쟁      점 (1) 원천징수된 근로소득세액 중 연말정산 미환급세액을 기납부세액에 포함시켜 종소세를 신고한 것에 대하여 이중 환급신청으로 보아 과세한 처분의 당부(취소)
 
청구번호 2006서1501 결정일자 2006년07월13일 주세목 종합소득세
 
 
심판청구번호 국심2006서1501(2006. 7. 15.)

청 구 인 성 명 ○○○

주 소 ○○○

행 정 처 분 청 ○○○세무서장

주          문

처분청이 2006. 2. 1. 청구인에게 한 2004년 귀속 종합소득세 612,200원의 부과처분은 이를 취소한다.

이          유

1. 처분개요

청구인은 2005. 5. 27. 2004년 귀속 종합소득세 확정신고시 2004년에 (주)○○○(이하 “청구외법인”이라 한다.)에서 근무하면서 원천징수된 세액 1,318,000원 전액을 기납부세액으로 기재하여 신고하였고, 그에 따라 처분청으로부터 1,029,549원을 환급받았다.
처분청은 청구인이 기납부세액으로 기재한 원천징수된 세액 중 574,950원(이하 “쟁점세액”이라 한다.)이 연말정산시 이미 환급된 것으로 보아 그 부분이 이중 환급신청되었다는 이유로 기납부세액에서 차감하여 2006. 2. 1. 청구인에게 2004년 귀속 종합소득세 612,200원을 경정?고지하였다.
청구인은 이에 불복하여 2006. 3. 3. 이의신청을 거쳐 2006. 5. 1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 청구외법인에서 2004. 9. 30. 퇴사하였고 청구외법인은 2004. 12. 5. 사실상 파산하여 원천징수의무자인 청구외법인은 물론 청구인도 쟁점세액을 환급받은 사실이 없으므로, 청구인이 환급받지 못한 쟁점세액을 종합소득세에 포함하여 신고한 것을 이중환급신청으로 봄은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구외법인은 이미 쟁점세액을 환급받아 간 것이 ○○○를 통하여 확인되는 이상 청구인이 쟁점세액을 기납부세액에 포함하여 기재한 것은 이중 환급신청한 것이 분명하고,
만약 쟁점세액이 실제로 환급된 사실이 없다고 하더라도 연말정산분 원천징수세액 중 미환급된 부분은 원천징수의무자 관할 세무서장에게 신청하여 환급받아야 하는 것이지, 종합소득세 확정신고시 이를 기납부세액에 포함하여 근로자 주소지 관할 세무서장에게 신고하는 것은 허용되지 않으므로, 결국 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

원천징수된 근로소득세액 중 연말정산 미환급세액을 기납부세액에 포함시켜 종합소득세 신고한 것을 이중 환급신청으로 보아 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제137조【근로소득세액의 연말정산】① 주된 근무지의 원천징수의무자가 당해연도의 다음 연도 1월분의 근로소득 또는 퇴직자의 퇴직하는 달의 근로소득을 지급하는 때에는 이를 받는 자의 당해연도의 근로소득금액 또는 퇴직하는 달까지의 당해연도의 근로소득금액에서 그 근로소득자가 제140조의 규정에 의하여 신고한 내용에 따라 종합소득공제를 한 후 이를 종합소득과세표준으로 하여 종합소득산출세액을 계산하고 제134조 제4항 각호의 세액공제를 한 후 당해연도에 이미 원천징수하여 납부한 소득세를 공제하고 그 차액을 원천징수한다.
② 제1항의 경우에 당해연도에 이미 원천징수하여 납부한 소득세가 당해 종합소득산출세액에서 제134조 제4항 각호의 세액공제를 한 금액을 초과하는 때에는 그 초과액은 당해 근로소득자에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 환급하여야 한다.

(2) 소득세법 시행령 제201조【근로소득세액 연말정산시의 환급】① 근로소득세액에 대한 연말정산을 하는 경우에 원천징수의무자가 이미 원천징수하여 납부한 소득세에 과오납이 있어 근로소득자에게 환급하는 때에는 그 환급액은 원천징수의무자가 원천징수하여 납부할 소득세에서 조정하여 환급한다.

② 제1항의 경우에 원천징수의무자가 원천징수하여 납부할 소득세가 없는 때에는 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 환급한다.

(3) 소득세법 시행규칙 제93조 【원천징수세액의 환급】 ① 영 제201조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 원천징수의무자가 환급할 소득세가 연말정산하는 달에 원천징수하여 납부할 소득세를 초과하는 경우에는 다음달 이후에 원천징수하여 납부할 소득세에서 조정하여 환급한다. 다만, 당해 원천징수의무자의 환급신청이 있는 경우에는 원천징수 관할세무서장이 그 초과액을 환급한다.
② 제1항 단서의 규정에 의하여 소득세의 환급을 받고자 하는 자는 원천징수세액환급신청서를 원천징수 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
③ 제1항 및 제2항의 규정은 원천징수의무자가 원천징수하여 납부한 소득세액 중 잘못 원천징수한 세액이 있는 경우에 이를 준용한다.

다. 사실관계 및 판단

청구외법인과 청구인이 어떠한 형태로든 쟁점세액을 환급받은 사실이 없다는 청구인의 주장에 대하여, 처분청은 쟁점세액은 이미 원천징수의무자인 청구외법인에게 환급되었으며, 설사 환급되지 않았다고 하여도 이를 청구인이 원천징수의무자 관할 세무서에 환급 신청하는 것은 몰라도 청구인 주소지 관할 세무서장에게 종합소득세 신고를 하면서 기납부세액으로 포함시키는 것은 허용되지 않는다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

(1) 먼저, 청구인이나 청구외법인이 어떠한 형태로든 쟁점세액을 환급받은 사실이 있는지에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청의 과세근거자료를 살펴보면, 쟁점세액이 청구외법인이나 청구인에게 환급된 사실을 명확히 지적하는 자료를 찾을 수가 없고, 이에 대하여 처분청 담당자에게 대하여 유선상으로 문의한 결과, ○○○에 연말정산분 환급세액이 있는 것으로 나타나면 특별한 사정이 없는 한 이는 원천징수의무자에게 환급되었거나 법인세 조정이 이루어진 것이므로 이 건의 경우도 쟁점세액이 이미 청구외법인에게 환급되었거나 법인세 조정이 이루어졌던 것으로 판단하였고, 처분청이 쟁점세액의 실제 환급여부에 대하여는 확인할 방법이나 의무는 없다고 진술하였다.

(나) 한편, ○○○ 자료에 따르면, 청구외법인은 폐업전인 2004년 11월분까지의 원천징수이행상황신고서를 제출하였고, 종업원들에 대한 2004년 귀속 근로소득 원천징수세액 연말정산분이 조정된 사실이 없으며, 청구외법인이 위 연말정산분에 대하여 환급신청서를 제출한 사실도 없는 것이 확인된다.

(다) 덧붙여 청구외법인 관할의 구로세무서 담당자는 청구외법인은 2004년 말경 폐업하였고 쟁점세액이 어떠한 형태로든 청구외법인이나 청구인에게 환급된 사실이 없음을 확인해주었다.

(라) 이상의 사실관계를 종합하면, 원천징수의무자인 청구외법인이 쟁점세액에 대하여 법인세 조정을 받았거나 환급 신청한 사실은 없고, 청구인이 직접 환급 신청한 사실도 없으므로 쟁점세액은 어떠한 형태로든 환급된 사실이 없는 것으로 판단된다.

(2) 다음으로, 청구인이 원천징수의무자를 관할하는 구로세무서장이 아니라 청구인 주소지를 관할하는 마포세무서장에게 종합소득세 확정신고를 하면서 쟁점세액을 기납부세액으로 기재하여 이 부분을 공제받을 수 있는지 여부에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청은 이에 대하여 원칙적으로 원천징수의무자만이 관할 세무서에 환급신청을 할 수 있고 원천징수의무자가 폐업한 경우에는 근로소득자가 직접 원천징수의무자 관할 세무서에 환급신청을 할 수는 있으나 근로소득자 주소 관할 세무서에 기납부세액으로 공제받는 형식을 빌려 사실상 환급받을 수는 없다고 주장한다.

(나) 그러나 소득세법, 동시행령, 동시행규칙에는 이 건과 같이 원천징수의무자가 폐업한 경우 쟁점세액을 환급받을 수 있는지 여부와 그 방법에 대하여 아무런 규정을 두고 있지 않는 바, 다만 소득세법 기본통칙 137-4에서 원천징수의무자의 소재불명시 근로소득세 과오납금의 환급방법과 관련하여 “근로소득세액에 대한 연말정산에서 발생한 환급세액을 원천징수의무자가 규칙 제93조 제2항의 규정에 의하여 원천징수 관할세무서장에게 환급신청을 한 후 폐업 등으로 소재불명됨에 따라 당해 환급세액을 원천징수의무자를 통하여 근로자에게 환급되도록 하는 것이 사실상 불가능한 경우에는 원천징수 관할세무서장이 당해 환급세액을 근로자에게 직접 지급할 수 있다.”라고 규정하고 있다.

(다) 그러나 위 규정은 원천징수 관할세무서장이 환급세액을 근로자에게 직접 지급할 수 있는 경우로 원천징수의무자가 원천징수 관할세무서장에게 환급신청을 한 후, 폐업 등으로 소재불명되어 원천징수의무자에게 환급할 수 없는 경우만을 언급하고 있을 뿐이므로, 결국 이 건과 같이 원천징수의무자인 청구외법인이 환급신청 조차 하지 않고 폐업한 경우에 환급가능여부 및 방법에 대하여 아무런 규정이 없는 것으로 판단된다.

(라) 그렇다면, 이 건과 같은 경우, 이를 금지하는 특별한 규정이 없는 이상 청구인이 미환급받은 쟁점세액을 종합소득세 신고시 기납부세액에 포함하는 것은 가능하다고 할 것이며, 오히려 쟁점세액이 누구에게도 환급되지 않는 이상 이는 당연히 기납부세액이며 이를 종합소득세 신고시 기재할 수 있다고 봄이 타당할 것이다.

(마) 물론 처분청으로서는 원천징수의무자 관할 세무서가 아닌 이상 개별적으로 연말정산분 원천징수세액의 실제 환급여부를 확인하기 쉽지 않을 수도 있으나, 이 건과 같은 경우가 빈번히 발생하는 일도 아니고, 현재 모든 과세자료가 ○○○을 통하여 관리되고 있는 점을 고려해보면, 그 확인이 크게 곤란한 일이라고 할 수도 없을 것이다. 오히려 청구인의 입장에서 생각해보면, 원천징수제도를 통하여 청구인은 국가에 근로소득세를 납부하였고, 종합소득세 역시 국가에 신고?납부하는 것인데 세무서 관할의 문제로 이미 납부한 쟁점세액을 기납부세액으로 기재하지 못하는 것은 쉽게 납득할 수 없는 일일 것이며 지나치게 조세행정의 편의성에 치우친 처분이라 할 것이다.

(바) 그러므로 청구인이나 청구외법인이 어떠한 형태로든 쟁점세액을 환급받지 않은 사실이 확인되는 이상, 청구인이 자신의 주소지 관할 세무서장에게 종합소득세를 신고하면서 쟁점세액을 기납부세액에 포함시킨 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.