쟁      점 (1) 대한주택공사로 부터 수령한 금액이 부가가치세가 과세되는 고정자산의 양도대가인지 아니면 부가가치세가 과세되지 아니하는 지장물 철거에 따른 특별손실보상금인지 여부(취소)
 
청구번호 2007중0458 결정일자 2007년05월01일 주세목 부가가치세
 
 
심판청구번호 국심2007중 0458(2007.5.1)

 

주 문

○○○세무서장이 2006.3.2. 청구인에게 한 2004년 1기분 부가가치세 114,351,370원의 부과처분은 이를 취소한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 1976.12.1. ○○○에서 ‘○○○(현 ○○○)’라는 상호로 ‘인쇄제조업’을 개업하여 현재까지 사업을 영위하고 있는 사업자로, 위 지번이 ○○○택지개발사업지구에 편입됨에 따라 2004.6.3. 위 지번에 소재한 공장건물 2,292.9㎡(이하 “쟁점공장건물”이라 한다)와 부수토지 3,363㎡(이하 “쟁점외토지”라 한다)를 「공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률」의 규정에 따라 ○○○공사에게 협의 양도하고, 2004.6.10. 쟁점공장건물 및 쟁점외토지에 대한 보상금 5,073,317,100원(토지 4,082,568,900원, 지장물 990,748,200원)을 수령하였다.

나. 처분청은 2005.12.15.부터 2006.2.3.까지 청구인에 대한 세무조사를 실시하고, 청구인이 수령한 보상금 중 건물분 보상금 984,553,200원(공급대가 기준이며, 이하 “쟁점보상금”이라 한다)을 사업용 고정자산에 대한 양도대가로 보아 2006.3.2. 청구인에게 2004년 1기분 부가가치세 114,351,370원을 경정고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2006.5.26. 이의신청을 거쳐 2007.1.25. 심판청구를 제기하였다.

 

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점외토지가 ○○○공사에 수용됨에 따라 쟁점공장건물을 청구인의 책임하에 자진 철거하여 다른 곳으로 이설하기로 하고 「공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률」 제75조의 규정에 의하여 그 대가로 쟁점보상금을 지급받은 것이며, ○○○공사가 쟁점공장건물에 대하여 보상금을 지급한 이유도 쟁점공장건물을 취득하여 사용?수익하기 위한 것이 아니라 철거후 택지개발사업을 하기 위한 것이므로 쟁점보상금은 지장물 철거에 따른 특별 손실보상금으로 보아야 하는데도 처분청은 이를 사업용 고정자산의 양도대가로 보아 청구인에게 이 건 부가가치세를 과세한 것이므로 부당하다.

나. 처분청 의견

○○○공사가 수용대상 물건을 일괄 평가하지 아니하고, 개별 물건별로 평가한 것으로 보아 쟁점공장건물은 이전대상으로 평가한 것이 아니라 수용대상으로 평가한 것으로 보이고, 수용한 물건은 사업시행자가 철거함이 원칙인데도 쟁점공장건물은 소유권 환원이라는 형식적인 절차를 밟아 청구인이 철거한 것이므로 이를 자진철거로 볼 수 없으며, 통상 지장물은 수용즉시 철거되는 것인데도 쟁점공장건물은 철거약정일로부터 2년이 경과한 2006.11.30.에야 철거된 점 등으로 보아 쟁점보상금은 지장물 철거에 따른 특별손실보상금이 아니라 사업용 고정자산의 양도대가로 볼 수 밖에 없으므로 당초 처분은 정당하다.

 

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점보상금이 사업용 고정자산의 양도대가에 해당된다 하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법(2004.12.31. 법률 제7318호로 개정되기 전의 것) 제6조 【재화의 공급】 ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

(2) 부가가치세법시행령(2004.12.31. 대통령령 제18626호로 개정되기 전의 것) 제14조 【재화의 공급의 범위】 ① 법 제6조 제1항에 규정하는 재화의 공급은 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

4. 공매?경매?수용?현물출자 기타 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것

(3) 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률(2004.12.31 법률 7304호로 개정되기 전의 것) 제16조 【협의】 사업시행자는 토지등에 대한 보상에 관하여 토지소유자 및 관계인과 성실하게 협의하여야 하며, 협의의 절차 및 방법 등 협의에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제17조【계약의 체결】 사업시행자는 제16조의 규정에 의한 협의가 성립된 때에는 토지소유자 및 관계인과 계약을 체결하여야 한다.

제75조【건축물등 물건에 대한 보상】 ① 건축물?입목?공작물 기타 토지에 정착한 물건(이하 "건축물등"이라 한다)에 대하여는 이전에 필요한 비용(이하 "이전비"라 한다)으로 보상하여야 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 물건의 가격으로 보상하여야 한다.

1. 건축물등의 이전이 어렵거나 그 이전으로 인하여 건축물등을 종래의 목적대로 사용할 수 없게 된 경우

2. 건축물등의 이전비가 그 물건의 가격을 넘는 경우

3. 사업시행자가 공익사업에 직접 사용할 목적으로 취득하는 경우

(4) 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률시행규칙(2004.

11.29. 건설교통부령 제411호로 개정되기 전의 것) 제2조 (정의) 이 규칙에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다.

1. "대상물건"이라 함은 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률(이하 "법"이라 한다) 제2조제1호의 규정에 의한 토지?물건 및 권리로서 평가의 대상이 되는 것을 말한다.

3. "지장물"이라 함은 공익사업시행지구내의 토지에 정착한 건축물?공작물?시설?입목?죽목 및 농작물 그 밖의 물건 중에서 당해 공익사업의 수행을 위하여 직접 필요하지 아니한 물건을 말한다.

4. "이전비"라 함은 대상물건의 유용성을 동일하게 유지하면서 이를 당해 공익사업시행지구밖의 지역으로 이전?이설 또는 이식하는데 소요되는 비용(물건의 해체비, 건축허가에 일반적으로 소요되는 경비를 포함한 건축비와 적정거리까지의 운반비를 포함하며, 건축법 등 관계법령에 의하여 요구되는 시설의 개선에 필요한 비용을 제외한다)을 말한다.

제33조 【건축물의 평가】 ① 건축물(담장 및 우물 등의 부대시설을 포함한다. 이하 같다)에 대하여는 그 구조?이용상태?면적?내구연한?유용성 및 이전가능성 그 밖에 가격형성에 관련되는 제요인을 종합적으로 고려하여 평가한다.

② 건축물의 가격은 원가법으로 평가한다. (단서 생략)

④ 물건의 가격으로 보상한 건축물의 철거비용은 사업시행자가 부담한다. 다만, 건축물의 소유자가 당해 건축물의 구성부분을 사용 또는 처분할 목적으로 철거하는 경우에는 건축물의 소유자가 부담한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점외토지 소재지가 건설부 고시 2003-112호(2003.5.20.)에 의하여 ○○○택지개발사업지구에 편입됨에 따라, 쟁점외토지는 2004.6.3. ○○○공사에 수용되었는 바,

(가) 청구인과 ○○○공사가 2004.6.3. 체결한 「용지매매계약서」 제1조에는 “쟁점외토지의 매매대금은 5,073,317,100원으로 한다”고 기재되어 있고, 위 용지매매계약을 체결하면서 청구인이 ○○○공사에 제출한 「각서」에는 “위 표시 지장물은 청구인의 소유이며, 귀 공사에서 제시하는 보상금을 수령함에 있어 지장물 및 이에 속하는 부대시설의 이전에 대하여는 보상금 수령일로부터 2004.11.30.이내에 청구인의 책임하에 이전완료하겠으며, 만약 불이행시에는 귀 공사에서 임의로 강제철거 및 파손을 하더라도 민?형사상 이의를 제기하지 않겠다”는 내용이 기재되어 있다.

(나) ○○○공사에서 발급한 「수용(협의매수)확인서」에 의하면, 보상금 5,073,317,100원의 구체적인 내역은 쟁점외토지에 대한 보상금이 4,082,568,900원이고, 지장물에 대한 보상금이 990,748,200원인데, 지장물에 대한 물건별 보상금 산정내역은 아래 <표1>과 같다.

○○○

(2) ○○○공사는 2004.6.7. 쟁점외토지와 쟁점공장건물에 대하여 ‘공공용지협의취득’을 원인으로 한 소유권 이전등기를 ○○○지방법원 ○○○지원에 접수(제○○○호)하였고, 청구인은 2004.6.10. ○○○공사로부터 위 보상금 중 5,033,317,100원을 수령하였으며, 나머지 4천만원은 자진철거 및 이전을 위한 유보금으로 남겨두었다.

(3) 그 후, 청구인은 쟁점공장건물에 대하여 ○○○공사로부터 「계약해제증서」를 발급받아 2004.8.27.자 ‘합의계약해제’를 원인으로 위 「2004.6.7.자 소유권 이전등기에 대한 말소등기」를 ○○○지방법원 ○○○지원에 접수(제○○○호)하였는데, 청구인은 그 이유를 ‘당초 쟁점공장건물은 수용대상이 아니었는데도 청구인과 ○○○공사가 착오로 소유권 이전등기를 경료하여 청구인이 이를 철거하기 위하여 소유권 환원등기를 하게 된 것’이라고 소명하고 있다.

(4) 청구인은 위 각서상 자진철거일(2004.11.30.)이 지난 이후에도 쟁점공장건물을 철거하지 아니한 채 계속 사용하였는데, 청구인은 그 이유에 대하여 ‘○○○공사의 택지개발사업이 다소 지연되었고, 청구인이 이전할 사업장인 ○○○번지 소재 건물의 준공(준공일자 : 2006.9.28.)이 다소 늦어졌기 때문’이라고 소명하고 있다.

(5) 처분청은 2005.12.15. 청구인에 대한 세무조사에 착수하여, ○○○공사에게 쟁점공장건물에 대한 계약을 합의해제한 사유를 질의하였는 바, ○○○공사는 2006.1.12. 「쟁점공장건물은 소유자가 자진철거하기 위하여 소유권 이전에 대한 합의해제를 하였다」고 회신(○○○공사 ○○○, 2006.1.12.)하였고, 청구인에게 지장물 보상내역에 대한 소명을 요구하자, 청구인은 2006.1.26. ○○○공사로부터 「붙임의 보상금 내역서상 지장물 가액 990,748,200원은 ○○○공사가 양수받은 것이 아니라 소유자인 청구인의 책임하에 철거하기로 함에 따른 특별손실에 대한 이전보상금」이라는 내용의 확인서를 발급받아 처분청에 제출하였다.

(6) 청구인은 2006.11.25. 주식회사 ○○○와 쟁점공장건물에 대한 전기 및 설비등 철거계약(계약금액 1천만원)을 체결하여 2006.11.30.자로 쟁점공장건물을 철거하고, 현 사업장인 ○○○로 이전하였다.

(7) 사업자가 국가 또는 지방자치단체의 택지개발사업 등으로 수용대상인 재화(면세재화 제외)를 당해 사업시행자에게 양도하는 경우에는 부가가치세법 제6조 제1항 소정의 재화의 공급에 해당되어 부가가치세가 과세되는 것이나, 당해 수용대상 재화를 사업시행자에게 양도하지 아니하고, 당해 재화의 소유자 책임하에 이전을 위하여 철거를 하기로 하면서 당해 재화의 철거로 인한 특별한 손실에 대한 보상금을 그 사업시행자로부터 받는 경우에는 부가가치세가 과세되지 않으며, 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률의 규정에 의하여 토지에 정착된 건물, 기타의 물건에 대하여 그 이전료를 보상받는 경우 동 보상금은 건물 등의 공급에 대한 대가에 해당되지 아니하므로 부가가치세가 과세되지 않는다 하겠다(국심 ○○○, 2005.8.31. 같은 뜻).

또한, 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 제75조의 규정에 의하면, 공익사업의 사업시행자가 토지를 수용하는 경우, 건축물?입목?공작물 기타 토지에 정착한 물건에 대하여는 이전에 필요한 비용(이전비)을 보상하도록 되어 있고, 다만 이전이 어렵거나 그 이전으로 인하여 건축물등을 종래의 목적대로 사용할 수 없게 된 경우, 건축물등의 이전비가 그 물건가격을 넘는 경우 및 사업시행자가 공익사업에 직접 사용할 목적으로 취득하는 경우에는 당해 물건의 가격을 보상하고 수용할 수 있도록 하고 있으며,

같은법 시행규칙 제2조에서 ‘이전비’라 함은 대상물건의 유용성을 동일하게 유지하면서 이를 당해 공익사업시행지구밖의 지역으로 이전?이설 또는 이식하는데 소요되는 비용(물건의 해체비, 건축허가에 일반적으로 소요되는 경비를 포함한 건축비와 적정거리까지의 운반비를 포함하며, 건축법 등 관계법령에 의하여 요구되는 시설의 개선에 필요한 비용을 제외한다)을 말한다고 규정하고 있고, 동 시행규칙 제33조에서 건축물등에 대한 보상가격을 평가함에 있어서는 당해 건축물의 구조?이용상태?면적?내구연한?유용성 및 이전가능성 그 밖에 가격형성에 관련되는 제요인을 종합적으로 고려하여 평가하되, 그 가격은 원가법으로 평가하도록 규정하고 있다.

(8) 이 건의 경우, 처분청은 이전보상금 지급시에는 사업시행의 지연을 방지하기 위하여 위약금에 관한 규정이 명시되는 것이 통상적인 관례인데도 ○○○공사는 청구인으로부터 「각서」만 받았고, 쟁점공장건물이 철거예정일(2004.11.30.)로부터 2년이 지난 2006.11.30.에 철거되었음에도 아무런 제재가 없었던 점 등을 들어 ○○○공사가 철거하면 부가가치세가 과세된다는 사실을 알고 청구인과 ○○○공사가 통정하여 허위의 환원등기를 한 것으로 보았으나,

청구인이 ○○○공사와 2004.6.3. 체결한 용지매매계약서상 “매매대상 물건은 쟁점외토지”이고 쟁점공장건물은 명시되어 있지 아니하였던 점, 청구인이 동 용지매매계약 체결당시 ○○○공사에 제출한 각서에 “쟁점공장건물은 청구인의 소유이며, 2004.11.30.까지 청구인의 책임하에 철거”하기로 한 내용이 기재된 점, 이후 청구인의 쟁점공장건물에 대한 소유권 환원요구에 대하여 ○○○공사가 지장물 보상금액 변동없이 소유권 환원등기 절차에 협조해 준 점으로 보아 쟁점공장건물은 처음부터 ○○○공사에 수용된 것이 아닌데도 청구인과 ○○○공사가 착오로 소유권 이전등기를 하여 청구인이 이를 자진 철거하기 위하여 청구인의 명의로 다시 소유권 환원등기를 하게 된 것이라는 청구주장이 사실로 보이는 점이 있고,

쟁점공장건물은 대부분 시멘트콘크리트조 건물로서 쟁점외토지를 택지개발사업용으로 사용하기 위해서는 이전이나 철거의 대상이 될 뿐, ○○○공사가 이를 수용하여 일시적으로든 장기적으로든 자신의 사업용으로 사용?수익할 의사가 있었다고 보기 어려운 물건들인 점으로 보아 쟁점공장건물은 수용대상 물건이 아니라 수용대상 물건 위에 존재하는 지장물로서 이전대상으로 평가한 것으로 보이는 점이 있다.

따라서, 이 건 처분청이 ○○○공사가 쟁점공장건물을 수용대상으로 평가하였다고 보고, 쟁점보상금을 사업용 고정자산의 양도대가로 보아 청구인에게 이 건 부가가치세를 과세한 것은 사실관계를 오해한 잘못이 있다고 판단된다.

 

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.