쟁      점 (1) ○○○국가산업단지 산업철도공사와 관려하여 청구법인이 2000사업연도에 특별손실로 계상한 쟁점분담금이 자본적 지출(처분청)인지, 당기비용(청구법인)인지 여부(인용)
(2-1) 당기에 원가차손 및 전기오류수정손익으로 계상한 전기 이전의 손익을 각각 손금불산입, 익금불산입하여 과세한 처분의 당부 (기각)
(2-2) 손금불산입한 원가차손 및 전기오류수정손실에서 익금불산입한 전기오류수정이익을 차감하지 아니하고 전체에 대하여 부당과소신고가산세를 부과한 처분의 당부 (인용)
(3) 청구법인이 공동수급건설업체로부터 수취한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 법정증빙미수취가산세를 부과한 처분의 당부 (인용)
 
청구번호 2006중2359 결정일자 2007년06월22일 주세목 법인세
 
 
심판청구번호 국심 2006중2359 (2007. 6. 21.)

 

주 문

1. ○○○세무서장이 2006.3.22. 청구법인에게 한 2000사업연도 법인세 232,002,047원의 부과처분은 ○○○에 연결되는 산업철도 신설과 관련하여 발생한 분담금 중 7,831,729,715원을 손금인정하고, ○○○ 사업지구 관련 손금부인액 16,915,871,675원에 대한 과소신고가산세를 취소하고, 당기 세금계산서 수취금액 2,007,124,000원에 대한 법정증빙미수취가산세를 취소하여 법인세 과세표준 및 세액을 경정하고,

2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

이 유

1. 처분개요

가. ○○○지방국세청장은 ○○○(이하 “청구법인”이라 한다)에 대한 법인제세 통합조사를 실시한 후 다음과 같이 조사결과를 처분청에 통보하였다.

(1) 청구법인은 1997.8.28. 준공된 ○○○면 소재 ○○○에 연결되는 산업철도 신설과 관련하여 발생한 비용 7,831,729천원을 2000사업연도 특별손실로 당기비용 처리하였으나, 동 비용은 미분양 재고자산에 가산하여야 할 자본적 지출로 하여 동 금액을 손금불산입하고,

(2) 청구법인은 ○○○사업지구의 1999사업연도 매출원가 누락분 446,222천원 및 ○○○사업지구의 1998사업연도 매출원가 누락분 2,927,390천원 합계 3,373,613천원을 2000사업연도에 원가차손이라는 비용으로 계상하였으나, 동 비용은 2000사업연도의 손금에 해당되지 아니한다 하여 손금불산입하고, 1998사업연도부터 매출원가로 인식하였어야 함에도 2001사업연도에 원가차손 항목으로 일괄계상함으로 인하여 과다계상된 ○○○사업지구의 2000사업연도 원가차손 1,184,477천원을 손금불산입하고, 주식회사 ○○○과의 거래로 인한 1999년 이전 사업연도 전기오류수정손실 12,357,781천원 및 전기오류수정이익 8,020,426천원을 각각 비용 및 수익으로 계상하였으나, 이는 특수관계법인인 ○○○과의 거래이며 그 내역이 불분명한 것으로 보아 각각 손금불산입 및 익금불산입하였다.

(3) 청구법인은 2000사업연도 중 ○○○공구 외 2개 사업지구의 택지개발공사를 하면서 공동수급건설업체인 ○○○건설주식회사 외 3개 업체로부터 공급가액 490,723천원의 세금계산서와 주식회사○○○ 외 11개 업체로부터 공급가액 1,516,400천원의 세금계산서 합계 2,007,124천원을 수취하였으나, 처분청은 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 법정증빙미수취가산세를 적용하여 법인세를 경정하였다.

나. 처분청은 ○○○지방국세청장의 과세자료에 근거하여 2006.3.22. 청구법인에게 2000사업연도 법인세 232,002,040원을 결정고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.6.16. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) ○○○의 분담금을 자본적 지출로 보아 손금불산입한 처분에 대하여

○○○ 건설은 산업입지 및 개발에 관한 법률 제17조의 규정에 의하여 건설교통부장관이 국가산업단지개발 실시계획을 통하여 승인하고, 1996.12.30. 사업준공이 되어 ○○○의 사업비가 확정된 이후〔○○○지사와 신산업철도 분담금 협약 체결일자(1997.4.29) 및 사업준공 인가일(1997.8.28) 이후 3년이 경과한 시점〕인 2000.8.17. 신산업철도 분담금이 최종 확정되었고, 청구법인이 추가로 부담하는 분담금 7,654백만원을 포함한 총 분담금 371억원 중 241억원은 1996.12.14. 최종 승인된 실시계획사업비를 초과하는 분담금으로서, 청구법인은 다음과 같은 불가피한 사유로 자본적 지출(조성원가 및 분양가액)에 반영하지 못하고 당기 특별손실로 처리할 수 밖에 없었으므로 자본적 지출로 보는 것은 부당하다.

(가) 청구법인이 신산업철도 분담금을 자본적 지출로 계상하는 경우 ○○○의 공장용지의 조성원가 및 분양가액의 인상을 초래하나, 공장용지의 분양가액은 산업단지 및 개발에 관한 법률 제17조 제1항 및 동 법 시행령 제21조 제2항의 규정에 의하여 건설교통부장관에게 실시계획 사업비를 승인받아 결정되는 것이므로 자본적 지출에 계상하여 조성원가 및 분양가액을 인상하게 되면 동 법률 규정에 의한 국가산업단지 개발실시계획승인없이 청구법인이 분양가액을 임의로 인상하게 되는 것이며 이는 법률에 저촉되는 결과가 된다.

(나) 청구법인에 대한 사업비 초과 분담금이 발생하기 전에 ○○○의 분양률이 23.1%에 불과하였고, 동 분담금이 분양가액에 반영되는 경우 공장용지의 대량 미분양 사태가 장기간 지속될 상황으로 국가산업경쟁력 제고에 역행될 뿐 아니라, 분담금이 확정될 당시(1997.4.29)는 ○○○ 조성사업의 준공일(1996.12.30) 이후이며, 추가 분담금을 통보받은 날(2000.8.17)은 사업준공일(1996.12.30)과 준공인가일(1997.8.28)로부터 3년 이상 경과하였고, 기 준공인가가 되었으므로 건설교통부장관에게 실시계획 변경승인신청을 하는 것은 불가한 일로서, 이미 입주하여 가동 중에 있는 공장의 분양가액 상승에 따른 반발 등 제반여건상 사업비를 증액하기에는 현실적으로 불가한 상황이었다.

(다) 청구법인이 추가 분담금을 조성원가(분양가액)에 반영하지 못하고 특별손실로 계상한 청구법인의 결산서는 정부투자기관관리기본법 제25조의 규정에 의한 재정경제부장관의 승인을 득하여 확정된 바 있다.

(라) 국가정책적으로 1997년 준공된 ○○○의 공장용지가 현재까지 장기간 매각되지 않고 있고, 신산업철도 건설부담액을 조성원가에 산입하는 것은 저렴한 공장용지를 공급하여 국가산업단지를 활성화하여야 하는 국가정책목표에 역행하는 것이고, 분양원가에 반영되는 자본적 지출로 처리하기 위한 사업비 증액은 사업준공시기 등 일정상 불가하였으며, 국가적 손실 최소화를 위하여 불가피하게 청구법인의 당기 비용인 특별손실로 처리할 수 밖에 없었던 것이므로 처분청의 ○○○ 신산업철도 분담금에 대한 손금불산입은 취소되어야 한다.

(2) 당기에 원가차손 및 전기오류수정손실로 계상한 전기 이전의 비용에 대하여 손금불산입한 처분에 대하여

(주위적 청구)

전기비용의 당기비용 계상분의 손금불산입 및 부당과소신고 가산세 부과에 대하여, 청구법인은 1999년 이전 사업연도에 귀속했어야 할 손익은 부과제척기간의 만료로 1999년 이전 사업연도의 손익으로 조정할 수 없음에 따라 2000사업연도의 손금과 익금에 반영하였는데, 동 신고내용을 부인하는 경우 동일한 소득에 대한 이중과세가 되므로 청구인의 재산권을 부당하게 침해하는 과세처분이 되었을 뿐 아니라 소득금액을 과다하게 신고한 사업연도와 과소하게 신고한 사업연도의 법인세를 이월결손금의 공제기간 조정이나 조세감면의 조정 등 세부담 경감을 위한 소득조절 등과 같은 조세를 부당히 감소시킬 목적으로 원가차손을 임의조정한 것이 아니므로, 이중과세를 피하기 위해서는 부과제척기간 경과 후에는 기간손익을 다시 계산하지 않고 당초 신고내용을 인정하는 것이 과세의 합목적성과 과세형평상 합당하다.

○○○

(가) 위 표 ②에서 알 수 있듯이 청구법인이 정상적으로 1997～2000사업연도에 원가차손익을 손익으로 인식하였을 경우, 법인세 추가 부담액은 없으나,

(나) 청구법인이 1997～1999사업연도에 원가차손익을 손익으로 인식하지 아니한 당초 신고내용은 위 표 ①에서와 같이 1997～1999사업연도에 법인세 2,748,312천원을 1～3년 앞당겨 납부하고, 2000사업연도에 전기오류수정 감액 법인세 2,490,724천원을 차감하여 결과적으로 1997～2000사업연도까지의 법인세 부담액은 정상적으로 신고한 법인세 부담액보다 257,588천원을 더 부담하였다.

(다) 위 표 ③에서와 같이 1997～1999사업연도에 앞당겨 납부한 법인세 2,748,312천원은 부과제척기간이 경과하였다 하여 그대로 두고, 2000사업연도 손익으로 계상한 원가차손익은 당해연도 손익사항이 아니라 하여 부인함으로써, 결과적으로 전기오류수정으로 인한 법인세 감액 상당액인 2,490,724천원 만큼은 동일소득에 대한 이중과세가 되었다.

또한, 1999년 이전 사업연도의 법인세를 앞당겨 신고ㆍ납부하는 경우에는 처분청에서 소득금액을 경정하더라도 가산세를 부과하지 않는다는 기존예규○○○ 외 다수, 이하 “종전예규”라 한다)를 공적인 견해로 신뢰하여 1999년 이전 사업연도에 법인세를 선납한 바 있으며, 비록 1999년 이전 사업연도가 부과제척기간이 만료된다고 하더라도 기간손익을 다시 계산하지 않고 당초 신고내용을 인정한다는 국세심사결정○○○의 사례를 국세청장의 공적인 견해로 신뢰하여 1999년 이전 사업연도에 대한 부과제척기간이 만료되기 전에 경정청구를 하지 아니한 것이므로, 청구법인은 위 예규 및 결정례에 의한 견해표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 귀책사유가 없으므로 처분청이 사후 변경된 예규○○○를 적용하여 청구법인의 이익을 침해하는 것은 신의성실의 원칙 및 소급과세금지의 원칙에 위반되며, 위 변경된 예규를 적용하여 소급과세한 사례에 대하여 위법한 과세처분이라고 국세심판원 결정○○○ 및 대법원 판례○○○에서 결정한 바 있으므로 이 건 처분은 부당하다.

(예비적 청구)

법인세를 앞당겨 신고ㆍ납부한 경우로서 소득금액 조절목적이 아닌 경우에는 과소신고가산세 및 미납부가산세의 적용대상이 아니며, 변경예규의 적용시기(2000.12.21. 이후 법인세를 앞당겨 결정 또는 경정하는 분부터 적용)은 다음과 같은 사유로 2000.12.21. 이후에 법인세를 앞당겨 신고ㆍ납부한 분부터 적용하여야 한다.

(가) 국세청장은 법인이 손익의 귀속 사업연도 착오로 세액을 앞당겨 신고ㆍ납부함에 따라 그 다음 사업연도에 과소신고된 경우 가산세를 적용하지 않는다는 취지의 종전예규를 1996년 이후 3회에 걸쳐 반복하여 생산하였고, 청구법인이 전기손실을 2000사업연도의 손금에 산입하지 않았던 것은 손실을 미루어 인식하더라도 추후 가산세 대상이 아니라는 국세청장의 공적인 견해 표명인 기존예규가 정당한 것으로 받아 들여 보수적으로 세무처리를 한 결과이고, 이와 관련하여 분식회계, 소득금액 조절, 이월결손금 공제기간 조절 등과 같은 다른 목적이 있었던 것이 아니고 청구법인에게 어떠한 귀책사유도 없었으므로 변경예규를 적용하여 과소신고가산세를 과세하는 것은 부당하다.

(나) 설사, 처분청의 가산세 부과가 타당하다고 하더라도 청구법인이 익금을 고의로 누락하거나 손금을 허위로 계상하여 익금에 산입한 것이 아니고 오히려 법인세를 선납하였으므로 법인세법 시행령 제118조 제4항 제6호의 규정에 해당되지 아니하고, 원가차손 및 전기오류수정손익을 당기 손익으로 회계 처리한 청구법인의 결산서는 정부투자기관관리기본법 제25조의 규정에 의한 재정경제부장관의 승인을 득한 후 확정하였으므로 부당과소신고 가산세 부과대상이 아닌 일반과소신고가산세 부과대상이며, 처분청이 2000사업연도 원가차손 및 전기오류수정손실 손금불산입금액 16,915,871천원에서 전기오류수정이익 익금불산입액 8,020,426천원을 차감하지 않은 손금불산입액 전체에 대하여 부당과소신고 가산세를 적용한 것은 법인세법 시행령 제118조 제3항에 의하여 부당하므로 2000사업연도의 익금(손금불산입액)에 직접 대응하는 손금(익금불산입액)을 차감한 후의 금액 8,895,444천원에 대하여만 일반과소신고 가산세를 적용함이 타당하다.

(3) 2000사업연도 수취한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로보아 지출증빙불성실가산세를 부과한 처분에 대하여

청구법인은 2000사업연도 중 ○○○공구 외 2개 사업지구의 택지개발공사를 하면서 공동수급업체인 ○○○건설주식회사 외 15개 업체로부터 공급가액 2,007,124천원의 세금계산서를 수취한 바, 이는 청구법인이 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 제25조 및 동 법 시행령 제72조의 규정에 따라 공동 도급계약당사자와 상호 대등한 입장에서 공사도급계약을 체결하고, 각 공동수급업체들은 자기의 계산과 책임하에 공사를 진행하였으며 공사부실 등 공사하자에 대해서는 전체 공동수급업체가 연대책임을 지고, 청구법인은 완공된 공사 완공물을 수령하고 이에 대한 공사대금은 각 공동수급업체들로부터 정당한 세금계산서를 교부받은 후 각 공동수급업체의 예금계좌로 지급한 바 있으므로 법정증빙미수취가산세를 과세한 처분은 부당하다.

설사, 거래상대방이 명의위장 사업자로 판명되었다 하더라도 “명의위장 사업자와의 거래”에 관한 부가가치세통칙(21-0-1)에는 명의위장 사업자와 거래에 있어서 사업자가 사업자등록증을 확인하고 거래에 따른 세금계산서를 교부하거나 교부받은 경우, 거래상대방이 관계기관의 조사로 인하여 명의위장 사업자로 판명되었다 하더라도 당해 사업자를 선의의 거래상대방으로 볼 수 있는 경우에는 경정 또는 조세범처벌법에 의한 처벌 등 불이익 처분을 받지 않는다고 되어 있는 바, 청구법인으로서는 알지 못했던 사항이었으므로 선의의 거래당사자에 대한 조사가 선행되었어야 하나 이에 대한 조사확인없이 단지 ○○○지방국세청장으로부터 통보된 과세자료를 근거로 가산세를 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) ○○○의 분담금을 자본적 지출로 보아 손금불산입한 처분에 대하여

○○○ 신산업철도 관련 발생비용은 원활한 물류수송을 위한 공단부지를 조성하고자 지출된 비용으로 토지의 자본적 지출에 해당되어 미분양 재고토지에 가산하여야 하고, 청구법인은 동 공사의 분담금 중 2,039백만원은 2000.2.29. 사업비(공사원가)로, 6,461백만원은 같은 날 특별손실로 계상하였으나 공사원가나 특별손실을 계상한 근거가 특별히 확인되지 않으며, 신산업철도 관련 발생비용은 정부, ○○○ 및 청구법인이 각자 자기 분담분을 지출하도록 협의 완료되어 이미 당 공사의 분담금이 공사원가에 포함될 내용임을 알고 있었음에도 동 일자에 집행된 금액의 일부는 공사원가로, 그 나머지는 당해연도의 비용으로 계상되는 모순점이 있고, 설사 1997년에 준공되었다 하더라도 이미 추가로 공사원가가 확정된 비용에 대해서는 재고자산을 수정처리하여 미분양된 토지원가에 가산하여야 하는 바, 특별손실로 처리한 공사의 철도분담금에 대해서는 미분양 재고토지의 원가에 가산하는 것이 타당하다.

(2) 당기에 원가차손 및 전기오류수정손실로 계상한 전기 이전의 비용에 대한 손금불산입 처분에 대하여

(주위적 청구 관련)

청구법인의 경우 1999사업연도 이전 비용이 발생한 것을 알고 있었던 사항이 아니고, 방대한 재고자산에 대한 회계관리 소홀 등 전산상 기타 사유로 인하여 이를 인지하지 못하고 2000년도에 발견하게 된 사항이며 또한 2000년 이후 사업연도에도 지속적으로 발생한 것이므로, 청구법인의 주장대로라면 지속적으로 발생되는 원가차손이 손익의 귀속 사업연도에 관계없이 비용 발견시 이를 인식하겠다는 것이므로 이는 기업회계의 수익비용대응의 원칙 및 세법의 권리의무확정주의를 위반하는 것이며, 이러한 사실이 발견되는 경우 청구법인의 경정청구를 제한하는 아무런 특별한 제약이 없음에도 이를 이행한 사실도 없고, ○○○주식회사에 대한 손익인식에 대해서는 결산조정이 아닌 세법에 규정되어 있지 않은 세무조정을 통하여 전기손익수정손실과 전기손익수정 이익으로 손금 및 익금을 계상한 내용도 부당하다.

또한, 새로운 세법해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 종전해석이 명백한 법령위반이거나 감사원법 등에 의한 시정요구일 경우를 제외하고는 법령 및 해석의 적용 안정성을 위하여 새로운 해석이 있는 날 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용하는 것이므로 특별한 사유가 있는 경우를 제외하고는 새로운 해석을 적용하여야 하고, 청구법인의 경우에도 새로운 해석과 달리 적용될 이유가 없다고 판단되므로 2000사업연도에 원가차손 및 전기오류수정손실로 계상한 전기이전의 비용에 대하여 손금불산입한 처분은 정당하다.

(예비적 청구 관련)

국세청의 변경예규에는 법인이 귀속사업연도의 적용착오로 법인세 과세표준 및 세액을 앞당겨 신고?납부함에 따라 그 다음 사업연도의 과세표준과 세액이 과소하게 신고?납부한 사업연도에 대한 법인세 경정시 법인세법 제76조 제1항 제2호 및 제3호의 과소신고 및 미납부가산세를 징수한다고 규정되어 있고, 새로운 해석이 발생되기 이전에 앞서 생산된 해석에 따라 1999사업연도에 대해서 당시 적용되던 법령과 예규에 따라 정당하게 신고?납부를 행한 경우에 대해서까지 사후에 예규가 변경되었음을 이유로 법인에게 경정청구를 요구하는 것은 무리가 있는 판단이라고 결정한 국세심판원 결정례○○○를 제외하고는 청구법인이 제시한 예규 및 판례○○○는 모두 국세청 유권해석이 변경되기 이전의 유권해석을 들어 청구주장을 하고 있는 바, 당초 법인세를 경정한 사유는 국세청의 변경예규에 따라 경정하였으므로 청구법인이 제시한 예규 및 판례 중 2000년 이전 생산된 예규 및 판례에 대하여 그 정당성을 주장할 이유가 부족하며, 또한 기업회계기준과 법인세법에서 정한 손익귀속시기를 달리하여 손금에 산입한 금액은 부당과소신고금액에 해당하는 것이고 청구법인이 원가차손과 전기손익수정 손익으로 처리한 부분에 대응되는 원가차손과 전기오류수정손실이 없음에도 이를 대응원가로 인정하여 일반과소신고소득으로 계상하여 달라는 주장은 전혀 맞지 않고 부당과소신고소득으로 과세함이 정당하다.

(3) 2000사업연도 수취한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 법정증빙미수취가산세를 부과한 처분에 대하여

청구법인은 2000사업연도 중 ○○○ 공구, ○○○지구에 대한 택지개발공사를 ○○○주식회사 및 ○○○주식회사를 주간사로 하는 각각의 공동수급업체에 도급공사를 발주한 사실이 있으며, 이에 공동수급 건설업체 중 주간사인 ○○○주식회사 및 주식회사 ○○○는 비주간사의 공사지분을 포함하여 단독으로 공사를 이행하고 비주간사는 자기의 지분을 주간사에 넘겨주고 공사를 포기하는 대가로 주간사로부터 일정액의 수수료를 수취한 사실이 있고, 실제로는 주간사가 단독으로 공사를 이행하면서 발주처에 기성 청구시 공동수급업체가 각자의 지분만큼 공동으로 공사를 이행한 것처럼 위장하여 발주처에 각자의 공사지분만큼 세금계산서를 발행한 것으로 보이며, 발주자인 청구법인은 각 공사현장에 대한 모든 공사내용 및 기성 등에 대한 공사감독을 하는 관계로 어느 건설사가 실제로 공사를 하였는지를 알 수 있음에도 불구하고 2000년 1기 및 2기에 사실과 다른 세금계산서를 수취한 사실이 있으므로 법정증빙미수취가산세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 2000사업연도 특별손실로 계상한 ○○○ 국가산업단지의 분담금에 대하여 재고자산에 가산할 자본적 지출인지 아니면 당기비용인지의 여부

(2) (주위적 청구) 당기에 원가차손 및 전기오류수정손실로 계상한 전기 이전의 비용에 대하여 손금불산입 처분에 대한 적정 여부

(예비적 청구) 원가차손 및 전기오류수정손실액을 손금불산입한 경우, 동 금액에서 전기오류수정이익을 차감하지 아니하고 손금불산입액 전체에 대하여 부당과소신고가산세를 부과한 것에 대한 적정 여부

(3) 2000사업연도 수취한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서로서 법정증빙미수취가산세 대상인지 여부

나. 관련법령

(1) 법인세법 제40조【손익의 귀속사업연도】① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. (1998. 12. 28. 개정)

② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998. 12. 28. 개정)

(2) 법인세법 제41조【자산의 취득가액】① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다. (1998. 12. 28. 개정)

2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산은 제작원가에 부대비용을 가산한 금액 (1998. 12. 28. 개정)

(3) 법인세법 시행령 제72조【자산의 취득가액 등】① 법 제41조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다. (1998. 12. 31. 개정)

2. 자기가 제조ㆍ생산ㆍ건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산 : 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액 (1998. 12. 31. 개정)

④ 법인이 보유하는 자산에 대하여 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 경우의 취득가액은 다음과 같다. (1998. 12. 31. 개정)

2. 제31조 제2항의 규정에 의한 자본적 지출이 있는 경우에는 그 금액을 가산한 금액 (1998. 12. 31. 개정)

(4) 법인세법 제76조【가산세】⑤ 납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 사업과 관련하여 대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조 제2항 각호의 1에 규정하는 증빙서류를 수취하지 아니한 경우에는 동항 단서의 규정을 적용받는 경우를 제외하고는 그 수취하지 아니한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다. (1998. 12. 28 개정)

(5) 법인세법 시행령 제118조【과소신고금액의 계산 등】④ 법 제76조 제1항 제2호 가목에서 “대통령령이 정하는 부당과소신고금액”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 금액을 말한다. (1998. 12. 31 개정)

4. 손익의 귀속사업연도를 법 또는 조세특례제한법과 달리 적용함에 따라 익금에 산입한 금액. 다만, 기업회계기준에 의하여 정당하게 계상한 것으로서 세무조정에 의하여 익금에 산입한 금액을 제외한다. (1998. 12. 31 개정)

6. 기타 익금을 고의로 누락하거나 손금을 허위로 계상하여 익금에 산입한 금액

(6) 국세기본법 제15조【신의ㆍ성실】납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

(7) 국세기본법 제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다. (1984. 8. 7 개정)

(8) 부가가치세법 기본통칙 21-0-1【명의 위장사업자와 거래한 선의의 사업자에 대한 경정】사업자가 거래상대방의 사업자등록증을 확인하고 거래에 따른 세금계산서를 교부하거나 교부받은 경우, 거래상대방이 관계기관의 조사로 인하여 명의위장사업자로 판정되었다 하더라도 당해 사업자를 선의의 거래당사자로 볼 수 있는 때에는 경정 또는 조세범처벌법에 의한 처벌 등 불이익한 처분을 받지 아니한다. (1998. 8. 1. 개정)

(9) 산업입지및개발에관한법률 제37조【개발사업의 준공인가】①국가산업단지의 사업시행자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 국가산업단지개발 시행계획(이하 “국가단지시행계획”이라 한다)을 작성하여 건설교통부장관(항만건설사업에 관한 실시계획의 경우에는 해양수산부장관을 말하며, 이 경우 해운항만청장은 건설교통부장관과 미리 협의하여야 한다. 이하 같다)의 승인을 얻어야 한다. 승인을 얻은 사항을 변경하고자 할 때에도 또한 같다.

(10) 산업입지및개발에관한법률 시행령 제21조【국가단지 실시계획】②제1항의 규정에 의한 국가산업단지개발실시계획승인신청서에는 다음 각호의 서류 및 도면을 첨부하여야 한다.<개정 1996·6·29, 1999.3.26>

4. 사업비 및 자금조달계획서(연차별투자계획을 포함한다)

(11) 정부투자기관관리기본법 제25조【결산서의 제출】①투자기관의 사장은 매 회계연도 종료후 2월이내에 전회계연도의 결산서를 재정경제부장관에게 제출하여 승인을 얻어 결산을 확정한다. 다만, 주주총회 또는 출자자총회가 있는 투자기관의 경우에는 주주총회 또는 출자자총회에서 결산을 의결·확정한다. <개정 1997.8.28, 1999.2.5>

②제1항의 결산서에는 다음의 서류를 첨부하여야 한다.

1. 재무제표와 그 부속서류

2. 기타 결산의 내용을 명확하게 함에 필요한 서류

③재정경제부장관은 제1항의 규정에 의하여 확정된 투자기관의 결산을 총괄하여 6월 30일까지 감사원에 제출하여야 한다. <개정 1997.8.28, 1999.2.5>

④감사원은 제3항의 규정에 의하여 제출받은 결산서를 검사하고 그 결과를 9월 30일까지 재정경제부장관에게 송부하여야 한다. <개정 1997.8.28, 1999.2.5>

⑤재정경제부장관은 제3항의 규정에 의한 결산서에 감사원의 검사결과를 첨부하여 이를 국무회의에 보고하여야 한다. <개정 1997.8.28, 1999.2.5>

(12) 부가가치세법 제16조【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성연월일

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

(13) 부가가치세법시행규칙 제18조【공동매입등에 대한 세금계산서 교부】① 전기사업법에 의한 전기사업자가 전력을 공급함에 있어서 전력을 공급받는 명의자와 전력을 실지로 소비하는 자가 서로 다른 경우에 당해 전기사업자가 전력을 공급받는 명의자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 교부하고 당해 명의자는 그 교부받은 세금계산서에 기재된 공급가액의 범위안에서 전력을 실지로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 교부한 때(제17조 제2호의 규정에 의하여 세금계산서의 교부가 면제된 경우에 이를 교부한 때를 포함한다)에는 당해 전기사업자가 전력을 실지로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 교부한 것으로 본다.

② 제1항의 규정은 동업자가 조직한 조합 또는 이에 유사한 단체가 그 조합원 기타 구성원을 위하여 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 경우와 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률에 의한 그 공동도급계약에 의하여 용역을 공급하고 그 공동수급체의 대표자가 그 대가를 지급받는 경우 및 도시가스사업법에 의한 도시가스사업자가 도시가스를 공급함에 있어서 도시가스를 공급받는 명의자와 도시가스를 실지로 소비하는 자가 서로 다른 경우에 이를 준용한다.

(14) 국가를당사자로하는계약에관한법률 제25조【공동계약】① 각 중앙관서의 장 또는 계약담당공무원은 공사·제조 기타의 계약에 있어 필요하다고 인정할 때에는 계약상대자를 2인 이상으로 하는 공동계약을 체결할 수 있다.

② 제1항의 규정에 의하여 계약서를 작성하는 경우에는 그 담당공무원과 계약상대자 모두가 계약서에 기명·날인 또는 서명함으로써 계약이 확정된다.

(15) 국가를당사자로하는계약에관한법률시행령 제72조【공동계약】① 법 제25조의 규정에 의한 공동계약의 체결방법 기타 필요한 사항은 재정경제부장관이 정한다.

② 각 중앙관서의 장 또는 계약담당공무원이 경쟁에 의하여 계약을 체결하고자 할 경우에는 계약의 목적 및 성질상 공동계약에 의하는 것이 부적절하다고 인정되는 경우를 제외하고는 가능한 한 공동계약에 의하여야 한다.

③ 각 중앙관서의 장 또는 계약담당공무원은 제2항의 규정에 의한 공동계약의 경우 추정가격이 50억원 미만(2003년 12월 31일까지는 78억원 미만)이고 건설업등의 균형발전을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 공사현장을 관할하는 특별시·광역시 및 도에 주된 영업소가 있는 자중 1인이상을 공동수급체의 구성원으로 하여야 한다. 다만, 당해 지역안에 공사의 이행에 필요한 자격을 갖춘 자가 10인 미만인 경우에는 그러하지 아니하다.

(16) 민법 제703조【조합의 의의】① 조합은 2인 이상이 상호출자하여 공동사업을 경영할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다.

(17) 민법 제711조【손익분배의 비율】① 당사자가 손익분배의 비율을 정하지 아니한 때에는 각 조합원의 출자가액에 비례하여 이를 정한다.

② 이익 또는 손실에 대하여 분배의 비율을 정한 때에는 그 비율은 이익과 손실에 공통된 것으로 추정한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점 1에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 1997.8.28. 준공된 ○○○면 소재 ○○○단지”에 연결되는 산업철도 신설과 관련하여 발생한 비용 7,831,729천원을 2000사업연도 특별손실로 당기비용 처리한데 대하여 처분청은 동 비용을 미분양 재고자산에 가산하여야 할 자본적 지출로 보아 손금불산입한 사실이 경정결의서 등에 의하여 확인된다.

(나) ○○○단지에 연결되는 산업철도 신설과 관련한 사업시행일부터 추가 분담금 확정시까지의 일정표가 아래 표와 같음이 ○○○ 협약서, 준공인가증 등에 의하여 확인된다.

○○○

(다) 청구법인은 동 산업단지에 연결된 ○○○ 신산업철도 건설비 1,371억원 중 ○○○(21.5%), 건설교통부(57%) 및 청구법인(21.5%인 294억원)이 공동부담하기로 한 사실이 1997.4.29. ○○○지사와 체결한 “○○○ 신산업철도 건설 사업비 지원 협약서”에 의하여 확인되고, 건설교통부장관은 신산업철도 건설비를 증액결정하여 청구법인의 분담금이 371억원으로 최종 확정한 사실이 건설교통부 공문○○○에 나타난다.

(라) 청구법인이 부담하는 분담금 371억원 중 당초(1996사업연도) 협의과정에서 예상되었던 12,989백만원은 동 산업단지 조성원가에 반영된 실시계획승인서의 사업비로 1997년부터 2000년까지 납부한 바 있고, 사업비 소진에 따른 부족액 24,144백만원(이하 “쟁점분담금”이라 한다)은 아래 표와 같이 각 사업연도에 특별손실로 계상함에 있어 2000사업연도에 11,361백만원을 특별손실로서 당기비용으로 계상한 사실이 당해 결산서 등에 의하여 확인된다.

○○○

(마) 처분청은 ○○○단지에 연결되는 철도건설과 관련하여 발생한 쟁점분담금을 미분양 재고자산에 가산할 자본적 지출로 보아 손금불산입하여야 한다고 주장하는 반면, 청구법인은 쟁점분담금을 자본적 지출로 처리하기 위한 사업비 증액은 사업준공시기 등 일정상 및 국가적 손실을 최소화하기 위하여 불가피하였고, 처분청은 동일한 성격의 추가비용에 대하여 2001～2002사업연도에 신고 시인한 바 있을 뿐 아니라 동 손금불산입 처분이 정당하다면 그 이후 손금추인대상 사업연도에 당연히 손금산입(추인)하여야 하나 이 건 과세시점까지 손금을 추인하지 않고 있으므로 쟁점분담금을 당기비용인 특별손실로 계상함은 정당하다고 주장하고 있어 이에 대하여 본다.

1) 산업입지및개발에관한법률 제37조 제1항은 국가산업단지의 사업시행자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 국가산업단지개발 시행계획을 작성하여 건설교통부장관의 승인을 얻어야 한다고 규정하고 있고, 동 법 시행령 제21조 제2항 제4호는 국가산업단지 개발실시계획 승인신청서에는 사업비 및 자금조달계획서를 첨부하여야 한다고 규정하고 있으므로 공장용지의 분양가액은 산업입지및개발에관한법률 제17조 제1항 및 동 법 시행령 제21조 제2항의 규정에 의하여 건설교통부장관에게 사업비 승인을 받아 결정된다고 볼 수 있는 바, 처분청의 주장대로 쟁점분담금을 미분양 재고자산에 가산할 자본적 지출로 보아 ○○○ 국가산업단지의 조성원가 및 분양가액이 인상되는 경우 청구법인이 분양가액을 임의로 인상하는 결과가 될 뿐 아니라 분양가액 결정은 국가 정책적 견지에서 결정된 사항으로 분양가 인상은 미분양 증가(1998년 분양 착수 이래 준공일 현재 분양율 32%) 등 국가정책목표에 반하는 행위가 될 여지가 있다.

2) 청구법인에 대한 분담금이 확정된 시점(1997.4.29)은 ○○○ 조성사업의 준공일(1996.12.30) 이후이며, 건설교통부장관으로부터 추가 분담금을 통보받은 날(2000.8.17)은 사업준공일(19996.12.30)과 준공인가일(1997.8.28)이 3년 이상 경과한 것으로 확인되며 ○○○가 이미 준공되었으므로 사업비 증액과 관련한 실시계획 변경승인신청에는 현실적으로 불가한 상황이었음을 짐작할 수 있다.

3) 청구법인이 쟁점분담금을 특별손실로 계상한 2000회계연도 결산서는 정부투자기관관리기본법 제25조에 의한 재정경제부장관의 승인을 얻어 확정된 사실이 재정경제부 공문○○○에 의하여 확인되고 있고, 정부투자기관관리기본법 제25조 제1항은 투자기관의 사장은 매 회계연도 종료후 2월이내에 전회계연도의 결산서를 재정경제부장관에게 제출하여 승인을 얻어 결산을 확정한다고 규정된 점으로 보아 청구법인이 쟁점분담금을 특별손실로 비용처리한 것은 법률에 근거한 재정경제부장관의 승인을 얻어 확정된 것임을 알 수 있다.

4) 청구법인은 아래 표와 같이 국가로부터 승인받아서 배정된 사업비의 잔여금액이 있었던 사업연도(2000년)까지는 배정된 사업비의 잔여금액에 대하여는 재고자산의 원가 배분대상이므로 재고자산의 원가에 반영하였고, 배정된 사업비를 초과하여 발생한 추가비용은 사업비를 배정받을 당시(1996년)에는 예상치 못하였던 비용으로서 사업준공일로부터 3～5년 이상 경과하여 당해 사업연도에 새로이 발생하여 확정된 비용일 뿐 아니라, 비경상적?비반복적으로 발생된 추가비용이므로 권리의무확정주의에 의거하여 발생 및 확정시점인 2000～2002사업연도에서 각각 당기비용인 특별손실로 계상하였으나,

○○○

처분청은 아래 표와 같이 사업비(공사원가)나 특별손실을 계상한 근거가 확인되지 아니한다 하여 배정받은 사업비를 초과하여 발생한 비경상적?비반복적 추가비용에 대하여도 이를 재고자산의 원가에 배분하였으며, 원가 배분함에 있어서 당초 전체 재고자산 중 이미 분양 후 재고가 없는 것에 대하여는 원가배분하지 아니하고 잔존 재고자산에 대하여만 원가 배분하였고, 청구법인이 2001～2002사업연도의 경우에는 배정된 사업비의 잔여금액이 없어 배정된 사업비에 의한 재고자산에 대한 원가 배분이 없게 되자, 이에 따라 2001～2002사업연도에 잔존 재고자산이 비록 남아 있는 경우지만 배정된 사업비를 초과하여 발생한 추가비용은 2001～2002사업연도에 새로이 발생 및 확정된 비용이므로 재고자산의 원가배분 대상이 아니라 하여 이를 재고자산의 원가에 배분하지 아니하고 당기비용(특별손실) 계상을 신고 시인한 것이므로 과세처분의 일관성 측면에서 납득하기 어려움이 있다.

○○○

(바) 따라서, ○○○단지의 활성화를 도모하기 위한 국가사업의 일환인 점, 동 산업단지가 이미 준공되어 사업비 증액과 관련한 실시계획 변경승인신청이 현실적으로 불가한 상황이었던 점, 쟁점분담금을 특별손실로 비용처리하여 정부투자기관관리기본법에 의해 재정경제부장관의 승인을 얻어 확정된 점, 처분청이 2000사업연도 이후에 발생한 쟁점분담금과 동일한 비경상적 추가비용을 당기비용으로 신고 시인한 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점분담금을 당기비용인 특별손실로 보아 손금산입함이 타당한 것으로 판단된다.

(2) 쟁점 2에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청은 아래 표와 같이 손금불산입금액 합계(16,915,871천원)에서 익금불산입금액을 차감한 후의 금액(8,895,444천원)에 대하여 법인세 과세표준을 증액 결정하고, 손금불산입금액에서 익금불산입금액 8,020,426천원을 차감하지 아니한 손금불산입금액 전체 16,915,871천원에 대하여 부당과소신고가산세를 적용하여 2000사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 경정한 사실이 경정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

○○○

(나) 청구법인은 부과제척기간 경과 후에는 기간손익을 다시 계산하지 않고 당초 신고내용을 인정하는 것이 타당하다는 주장인 반면, 처분청은 청구법인이 원가차손을 손익의 귀속사업연도에 관계없이 발견시 비용을 인식하겠다는 것은 수익비용대응의 원칙에 위배되고, 법인세 과세표준 및 세액을 앞당겨 신고납부한 경우 변경예규가 적용되는 것은 정당한 것이라고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다.

1) 국세의 부과제척기간이 경과한 경우, 그 과세연도에 대하여는 부과권이 소멸되어 과세당국은 과세표준이나 세액을 변경하는 어떠한 결정도 할 수 없으므로 그 소득금액도 조정할 수 없는 것이나, 국세기본법에서 국세부과제척기간의 규정을 둔 취지가 납세의무자와 국가간의 국세에 관한 권리?의무관계를 조속히 종결함으로써 조세채무에 관한 법적 안정성을 보장하기 위하여 과세당국에서 국세를 부과할 수 있는 기간에 제한을 두는데 그 목적이 있으며, 개별세법에서 규정하고 있는 과세표준과 세액의 계산방법 및 범위를 제한하는데 그 목적이 있는 것이 아니라 할 것이므로○○○, 특정사업연도가 부과제척기간이 경과하여 그 과세표준과 세액을 경정할 수 없다 하여 부과제척기간이 경과하지 아니한 그 이후 사업연도의 손익을 부과제척기간이 경과한 사업연도가 없었던 경우와 달리 계산할 것은 아니라고 보여진다.

2) 청구법인은 1999사업연도 이전에 비용(원가차손)이 발생하였음에도 이를 인지하고 못하고 2000년에야 발견된 사항이며 2000년 이후 사업연도에도 지속적으로 발생한 것이므로, 원가차손이 손익의 귀속사업연도에 관계없이 발견시 비용을 인식하겠다는 것은 수익비용대응의 원칙 및 권리의무 확정주의에 위배되는 것으로 보인다.

3) 손익의 귀속사업연도의 적용착오로 법인세 과세표준 및 세액을 앞당겨 신고납부한 경우에 대한 종전해석의 경우에는 청구법인의 주장과 같이 이월결손금 공제기간의 조정이나 조세감면의 조정 등 세부담 경감을 위한 소득조절인 경우를 제외하고는 과소신고 및 미납부가산세를 적용하지 아니한다고 하였으나, 2000.12.21. 변경된 국세청 예규○○○에는 법인이 손익 귀속사업연도의 적용착오로 법인세 과세표준 및 세액을 앞당겨 신고납부함에 따라 과세표준과 세액을 과소하게 신고납부한 다음사업연도에 대한 법인세 경정시 구 법인세법 제76조 제1항 제2호 및 제3호의 과소신고 및 미납부가산세를 징수한다고 규정되어 있는 바, 청구법인은 가산세를 부과할 수 없다는 종전예규○○○와 선납한 경우로서 부과제척기간의 만료 후에는 당초 신고내용을 인정한다는 국세심사결정○○○을 국세청의 공적인 견해로 신뢰하여 1999년 이전 사업연도에 법인세를 신고납부하였다고 하나, 위에서 제시한 예규 및 결정례는 국세청의 변경된 예규 이전의 유권해석들로써 당초 법인세를 경정한 사유는 국세청의 변경예규에 따라 경정하였으므로 청구법인이 2000사업연도 이전에 생산된 예규 및 결정례에 대하여 그 정당성을 주장할 이유는 없다 할 것이다. 청구법인의 2000사업연도는 변경된 예규의 적용대상이고, 법인세를 선납하였다 하여 부과제척기간의 원칙에 예외일 수는 없고, 부과제척기간이 경과하면 그 과세연도에 대하여는 부과권이 소멸되어 과세표준이나 세액을 변경하는 어떠한 결정도 할 수 없다는 부과제척기간 논리로 볼 때, 청구법인이 2000사업연도에 원가차손 및 전기오류수정손실로 계상한 전기이전의 비용에 대하여 손금불산입한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(다) 한편, 처분청은 기업회계기준과 법인세법에서 정한 손익귀속시기를 달리하여 손금에 산입한 금액은 부당과소신고금액에 해당한다고 주장하고 있으나, 국세기본법 제15조의 규정에 의한 신의성실의 원칙, 국세기본법 제18조 제3항의 규정에 의한 조세관행존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하더라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 경우에 한하여 적용된다고 할 것이고, 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 납세자에게 정당한 것으로 이의없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하며, 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없다 할 것이나,

일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 국세기본법상의 신의성실 및 조세관행존중의 원칙을 적용하기 위한 요건으로서 첫째로 과세관청이 세법의 해석이나 국세행정에 관하여 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 둘째로 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째로 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째로 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다는 점을 들 수 있으며, 이러한 요건을 모두 충족한 과세관청의 처분은 신의성실의 원칙 및 조세관행존중의 원칙에 위반되는 행위로서 위법하다고 보게 되는 것이다○○○ 공구 외 2개 사업지구에 대한 택지개발을 ○○○개발주식회사 및 주식회사 ○○○지방국세청의 과세자료를 근거로 하여 청구법인의 건설용역 공급자인 공동수급체 중 ○○○건설주식회사 외 3개 업체로부터 수취한 세금계산서 공급가액 490,723천원과 주식회사 ○○○건설 외 11개 업체로부터 수취한 세금계산서 공급가액 1,516,400천원 합계 2,007,124천원에 대하여 사실과 다른 계산서로 보아 지출증빙불성실가산세를 적용하여 법인세를 경정결정한 사실이 경정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(나) 처분청은 공동도급공사의 경우 공동수급체의 주간사와 비주간사간에 비주간사 지분을 위?수임하고 그 대가를 주고 받고 있는 것으로 보아 실질적으로 주간사가 단독으로 공동도급공사를 시공한 것으로 보아야 한다고 주장하는 반면, 청구법인은 공동수급체는 민법상 조합에 해당되어 대외적으로 연대하여 책임을 지는 의무를 가지며, 공동수급체가 실행예산율을 정하고 그 범위 내에서 주간사가 주도적으로 공사를 시행하고 있으나 이는 공사수행의 효율성을 위한 것일 뿐이고, 공동수급체가 공동도급공사를 이행함에 있어 원가율약정은 실행율약정과 마찬가지로 조합내부의 손익분배에 관한 약정에 불과한 것일 뿐 명의를 대여한 것이 아니라고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

1) 공동도급계약은 일반적으로 2인 이상의 사업자가 공동으로 어떤 일을 도급받아 공동 계산하에 계약을 이행하는 도급형태로 건설공사와 같이 일정기간동안 사업이 계속된 후 완성되고 분야별로 정산이 가능한 사업분야에서 활용되는 계약방식으로, 공동도급의 형태를 계약이행방식에 의하여 구분하면 분담이행방식과 공동이행방식으로 나눌 수 있으며, 분담이행방식은 공동수급체구성원 각자가 전체 공사의 분담부분을 정하여 시공하는 것을 말하며 각 구성원은 각자가 분담한 공사에 대하여만 책임을 지는 것이며, 공동이행방식은 공동수급체구성원이 일체가 되어 공동도급공사를 시공하고 그 시공책임도 공사 전체에 대하여 구성원 전원이 연대하여 책임을 지는 것이나 공동이행방식의 공동도급공사는 공동수급체구성원의 지분율에 의하여 공동으로 공사를 시행하는 것이 현실적으로 어려우며 가능하더라도 비효율적이어서 대부분의 공동도급공사는 공동수급체구성원이 운영위원회를 통하여 잠정적으로 실행예산율을 정하고 그 범위 내에서 주간사가 공사를 주도적으로 시행하고 있는 것으로 나타난다.

2) 법원은 공동도급공사의 공동수급체를 민법상의 조합이라고 판시○○○하고 있어 대표사와 비주간사 사이에는 업무집행자와 조합원의 관계에 있는 바○○○, 공동수급체는 조합이므로 공동수급체가 공동도급공사를 이행하였는지 여부도 조합의 구성원이 아닌 조합을 기준으로 판단되어야 하고, 조합이 공사를 이행한 경우 그 효과는 구성원에게 미치는 것이므로 각 구성원도 공사를 이행한 것이 된다 할 것이고, 전 조합원이 대외적으로 연대책임도 지므로 주간사만이 공사를 이행한 것으로 볼 것이 아니라 조합의 구성원 전부가 공사를 이행한 것으로 보아야 할 것이다.

3) 청구법인이 공동수급체와 체결한 공사도급계약서, 공동운영협약서는 공동수급체구성원이 부담하여야 하는 권리와 의무를 보다 구체화한 것으로 나타나고, 주간사는 물론 비주간사라도 공동수급체중 다른 구성원이나 발주처 및 제3자와의 관계에 있어서는 권리?의무를 부담하고 있는 것으로 나타나며, 공동운영협약서에 주간사가 책임을 지고 공동도급공사를 시공하고 하자담보책임도 진다고 규정되어 있으나 이는 주간사가 하도급 등 공사와 관련하여 포괄적으로 모든 책임을 지고 시공한다는 의미로 보이고, 공동수급체간에 합의된 실행율약정 외에 일부 비주간사가 주간사와 원가율약정을 하는 것 또한 주간사가 비주간사에게 확정된 이익을 보장해주기 위해 추가로 약정한 것으로 보이는 등 비주간사가 대가를 받고 주간사에게 지분을 양도하는 계약이라기 보다는 공사의 효율적인 수행을 위해 공사를 주도적으로 수행할 업무집행조합원과 공사수행에 따른 손익분배방법을 약정하는 계약으로 보이고, 공동수급체구성원간의 손익분배비율은 당사자간의 약정에 의하여 지분비율과 달리 정할 수 있으므로 이건과 같이 공정한 정산을 위하여 비주간사가 주간사에게 실행예산율의 범위 내에서 모든 공사를 책임시공하도록 약정하는 것도 조합 구성원간의 손익분배비율 약정의 한 방법으로 보이며, 국가를 당사자로하는 계약에 관한 법률 등에 근거하여 공동수급체는 청구법인에 지분비율에 상당하는 금액에 대해 세금계산서를 교부하였고 이에 대하여 공동수급체가 입찰참가자격 제한 등 위 법률 등에 의한 불이익을 받은 사실이 나타나지 아니하고, 주간사가 책임지고 시공하는 공동도급공사에 비주간사가 참여한 사실이 공사진행 관련 문서 등 청구법인이 제시한 증빙서류에 일부 나타나는 점 등을 볼 때, 처분청 의견과 같이 주간사가 비주간사에게 확정된 이익을 보장하였다 하여 주간사가 공동도급공사를 단독으로 시공하였다고 단정하기는 어려운 것으로 판단된다.

4) 한편, 국가를당사자로하는계약에관한법률 제25조의 규정에 의하여 국가 등은 필요에 따라 공동계약을 체결할 수 있고, 공동도급계약을 체결하는 경우 계약당사자 전원이 계약서에 서명?날인하여야 하므로 공동수급체 구성원중 한 구성원이 자신의 지분에 해당하는 공사의 시공을 다른 구성원과 원가율약정을 하고 위임하는 것은 당사자 사이에만 효력이 있을 뿐이며, 원가율약정은 공동도급공사 낙찰일로부터 약 6개월에서 2년 이후에 약정되고 있어 그 이전까지는 실행률약정에 의하여 공사가 시행되고 있으므로 원가율약정 이전의 행위에 대하여 입찰에 참여할 때부터 명의를 대여하기로 하였다고 볼 수 없을 뿐만 아니라 발주처 및 공동수급체간의 관계에 있어서 계약사의 시공, 하자담보책임 등 공동도급계약서상의 용역제공에 대하여 공동수급체구성원 모두가 연대하여 이행채무를 부담하므로 공동수급체구성원에 대해 공동도급계약서상의 당사자로서의 지위를 부인하는 것도 무리가 있어 보인다.

이와 같이 원가율약정은 공동수급체의 구성원으로서 법률상 의무는 그대로 보유한 채 공동수급체구성원들 사이에 내부관계를 약정한 것에 불과하며, 실행율약정이든 원가율약정이든 비용지출은 공사기성금에서 지출되므로 참여지분비율대로 지출된 것으로 보아야 하며, 발주처로부터 비주간사가 공사대금을 수령하면 공동도급계약운용요령○○○에 의거 비주간사는 발주처에 세금계산서를 교부하고 주간사로부터는 부가가치세법시행규칙 제18조 제2항에 의거 공동도급계약에 의하여 공동수급체의 주간사가 하도급업자 등으로부터 교부받은 매입세금계산서에 대해 공동수급체 구성원에게 세금계산서를 교부할 수 있게 되어있으며, 또한 공동수급체가 재화 또는 용역을 공급받고 세금계산서를 공동수급체의 주간사가 교부받은 경우 당해 공동수급체의 주간사는 교부받은 세금계산서의 공급가액의 범위내에서 재화 또는 용역을 실지로 사용·소비하는 공동수급체의 구성원을 공급받는 자로 하여 세금계산서를 교부할 수 있는 것○○○이므로 각 거래과정에서 세금계산서 수수질서를 저해하거나 조세회피목적이 없다고 보여지므로 이러한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보기도 어렵다고 판단된다○○○

(다) 따라서, 이 건 처분근거가 된 공동도급공사는 공동수급체가 공사를 이행한 것으로 보아야 하므로 공동수급업체로부터 수취한 세금계산서를 사실과 다른 계산서로 보아 이 건 지출증빙불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.