쟁      점 (1) 아파트건립용 부지로 공장용지 및 공장건물을 양도하면서 소유권등기 이전 후에 양도인이 공장건물을 철거한 경우, 공장건물의 가액을 없는 것으로 볼 수 있는지 여부(취소)
 
청구번호 2006구0943 결정일자 2006년08월25일 주세목 부가가치세
 
 
심판청구번호 국심2006구 943(2005. 8. 25)

 

주 문

○○○세무서장이 2005.11.30. 청구인에게 한 경정청구의 거부처분은 이를 취소한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 ○○○번지 공장용지 833㎡및 건물 426.75㎡(공장용지와 건물을 이하 “쟁점부동산”이라 하며, 건물은 “쟁점건물”이라 한다)를 2004.12.31. 주식회사 ○○○외 1개 업체에게 15억1000만원에 양도하였다.

나. 청구인은 쟁점부동산의 가액 중 쟁점건물분에 대한 부가가치세 과세표준을 기준시가로 안분계산하여 2005.2.14. 처분청에 2004년 2기 부가가치세 31,469,790원을 수정신고 납부하였다.

다. 청구인은 쟁점부동산의 매수자가 동 토지 위에 아파트를 건설하기로 하여 당초 매매계약시 쟁점건물가액은 없는 것으로 하여 토지만 양도한 것이므로 수정신고납부한 부가가치세를 환급해 줄것을 2005.11.13. 처분청에 경정청구하였으나, 처분청은 2005.11.30. 이에 대하여 거부처분하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2006.1.6. 이의신청을 거쳐 2006.3.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점부동산은 매수자가 아파트 건설용지로 사용할 목적으로 취득하였으며, 매매계약서의 매매목적물 표시에 공장용지 833제곱미터만 표시하고 쟁점건물에 대하여는 별도 기재하지 아니하였고, 또한 매도인이 건축물(지상물 포함)을 철거하고 나대지만 명도하는 조건으로 계약하였으나, 중도금을 2004.12.29. 잔금과 함께 받아 쟁점부동산의 소유권이전일까지 이전할 청구인의 공장용지를 구하지 못하여 당초 계약내용과는 달리 공장건물을 철거하지 못하고 잔금 수령일(2004.12.31.)에 쟁점부동산에 대한 소유권을 이전해 주게 된 것이며, 2005.8.19. 청구인의 사업장을 ○○○번지로 이전하고 청구인의 비용으로 건물을 철거하였으므로 쟁점건물의 가액을 없는 것으로 보아 쟁점건물분에 대한 부가가치세를 환급하여야 한다.

나. 처분청 의견

토지와 쟁점건물이 등기부상으로 함께 이전되었고, 청구인도 당초 쟁점부동산의 양도를 토지와 건물의 일괄양도로 보고 토지와 쟁점건물의 가액이 불분명한 것으로 보아 쟁점건물분에 대한 부가가치세를 수정신고 납부하였으며, 통상적인 상거래 관행으로도 매수자는 토지만 필요로 하지만 양도자는 쟁점건물의 가치는 없더라도 사용가치가 상당할 경우 건물의 대가를 받는 것이므로 이 건의 경우 토지와 쟁점건물을 일괄양도한 것으로 보아 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

아파트건립용 부지로 공장용지 및 공장건물을 양도하면서 소유권등기 이전 후에 양도인이 공장건물을 철거한 경우, 공장건물의 가액을 없는 것으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】 ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

(2) 부가가치세법 제12조【면 세】① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

12. 토 지

(3) 부가가치세법시행령 제48조의 2【과세표준의 안분계산】④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 ??건물 등??이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

1. 토지와 건물 등에 대한 소득세법 제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 ??기준시가??라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액(지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 평가한 가액을 말한다. 이하 같다)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1995.3.22. 쟁점부동산 중 공장용지 833㎡를 취득하고, 1995.12.26. 공장건물 426.75㎡(일반공장 352.5㎡, 공장사무실 72.25㎡)를 신축하여 소유권 보존등기하고, 기계제조업을 운영하다가, 2004.12.31. 쟁점부동산을 주식회사 ○○○외 1개 업체에게 양도한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 쟁점부동산의 2004.2.23. 공동매매계약서를 보면, 공동매매할 부동산의 표시는 “○○○번지”로 되어 있고, 매매목적물의 표시는 “지번은 ○○○번지, 지목은 공장용지, 공부상면적은 833㎡, 251.98평, 매입면적 833㎡, 251.98평”으로 되어 있으며, 제1조(계약의 목적)은 “본 계약은 ‘을’이 위 표시 ‘갑’ 소유의 부동산(토지와 건축물 및 부대시설 일체)을 매수하고 ‘갑’ 소유의 부동산을 포함한 사업부지 전 필지를 매입하여 주택법에서 정한 공동주택(아파트)건설을 함에 있어 …”로 되어 있고, 제7조(소유권이전 및 매매부동산의 명도) 제2항에 “ ‘갑’은 ‘을’이 조기에 사업을 착공할 수 있도록 ‘갑’의 책임하에 2차 중도금을 수령한 날로부터 50일 이내에 매매목적물상의 지장물 철거와 임대차 및 지상권 등 사용제한 사유의 해결을 완료하여야 한다”로 되어 있어 잼점부동산의 매매의 조건이 쟁점건물은 매도자가 철거하고 양도하는 것임을 알 수 있다.

(3) 쟁점부동산의 대금지급에 대한 계약내용과 실제 지급일자는 아래와 같이 확인되는 바, ○○○

중도금을 당초 계약일자에 수취하지 못하여 새로운 공장부지를 구할 수 없어 공장을 이전하지 못하다가, 2004.12.29. 중도금 및 잔금을 일시에 수령하게 되어 그때부터 새로운 공장용지 및 건물을 구입해 공장을 이전하면서 2005.8.19. 공장건물을 철거한 것이라는 주장이 신빙성이 있어 보인다.

(4) 위의 사실관계를 종합하면, 매매계약서상의 목적물이 토지로만 계약된 점, 청구인이 중도금 및 잔금을 당초 계약된 날에 받지 못하여 공장 이전이 지연되었고, 이에 따라 쟁점건물을 공장으로 사용하다가 명도 전에 철거한 점 등에 비추어 보아 이 건의 경우 그 거래의 내용이 형식적으로 소유권만 이전된 것일 뿐 실질적으로는 쟁점건물이 양도된 것으로 보기는 어려우므로 재화의 공급이 발생하지 아니하였다고 보는 것이 보다 더욱 타당하다고 할 것이다.

따라서 처분청이 쟁점건물을 재화의 공급으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

라. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.