최근 국세심판원에서는 법인세신고 당시 벤처기업 유효기간이 만료되었더라도 사업연도 종료 전 갱신신청을 하여 이후 벤처기업으로 재 확인 받았다면 벤처기업에 해당돼 법인세 감면을 받아야 하는 것이 타당하다는 결정이 나왔다<국심2006중3453, 2007. 3. 30>

심판원에 따르면 A법인은 1999. 8. 16 개업해 2000. 10. 30부터 2002. 10. 29까지 벤처기업임을 확인받아 2002사업연도(2002. 1. 1 ∼ 12. 31) 신고시 창업벤처기업에 대한 법인세 감면세액을 적용해 법인세를 신고했다.

그러나 처분청은 벤처기업의 유효기간이 2002. 10. 29 만료되었으므로 2002. 12. 31 현재 창업벤처기업에 해당되지 않는다면 감면세액을 베재해 납부불성실가산세를 포함해 법인세를 고지했다.

그러자 A법인은 “2002. 10. 29 벤처기업 유효기간이 만료됐더라도 2002. 12. 5 벤처기업 갱신신청서를 제출해 2003. 1. 17 벤처기업 적격통보를 받았으므로 실질적으로 벤처기업이 계속 유지됐다고 할 수 있으므로 단순히 벤처기업확인이 지연된 이유만으로 감면세액을 추징하지는 못한다”고 주장하면서 심판청구를 제기했다.

이에 대해 심판원은 결정문을 통해 “A법인이 2002 사업연도 종료일까지 2개월간 벤처기업으로 확인받지 못한 이유가 갱신신청이 늦어서이지 벤처기업 요건을 갖추지 못한 것은 아니다”고 밝히고 “2003. 1. 17 벤처기업임이 확인된 것으로 보아 2002 사업연도 종료일 현재 벤처기업이 계속 유지된 것으로 보아야 한다”고 설명했다.

또 “벤처기업 육성에 관한 특별조치법 제25조2에서는 벤처기업 유효 기간에 대한 기간만료 사유를 벤처기업 확인의 취소사유로 규정하지는 않는다”며 “처분청이 2002사업연도 종료일 현재 벤처기업 확인이 취소되지 않은 A법인에게 벤처기업에 해당되지 않는다며 법인세 감면세액을 추징한 것은 잘못이다”고 판단했다.

 

 세무사신문 제459호(2007.4.16)