[질 의]
가. 사실관계

○ 밀양시 교동정수장 실험실에서 수돗물의 수질시험 및 연구의 목적으로 환경오염측정기기인 수직분석장비(가스크로마토그래프/질량분석기)를 구매(수입)하는 경우 부가가치세를 납부해야 하는지요.

나. 질의요지

○ 국가조직법 제4조 및 지방자치단체의 조례에 의하여 설치된 기관이 운영하는 시험소·연구소 등이 과학용으로 수입하는 재화는 부가가치세를 면제받을 수 있으나 직속기관(지방자치법 제104조)이 아닌 시, 본청에서 동일의 목적으로 재화를 구매 할 경우 세관에서는 부가가치세를 면제받을 수 없다고 하는 바, 이 경우 부가가치세를 납부해야 하는지요.

[답 변]
지방자치단체가 수질시험 및 연구를 수행하는 시험소 또는 연구소로 직제된 기관을 별도로 두지 아니하고, 동 업무를 직접 관장하는 부서에서 시험연구장비를 갖추어 실제 시험·연구를 수행하는 경우 당해 업무와 관련하여 지방자치단체가 직접 수입하는 과학용 기자재는 ‘부가가치세법’ 제12조 제2항 제3호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것입니다.

세무사신문 제450호(2006. 12. 1)