쟁      점 (1) 지방자치단체로부터 교부받은 유류보조금 및 환승할인보조금이 조특법상 중소기업특별세액감면 대상소득에 해당되는지 여부(취소)
 

청구번호 2006서1152 결정일자 2006년07월21일 주세목 법인세
 

심판청구번호 국심2006서1152(2006. 7. 21)

 

주 문

 

○○○세무서장이 2005. 7. 7. 청구법인에게 한 법인세 19,939,690원(2001사업연도 1,795,050원, 2002사업연도 6,033,930원, 2003사업연도 8,351,720원, 2004사업연도 3,758,990원)의 부과처분은 이를 취소한다.

 

이 유

 

1. 처분개요

 

청구법인은 마을버스 운송사업을 영위하는 중소기업으로서, 여객자동차운수사업법 제51조 및 동 시행규칙 제86조의2 규정에 따라 서울특별시로부터 유류보조금 및 환승할인보조금 명목으로 매년 교부받아 온 보조금(이하 “쟁점보조금”이라 한다.)을 전부 수익으로 계상하고, 2001∼2004사업연도 법인세 신고시 조세특례제한법 제7조 제1항의 규정에 의한 중소기업특별세액감면을 적용하여 법인세를 신고?납부하였다.

처분청은 쟁점보조금이 감면대상소득에 해당하지 아니하는 것으로 보아 중소기업특별세액감면을 배제하여, 2005. 7. 7. 청구법인에게 2001～2004사업연도 법인세 합계 19,939,690원(2001사업연도 1,795,050원, 2002사업연도 6,033,930원, 2003사업연도 8,351,720원, 2004사업연도 3,758,990원)을 경정?고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2005. 10. 5. 이의신청을 거쳐, 2006. 3. 28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

 

가. 청구법인 주장

 

쟁점보조금은 정부의 규제에 의한 여객운송사업자들의 요금인상결정권 제약에 따라 발생하는 만성적자를 해결해주기 위하여 지급되는 것으로, 여객운송사업 자체의 고유사업에 의하여 발생한 정상적이고 직접적인 소득에 해당하는 이상 중소기업특별세액감면 적용대상에 해당한다.

나. 처분청 의견

관련 예규 등을 종합하면, 여객운송업을 영위하는 중소기업 사업자가 여객자동차운수사업법 제51조의 규정에 따라 비수익노선의 결손보전, 학생할인?교통카드 할인액 손실보조 등의 명목으로 지방자치단체로부터 교부받는 보조금은 조세특례제한법상의 중소기업특별세액감면 적용대상에 해당하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

 

가. 쟁점

 

지방자치단체로부터 교부받은 유류보조금 및 환승할인 보조금이 조세특례제한법상 중소기업특별세액감면 대상소득에 해당하는지 여부

 

나. 관련법령

 

(1) 조세특례제한법 제7조【중소기업에 대한 특별세액감면】① 중소기업 중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2008년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다.(단서 생략)

 

1. 감면업종

 

마. 운수업 중 여객운송업

 

(2) 여객자동차운수사업법 제51조【재정지원】① 국가는 여객자동차운수사업을 경영하는 자(이하 "여객자동차운수사업자"라 한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 사업을 수행하는 경우에 재정적 지원이 필요하다고 인정되는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 여객자동차운수사업자에 대하여 소요자금의 일부를 보조 또는 융자할 수 있다.

1. 자동차의 고급화·터미널의 현대화

2. 수익성이 없는 노선의 운행

3. 공동시설 및 안전관리시설의 확충·개선

4. 낡은 차량의 대체

5. 터미널의 이전과 규모·구조 또는 설비의 확충·개선

6. 여객자동차운수사업의 서비스 향상을 위한 시설·장비의 확충·개선

7. 기타 여객자동차운수사업의 진흥을 위한 사항으로서 건설교통부령이 정하는 사항

② 특별시·광역시 또는 도(이하 "시·도"라 한다)는 다음 각호의 1의 사유가 있는 경우에는 여객자동차운수사업자에 대하여 소요자금의 일부를 보조 또는 융자할 수 있다. 이 경우 보조 또는 융자의 대상·방법과 보조금 또는 융자금의 상환등에 관하여 필요한 사항은 당해 시·도의 조례로 정한다.

1. 여객자동차운수사업자가 제1항 각호의 1에 해당하는 사업을 수행하는 경우

2. 여객의 안전을 위한 교통안전시설을 확충하기 위하여 필요한 경우

(3) 여객자동차운수사업법 시행규칙 제86조의2【재정지원】법 제51조제1항제7호에서 "건설교통부령이 정하는 사항"이라 함은 다음 각호의 사항을 말한다.

1. 여객자동차운송사업의 합병·분할합병 등을 통한 구조조정

2. 자동차호출시스템, 첨단교통정보시스템, 지하철·버스 등 교통수단 상호간의 연계를 위한 통합카드시스템, 운임·요금결제시스템 등 서비스의 개선을 위한 시설 또는 장비의 확충·개선

3. 학생·청소년 운임할인 등 공적 부담으로 인한 결손액의 보전

4. 유가체계 조정에 따른 운송사업부분의 유류세액 인상액의 보조

5. 버스전용차로의 설치 등 버스교통체계의 개선

 

다. 사실관계 및 판단

 

청구법인이 지급받은 쟁점보조금의 내역은 아래 <표>와 같은 바, 처분청은 쟁점보조금이 조세특례제한법 제7조에 규정된 “당해 사업장에서 발생한 소득”에 포함되지 않는다고 주장하는 반면, 청구법인은 쟁점보조금의 성격에 비추어 포함된다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. ○○○

 

(1) 쟁점보조금은 정부의 물가안정을 위한 공공요금규제 정책과 여객자동차운수사업자가 지는 수익성 없는 노선의 운행 등으로 인하여 여객자동차운수사업자들에게 발생하는 손실을 보전해주기 위해 여객자동차운수사업법 제51조 및 같은 법 시행규칙 제86조의2 제2호, 제3호, 제4호의 규정에 따라 정부가 마을버스 운송사업자인 청구법인에게 지급하는 보조금이다.

 

(2) 회계기준위원회의 “상환의무가 없는 국고보조금에 대한 회계처리 지침(2001. 12. 27.)”에 의하면, 자산취득에 사용될 국고보조금 외의 상환의무가 없는 국고보조금을 받는 경우에는 당기의 손익에 반영하고, 이에 대응하는 비용이 없는 경우 영업외 수익으로 회계처리하고 특정비용을 보전할 목적으로 받는 국고보조금은 특정의 비용과 상계처리한다고 규정하고 있는 바, 이는 상환의무 없는 국고보조금도 당해 사업의 손익을 구성한다는 의미로 보인다.

 

(3) 살피건대, 쟁점보조금은 정부의 정책에 의하여 여객자동차운수사업자에게 발생하는 손실을 정부가 보전해 주기 위하여 지급되는 것으로, 이처럼 쟁점보조금은 여객자동차운수사업, 특히 마을버스 운송업을 영위하기 때문에 지급받게 되는 점, 여객자동차운수사업법의 관련규정상 쟁점보조금을 위와 같이 정해진 목적이외에 사용하는 것은 불가능한 점, 쟁점보조금은 지급목적 등에 비추어 볼 때 특정산업 지원을 위하여 정부가 지급하는 국고보조금과는 그 성격이 다른 점, 회계처리지침에 따르면 청구법인이 쟁점보조금을 자산취득에 사용한 것도 아니고 청구법인에게 상환의무가 있는 것도 아닌 이상 쟁점보조금은 수익으로 반영하여야 하는 점 등을 종합하면, 쟁점보조금은 여객자동차운수업에서 발생한 수익의 일부를 구성하는 것으로 봄이 상당하므로 이는 조세특례제한법 제7조에서 규정하는 “당해 사업장에서 발생한 소득”으로 보는 것이 타당하다.○○○, 같은 뜻)

 

(4) 그러므로 처분청이 쟁점보조금을 조세특례제한법 제7조 제1항의 규정에 따른 중소기업특별세액감면 대상소득이 아닌 것으로 보고 한 과세처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

 

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.