어촌특별세 9,700,480원을 납부한 후, 2005.10.25. 세액계산 착오를 이유로 2,944,760원을 환급하여 달라고 경정청구를 하였다.

처분청은 청구인의 경정청구에 대하여 쟁점아파트의 양도가액이 1,050,000,000원으로 소득세법 제89조 제3호 및 동법시행령 156조에 규정하는 고가주택에 해당한다 하여 위 감면을 배제하고 2006.1.5. 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 23,000,300원(총결정세액 32,700,786원-기납부세액 9,700,480원)을 경정·고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2006.1.18. 심판청구를 제기하였다.

 

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 

쟁점아파트는 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 2003.1.1. 이전에 착공하여 2003.6.30. 이전에 사용승인을 받았으므로 양도소득세 감면대상이고, 쟁점아파트는 2002.12.30. 조세특례제한법 개정 후 같은법 제99조의 3 제1항의 고가주택에는 해당하나, 전용면적 149㎡ 미만이므로 개정 전 조세특례제한법 제99조의 3 제1항의 고급주택에 해당하지 아니하므로 같은 법 부칙 제29조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세 감면대상임에도 동 감면을 배제하고 과세한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

조세특례제한법 제99조의 3 제1항에 의하면 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 감면대상이 아니라고 규정하고 있으며, 재경부 예규(재재산-414, 2004.3.31.) 또한 2002.12.11. 개정 조세특례제한법 부칙 제29조의 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택이 2002.12.30. 개정 소득세법시행령 제156조에서 규정하고 있는 고가주택에 해당하는 경우에는 종전의 규정에 의한 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례가 적용되지 아니한다고 해석한 바 있으므로 쟁점주택의 양도에 대하여 양도소득세 감면을 배제하고 과세한 이 건 처분은 정당하다.

 

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 동 주택이 2002.12.31. 이전에 착공되고 2003.6.30.이전 사용승인받은 경우 같은 법 부칙 제29조 제2항 규정에 의하여 양도소득세 과세특례를 적용받을 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제89조(2002.12.18. 법률 제6781호로 개정후의 것)【비과세양도소득】다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득

같은 법 시행령 제156조(2002.12.30. 대통령령 제17825호로 개정후의 것)【고가주택의 범위】① 법 제89조 제3호에서 “가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다.

같은 법 시행령 제156조(2002.12.30. 개정전의 것)【고급주택의 범위】법 제89조 제3호에서“거주용건물의 연면적·가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다.

2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이 149제곱미터 이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원을 초과하는 것

(2) 조세특례제한법 제99조의 3(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정후의 것)【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서“신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

조세특례제한법 제99조의 3(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정전의 것)【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서“신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

부칙 (2002.12.11 법률 제6762호로 개정후의 것) 제29조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】① 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

② 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1981.1월 ○○○를 매입하여 ○○○아파트재건축조합에 가입하였고, 동 재건축조합은 1999.6.3. ○○○구청으로부터 재건축사업계획 승인을 받아 2000.3.15. 착공하고 2003.5.10. 사용승인을 받았으며, 청구인은 재건축조합에 분담금을 납부하고 전용면적이 111.32㎡인 쟁점아파트를 분양 받은 사실이 관련 서류에 의하여 확인된다.

(2) 청구인은 2005.6.30. 쟁점아파트를 청구외 엄○○○외 1인에게 1,050,000,000원에 양도하고 2005.8.31. 양도소득세 예정신고를 하면서 구 조세특례제한법 제99조의 3에 의한 양도소득세 감면대상이라 하여 농어촌특별세 9,700,480원을 납부한 후, 2005.10.25. 세액계산 착오를 이유로 2,944,760원을 환급하여 달라고 경정청구를 하였으나, 처분청은 쟁점아파트 양도가액이 6억원을 초과하므로 개정 소득세법 제89조 제3호 및 같은 법 시행령 제156조 제1항에 의한 고가주택에 해당된다 하여 개정 조세특례제한법 부칙 제29조 제2항 및 종전 조세특례제한법 제99의3 제1항의 규정에 의한 감면대상이 아니라고 보아 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과하였음이 확인된다.

(3) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하면, 종전 조세특례제한법 제99조의 3 제1항은 2001.5.23.∼2003.6.30. 기간 중 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택에 대하여 이를 양도소득세의 감면대상으로 규정하면서 동항 단서에서 당해 신축주택이 종전 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의한 고급주택에 해당할 경우 감면을 배제하였고, 개정 조세특례제한법 제99조의3 제1항 단서는 2003.1.1.이후 양도분에 대하여 개정 소득세법 제89조제3호의 규정에 의한 고가주택을 감면대상에서 제외하였다. 다만, 같은 법 부칙 제29조 제2항은 당해 신축주택이 개정 소득세법 시행일인 2003.1.1.이전에 착공하여 2003.6.30.이전에 사용승인을 받은 경우에는 종전 조세특례제한법 제99조의3 제1항을 적용하는 경과규정을 두어 2000.3.15. 착공하여 2003.5.10. 사용승인을 받은 신축주택의 양도소득에 대하여는 개정 조세특례제한법 부칙 제29조 제2항의 규정에 의해 종전 조세특례제한법 제99조의3 제1항을 적용하도록 하였다.

전용면적 149㎡이상이고 실거래가액이 6억원을 초과하는 주택에 대하여 2003.1.1.이후 양도하는 분부터 면적에 관계없이 실거래가액이 6억원을 초과하는 고가주택으로 보도록 소득세법 제89조 제3호 및 같은 법 시행령 제156조가 개정되었는 바, 쟁점아파트는 1,050,000,000원에 양도되었으므로 개정 소득세법 제89조 제3호 및 같은 법 시행령 제156조 제1항의 규정에 의해 고가주택에 해당되어 양도소득세 감면을 배제하여야 하나, 쟁점아파트 양도는 개정 조세특례제한법 부칙 제29조 제2항에 의거 종전 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 단서를 적용하여야 하므로 종전 소득세법 제89조 제3호의 규정을 적용하는 것이 타당하다고 판단된다. 따라서 쟁점아파트는 전용면적이 111.32㎡로 149㎡에 미달하여 종전 소득세법 제89조 제3호 및 같은 법 시행령 제156조 제1항의 규정에 의한 고급주택에는 해당되지 아니하므로 개정 조세특례제한법 부칙 제29조 제2항 및 종전 조세특례제한법 제99조의 3 제1항의 규정에 의해 양도소득세를 감면하는 것이 타당하다고 판단된다○○○.

 

4. 결 론

따라서 이건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.