쟁      점 (1) 청구법인이 쟁점부동산을 2001.3.31. 양도한 것으로 보아 특별부가세 상당의 법인세를 과세한데 대하여, 1996.7.18. 쟁점부동산을 취득할 수 있는 권리를 양도한 것으로 국세부과제척기간이 경과한 처분이라는 주장의 당부(원심 인용  ⇒ 부과제척기간 기각·1996년 양도 인용)
 
청구번호 2007서1066 결정일자 2007년07월25일 주세목 부가가치세
 
 
심판청구번호 국심 2007서1066(2007.7.25)

 

주 문

○○○세무서장이 2006.12.1. 청구법인에게 한 2001사업연도분 특별부가세 331,414,680원의 부과처분은 이를 취소한다.

이 유

1. 처분개요

청구법인은 수익사업을 영위하지 않는 비영리 종교법인으로 1992.6.11. ○○○공사로부터 ○○○ 5,172㎡(이하 “쟁점부동산분양권”이라 한다)를 분양받은 후, 동 사업지구의 조성공사가 완료되어 지번이 확정된 ○○○ 5,172.2㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 1995.12.22. 취득등기를 하였다가 2001.3.31. 실지 취득가액 및 양도가액을 같은 금액인 3,845,710천원으로 하고, 신고인을 “○○○교회당회장 김○○○”로 하여 2001년 귀속분 양도소득세를 예정신고하였다.

○○○지방국세청장은 2006년 5월 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여, 쟁점부동산의 양도에 대하여 실지 양도가액은 청구법인의 신고금액대로 시인결정하고, 실지 취득가액은 청구법인의 신고금액 3,845,710천원에 연체이자 504,319천원(이하 “쟁점연체이자”라 한다)이 포함되어 있으므로 이를 취득가액에서 제외하는 것으로 조사하여 관련 과세자료를 처분청에 통보하였다.

처분청은 통보받은 과세자료에 의하여 쟁점부동산의 양도에 따른 특별부가세 과세표준 계산시 쟁점연체이자를 취득가액에서 제외하여 2006.12.1. 청구법인에게 2001사업연도분 특별부가세 331,414,680원을 경정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2007.2.26. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 소유권이전등기자료에 의하여 청구법인이 2001.4.11. 쟁점부동산을 양도한 것으로 보아 이 건을 과세하고 있으나, 청구법인은 종교단체로서 세법을 잘 알지 못하나 2001.4.11. 매수자인 기독교대한성결교회 ○○○교회(이하 “○○○교회”라 한다)에게 쟁점부동산을 양도한 것이 아니고, 1996.7.18. 쟁점부동산을 취득할 수 있는 권리인 쟁점부동산분양권을 양도한 것이다.

당초 청구법인은 1992.6.11. ○○○공사로부터 쟁점부동산분양권을 3,343,455천원에 분양받았으나, 자금사정과 신도들의 교회이전 반대 등으로 1995년 1월까지 1,420,464천원(연체이자 137,599천원 포함)을 납부한 상태에서 1995.3.30. ○○○교회와 계약일 이후의 체불된 분양대금 전액, 이전 등기에 따른 취득세 등의 비용 등의 일체를 매수자가 부담하는 조건으로, 위 납입액에 권리금 상당액 79,535천원을 포함한 1,500,000천원에 양도하는 매매계약서(이하 “제1매매계약서”라 한다)를 체결하여 쟁점부동산분양권을 양도하였고, 그 양도대금 중 청구법인이 받아야할 1,500,000천원은 계약일인 1995.3.30. 부터 잔금지급일인 1996.7.18.까지 6회에 걸쳐 나누어 받았으며, 최종잔금 1억원을 받은 1996.7.18.에 사실상 위 분양권에 대한 실질적인 권리의무가 ○○○교회에 이전되었고, 소유권이전등기는 한국토지개발 공사에서 전매에 의한 소유권이전을 인정해 주지 않는 바람에 매수자인 ○○○교회에게 곧바로 이전하지 못하고 불가피하게 1995.12.22. 청구법인의 명의로 취득 등기하였으나, 매수자 ○○○교회의 사정에 의하여 2001.4.11.에야 ○○○교회로 이전등기하게 되었다. 또한, ○○○교회는 1995.4.6.부터 ○○○공사에 청구법인 명의로 양도계약일 이후 미납분 분양대금을 납부하기 시작하여 1995.10.24. 대금을 완납하였고, 1995.12.22. 청구법인 명의로 소유권이전등기에 따른 취득세, 등록세 등의 이전비용 일체를 부담하였으며, 1996년 이후 청구법인 명의로 고지된 종합토지세 등도 부담하였는데 이러한 사실은 관련 금융자료 등에 의하여 확인이 가능하므로 1996.7.18. 이후 쟁점부동산의 실질적인 소유자는 ○○○교회임을 알 수 있다.

따라서, 이 건은 쟁점부동산을 양도한 것이 아니고, 쟁점부동산을 취득할 수 있는 권리인 쟁점부동산분양권을 1996.7.18. 양도하였으며, 그 당시 권리금조로 받은 금액을 양도차익으로 하여 신고하여야 했으나 세법무지로 신고하지 못하였을 뿐이므로 처분청이 2006.12.1. 에야 청구법인에게 과세한 이 건 특별부가세 부과처분은 사실상 특별부가세의 무신고에 따른 7년의 부과제척기간을 경과한 부당한 처분에 해당하므로 취소되어야 한다.

(2) 예비적인 청구로서, 처분청은 쟁점연체이자 504,319천원을 필요경비로 인정하지 않고 있으나, 대법원판례에서는 연체이자를 취득가액에 포함한다고 판시하고 있음에도 불구하고 이를 취득가액에서 배제하는 것은 부당하므로 이 건 쟁점연체이자는 취득가액에 포함하여 필요경비로 인정하여야 한다

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점부동산을 분양권 상태에서 1996.7.18. 양도하여 사실상 국세부과제척기간이 경과하였다는 주장이나, 청구법인이 쟁점부동산의 양도등기를 2001.4.11.에 하였고, 그 당시 청구법인의 당회장인 김○○○가 양도소득세를 신고하면서 양도가액은 3,845,710천원, 잔금청산일은 2001.3.31.로 되어 있는 부동산매매계약서(이하 “제2매매계약서”라 한다)를 첨부하여 양도소득세를 신고한 점 등으로 미루어 보아 소유권이전등기접수일(2001.4.11)을 양도시기로 한 이 건 처분은 정당한 것이다. 또한, 청구주장과 같이 1996.7.18. 분양권 잔금청산이 완료되었다면, 청구법인에게 소유권을 등기하고 있었던 1995.12.22.?2001.4.10. 기간동안 실지계약서(제1매매계약서)의 의무사항 규정에 따라 ○○○교회가 가등기나 저당권을 설정하였어야 하나 그러한 사실이 없었고, 설령 청구법인의 주장과 같이 실제 양도가 있었다고 하더라도 사인간에 한 계약을 숨긴 상태에 있다가 부과제척기간 7년이 지난 시점에서 계약의 정당성을 주장함은 신의칙에 어긋나는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다.

(2) 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 연체이자 상당액은 취득가액에 포함하지 아니하므로 쟁점 연체이자를 필요경비 불산입한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 청구법인이 쟁점부동산을 2001.3.31. 양도한 것으로 보아 특별부가세를 과세한데 대하여, 1996.7.18. 쟁점부동산을 취득할 수 있는 권리를 양도한 것으로 국세부과제척기간이 경과한 후의 처분이라는 주장의 당부

② 예비적 청구로서, 설령 과세하는 경우라 하더라도 쟁점연체이자를 필요경비로 공제하여야 한다는 주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 쟁점① 관련

(가) 국세기본법 제26조 【납부의무의 소멸】 국세?가산금 또는 체납처분비를 납부할 의무는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 소멸한다.

1. 납부?충당 또는 부과의 취소가 있은 때

2. 제26조의 2의 규정에 의하여 국세를 부과할 수 있는 기간내에 국세가 부과되지 아니하고 그 기간이 만료된 때

3. 제27조의 규정에 의하여 국세징수권의 소멸시효가 완성한 때

국세기본법 제26조의 2 【국세부과의 제척기간】 ① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급?공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

4. 상속세?증여세는 제1호 내지 제3호의 규정에 불구하고 이를 부과할 수 있는 날부터 10년간. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 경우에는 이를 부과할 수 있는 날부터 15년간으로 한다.

가.-다. (생략)

(나) 법인세법 제99조(2001.12.31. 법률 제6558호로 삭제된 것)【과세표준】 ⑥ 토지등의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

법인세법시행령 제140조(2001.12.31, 대통령령 제17457호로 삭제된 것) 【특별부가세의 과세표준계산】 ⑤ 소득세법시행령 제162조의 규정은 법 제99조 제6항의 취득시기 및 양도시기에 관하여 이를 준용한다.

소득세법시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】 ① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부?등록부 또는 명부 등에 기재된 등기?등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부?등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

(다) 법인세법 제103조(2001.12.31. 법률 제6558호에 의거 삭제된 것) 【비영리내국법인의 부동산등 양도소득에 대한 특례】

① 비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 대통령령이 정하는 수입에서 생기는 소득(이하 “부동산등 양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.

② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 부동산등 양도소득에 대하여는 제99조 및 제101조의 규정에 불구하고 소득세법 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 특별부가세로 납부하여야 한다.

③ 제2항의 규정에 의한 특별부가세의 과세표준에 대한 신고?납부?결정?경정 및 징수에 관하여는 제102조의 규정을 준용한다.

④ 제1항 내지 제3항에 규정하는 부동산등 양도소득에 대한 특례의 적용방법 및 과세표준 등의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

같은 법 제104조(2001.12.31. 법률 제6558호에 의거 삭제된 것) 【비영리내국법인의 양도소득과세표준의 예정신고 등】

① 비영리내국법인이 제103조 제2항의 규정에 의하여 계산한 특별부가세는 소득세법 제105조 내지 제108조의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 소득세법 제112조 및 제112조의 2의 규정은 이를 준용한다.

② 제1항의 규정에 의한 양도소득과세표준 예정신고를 한 비영리내국법인의 경우에는 제103조 제3항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 소득세법 제110조 제4항 단서의 규정에 해당하는 경우에는 제103조 제3항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다.

(2) 쟁점② 관련

법인세법 제99조(2001.12.31. 법률 제6558호로 삭제된 것)【과세표준】 ① 특별부가세의 과세표준은 다음 각호의 1에 해당하는 자산(이하 “토지 등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다)

2. 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

3. 부동산에 관한 권리로서 다음 각목의 1에 해당하는 것

가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

③ 제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호의 금액을 공제한 금액으로 한다.

1. 취득가액. 다만, 상속세 및 증여세법에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연받은 법인이 대통령령이 정하는 토지 등을 양도하는 경우에 있어서는 당해 토지등을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 법인의 취득가액으로 하며, 국세기본법 제13조 제2항의 규정에 의한 법인으로 보는 단체의 경우에는 동법 동조 동항의 규정에 의하여 승인을 얻기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다.

2. 토지등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용

④ 제3항의 규정을 적용함에 있어서 취득가액이 분명하지 아니한 경우에는 제102조 제2항의 규정에 의한 가액을 취득가액으로 한다.

법인세법시행령 제140조(2001.12.31, 대통령령 제17457호로 삭제된 것) 【특별부가세의 과세표준계산】 ② 법 제99조 제3항에서 “취득가액”이라 함은 다음 각호의 금액을 합계한 금액을 말한다.

1. 제72조 제1항(동항 제3호 및 제4호의 규정은 현물출자의 경우에 한한다) 내지 제3항 및 동조 제4항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 취득가액. 다만, 동조 제2항 제1호의 규정에 의한 익금산입금액을 제외하고 동조 제3항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 포함한다.

2. 한국토지공사법에 의한 한국토지공사가 부동산을 취득(기업의 재무구조개선을 지원하기 위하여 1999년 12월 31일 이전에 취득하는 것에 한한다)하기 위하여 발행하는 토지개발채권의 이자

3. 대한주택공사법에 의한 대한주택공사가 주택건설사업자의 미분양주택을 취득(1999년 12월 31일 이전에 취득하는 것에 한한다)하기 위하여 발행하는 주택채권의 이자

4. 농업기반공사 및 농지관리기금법에 의한 농업기반공사가 조세특례제한법시행령 제40조의 2 제1항의 규정에 의한 토지등을 취득하는 경우 당해 토지등의 취득에 관련된 차입금의 이자

소득세법시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】 ① 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서 “취득에 소요된 실지거래가액”이라 함은 다음 각호의 금액을 합한 것을 말한다.

1. 제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

3. 제1호의 규정을 적용함에 있어 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함한다. 다만, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다. (1996. 12. 31. 신설)

(2) 사실관계 및 판단

(가) 쟁점①에 대하여 본다.

1) 먼저, 처분청이 이 건 특별부가세 과세대상으로 한 쟁점부동산은 1995.7.25. 환지(한국토지개발공사), 1995.8.3. 구획정리 완료, 1995.8.28. 촉탁등기가 된 후 청구법인이 1992.6.11.자 매매원인으로 1995.12.22. 소유권을 취득등기하였다가 2001.4.11. ○○○교회에게 1995.3.30.자 매매원인으로 소유권이전등기를 경료하였음이 토지대장 및 부동산등기부등본에 의하여 확인되고,

청구법인과 한국토지개발공사간에 체결된 종교용지 매매계약서(1992.6.11)에 의하면, 청구법인은 1992.6.11. 한국토지개발공사와 쟁점부동산을 취득할 수 있는 권리로서 종교용지인 쟁점부동산 분양권을 3,343,455천원(할부원금 2,974,000천원, 할부이자 369,455천원)에 분양받았고, 지정기일내에 지정용도(종교시설)에 사용하지 않는 경우 등에는 계약을 해제할 수 있도록 약정하고 있음이 확인되는 바, 이에 따르면 위 종교용지 분양권이 조성공사가 완료되어 지번이 확정된 쟁점부동산으로 체화되었고, 청구법인이 이를 이전등기하였다가 ○○○교회에게 재차 이전등기하였음을 알 수 있다.

2) 청구법인은 쟁점부동산의 양도에 대하여 2001.3.31. 양도차익 예정신고하면서, 취득가액은 한국토지개발공사 분양대금 납입총액 3,845,710천원(할부원금 2,974,115천원, 할부이자 367,275천원, 쟁점연체이자 504,319천원), 양도가액은 취득가액과 같은 3,845,710천원, 양도일은 2001.3.31. 등으로 하여 사실상 양도차익이 없는 것으로 신고하였고,

처분청은 청구법인이 비영리법인으로 쟁점부동산을 조세특례제한법 제82조(사회복지법인 등에 대한 특별부가세의 면제) 규정에 의한 고유목적에 3년이상 직접 사용하지 아니한 채 양도하여 특별부가세 과세대상에 해당한다 하여 이 건 2001사업연도분 특별부가세를 결정하였고, 동 과세시 양도가액은 청구법인의 신고금액 3,845,710천원을 시인하고, 취득가액은 신고금액 중 쟁점연체이자를 제외한 후 쟁점연체이자 상당액 504,319천원을 양도차익으로 산정하였으며, 쟁점부동산의 양도시기는 쟁점부동산의 소유권이전등기접수일인 2001.4.11.로 판단하였음이 심리자료에 의하여 확인된다.

3) 이에 대하여, 청구법인은 ○○○교회에게 쟁점부동산을 양도한 것이 아니고, 1992.6.11. 취득한 쟁점부동산분양권을 양도한 것이며, 계약당시 1995.3.30. 매매계약일 이후의 체불된 분양대금 등을 매수자가 부담하는 조건으로 15억원에 양도계약하였고, 청구법인이 영수할 매매대금 15억원 중 최종적인 잔금 1억원을 1996.7.18. 영수하였으므로 실제 양도시기는 1996.7.18.에 해당하며, 이에 따라 처분청이 2006.12.1. 부과한 이 건 특별부가세는 그 법정신고기한(1997.3.31.)으로부터 7년이 경과하여 사실상 국세부과제척기간이 도과한 부당한 처분에 해당한다는 주장이므로 이에 대하여 본다.

가) 쟁점부동산분양권에 관한 한국토지개발공사의 토지매각원부에 의하면, 쟁점부동산분양권은 청구법인이 대금 3,343,445천원(할부원금 2,974,000천원, 할부이자 369,445천원, 약정기간 및 납입 횟수 1992.6.11.?1994.12.11., 11회 분할납부)에 분양받았으나 약정기간이 경과된 1995.10.24. 3,845,710천원(원금 2,974,115천원, 약정이자 367,275천원, 연체이자 504,319천원)이 완납되어 정산된 것으로 작성되어 있다.

나) ○○○지방국세청장의 세무조사서(2006년 5월)에는 매수자 ○○○교회가 1995.10.24. 연체이자를 포함하여 분양대금을 완납한 것으로 조사되어 있으나, 실제는 청구법인이 불입한 금액은 양도계약일(1995.3.30.)까지 누계금액 1,420,465천원(원금 1,105,002천원, 약정이자 177,863천원, 연체이자 137,559천원)이고, 그 이후인 1995.4.6.부터 1995.10.24. 완납일까지의 8차에 걸친 불입액 2,425,245천원(원금 1,869,113천원, 약정이자 189,412천원, 연체이자 366,720천원)은 매수자인 ○○○교회가 직접 또는 청구법인의 명의로 한국토지개발공사에 납부하였음이 ○○○교희의 회계장부(대지구입비계정), 지출결의서, ○○○은행의 무통장송금장(8매) 및 인출계좌(○○○) 등의 자료에 의하여 확인된다.

다) 처분청의 이 건 과세근거의 하나로서, 청구법인이 양도차익 예정신고시 제출한 제2매매계약서(1995.3.30)를 보면, 양도 물건(1조)은 ○○○교회용지 5.172.2㎡, 매매대금(2조)은 3,840백만원으로 정하고, 매도인이 한국토지개발공사에 체납한 대금은 매수인이 대납하고 명의이전 시기에 가서 그간 매수인이 대납한 대금을 계산하여 과부족액은 매도인 및 매수인간에 정산하기로 하며, 매매대금의 납부(3조)는 1995.3.30. 710백만원(계약금), 1996.4.30. 990백만원(1차 중도금), 1997.4.30. 900백만원(2차 중도금), 1998.4.30. 1,040백만원(3차 중도금), 2001.3.30. 200백만원(잔금) 등으로 분할납부하고, 그 소유권이전(4조)은 매수인이 한국토지개발공사에 잔여 대금을 매도인 대신 완납하고 제2조에서 정한 과부족액이 정산되면 매수인 명의로 소유권이전등기를 하기로 약정하고 있다.

그러나, 실제 제2매매계약서상의 계약일(1995.3.30)에는 양도물건인 쟁점부동산 지번(분당동 109)이 확정되어 있지 아니하였고, 계약서상 중도금 등의 납입예정일과 매수자가 한국토지개발공사에 실제 대납한 날짜가 상이하며, 계약서상 잔금정산일을 2001.3.31.으로 명기한 점 등으로 미루어 동 계약서는 2001.3.31. 양도소득세 예정신고 및 2001.4.11. 소유권이전등기용으로 사실과 다르게 작성된 허위의 매매계약서로 보여진다.

라) 이에 반하여, 청구법인이 실제 쟁점부동산분양권의 양도계약서라고 주장하면서 제출한 제1매매계약서(2005.3.30)를 보면, 매매목적물이 ○○○종교시설용지이고, 매매대금(1조)은 일금 15억원[(계약금 710백만원, 잔금 790백만원(1996.3.31)]으로 하되 한국토지개발공사에 대한 미지급 금액(체불잔금)을 매수인이 인수하며, 매매당사자간 의무(3조)는 매도인은 매매목적물 분양권이 매수인에게 이전 가능한 경우에는 즉시 이전하여야 하고, 매매목적물에 대해 공부상 소유권을 취득한 후 매수인에게 소유권을 이전해야할 경우에는 매수인에게 매매계약에 의한 가등기 또는 매수인이 요구하는 채권최고액으로 근저당 설정을 하여야 하며, 매수인에게로 소유권 이전이 가능할 경우에는 지체없이 소유권이전등기 관련 제반서류를 교부 협조하여야 하며, 매수인은 매도인을 경료하여 공부상 소유권을 취득하는데 필요한 취득세, 등록세, 등기비용 및 매도인에게 발생하는 양도소득세 등을 부담하는 조건으로 계약하고 있다.

이 건 제1매매계약서는 1995.3.30. ○○○사무소에서 확정일자(제880호, 매수인분 제879호)를 교부받았고, 동 ○○○사무소 대표변호사 김○○○은 위 계약서의 확정일자 교부사실을 재차 확인(확인서, 2007.4.27)하고 있는 바, 이와 같이 확정일자 부여 및 대표변호사의 확인사실 등에 미루어 보아 그 확정일자 부여시점에 실제 작성된 사실에 부합한 계약서로 인정된다 하겠다.

마) 위의 제1매매계약서상 쟁점부동산분양권의 매매 대금 1,500백만원은 1996.7.18. 잔금청산되었는 바, 계약금으로 약정된 710백만원은 계약일(1995.3.30.)에, 잔금 790백만원(당초 약정일 1996.3.31)은 1995.12.14. 230백만원, 1996.1.30. 60백만원, 1996.4.10. 300백만원, 1996.6.12. 100백만원, 1996.7.18. 100백만원 등으로 나뉘어 당사자간에 수수되었음이 청구법인의 회계장부(현금출납장), ○○○교회의 대지구입비계정, 지출결의서, 청구법인 영수증 및 인출계좌(○○○은행 ○○○외1) 등의 자료에 의하여 확인된다.

바) 한편, 청구법인은 1995.12.22. 쟁점부동산을 취득등기한 후 종교용지로서 취득세 등을 감면받았다가 ○○○교회에게 소유권이전등기를 함으로써 2001.6.12. 취득세 및 등록세 합계 204,619천원을 추징받았는 바, 동 고지세액은 매수인 ○○○교회가 납부하였음이 ○○○교회의 인출계좌(○○○에 의하여 확인된다.

사) 청구법인이 제출한 건축공사표준계약서(1998.2.28)에는 매수자인 ○○○교회(목사 박태희)와 공사시공자 라○○○ 사이에 쟁점부동산을 대지위치로 하여 ○○○교회 분당수양관 신축공사를 29억원(부가가치세 포함)에 도급공사 계약하고 있고, 건축관계자변경신고필증(2003.5.21. 성남시장)에는 쟁점부동산 위치에 신축하고 있는 종교시설의 건축주를 종전 청구법인에서 ○○○교회로 변경신고하고 있는 바, 이와 관련하여 ○○○지방국세청장의 세무조사서에는 위 종교시설 건축허가는 1997.4.22. ○○○교회가 득(허가서상에는 청구법인 명의로 하였으나 실질은 ○○○교회가 함)하여 교회건축 중에 건축주를 ○○○교회로 변경 후 2004년 6월 준공하여 고유목적인 교회로 사용 중에 있다고 조사하고 있고, ○○○교회의 1996년 제29차 사무총회(1996.12.29), 1996년 5월?8월분 당회자료에 의하면, ○○○교회는 1996년부터 쟁점 부동산 소재지를 “분당성전터”로 하여 ○○○교회의 교회재산으로 관리하고 있음이 확인된다.

4) 살피건대, 청구법인은 2001.3.31. 양도차익 예정신고시 제출한 제2매매계약서상의 잔금청산일(2001.3.31)에 쟁점부동산을 양도한 것이 아니고 1996.7.18. 쟁점부동산분양권을 양도하였으므로 국세 부과제척기간이 경과하였다고 주장하는 바,

가) 먼저, 양도물건 및 양도시기에 대하여 살펴보면, 청구법인이 2001.3.31. 양도차익 예정신고시 부속서류로 첨부한 제2매매계약서는 양도물건을 쟁점부동산, 잔금청산일을 2001.3.31.로 명시하였으나, 전술한 바와 같이 매매물건을 지번이 확정되지도 아니한 쟁점부동산을 대상으로 하고 있는 점 등으로 보아 양도소득세 예정신고 및 소유권이전등기용으로 사실과 다르게 작성된 허위의 매매계약서로 보여지며, 이에 반하여 청구법인이 실제 계약서라고 주장하는 제1매매계약서는 공증법률사무소에서 계약일(1995.3.30)에 확정일자를 교부받은 사실에 부합한 매매계약서로 인정되며, 이에 의하면 양도물건을 쟁점부동산분양권으로 하고 있고, 계약일인 1995.3.30. 현재 청구법인의 한국토지개발공사에 대한 체불대금을 매수인이 부담하는 조건으로 15억원(계약금 710백만원, 잔금 790백만원)에 양도계약한 후, 양도대금 15억원 중 계약금 710백만원은 계약일에 수수하고, 잔금 790백만원은 계약서상 1996.3.31. 일시불로 지급하는 것으로 약정하였으나 실제 1996.7.18. 잔금청산이 이루어졌음이 관련 증빙에 의하여 확인되는 점, 그 외에 매수자 ○○○교회는 청구법인이 체불한 양도계약일(1995.3.30) 이후의 쟁점부동산분양권 할부대금을 1995.4.6?1995.10.24. 기간동안 8회에 걸쳐 완납하면서 연체이자 366,720천원을 부담하였는데, 그 고액의 연체이자를 장기에 걸쳐 납부(부담)한 것은 기한이익 상당액(조기납부시 연체이자를 경감받을 수 있는 측면에서 그러하다)을 자기 책임과 계산에 의하여 손해를 감수한 것으로서 사실상 자신의 소유 재산으로 인식한 것으로 볼 수 있고, 더욱이 ○○○교회는 쟁점부동산 분양권의 종교용지를 1996년부터 당해 교회자산으로 관리하였을 뿐만 아니라 1996년 5월부터 동 소재지를 건축지로 하여 교회건물 설계 작업을 착수하고 1997.4.22. 건축허가를 득한 후 1998년 3월부터 본 공사를 착공하는 등 사실상 재산권을 행사하고 있는 점 등에 비추어 볼 때 청구법인이 1996.7.18. 쟁점부동산분양권을 양도하였다는 청구 주장은 신빙성이 있는 것으로 인정된다.

나) 다음은, 쟁점부동산분양권의 양도시기가 1996.7.18.이루어졌다고 하여 이 건 부과처분일(2006.12.1.) 현재 국세부과제척기간이 경과하였는지를 보면,

국세기본법 제26조의 2 제1항 제1호의 규정에 의하여 10년간의 국세부과제척기간을 적용받는 “사기 기타 부정한 행위”란 조세의 부과?징수를 불가능하게 하거나 또는 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 어떤 다른 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 사기 기타 부정한 행위에 해당하지 아니하다 할 것이나(○○○ 2006.8.21),

청구법인은 쟁점부동산분양권의 취득계약당시 준공일로부터 3년이내 지정용도(종교용지)에 사용하여야 하고, 지정용도 사용전 임의 양도시에는 계약해제가 가능한 전매제한 약정이 있었음에도 쟁점부동산 준공일(1993.12.31)로부터 3년이내인 1995.3.30. ○○○교회에게 임의 양도하여 취득계약을 위배하고 있고, 취득당시 취득세 등의 지방세를 비과세 적용받은 후 3년이내 기간인 1996.7.18.에 양도함에 따라 그 비과세 적용이 배제되어야할 취득세 등을 자진하여 신고?납부한 사실이 없는 점, 청구법인이 1995.12.22. 취득등기한 쟁점부동산분양권에 대하여 1996.7.18. 양도대금의 잔금을 청산받았으므로 언제든지 매수자인 ○○○교회에게 소유권이전등기를 경료할 수 있었음에도 2001.4.11.에야 지연등기하였고, 쟁점부동산분양권의 전매당시 약정한 실제 매매계약서(제1매매계약서)에 대하여 확정일자를 교부받은 사실은 전문가의 조력을 받아 이루어진 것으로 보여지고, 전매당시 217,135천원(양도가액 1,500,000천원에서 쟁점연체이자를 제외한 취득가액 1,282,865천원을 차감한 금액) 상당의 양도차익이 발생하였음에도 법정신고기한내인 1997.3.31.까지 양도차익예정신고를 하지 아니하였을 뿐만 아니라 양도일로부터 4년 9개월 경과시점인 2001.3.31.에야 양도차익이 없고 잔금청산일을 2001.3.31.로 기재한 허위의 매매계약서(제2매매계약서)를 첨부하여 신고한데 대하여 정당한 사유를 확인할 수 없는 점 등을 종합하여 볼 때 청구법인이 1996사업연도분 특별부가세를 단순히 무신고한 것으로 볼 수 없고, 조세의 부과 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 한 적극적인 행위에 해당한다고 보여지므로 1996.7.18. 양도한 쟁점부동산분양권에 대한 특별부가세의 부과제척기간으로 국세기본법 제26조의 2 제1항 제1호에 의하여 10년이 적용되어야 할 것으로 판단된다.

따라서, 청구법인이 이 건 특별부가세의 부과제척기간이 경과하였다는 청구주장은 타당하지 아니하므로 받아들이기 어렵다.

(나) 다음은, 쟁점②에 대하여 본다.

1) 청구법인은 2001.3.31. 이 건 양도차익 예정신고시 쟁점연체이자(504,319천원)를 취득가액에 포함하여 필요경비로 신고하였고, 전술한 바와 같이 처분청은 이를 취득가액에서 제외하여 양도차익을 산정하였다.

2) 청구법인은 종전 대법원판례에서 연체이자를 취득가액에 포함한다고 판시하고 있으므로 쟁점연체이자를 취득가액으로 인정하여야 한다는 주장이다.

3) 연체이자에 대하여 1997.4.1. 개정된 법인세법기본통칙 99-0…3【토지 등을 장기할부조건으로 양도하는 경우 양도가액의 계산】은 “토지 등의 가액에 이자상당액을 가산하여 양도가액을 확정하고 그 대금의 지급을 장기할부방식으로 한 경우 동 이자상당액은 당해 자산의 양도가액 또는 취득가액에 포함하는 것으로 한다. 이 경우 당초 계약시 이자상당액을 토지 등의 가액과 구분하여 지급하기로 한 때에도 또한 같다. 다만, 당초 계약상의 지급기일의 지연으로 인하여 지급되는 이자는 그러하지 아니하다.”고 규정하고 있다.

4) 살피건대, 연체이자(연체료)에 대하여 1996.12.31. 이전 규정에는 명문의 규정(통칙으로 운용)이 없어서 필요경비로 인정하는 대법원의 반복판례(○○○1992.7.28 외 다수)가 계속되었고, 청구법인은 종전 대법원 판례를 근거로 쟁점연체이자를 필요경비로 인정해야 한다는 주장이나, 1996.12.31. 대통령령 제15191호로 지급 기일의 지연에 의한 연체이자는 필요경비 불산입함을 명확하게 규정하는 것으로 법령(소득세법시행령 제163조 제1항 3호)이 개정되었고, 이 건 쟁점연체이자는 쟁점부동산분양권의 분양대금에 대한 지급기일의 지연에 따른 연체이자에 해당하므로 이를 취득가액으로 인정하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

(다) 종합하여 살펴보면, 청구법인은 쟁점부동산분양권을 1992.6.11. 대금 3,343,445천원(할부원금 2,974,000천원, 할부이자 369,445천원)에 분양받았으나, 할부기간 중인 1995.3.30. 할부원금 1,105,002천원, 할부이자 177,863천원, 연체이자 137,599천원 합계 1,420,465천원을 불입한 상태에서 ○○○교회에게 동 분양권을 1,500,000천원에 양도계약하고 1996.7.18. 잔금이 청산된 사실이 확인되고 있으므로, 처분청이 쟁점부동산분양권에 대하여 양도시기는 1996.7.18., 양도가액은 1,500,000천원, 취득가액은 1,282,865천원(1995.3.30.까지 불입한 할부원금 1,105,002천원, 할부이자 177,863천원) 등으로 하여 1996사업연도분 특별부가세를 다시 과세하는 것은 별론으로 하더라도, 그 양도시기는 2001.4.11., 양도가액은 3,845,710천원, 취득가액은 3,341,390천원 등임을 전제하여 과세한 이 건 2001사업연도분 특별부가세의 부과처분은 잘못이 있으므로 취소되어야 할 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.