쟁      점 (1) 1세대1주택으로서 양도가액이 6억원을 초과하는 고가주택에 해당하는 재건축아파트 입주권을 양도하는 경우, 매수자에게 승계시킨 조합원분담금에 대해 양도가액의 차감 여부 및 입주권의 양도차익에 대하여도 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구 주장의 당부(취소)
 
청구번호 2006서2299 결정일자 2007년03월02일 주세목 양도소득세
 
 
심판청구번호 국심 2006서2299(2007.3.2)

 

주 문

○○○세무서장이 2006.5.24 청구인에게 한 2004년도분 양도소득세 17,087,380원의 환급을 구하는 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

 

이 유

1. 처분개요

청구인은 1997.4.17 취득한 ○○○소재 ○○○(전용면적 56.78㎡이고, 이하 “기존주택”이라 한다)를 2003.3.25 사업승인을 받은 재건축사업에 출자하고 조합원 자격으로 분양받은 같은곳 ○○○의 분양권(전용면적 116.19㎡이고, 이하 “쟁점아파트분양권”이라 한다)을 2004.3.29 남궁○○○에게 매매금액 632,000천원에 양도하고 양도가액 6억원을 초과하는 고가주택의 양도차익계산시 조합원분담금 총액 163,170천원을 추가로 양도가액 및 취득가액에 각각 포함시키고, 기존주택의 취득일로부터 사업계획승인일까지의 기간에 대하여만 장기보유특별공제를 적용하여 2005.4.29 양도소득세 89,115,510원을 예정신고?납부 하였다.

그 후 청구인은 쟁점아파트분양권의 양도차익계산시 청구인이 양도일까지 실제 납부한 조합원분담금 32,634천원을 양도가액 및 취득가액에 각각 포함시키고, 기존주택의 양도차익 뿐만 아니라 사업계획승인일 이후인 분양권의 양도차익에 대하여도 장기보유특별공제를 적용하여 2005.5.27 기 납부한 양도소득세 17,087,380원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

처분청은 청구인의 경정청구에 대하여 쟁점아파트분양권의 양도가액에는 조합원분담금을 포함시키는 것이 타당하고, 장기보유특별공제는 기존부동산에만 적용하는 것이 타당하다고 하여 2006.5.24 청구인의 경정청구를 거부통지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2006.6.28 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점아파트분양권을 매매대금 632,000천원에 거래하였고, 조합원이 재건축조합에 추가로 납부하여야 하는 분담금 163,170천을 포함하여 양도가액을 795,170천원으로 신고하였으나, 청구인이 동 분양권 양도시까지 조합에 납부한 분담금 32,634천원은 매매대금 외에 매수인으로부터 별도로 지급받고 나머지 130,536천원은 매수인이 인수하는 것으로 거래를 하였는 바, 자산의 양도가액은 양도자와 양수자간에 실제로 거래된 거래가액으로 결정하여야 하는 것이므로 쟁점아파트분양권의 양도가액은 매매대금 외에 별도로 수령한 분담금납부액 32,634천원을 합산하여 664,634천원으로 산정하여야 한다.

또한 쟁점아파트분양권은 소득세법 제155조 제16항에 의한 양도가액이 6억원을 초과하는 소득세법시행령 제159조의 2에서 정한 기준면적 미만의 고가주택에 해당하는 1세대 1주택으로서 장기보유특별공제는 기존주택의 취득일부터 입주권의 양도일까지의 보유기간 중 발생한 양도차익 전체에 대하여 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

쟁점아파트분양권 양도당시에 이미 신 주택에 대한 동호수 및 평형과 당해 조합원이 납부하여야 할 추가부담금이 결정되어 있었고, 조합원추가분담금을 매수인이 부담하는 조건으로 매매계약을 하였으므로 매매목적물인 쟁점아파트분양권의 실지양도가액에는 조합원추가분담금을 포함하는 것이 타당하다.

또한 장기보유특별공제는 토지 및 건물의 양도로 인하여 발생한 양도차익에 대하여만 적용하는 것이며, 도시 및 주거환경정비법에 의한 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존주택과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주권의 양도소득금액을 산정함에 있어서 장기보유특별공제는 부동산의 보유기간에 따라 기존부동산의 양도차익에서만 공제하는 것이 타당하다○○○, 2005.11.23).

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

1세대 1주택으로서 양도가액이 6억원을 초과하는 고가주택에 해당하는 재건축아파트입주권을 양도한 경우, 매수자에게 승계시킨 조합원분담금을 양도가액에서 차감하여야 하는지 및 입주권의 양도차익에 대하여도 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지정공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

2. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득

가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

(2) 소득세법 제95조【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유특별공제액”이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제1항 제2호의 3의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.

2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것

양도차익의 100분의 15 {제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 면적기준 미만의 주택(이하 이 항에서 “기준면적 미만 고가주택”이라 한다)에 해당하는 경우에는 100분의 25}

3. 당해자산의 보유기간이 10년 이상인 것

양도차익의 100분의 30(기준면적 미만 고가주택에 해당하는 경우에는 100분의 50)

③ 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

(3) 소득세법 제96조【양도가액】① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

1. 제89조 제3호의 규정에 의한 고가주택의 기준에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)인 경우

2. 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 부동산을 취득할 수 있는 권리인 경우

(4) 소득세법시행령 제160조【고가주택에 대한 양도차익 등의 계산】① 법 제95조 제3항의 규정에 의한 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하는 때에는 6억원에 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익

양도가액 - 6억원

법 제95조 제1항의 규정에 의한 양도차익 ×---------------

양도가액

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액

양도가액 - 6억원

법 제95조 제2항의 규정에 의한 장기보유특별공제액×---------------

양도가액

(4) 소득세법시행령 제166조【양도차익의 산정 등】① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우

{양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)-법 제97조 제1항 제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비} + {(기존건물과 그 부수토지의 평가액- 기존건물과 그 부수토지의 취득가액)-법 제97조 제1항 제2호 내지 제4호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비}

2. 청산금을 지급받은 경우

{양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액 -지급받은 청산금)-법 제97조 제1항 제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비} + {(기존건물과 그 부수토지의 평가액- 기존건물과 그 부수토지의 취득가액)-법 제97조 제1항 제2호 내지 제4호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비}×(기존건물과 그 부수토지의 평가액 -지급받은 청산금) ÷ 기존건물과 그 부수토지의 평가액

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 1997.4.17 취득한 기존주택을 재건축사업계획승인일(2003.3.25) 이후 분양권으로 전환된 상태에서 2004.3.29 동 분양권을 남궁연숙에게 632백만원에 양도하여 동 분양권이 1세대1주택의 비과세규정을 적용받는 고가주택에 해당된다는 사실 및 양도차익 계산시 부동산과 분양권의 양도로 구분하여 과세된다는 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 처분청은 쟁점아파트분양권의 매매대금과는 별도로 매수자에게 승계시킨 조합원의 분담금도 양도가액에 포함되는 것이고, 이 건의 양도차익 계산시 부동산과 분양권의 양도로 구분하여 부동산의 양도 부분에 대하여만 장기보유특별공제를 적용하는 것이 타당하다고 청구인의 경정청구를 거부한 반면, 청구인은 조합원분담금 중 매수자에게 승계시킨 분담금은 양도가액에서 차감하여야 하고, 부동산 뿐만 아니라 분양권 양도에 대하여도 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장하고 있다.

(3) 당초 신고서 및 경정청구서에 의하면, 청구인은 아래표와 같이 당초 쟁점아파트분양권의 매매금액 632,000천원에 조합원분담금 163,170천원을 포함하여 양도가액을 795,170천원으로 산정하고, 기존부동산의 취득일부터 사업계획승인일까지의 장기보유특별공제액 22,651,966원을 공제하여 양도소득세 21,890,590원을 신고?납부하였다가, 경정청구시에는 쟁점아파트분양권의 매매금액 632,000천원에 조합원분담금 중 청구인이 실제 부담한 32,634천원만을 포함하여 양도가액을 664,634천원으로 산정하고, 기존부동산의 취득일부터 실제 양도일까지의 장기보유특별공제액 12,385,199원을 공제하여 양도소득세 17,086,380원의 환급을 구하는 경정청구를 한 사실이 확인된다.

○○○

(4) 쟁점아파트분양권에 대한 매매계약서(2004.2.14)에 의하면, 청구인이 남궁연숙에게 동 분양권을 매매대금 632,000천원에 양도하는 계약을 체결한 사실 및 잔금납부일이 2004.3.29인 사실이 나타나고, 그 특약사항에 의하면 위 매매대금 외에 추가분담금 163,170천원을 매수인이 부담하기로 한다는 내용이 기재되어 있다.

(5) 조합원공급계약서에 의하면, 쟁점아파트분양권의 조합원분담금이 163,170천원인 사실 및 2004.3.8?2004.3.12기간내에 계약금 32,634천원을 납부하도록 한 사실이 나타난다.

(6) 먼저, 매수인에게 승계시킨 조합원의 추가분담금이 양도가액에 포함되는지 여부를 살펴보면, 소득세법 제95조 제1항에서 자산의 양도로 인하여 발생하는 총수입금액을 양도가액으로 규정하고 있고, 그 "총수입금액"이란 당해 자산의 객관적인 가액을 가리키는 것이 아니라 구체적인 거래에 있어서 양도인이 당해 자산을 양도하는 대가로 취득하는 모든 수입을 뜻한다고 할 것이고 그 대가에 해당하는지 여부는 실질과세의 원칙상 그 명목 여하에 관계없이 경제적 실질이 당해 자산의 양도와 대가관계에 있는지의 여부에 의하여 판단하여야 할 것이다○○○, 1992.7.14 같은 뜻임).

이 건 양도물건인 쟁점아파트분양권은 새로이 건축되어 분양하는 ○○○의 아파트가 아닌 동 아파트를 취득할 수 있는 권리로 보아야 할 것이며, 만약 처분청 의견과 같이 미도래 분담금을 양도가액에 포함하게 되면 청구인은 아직 취득하지도 아니한 아파트를 양도하게 되는 결과가 될 것이다.

따라서 동 권리의 양도일 현재 납입기일의 미도래로 납부하지 아니한 분담금은 당해 권리의 양도와 대가관계가 없는 것으로 보아야 하며, 이 건의 경우 매매계약서에 의하면 청구인이 부담할 조합원분담금 163,170천원 중 청구인이 이미 납부한 조합원분담금 32,634천원은 매수인이 청구인에게 매매대금 외에 별도로 지급하고 나머지 분담금은 매수인이 승계하여 납부하기로 약정하였으므로 조합원분담금중 청구인이 납부한 분담금 32,634천원은 쟁점아파트분양권의 양도가액에 포함하는 것이 타당하나, 매수인에게 승계시킨 분담금 130,536천원은 쟁점아파트분양권의 양도가액에 포함시키지 아니하는 것이 타당하다고 판단된다○○○, 2005.7.13 같은 뜻임).

(7) 다음으로, 기존주택 뿐만 아니라 분양권으로 보유한 기간의 양도차익에 대하여도 장기보유특별공제를 적용하여야 하는지 여부에 대하여 살펴보면, 관련법령인 소득세법 제94조(양도소득의 범위) 제1항에서 제1호에 토지 또는 건물, 제2호 가목에 부동산을 취득할 수 있는 권리를 구분하여 규정해 놓고 있으며, 같은법시행령 제155조 제16항에서 1세대1주택자인 재건축조합원이 기존주택을 제공하고 당해 조합을 통하여 취득한 분양권은 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 부동산을 취득할 수 있는 권리임에도 불구하고 이를 1세대1주택으로 본다고 규정하고 있고, 분양권을 1세대1주택으로 의제하는 경우에 동 분양권 양도가액을 기준으로 6억원을 초과하면 이를 고가주택으로 판단하여 6억원을 초과하는 부분의 양도차익에 대하여 양도소득세를 과세할 수 있도록 규정하고 있다.

이와 같은 법리에 의하여 분양권이 1세대1주택으로 의제되고 고가주택에 해당되어 양도소득세를 과세하는 경우에는 장기보유특별공제액 계산시 분양권을 주택으로 의제함이 타당하며, 분양권을 주택으로 보는 경우 양도하는 주택은 기존주택이 아니라 분양권에 의하여 새로 취득할 주택으로 봄이 합리적이므로, 장기보유특별공제율 적용시 보유기간은 종전주택의 취득일부터 입주권 양도일까지의 기간을 통산하여 적용하고, 주택면적에 따른 적용율은 입주권에 의하여 분양받을 재건축아파트의 면적을 기준으로 하여 적용함이 타당하다고 할 것이다○○○, 2006.11.22) 같은 뜻임).

　 따라서，처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분을 잘못이 있다고 판단된다.

 

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.