쟁 점 (1) 보험업을 영위하는 내국법인이 2007.2.28. 법인세법시행령 개정전에 기업회계기준에 따라 계상한 구상이익 및 구상손실이 익금 및 손금에 해당하는지 여부(기각)
(2) 청구법인이 경정청구한 후 2005사업연도분 법인세 경정청구시 동 쟁점수입배당금수정손실액등의 상당액을 이월결손금으로 추가 공제하여야 한다는 청구주장에 대하여 2001사업연도분 법인세의 경정청구기간이 도과하였다는 이유로 경정청구를 거부한 처분의 당부(재조사)
청구번호 2007서0808 결정일자 2007년07월24일 주세목 법인세
심판청구번호 국심 2007서808(2007.7.24)
주 문
(1) ○○○세무서장이 청구법인의 2001.4.1.?2002.3.30.사업연도분 법인세 경정청구를 거부한 처분은 이를 취소하되, 청구법인이 경정청구한 수입배당금수정손실 1,430백만원에 대하여 당해 사업연도에 발생한 결손금에 해당한 금액인지를 실지조사하여 그 결과에 따라 2005.4.1.?2006.3.30.사업연도분 법인세 계산시 이를 이월결손금으로 공제하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.
(2) 나머지의 청구는 이를 기각한다.
이 유
1. 처분개요
청구법인은 보증보험 및 신용보험 등의 보험업을 영위하는 법인으로, 기업회계기준(보험업회계처리준칙 제22-5조, 보험업감독규정 제6-17조)에 따라 결산일 현재 매 사업연도에 회수가능한 구상금액을 추산하여 직전년도 대비 증가금액인 1999.4.1.?2001.3.30. 및 2004. 4.1.?2005.3.30.사업연도분 합계 801,057백만원을 구상이익(이하 “쟁점구상이익”이라 한다)으로, 감소금액인 2001.4.1.?2005.3.30.사업연도분 합계 862,187백만원을 구상손실(이하 “쟁점구상손실”이라 한다)로 각각 계상한 후, 쟁점구상이익 및 쟁점구상손실이 법인세법상 익금 및 손금에 해당하지 아니한 것으로 보아 법인세 신고시는 익금불산입 및 손금불산입하여 신고하였다가, 2006.6.30. 쟁점구상이익 중 1999.4.1.?2001.3.30.사업연도분 795,867백만원에 대하여는 익금에 산입하여 관련 법인세를 수정신고하고, 쟁점구상손실과 쟁점구상이익 중 2004.4.1.?2005.3.30.사업연도분 5,189백만원, 출자회사인 ○○○ 전문회사로부터 받은 배당액으로서 신고금액과 실제 배당액과의 차액인 2001.4.1.?2002.3.30.사업연도분 △1,430백만원(이하 “쟁점수입배당금수정손실”이라 한다)과 2002.4.1.?2005.3.30.사업연도분 60,884백만원(이하 “쟁점외수입배당금”이라 한다) 및 기타 2003.4.1.?2004.3.30.사업연도분 전환사채 감액손실 110,136백만원 등을 각각 손금 및 익금에 산입하여 관련 법인세를 경정청구하였고, 그 후 2006.10.12. 2005.4.1.?2006.3.30.사업연도분 법인세에 대하여 전환사채감액손실 134,375백만원 및 사전구상금 674백만원을 손금 및 익금에 산입하는 한편, 재계산된 각사업연도소득금액 557,997백만원은 이 건 청구결과에 의한 2001. 4.1.?2002.3.30. 및 2003.4.1.?2004.3.30사업연도분 이월결손금(631,822백만원)으로 공제하여 관련 법인세를 환급하여 달라는 취지의 법인세 경정청구를 하였다.
처분청은 2006.12.8. 2001.4.1.?2002.3.30.사업연도분 쟁점수입배당금수정손실 등의 경정청구에 대하여는 청구기간 도과를 이유로 이에 대한 경정청구를 거부하고, 2002.4.1.?2006.3.30.사업연도분 경정청구에 대하여는 그 청구내용 중 쟁점구상이익 및 쟁점구상손실에 대하여는 불인정(경정유보)하는 한편, 쟁점외수입배당금, 전환사채 감액손실 및 사전구상금 등에 대하여는 인정하여 2005.4.1.?2006.3.30.사업연도분 법인세 기납부세액 102,760,010,020원 중 33,425,240,180원을 환급경정하였다.
청구법인은 이에 불복하여 2007.3.6. 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 쟁점구상이익 및 쟁점구상손실에 대하여
청구법인은 종래 기업회계기준에 따라 계상한 구상이익(구상손실)이 법인세법상 익금(손금)에 해당하지 않음을 전제로 소득금액을 산정?신고하였으나, 법인세법상 보험업에 있어서의 구상이익의 손익귀속시기에 대하여 달리 정한 바가 없으므로 법인세법 제43조 및 국세기본법 제20조에 규정된 바와 같이 기업회계기준(보험업회계처리준칙)에 의하여 합리적으로 계산된 구상이익은 세법상으로도 이를 존중하여 당해연도의 손익에 반영하여야 함이 타당하고, 관련 예규(○○○ 2006.3.20)에서도 “기업회계기준에 따라 계상한 구상이익은 이를 당해 사업연도의 익금에 산입하는 것”이라고 공식적으로 확인하고 있으며, 동 예규의 해석이 현행법상 타당하다고 보는 이상 예규의 발표시기와 무관하게 현행법이 제정된 시점부터 그 해석에 따라 구상이익의 손익귀속시기에 대한 판단이 이루어져야 하므로 이에 대한 청구법인의 경정청구는 받아 들여져야 한다.
(2) 2001.4.1.?2002.3.30.사업연도분 경정청구 거부처분에 대하여
2005.4.1.?2006.3.30.사업연도 법인세 경정청구 중 이월결손금과 관련된 것은, 2001.4.1.?2005.3.30.사업연도의 소득금액이 수정됨으로써 2005.4.1.?2006.3.30.사업연도 소득금액에서 공제할 이월결손금이 증가되었음을 원인으로 한 것인 바, 동 이월결손금 증가액에는 이 건 2001.4.1.?2002.3.30.사업연도분 및 2003.4.1.?2004.3.30.시업연도분 쟁점배당금수정손실 및 구상손실 등에 대한 소득금액의 수정도 포함되어 있다. 따라서 2005.4.1.?2006.3.30. 사업연도 경정청구에는 쟁점배당금수정손실 등에 상당하는 추가 결손금이 포함되어 있고 청구기한 내인 2006.10.12. 제기하고 있으므로 이에 대한 경정청구를 거부하는 것은 부당하다.
이와 관련하여, 대법원 판례(○○○ 2004.6.11)는 과거연도에 대한 소득금액이 (경정청구기간 도과 등으로) 확정되었다고 하더라도 확정된 결손금이 아니라 정당한 결손금을 계산하여 이월결손금을 공제하여야 한다고 판시하고 있고, 국세심판원도 선결정(○○○ 2007.1.10)에서 경정청구의 적법여부 판단은 경정대상인 당해 사업연도를 기준으로 하는 것이지 경정의 실질내용과 관련된 사업연도를 기준으로 하는 것은 아니라고 판단하고 있다. 따라서, 2005.4.1.?2006.3.30. 사업연도 경정청구에 대하여는 2001.4.1.?2002.3.30.사업연도분의 쟁점배당금수정손실 및 구상손실의 추가 손금산입에 의한 결손금 527,257백만원과 2003.4.1.?2004.3.30.사업연도분의 구상손실의 추가 손금산입에 의한 결손금 104,565백만원을 이월결손금으로 공제 하여 미환급된 법인세 69,334백만원을 추가 환급하여야 한다.
나. 처분청 의견
(1) 청구인이 경정청구의 근거로 주장하는 재정경제부 유권해석(○○○2006.3.20.)에 대해 일부 손해보험사들(○○○주식회사 등 다수)의 과세불복 등 논란이 있어서 청구법인의 신청대로 결정할 수 없고, 청구법인이 적용한 구상이익 산출방법도 보험업감독규정의 내용과는 달리 2002년 3월 사업연도부터 개별평가를 실시하여 경험율에서 개별평가로 변경함으로써 보험업감독규정상 구상채권 평가방법을 매기 계속적으로 적용하여야 한다는 규정에 반하고 있어 평가방법 변경의 적정성에 대한 검토가 추가적으로 필요하며, 설령 재정경제부 예규에 의하여 기업회계기준에 의하여 구상이익 및 구상손실을 익금 및 손금에 산입한다고 할지라도 청구법인이 계산한 구상 이익 및 구상손실이 합리적으로 추산된 구상금인지에 대하여는 청구법인이 제시한 추산 근거가 부족하여 인정하기 어렵다.
(2) 청구법인이 2006. 10. 12.에 한 경정청구 이전에 2006. 6. 30.에 2001.4.1.?2005.3.30.사업연도까지 4개 사업연도의 법인세 과세표준 및 세액에 대한 경정청구서를 제출하였음이 확인되고 있고, 이러한 경정청구내용이 이월결손금에 변동을 주어 궁극적으로 2005사업연도 법인세 과세표준에 영향을 미치는 것이나, 국세기본법 제45조의 2에 의하면 법정신고기한 경과후 3년 이내에 신고한 과세표준 및 세액에 대하여 경정청구할 수 있다고 명시되어 있으므로 이 건 2001.4.1.?2002.3.30.사업연도분 경정청구는 그 기한이 2005.3.30.이기 때문에 사실상 경정청구기한을 경과한 하자있는 청구에 해당하고, 이에 따라 2005.4.1.?2006.3.30.사업연도분 공제대상 이월결손금으로 공제할 수 없다.
또한, 청구법인은 대법원 판례를 제시하면서 과거년도에 대한 소득금액이 확정되었다고 하더라도 확정된 결손금이 아니라 정당한 결손금을 계산하여 이월결손금을 공제하여야 한다고 주장하나, 동 판례는 이월결손금은 법정 공제기간인 5년 이내에서 먼저 발생한 것부터 순차로 공제하여야 하는 것이며 어느 사업연도에 이월결손금을 공제할 것인가를 납세자의 선택에 맡길 수 없다는 취지의 판례로 1, 2심에서 패소한 피고 처분청의 상고를 인정하여 파기환송된 사건으로 이 사건의 경우와는 다른 것으로 보여지며, 법인세의 경우 납세자의 신고에 의해 확정되는 국세로써 소득금액의 변동사유가 있을 경우에는 당초 신고한 과세표준 및 세액이 과소신고되었을 경우, 국세기본법 제45조 제1항에 의하여 추가 납부할 수 있고, 당초 신고한 과세표준과 세액이 과다하게 신고되었을 경우에는 국세기본법 제45조의 2에 의하여 경정청구를 통하여 과세표준을 감액할 수 있어, 청구법인은 이러한 경정청구를 통하여 익금과 손금을 조정할 수 있을 뿐이므로, 청구법인의 경정청구는 그 청구기간을 도과하여 정부의 조사?결정방법 이외에는 하자있는 과세표준을 치유할 수 없다. 따라서, 어느 때나 과세 표준을 수정할 수 있다는 청구법인의 주장은 법적 안정성을 도외시한, 법리를 오해한데 따른 잘못된 주장이므로 받아들일 수 없다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
(1) 보증보험회사인 청구법인이 1999.4.1?2005.3.30 사업연도 중 보험업감독규정 등에 의하여 회수가능한 구상금액을 추산하여 직전 연도 대비 증가금액은 당해연도의 구상이익으로, 감소금액은 구상손실로 인식하여 기업회계기준에 따라 수익 및 비용으로 계상한 경우 법인세법상으로도 익금 및 손금으로 인정할 수 있는지 여부
(2) 청구법인이 2001.4.1?2002.3.30. 사업연도분 법인세에 대하여 쟁점수입배당금수정손실 등을 추가 손금산입하여 경정청구한 후 2005사업연도분 법인세 경정청구시 동 쟁점수입배당금수정손실액 등의 상당액을 이월결손금으로 추가 공제하여야 한다는 청구주장에 대하여 2001.4.1?2002.3.30. 사업연도분 법인세의 경정청구기간이 도과하였다는 이유로 경정청구를 거부한 처분의 당부
나. 쟁점(1)에 대하여 본다.
(1) 관련 법령
(가) 국세기본법 제20조【기업회계의 존중】 국세의 과세표준을 조사ㆍ결정함에 있어서 당해 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 것은 이를 존중하여야 한다. 다만, 세법에 특별한 규정이 있는 것은 그러하지 아니 하다.
국세기본법기본통칙 18-0…2 【새로운 세법해석의 적용시점】 새로운 세법해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용한다.
법인세법 제43조【기업회계기준과 관행의 적용】 내국 법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다.
법인세법시행령 제79조【기업회계기준과 관행의 범위】 법 제43조의 규정에 의한 기업회계의 기준 또는 관행은 다음 각호의 1에 해당하는 회계기준(당해 회계기준에 배치되지 아니하는 것으로서 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 관행을 포함한다)으로 한다.
1. 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제13조의 규정에 의하여 제정된 기업회계기준 (1998. 12. 31 개정)
2. 증권선물위원회가 정한 업종별회계처리준칙 (1998. 12. 31 개정)
3. 정부투자기관관리기본법에 의하여 제정된 정부투자기관회계규정
4. 기타 법령에 의하여 제정된 회계처리기준으로서 재정경제부장관의 승인을 얻은 것
(나) 법인세법 제15조【익금의 범위】 ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.
법인세법 제18조【평가차익 등의 익금불산입】 다음 각호의 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니한다.
1. 자산의 평가차익. 다만, 제42조 제1항 각호의 규정에 의한 평가로 인하여 발생하는 평가차익(동항 제1호의 경우에는 자산재평가법 제13조 제1항 제1호의 규정에 의한 토지의 재평가차액에 한한다)을 제외한다.
법인세법 제40조【손익의 귀속사업연도】 ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.
법인세법 제42조【자산ㆍ부채의 평가】 ① 내국법인이 보유하는 자산 및 부채의 장부가액을 증액 또는 감액(감가상각을 제외하며, 이하 이 조에서 “평가”라 한다)한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도 및 그 후의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 자산 및 부채의 장부가액은 그 평가하기 전의 가액으로 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
2. 보험업법 기타 법률에 의한 고정자산의 평가(증액에 한한다)
법인세법시행령(2007.2.28. 대통령령 제19891호로 개정된 것) 제11조 【수익의 범위】 법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 본다.
10. 보험업을 영위하는 내국법인이 기업회계기준(제79조 제1호에 따른 기업회계기준으로서 보험업에 적용되는 것을 말한다)에 따라 구상이익으로 계상한 금액(2007.2.28. 신설)
법인세법시행령(2007.2.28. 대통령령 제19891호로 개정된 것)
부칙 제4조【수익의 범위에 관한 적용례 등】 ① 제11조 제10호의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용한다.
② 이 영 시행전에 기업회계기준에 따라 계상된 구상이익은 제11조 제10호의 개정규정에 불구하고 해당사업연도의 수익에 포함하지 아니한다.
(다) 보험업회계처리준칙 제13조【기타자산】 기타자산은 상기의 자산의 분류에 속하지 않는 것으로서 보험미수금, 미수금, 보증금(전세권, 전신전화가입권, 임차보증금, 영업보증금 등), 미수수익, 선급비용, 구상채권, 구분계정자산, 신계약비, 이연법인세차등으로 한다. (1998. 12. 10 제정)
(13-2) 구상채권은 보험사고 발생으로 지급된 보험금중 보험사고의 해결과정에서 취득하는 담보자산의 매각 또는 구상권등 기타 권리의 행사로 인한 회수가능액을 말한다. 회수가능액을 계산함에 있어서 "28"의 규정을 준용한다. (1998. 12. 10 제정)
보험업회계처리준칙 제22조【영업수익】영업수익은 보험회사의 주된 영업활동의 결과에 따라 발생한 수익으로 보험료수익, 재보험금수익, 이자수익, 배당금수익, 임대료, 수수료수익, 상품유가증권처분이익, 상품유가증권평가이익, 구상이익 및 기타영업수익으로 구분한다. (1998. 12. 10. 제정)
(22-5) 구상이익은 구상채권의 상대계정으로서 보험사고 발생으로 지급된 금액 중 보험사고의 해결과정에서 취득하는 담보자산의 매각 또는 구상권 등 기타 권리의 행사로 인한 회수가능액을 말한다. (1998. 12. 10. 제정)
보험업감독규정 제6-17조【구상채권의 수익인식】 ① 보험회사는 결산일 현재 보험사고 발생으로 지급된 보험금 중 보험사고의 해결과정에서 취득하는 담보자산의 매각 또는 구상권 등 그 밖의 권리행사로 인한 회수가능액을 추산하여 수익으로 인식하여야 한다.
② 회수가능액을 추산하는 방법은 과거 일정기간(3년 내지 5년)동안의 실제 구상률에 의한 회수율을 기초로 산출한 경험률을 적용하거나, 제7-3조의 규정을 준용하여 계산된 금액을 적용한다. 다만, 그 적용방법은 매기 계속적으로 적용하여야 한다.
(2) 사실관계 및 판단
(가) 먼저, 1998.12.10. 제정된 보험업회계처리준칙 제13조, 제22조 및 보험업감독규정 제6-17조에 의하면, 구상이익은 구상채권의 상대계정으로서 보험사고 발생으로 지급된 금액 중 보험사고의 해결과정에서 취득하는 담보자산의 매각 또는 구상권 등 기타 권리의 행사로 인한 회수가능액을 말하는 바, 보험회사는 지급한 보험금 중 장래에 회수가능액을 추산하여 결산일 현재 이를 대차대조표상 기타자산 및 수익으로 인식하도록 규정하고 있다.
(나) 청구법인은 구상이익 및 구상손실(마이너스 구상이익)에 대하여 1998.12.10. 보험업회계처리준칙이 제정되기 전까지는 미실현 손익으로 보아 회계처리를 하지 않았다가, 동 준칙의 개정으로 당기 손익으로 계상하였으나 법인세 신고시는 법인세법상 익금 및 손금에 해당하지 않는 것으로 보아 익금불산입 및 손금불산입하여 세무조정 신고하였고, 2006.3.20. 생산된 재정경제부 예규(○○○ 2006.3.20)를 근거로 아래 <표1>과 같이 1999.4.1.?2005.3.31.사업연도 구상이익 및 구상손실에 대하여 각각 익금산입 및 손금산입하여 당해사업연도분 법인세 과세표준 및 세액을 경정청구하였음이 확인된다.
○○○
(다) 처분청은 위 청구법인의 구상이익에 관한 수정신고 및 경정청구에 대하여 1999.4.1.?2001.3.31.사업연도분 증액수정신고에 대하여는 신고내용대로 시인하고, 2001.4.1.?2002.3.31.사업연도분 경정 청구에 대하여는 청구기간 도과, 2002.4.1.?2005.3.31.사업연도분 경정청구에 대하여는 보험회사의 구상이익에 관한 재정경제부 예규에 대하여 재질의 중이고, 구상이익에 대한 과세에 대하여 관련 손해보험회사들이 불복청구 중에 있으며, 청구법인의 산출방법도 보험업 감독 규정의 내용과는 달리 2002년 3월 사업연도부터 개별평가를 실시하여 경험율에서 개별평가로 변경함으로써 구상이익 계상액에 대한 일관성을 잃고 있어서 그 적정성 여부가 불분명하다는 등의 이유로 각각 거부하였음이 심리자료에 의하여 확인된다.
(라) 이에 대하여, 청구법인은 1999.4.1.?2005.3.30사업연도분 법인세 신고시 기업회계기준에 따라 계상한 구상이익(구상손실)이 법인세법상 익금(손금)에 해당하지 않는 것으로 보아 익금(손금)불산입하여 신고하였으나, 관련 예규(○○○2006.3.20)에서 “기업회계기준에 따라 계상한 구상이익은 이를 당해 사업연도의 익금에 산입하는 것”이라고 해석하고 있으므로 동 예규해석을 소급 적용하여 이 건 쟁점구상손실을 손금으로 인정하여야 한다는 주장이다.
(마) 일반적으로 채무보증에 의한 대위변제 구상채권은 각 상대방과의 개별적 채권확정행위를 통하여 발생하고 회수시점에 장부가액이 감소되며 대손절차를 거칠 뿐 아니라 대위변제금액 전체가 주채무자를 대신한 지급액이므로 그 전체금액에 대한 청구권을 가지나, 이 건 구상채권은 상대방없이 과거 회수경험율에 기초한 추정치를 계상하였다가 다음 사업연도말에 같은 방법으로 계산한 추정치와 비교하여 추가 또는 차감계상하고 금액의 증감만 있을 뿐 대손절차도 거치지 아니할 뿐 아니라 보험사고 발생시 일단 보험금을 지급하기는 하나 과실비율이 정해지지 아니한 상태에 있어 보험회사와 상대방의 분담액을 알 수 없는 점에서 법적 성격이 다르고, 자산의 평가증 성격을 가지는 구상채권 계상액이 세무상 평가증이 인정되는 보험업법인의 고정자산 평가증에 해당하지 않는다는 점에서 법인세법상 익금으로 인식할 수 없다는 점이 있는 반면, 이 건 구상이익은 보험업회계처리준칙에 따라 회수가능액을 합리적으로 측정한 결과물로서 회수가능성이 높아 익금으로 인식할 정도로 실현 가능성이 성숙? 확정된 채권으로 보아야 할 여지도 있으므로 이 건 구상이익을 법인세법상 익금으로 보아야 하는지 여부는 명확하지 않다.
(바) 위의 사실 및 관련 법령 등을 종합하여 살피보면, 보험 회사의 구상이익과 관련하여 2007.2.28. 개정 공표된 법인세법 시행령(대통령령 제19891호) 제11조 제10호는 보험업을 영위하는 내국법인이 기업회계기준(제79조 제1호에 따른 업종별회계처리준칙으로서 보험업에 적용되는 것을 말한다)에 따라 구상이익으로 계상된 금액을 수익으로 본다는 규정을 신설함으로써 구상채권에 대응되는 구상이익의 과세 여부에 관한 불명확성을 제거하고 있고, 동 시행령 부칙 제4조 제1항은 시행령 제11조 제10호의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용한다고 규정하고, 동조 제2항은 이 영 시행 전에 기업회계기준에 따라 구상이익을 계상한 경우 해당 사업 연도의 소득금액계산의 경우 익금에 산입하지 아니한다고 규정함으로써 동 신설규정이 창설적 효력을 가지는 규정으로서 그 시행일인 2007.2.28. 이후 최초로 개시하는 사업연도부터 적용한다는 점을 분명히 하고 있다(○○○ 2007.5.1. 같은 뜻).
따라서, 이 건 청구법인의 구상채권에 대응되는 쟁점구상 이익 및 쟁점구상손실은 2000.4.1.?2005.3.31.사업연도의 익금 및 손금으로 볼 여지가 없으므로 처분청이 이에 관한 청구인의 경정청구를 받아들이지 아니한 처분은 정당한 것으로 판단된다.
다. 다음은, 쟁점(2)에 대하여 본다.
(1) 관련 법령
(가) 국세기본법 제45조 의2【경정등의 청구】 ① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한경과후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때
2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때
② 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.
1.?5. (생략)
(2) 사실관계 및 판단
(가) 청구법인은 아래 <표2> 및 <표3>과 같이 2001.4.1.?2006.3.30.사업연도분 법인세를 경정청구하면서, 당초 2001.4.1.?2002.3.30.사업연도분 법인세에 대하여 법인소득금액을 △280,548백만원으로 결손신고하였으나, 마이너스 구상이익 △245,278백만원과 쟁점수입배당금수정손실 △1,430백만원의 합계 △246,708백만원을 추가 손금(익금불산입)으로, 2003.4.1.?2004.3.30.사업연도분 법인세에 대하여는 법인소득금액을 387,404백만원으로 신고하였으나, 마이너스 구상이익 400,463백만원 등을 추가 손금산입하여야 한다는 취지의 경정청구를 제기하는 한편, 2005.4.1.?2006.3.30.사업연도분 법인소득금액 계산시 그 추가된 손금액을 이월결손금으로 공제하여야 한다는 취지의 경정청구를 제기하였음이 확인된다.
○○○
(나) 청구법인의 경정청구내용 중 구상이익 및 구상손실에 대하여는 쟁점(1)에서 이미 심리하였고, 2002.4.1.?2006.3.30.사업 연도분 쟁점외수입배당금, 인정이자, 업무무관이자, 전환사채감액손실 및 사전구상금에 대하여는 처분청이 신고내용대로 시인결정하였으며, 이에 대하여 당사자간 다툼이 없다.
따라서, 여기에서는 처분청이 2001.4.1.?2002.3.30.사업 연도분 법인세 경정청구에 대하여 청구기한 도과를 이유로 거부처분하고 있으므로 그 청구내용 중 구상손실 이외의 쟁점수입배당금평가손실(△1,430백만원)에 대한 거부처분이 정당한 것인지 여부에 대하여 본다.
(다) 청구법인은 쟁점수입배당금수정손실에 대하여 청구법인이 투자한 SG유동화전문회사의 배당결의액 지분율(50%)을 배당수입으로 인식하였던 것을 실제 분배받은 금액(허들율을 기준으로 분배받음)을 기준으로 수정한 금액으로서, 사실상 과다 신고한 수입배당금이라는 주장이고, 청구주장이 사실인 경우에는 2001.4.1.?2002.3.30.사업연도분 소득금액(결손금)은 당초 △280,548백만원에서 △281,978백만원으로 재계산된다.
(라) 살피건대, 법인세법 제13조 제1호는 과세표준 계산시 각 사업연도의 개시일전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액이 있는 경우에는 이를 각 사업연도의 소득의 범위안에서 순차로 공제한다고 규정하고 있고, 법인세법상 결손금은 반드시 법인의 과세표준 확정신고나 정부의 조사·결정에 의한 과세표준 확정시에 결손금으로 조사된 금액만이 아니라 어느 사업연도의 손금 총액이 익금 총액을 초과하는 경우 그 금액은 당연히 결손금에 해당하며, 이 경우 이월결손금은 법정공제기간인 5년 이내에서 먼저 발생한 것부터 순차로 공제하여야 하는 것(대법원 2004. 6. 11.○○○ 판결 참조)이므로, 만약, 청구법인에게 2005.4.1.?2006.3.31.사업연도 당시 이월결손금이 남아있고, 이 부분이 과세표준 계산시 반영되지 아니하였거나, 반영하였다하더라도 계산착오로 인하여 당초 신고한 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하게 된 경우에는 이 부분은 경정되어야 할 것이다.
다만, 청구법인은 2001.4.1.?2002.3.30.사업연도분 쟁점수입배당금수정손실에 대하여 투자법인인 ○○○전문회사로부터 실제 분배받은 금액 중 과다 신고한 수입배당금이라는 주장이고, 같은 투자법인에 대한 2002.4.1.?2005.3.31.사업연도분 과소 신고분 수입배당금 60,883백만원에 대하여는 처분청이 인정하고 있어서 사실상 쟁점수입배당금수정손실에 대한 손금여부를 인정하고 있어 보이는 점으로 보아 이에 대한 청구주장에 일응 신빙성이 크다고 하겠으나 관련 제시증빙이 부족하여 그 금액을 확정하기가 어려우므로 처분청이 이에 대한 실지조사를 하여 그 결손금을 확정한 후 이를 2005.4.1.?2006.3.30.사업연도 법인세 계산시 이월결손금으로 공제하여 주는 것이 타당한 것으로 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유가 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
