쟁      점 (1) 소득세법 제89조에 의한 1세대 1주택 비과세요건을 갖춘 고가주택이 조세특례제한법 제99조의 3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상인 신축주택에도 해당하는 경우, 두 규정을 동시에 적용할 수 없다 하여 경정을 거부한 처분의 당부 (취소)
 
청구번호 2006서2606 결정일자 2006년10월12일 주세목 양도소득세 
 
심판청구번호 국심 2006서2606(2006. 10. 12.)

 

주 문

○○○세무서장이 2006.6.14. 청구인에게 한 2005년 귀속 양도소득세 35,789,770원의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분은 이를 취소한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 ○○○호를1987.7.31. 취득하여 보유하고 있다가 1999.6.3. ○○○ 사업계획승인으로 ○○○호(전용면적 111.32㎡으로서 2000.4. 착공하고 2003.5.10. 사용승인을 받았다. 이하 “쟁점

아파트”라 한다)를 분양받은 후 2005.8.23. 양도(양도가액 990,000천원)하였다.

청구인은 쟁점아파트가 1세대1주택에 해당하나, 고가주택에 해당함을 이유로 6억원 초과분에 대해서는 양도차익을 실지거래가액으로 계산하여 2005.10.31. 처분청에 2005년 귀속분 양도소득세

35,789,770원를 자진신고 납부하였다가, 쟁점아파트가 조세특례제한법 제99조의 3의 규정에 의한 신축주택 특례규정에 해당하여 양도소득세

가 감면됨을 이유로 2006.4.4. 처분청에 기 납부한 양도소득세를 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.

나. 처분청은 쟁점아파트의 양도가액이 990,000천원으로 6억원을 초과하는 고가주택에 해당하므로 양도소득세 과세특례조항을 적용할 수 없다 하여 2006.6.14. 청구인의 경정청구를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2006.7.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점아파트는 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호에 의한 신축주택으로서, 2002.12.31. 이전에 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003.6.30. 이전에 사용승인을 받았는 바, 조세특례제한법 부칙

제29조 제2항에 따라 2002.12.11. 개정되기 전 조세특례제한법 제99조의 3 제1항의 규정을 적용받아 고급주택에 해당하지 아니하여 양도소득세가 면제되므로 처분청은 기납부한 양도소득세를 환급하여야 한다.

나. 처분청 의견

쟁점아파트는 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 2002.12.31.

이전에 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003.6.30. 이전에 사용승인을 받은 경우에 해당하지만, 실지양도가액이 6억원을 초과하는 고가주택에 해당하는 바, 소득세법의 1세대1주택 비과세요건과

조세특례제한법의 신축주택 과세특례조항을 동시에 적용할 수 없으므로 청구인이 선택적용한 6억원 초과분에 해당하는 고가주택 양도차익에 대하여는 경정하여야 할 이유가 없어 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

조세특례제한법 제99조의 3에 따른 ‘신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면’ 요건과 소득세법 제89조 제3호의 ‘1세대 1주택 비과세’ 요건을 갖춘 고가주택을 양도한 경우, 6억원을 초과

하는 부분에 대하여 양도소득세가 과세되는 것인지(처분청), 아니면 6억원 초과부분에 대한 양도소득세는 감면하는지(청구인) 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제89조(2002.12.18 법률 제6781호로 개정된 것)【비과세양도소득】다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 ??양도소득세??라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득

소득세법 제95조(2002.12.18 법률 제6781호로 개정된 것)【양도소득금액】③ 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당

하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

소득세법 시행령 제160조 【고가주택에 대한 양도차익 등의 계산】(2002. 12. 30. 제목개정)① 법

제95조 제3항의 규정에 의한 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하는 때에는 6억원에 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안

분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익

양도가액―6억원

법 제95조 제1항의 규정에 의한 양도차익 × ────────

양도가액

같은 법시행령 제156조(2002.12.30 대통령령 제17825호로 개정된 것)【고가주택의 범위】① 법 제

89조 제3호에서??가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택??이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다.

같은 법시행령 제156조(2002.12.30 개정전의 것)【고급주택의 범위】법 제89조 제3호에서??거주용

건물의 연면적?가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택??이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다.

2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이 149제곱미터 이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원을 초과하는 것

(2) 조세특례제한법(2002.12.11 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하

이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서??신축주택취득기간??이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용

검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

(3) 조세특례제한법(2002.12.11 법률 제6762호로 개정된 것)제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주

택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서??신축주택취득기간??이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). (단서규정 생략)

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택조세특례제한법 부칙(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것) 제29조【신축주택의 취득자에 대한

양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】① 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

② 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

청구인은 쟁점아파트가 고급주택에 해당하지 않으므로, 신축주택의 과세특례를 적용하여 청구인이 기납부한 양도소득세를 환급하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

(1) 쟁점아파트가 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호에 의한 신축주택으로서 고급주택에 해당되는지 여부에 대하여 본다.

(가) 종전 조세특례제한법 제99조의 3 제1항에 의하면 자기가 건설한 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배이내의 것을 포함)에 대하여는 신축주택취득기간내에 사용승인을 받은 경우 그 취득일로부터 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 비과세하고 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 이를 제외하는 것으로 규정하였으나, 2002.12.11. 법률 제6762호로 조세특례제한법 제99조의 3을 개정하면서 양도소득세 감면을 제외하는 고급주택을 고가주택으로 개정한 사실이 확인된다.

(나) 그러나, 2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 조세특례제한법 부칙 제29조 제2항에 의하면 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003.6.30. 이전에 사용승인을 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다고 규정하고 있는 바, 2002.12.31. 이전에 신축공사에 착수하여 2003.5.10. 사용승인을 받은 사실이 확인되는 쟁점아파트의 경우 종전의 조세특례제한법의 규정을 적용하여 양도소득세 감면여부를 판단하여야 할 것이다.

(다) 이에 따라, 소득세법 제89조 제3호 및 같은 법 시행령 제156조(2002.12.30. 개정되기 이전의 것)제2호에는 고급주택의 범위를 공동주택으로서 주택의 전용면적이 149㎡ 이상이고, 양도당시의 실지거래가액이 6억원을 초과하는 것으로 규정하였으므로 전용면적이 111.43㎡인 쟁점아파트는 고급주택에 해당하지 않는 것으로 보인다.

(2) 소득세법 제95조 제3항에 의하면　??양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 동조 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다??라고 규정하고 있고, 소득세법시행령 제160조 제1항 제1호에 의하면 1세대 1주택인 고가주택에 대한 양도소득세 과세는 양도가액 6억원을 초과하는 부분에 상당하는 양도차익으로 한정되어 있어, 1세대 1주택 고가주택의 경우라도 양도가액 6억원을 초과하지 않는 부분에 상당하는 양도차익은 소득세법에 의하여 비과세된다 할 것이다.

(3) 쟁점아파트의 경우 소득세법상 1세대 1주택에 대한 비과세 규정과 조세특례제한법상 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례가 중복되는 문제가 발생하나, 소득세법상 1세대 1주택에 대한 비과세 규정과 조세특례제한법상 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례는 지원목적이 다른 별개의 제도로서 소득세법과 조세특례제한법에서 양 규정간의 중복적용을 배제하는 명문의 규정이 없고, 설령 양

규정이 중복적용된다고 하더라도 이중으로 공제되거나 비과세되어 중복지원되는 문제는 발생하지 않는 것으로 보인다.

(5) 따라서, 이 건의 경우 쟁점아파트의 양도가액 중 6억원에 상당하는 양도소득은 우선 비과세를 적용하고, 양도가액 6억원을 초과하는 양도소득 중 쟁점아파트 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득에 대한 양도소득세는 감면(동 감면세액에 대한 농어촌특별세를 부과하는 것은 별론임)하는 것이어서, 처분청이 쟁점아파트의 양도에 대하여 6억원 초과분에 해당하는 고가주택 양도차익에 대하여 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.