쟁      점 (1) 건물과 토지를 취득하여 위 지상에 주상복합건물을 신축할 계획이었으나, 공사착공이 3여년 후에나 가능하고 계획대로 착공하지 못할 경우 재매각하여야 할 상황이어서 임대중에 있는 부동산에 대하여 건물취득관련 매입세액을 토지의 자본적지출로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부(취소)
 
청구번호 2005중4120 결정일자 2006년04월27일 주세목 부가가치세 
  
심판청구번호 국심2005중 4120(2006.4.27)

 

주 문

 

○○○세무서장이 2005.10.3 청구법인에게 한 172,132,810원의 고지 처분은 매입세액 1,774,706,240원을 매출세액에서 공제하는 것으로 그 세액을 경정한다.

 

이 유

 

1. 처분개요

청구법인은 2005년 제1기예정 부가가치세 신고시 ○○○번지와 같은 곳 ○○○번지의 건물 및 토지(이하 "쟁점부동산"이라 한다)와 같은 곳 ○○○번지의 건물 및 토지(이하 "쟁점외부동산"이라 한다)를 취득하면서 그 건물취득에 대하여 교부받은 매입세금계산서의 매입세액 1,778,978,960원을 매출세액에서 공제하는 등으로 하여 1,784,744,050원을 환급신고하였다.

<환급관련 부동산 현황>○○○

처분청은 쟁점부동산의 건물관련 매입세액 1,774,706,240원(이하 "쟁점매입세액"이라 한다)은 토지의 조성 등을 위한 자본적지출과 관련된 매입세액으로 보고, 쟁점외부동산의 매입세액 4,272,720원은 공급시기를 달리한 매입세액으로 보는 등으로 1,784,744,050원의 매입세액을 불공제하고 신고불성실가산세 172,132,810원을 적용하여 2005.10.3 청구법인이 신청한 2005년 제1기 부가가치세 환급 1,784,744,050원을 부인하고 172,132,810원을 고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2005.11.8 이 건 심판청구를 제기하였다.

 

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 건설업, 부동산임대업, 부동산매매업 등을 영위하는 법인으로서 쟁점부동산이 포함된 사업예정지 지상에 주상복합건물과 아파트를 건설하기 위하여 2005.3.15 쟁점부동산을 취득하였으나

사업예정지내에 소재한 다른 부지○○○를 매입하지 못하였고, 용도변경 건축허가 등의 인허가 절차가 장기간(3여년) 소요되며, 인허가 과정에서 기부채납 등 행정기관의 과도한 요구로 인해 사업성이 현저히 저하될 수 있는 등의 문제가 있어

건축요건이 충족될 때까지는 쟁점부동산을 임대하고(심판청구일 현재 ○○○번지는 ○○○에 전체를 임대중이고, ○○○번지는 일부 임대중이고 나머지는 임차인 모집중에 있으며, 인허가 충족시까지 최소 2년이상 임대하여야 함) 만약 건물 신축 등의 개발사업이 실현 불가능할 경우 재매각하여야 함에도

처분청이 "건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에 철거한 건축물의 취득비용을 매출세액에서 공제하지 아니한다"는 규정을 적용하여 임대중이거나 임대업으로 사용될 쟁점부동산의 건물관련 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 ○○○와 함께 쟁점부동산이 포함된 ○○○를 개발하여 아파트 및 주상복합건물을 신축분양할 목적으로 쟁점부동산을 취득하였고, 사업목적을 확정하고 수행하기 위하여 작성한 "사업계획서"와 "용도지역변경을 위한 토지관리계획(안)작성 관련 계약서" 등에 의하면 쟁점부동산의 당초 건물은 임대 등으로 사용할 목적이 아니고 주상복합 건물을 신축 분양할 목적으로 취득하였음이 확인되는 바, 쟁점부동산의 건물이 현재 철거가 되지 않고 임대중이라 하더라도 그 임대는 일시적이고 잠정적인 것이므로 쟁점매입세액을 불공제하여 과세한 처분은 정당하다.

 

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

건물과 토지를 취득하여 위 지상에 주상복합건물을 신축할 계획이었으나 철거되지 않고 현재 임대에 공하고 있는 건물에 대하여 건물취득관련 매입세액을 토지의 자본적 지출로 보아 매입세액을 불공제 한 처분의 당부

나. 관련법령

부가가치세법 제6조 【재화의 공급】 ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다. ② 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기의 사업을 위하여 직접 사용·소비하는 경우에 대통령령이 정하는 것은 재화의 공급으로 본다.

부가가치세법 제17조 【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

부가가치세법 시행령 제15조 【자가공급의 범위】 ① 법 제6조 제2항의 규정에 의하여 재화의 공급으로 보는 것은 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 위하여 사용 또는 소비되는 재화

2. 비영업용 소형승용자동차와 그 유지를 위한 재화(법 제17조 제2항 제3호의 규정에 의하여 매입세액이 공제되지 아니한 것을 제외한다)

부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 쟁점부동산을 취득하면서 건물관련 매입세액 1,778,978,960원을 매출세액에서 공제하는 등으로 하여 1,784,744,050원을 환급신고하였고, 처분청은 건물관련 매입세액중 쟁점매입세액은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로 보아 매입세액을 불공제하는 등으로 청구법인이 신청한 환급을 부인하고 이 건 고지하였음이 경정결의서 등 과세자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인과 주식회사 ○○○(이하 "건축사사무소○○○"이라 한다) 간에 체결된 용도지역변경을 위한 도시관리계획계약서(2004.4.15)에 의하면, 건축사사무소○○○와 청구법인은 2004.12.15 ○○○번지 일대 용도지역변경을 위한 도시관리계획(지구단위계획등) 수립·작성용역에 대하여 용역기간을 계약체결일로부터 경기도 도시계획위원회 심의통과 완료일까지로 하여 계약체결한 사실을 확인할 수 있다.

(3) 청구법인의 이사회회의록(2005.3.10)에 의하면 청구법인의 쟁점부동산의 활용방안으로 개발사업을 위한 조건 충족시까지 임대하되 개발사업의 실현가능성이 없을 경우 재매각하는 것으로 의결한 사실을 확인할 수 있다.

(4) 청구법인은 2005.1.13 ○○○에서 도시기본계획 및 지구단위계획(안)을 제출하여야 하나, 공단대체부지 미확보로 인하여 ○○○의 도시기본계획이 ○○○의 승인이 나지 않아 개발사업 제안서를 취하한 사실을 확인할 수 있다.

(5) 청구법인이 작성한 "○○○ 주상복합단지 사업계획서"에 의하면 청구법인은 2005.3.1 ○○○번지 일대 공업지역의 토지 84,686㎡(25,618평)에 "2016 ○○○시 도시기본계획" 등에 의거 ○○○와 공동사업자로 협약하여 아파트 및 주상복합건물을 개발할 예정으로 사업계획서를 작성한 사실을 확인할 수 있다.

(6) 청구법인이 제시한 쟁점부동산에 대한 사업계획추진표에 의하면 청구법인은 2006년 1월경 도시관리계획(용도지역변경) 수립 및 교통영향과 환경영향을 검토하여 지구 단위계획의 도서를 작성하여 성남시에 도시관리계획/지구단위계획 도서를 접수하고, ○○○는 2006년 7월경 관련부서 협의 등을 거쳐 ○○○에 이를 상정하여, 2008월 6월경 사용승인과 분양승인 등이 있을 것으로 예상하여 사업계획을 추진중임을 확인할 수 있다.

(7) 청구법인의 등기부등본, 정관 및 사업자등록증에 의하면, 청구법인의 사업목적은 주택건설사업 및 부대사업, 부동산임대업, 기간통신사업 및 부가통신업 등으로 되어 있고, 사업자등록증에는 건설/일반건축공사, 부동산임대업, 매매업으로 되어 있다.

(8) 청구법인의 사업예정지 부지현황 및 도면에 의하면, 사업예정지내 일부토지(245번지)가 ○○○ 소유로 표시되어 있음을 알 수 있다.

(9) 쟁점부동산의 임대계약서 등에 의하면 쟁점부동산중 ○○○번지상에는 ○○○가 보증금 150백만원 월세 25백만원에 2004.11.30까지 임차한 후 전대하였으나 임차만료 무렵까지 명도요청을 받지 못하였다 하여 여러업체에 전대를 하고 있어, 청구법인은 기본 임대차계약이 승계된 것으로 보아 2005.3.15부터 2005.6.30까지의 월세 87,500천원의 세금계산서를 발행하여 2005년 제1기 부가가치세 확정신고를 하였고, 2005.7.1부터 2005.12.31까지는 월세 150,000천원의 세금계산서를 발행하여 2005년 제2기 부가가치세 확정신고를 하였으며, 심판청구 심리일 현재까지 ○○○로부터 임대료를 받고 있는 사실을 확인할 수 있고, 쟁점부동산중 ○○○번지에 대하여는 6층 15평은 2005.7.26∼2007.7.25까지 보증금 1,500천원에 월세 300천원으로 계약되었고, 5층 151평은 2005.12.19∼2006.12.18까지 보증금 10,000천원에 월세 500천원에 임대되었으며, 나머지 건물에 대하여는 계속 임차인 모집 광고중에 있음을 확인할 수 있다.

(10) 살피건대, 청구법인은 쟁점부동산을 지상에 주상복합건물과 아파트를 건설하기 위하여 취득하였으나, 용도변경 건축허가 등의 인허가 절차가 장기간(3여년) 소요될 것으로 보이는 점, 사업예정지내에 소재한 다른 부지○○○를 매입하지 못하는 등의 사유로 개발사업이 실현 불가능할 경우 재매각하여야 할 것으로 보이는 점, 건축요건이 충족될 때까지는 쟁점부동산을 임대하기로 하여 심판청구일 현재 쟁점부동산 중 ○○○번지는 ○○○에 전체를 임대중이고 ○○○번지는 일부 임대중이고 나머지는 임차인 모집중에 있는 점으로 보아 쟁점매입세액은 부동산 임대업 등에 관련된 매입세액으로서 매출세액에서 공제되어야 할 것으로 판단되는 바, 만일 청구법인이 예정대로 쟁점부동산 지상건물을 철거하고 폐업하는 경우에는 페업시 잔존재화 등에 의해서 과세할 수 있음은 별론으로 하더라도, 처분청이 사업예정중이어서 철거되지 않고 임대사업중인 쟁점부동산의 건물에 대하여 철거한 건물에 대한 규정(건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에 철거한 건축물의 취득비용을 매출세액에서 공제하지 아니한다)을 적용하여 쟁점매입세액을 토지의 자본적 지출로 보아(매입세액 불공제) 이 건 환급부인하고 고지한 처분은 잘못이라 하겠다○○○

따라서 청구법인이 신청한 2005년 제1기 부가가치세 환급 1,784,744,050원을 부인하고 172,132,810원을 고지한 이 건 처분은 쟁점매입세액 1,774,706,240원을 매출세액에서 공제하는 것으로 세액을 경정하여야 할 것으로 판단된다.

 

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.