국세심판원은 최근 1세대 1주택이면서 신축주택인 경우, 소득세법령에 의한 비과세 적용과 추가적인 조세특례제한법상의 감면이 가능하다는 결정을 내렸다.<국심2006서 2199, 2007.1.25>

A씨는 1985. 11. 27 취득한 주택을 재건축 해 2003. 5. 10 사용승인을 받고 2005. 6. 30 7억5000만원에 양도한 후, 2005. 7. 14 조세특례제한법 제99조의3 규정에 의한 신축주택으로 양도소득세 감면대상으로 예정신고 했으나 처분청은 양도소득세 과세특례대상에 해당하지 않은 것으로 보아 양도소득세 1789만5700원을 경정고지하였다.

A씨는 이에 불복해 2005. 11. 17 심판청구를 제기했고, 2006. 2. 14 국세심판원은 쟁점주택의 양도가 조세특례제한법의 규정에 의한 양도소득세 감면대상에 해당된다며 양도소득세 부과처분을 취소한다고 결정했다.

이에 따라 처분청은 “양도소득세 부과처분을 취소, 조특법상 신축주택에 대한 양도소득세 감면규정과 소득세법상 고가주택에 대한 양도차익계산의 규정을 동시적용할 수 없다”며 세부담이 적은 고가주택에 대한 양도차익 계산규정에 따라 양도소득세 1686만9470원을 경정고지하였다.

청구인은 다시 심판청구를 제기했고, 국세심판원은 결정문에서 “소득세법상 1세대 1주택에 대한 비과세 규정과 조세특례제한법상 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례규정은 지원목적이 다른 별개의 제도로서 중복적용을 배제하는 명문의 규정이 없고, 설령 양 규정이 중복적용된다고 하더라도 이중으로 공제되거나 비과세되어 중복지원되는 문제는 발생하지 않는다”며 청구인의 손을 들어줬다.

세무사신문 제454호(2007. 2. 5)