쟁      점 (1) 1세대1주택으로서 양도가액이 6억원을 초과하는 고가주택에 해당하는 재건축아파트 입주권을 양도한 경우 사업계획승인일 이후에 발생된 입주권의 양도차익에 대하여도 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부(취소)
 
청구번호 2007서0437 결정일자 2007년04월04일 주세목 양도소득세
 
 
심판청구번호 국심 2007서0437(2007.4.4)

 

주 문

1. ○○○세무서장이 2006.10.13 청구인 한○○○에게 한 2006년 귀속 양도소득세 22,628,100원의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분은 이를 취소한다.

2. ○○○세무서장이 2006.10.13 청구인 임○○○에게 한 2006년 귀속 양도소득세 22,628,100원의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분은 이를 취소한다.

 

이 유

1. 처분개요

청구인 한○○○ 및 청구인 임○○○(이하 “청구인들”이라 한다)은 1982.10.10 상속을 원인으로 공동취득(1/2지분)한 ○○○소재 ○○○(전용면적 49.5㎡이고, 이하 “기존주택”이라 한다)를 2002.11.28 사업시행인가를 받은 ○○○3단지재건축사업에 출자하고 조합원자격으로 분양받은 같은 곳 ○○○의 입주권(전용면적 114.70㎡이고, 이하 “쟁점아파트입주권”이라 한다)을 2006.4.27 조○○○ 외 1인에게 매매대금 1,185,314천원에 양도하고 양도가액 6억원을 초과하는 고가주택의 양도차익계산시 기존주택의 취득일로부터 사업계획승인일까지의 기간에 대하여만 장기보유특별공제를 적용하여 2006.6.19 청구인별로 각각 양도소득세 51,474,140원을 예정신고?납부 하였다.

그 후 청구인들은 쟁점아파트입주권의 양도차익계산시 기존주택의 양도차익 뿐만 아니라 사업계획승인일 이후인 입주권의 양도차익에 대하여도 장기보유특별공제를 적용하여 2006.9.21 청구인별로 각각 기 납부한 양도소득세 22,628,100원(합계 45,256,200원)의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

처분청은 청구인들의 경정청구에 대하여 장기보유특별공제는 기존주택의 양도차익에만 적용하는 것이 타당하다고 하여 2006.10.13 청구인들의 경정청구를 거부통지하였다.

청구인들은 이에 불복하여 2007.1.8 심판청구를 제기하였다.

 

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점아파트입주권과 같이 1세대 1주택으로 의제되고 고가주택에 해당되어 양도가액 중 6억원을 초과하는 분에 대하여 양도소득세를 과세하는 경우, 소득세법상 동 입주권은 주택으로 의제되므로 장기보유특별공제액 계산시 그 대상이 되는 양도차익은 기존주택의 양도차익과 입주권의 양도차익을 합한 금액으로 하는 것이고, 장기보유특별공제율을 적용함에 있어서도 보유기간에 따른 적용율은 기존주택의 보유기간 뿐만 아니라 입주권 상태의 보유기간까지 즉, 기존주택의 취득일부터 입주권 양도일까지의 기간을 통산한 15년 이상을 적용하여 장기보유특별공제율은 45%를 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

소득세법상 장기보유특별공제는 토지 및 건물에 한하여 적용한다고 규정하고 있으므로 재건축입주권에 대한 장기보유특별공제를 토지 및 건물과 동일하게 적용할 수는 없는 것이고, 또한 국세청장은 양도가액이 6억원을 초과하여 양도소득세가 과세되는 재건축아파트입주권을 양도하는 경우 장기보유특별공제는 기존주택의 양도차익에 대해서만 공제할 수 있다고 유권해석하고 있으므로 입주권의 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구인들의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

 

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

1세대 1주택으로서 양도가액이 6억원을 초과하는 고가주택에 해당하는 재건축아파트입주권을 양도한 경우, 사업계획승인일 이후에 발생된 입주권의 양도차익에 대하여도 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지정공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

2. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득

가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

(2) 소득세법 제95조【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유특별공제액”이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제1항 제2호의 3 내지 제2호의 8의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.

1. 당해 자산의 보유기간이 3년 이상 5년 미만인 것

양도차익의 100분의 10

2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것

양도차익의 100분의 15

3. 당해자산의 보유기간이 10년 이상인 것

양도차익의 100분의 30. 다만, 양도소득세가 과세되는 대통령령이 정하는 1세대 1주택의 경우에 당해 주택의 보유기간이 15년 이상인 것은 양도차익의 100분의 45

③ 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

(3) 소득세법 제96조【양도가액】① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액에 의한다.

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다.

1. 제89조 제3호의 규정에 의한 고가주택의 기준에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)인 경우

2. 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 부동산을 취득할 수 있는 권리인 경우

(4) 소득세법시행령 제160조【고가주택에 대한 양도차익 등의 계산】① 법 제95조 제3항의 규정에 의한 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하는 때에는 6억원에 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익

양도가액 - 6억원

법 제95조 제1항의 규정에 의한 양도차익 ×---------------

양도가액

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액

양도가액 - 6억원

법 제95조 제2항의 규정에 의한 장기보유특별공제액×---------------

양도가액

(4) 소득세법시행령 제166조【양도차익의 산정 등】① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우

{양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)-법 제97조 제1항 제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비} + {(기존건물과 그 부수토지의 평가액- 기존건물과 그 부수토지의 취득가액)-법 제97조 제1항 제2호 내지 제4호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비}

2. 청산금을 지급받은 경우

{양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액 -지급받은 청산금)-법 제97조 제1항 제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비} + {(기존건물과 그 부수토지의 평가액- 기존건물과 그 부수토지의 취득가액)-법 제97조 제1항 제2호 내지 제4호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비}×(기존건물과 그 부수토지의 평가액 -지급받은 청산금) ÷ 기존건물과 그 부수토지의 평가액

 

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들이 1982.10.20 상속받아 취득한 기존주택을 재건축사업계획승인일(2002.11.28) 이후 입주권으로 전환된 상태에서 2006.4.27 동 입주권을 조○○○외 1인에게 1,185,314천원에 양도한 사실 및 동 입주권이 1세대1주택의 비과세규정을 적용받는 고가주택에 해당된다는 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 처분청은 이 건의 양도차익 계산시 부동산과 입주권의 양도로 구분하여 부동산의 양도 부분에 대하여만 장기보유특별공제를 적용하는 것이 타당하다고 하여 청구인들의 경정청구를 거부한 반면, 청구인들은 부동산 뿐만 아니라 입주권 양도차익에 대하여도 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장하고 있다.

(3) 당초 신고서 및 경정청구서에 의하면, 청구인들은 아래표와 같이 청구인별(1/2지분)로 당초 쟁점아파트입주권의 양도가액을 592,657천원으로, 취득가액을 130,761,842원으로 산정하고, 기존부동산의 취득일부터 사업계획승인일까지의 장기보유특별공제액 34,018,381원을 공제하여 양도소득세 51,474,146원을 신고?납부하였다가, 경정청구시에는 쟁점아파트입주권의 양도가액을 592,657천원으로, 취득가액을 135,577,514원(당초 신고시 계산착오금액 정정)으로 산정하고 기존부동산의 취득일부터 실제 양도일까지의 장기보유특별공제액 101,480,040원을 공제하여 청구인별로 양도소득세 22,628,100원의 환급을 구하는 경정청구를 한 사실이 확인된다.

○○○

(4) 처분청이 청구인들에게 한 경정청구에 대한 통지서(2006.10.13)에 의하면, 도시 및 주거환경정비법에 의한 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 기존주택과 구 부수토지를 제공하고 취득한 입주권의 양도소득금액을 산정함에 있어서 장기보유특별공제는 부동산의 보유기간에 따라 기존부동산의 양도차익에서만 공제할 수 있는 것이므로 입주권의 양도차익에 대하여도 장기보유특별공제를 적용하여 환급하여 줄 것을 요청한 위 경정청구를 거부통지한 사실이 확인된다.

(5) 살피건대, 관련법령인 소득세법 제94조(양도소득의 범위) 제1항에서 제1호에 토지 또는 건물, 제2호 가목에 부동산을 취득할 수 있는 권리를 구분하여 규정해 놓고 있으며, 같은법시행령 제155조 제16항에서 1세대1주택자인 재건축조합원이 기존주택을 제공하고 당해 조합을 통하여 취득한 입주권은 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 부동산을 취득할 수 있는 권리임에도 불구하고 이를 1세대1주택으로 본다고 규정하고 있고, 입주권을 1세대1주택으로 의제하는 경우에 동 입주권 양도가액을 기준으로 6억원을 초과하면 이를 고가주택으로 판단하여 6억원을 초과하는 부분의 양도차익에 대하여 양도소득세를 과세할 수 있도록 규정하고 있다.

이와 같은 법리에 의하여 분양권이 1세대1주택으로 의제되고 고가주택에 해당되어 양도소득세를 과세하는 경우에는 장기보유특별공제액 계산시 입주권을 주택으로 의제함이 타당하며, 입주권을 주택으로 보는 경우 양도하는 주택은 기존주택이 아니라 입주권에 의하여 새로 취득할 주택으로 봄이 합리적이므로, 장기보유특별공제율 적용시 보유기간은 종전주택의 취득일부터 입주권 양도일까지의 기간을 통산하여 적용하고, 주택면적에 따른 적용율은 입주권에 의하여 분양받을 재건축아파트의 면적을 기준으로 하여 적용함이 타당하다고 할 것이다(국심 2006서2714, 2006.11.22) 같은 뜻임).

따라서，처분청이 사업계획승인일이후 입주권으로 보유한 기간에 대하여도 장기보유특별공제액을 적용하여야 한다는 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

 

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.