쟁점     (1) 청구법인이 신축한 폐기물 처리시설공사 매입세액을 면세사업(생활폐기물처리) 관련 매입세액이라 하여 매입세액 불공제한 처분의 당부 (인용)
 
 
 
청구번호    2007중1727 결정일자    2007-10-04 세목    부가가치세
 
심판청구번호 국심 2007중 1727(2007.10.4)

 

주 문

 

○○○세무서장이 2007.3.6. 청구법인에게 한 부가가치세 3건 367,228,510원(2004년 제2기 △11,725,290원, 2005년 제1기 255,258,290원, 2005년 제2기 123,695,510원)의 부과처분은 매입세액 212,171,539원(2004년 제2기 19,200,000원, 2005년 제1기 121,500,000원, 2005년 제2기 71,471,539원)을 공제하여 그 세액을 경정한다.

이 유

1. 처분개요

청구법인(구 주식회사 ○○○)은 2002.9.5. 개업한 이래 서비스업(폐기물처리업 등)을 영위하고 있는 법인으로, 2004년 제2기부터 2005년 제2기 과세기간중 2,121,715,390원(이하 “쟁점금액”이라 한다) 상당의 우유슬러지처리시설(이하 “쟁점시설”라 한다)을 설치하고 동 금액에 대한 세금계산서를 수취하고 매입세액 212,171,539원을 공제하여 당해 과세기간의 부가가치세신고를 하였다.

처분청은 청구법인이 영위하는 업종이 음식물쓰레기처리용역업으로 부가가치세 면세사업에 해당한다 하여 쟁점시설투자비에 대해 기 공제받은 매입세액 212,171,539원을 불공제하여 2007.3.6. 청구법인에게 부가가치세 3건 367,228,510원(2004년 제2기 △11,725,290원, 2005년 제1기 255,258,290원, 2005년 제2기 123,695,510원)을 경정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2007.5.11. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인이 처음부터 영위하고자 한 업종은 사업장폐기물인 우유슬러지처리용역업으로 부가가치세 과세대상이며, 쟁점시설투자와 관련된 매입세액은 당연히 공제 되어야 하고, 또한 설치 후 가동을 하지 못하여 매출액이 발생하지 아니하였다 하더라도 매입세액은 공제되어야 하고, 쟁점시설과 음식물쓰레기처리시설은 별개의 설비임에도 처분청이 같은 것으로 본 것은 부당하며, 쟁점시설 설비투자액 총 2,121,715천원(쟁점금액)중 음식물쓰레기처리시설로 전용된 245,966천원을 제외한 1,875,749천원에 대한 매입세액은 공제되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 사업장폐기물인 우유슬러지를 처리하는 업종은 과세사업이라고 주장하나, 청구법인은 우유슬러지처리용역과 관련하여 매출이 발생하지 아니하였고, 아파트 등으로부터 음식물쓰레기를 수거하여 처리하는 음식물쓰레기처리용역업체로 부가가치세법시행령 제29조 제11호의 규정에 의한 의료보건위생용역에 해당하는 면세사업자로 청구법인이 수취한 쟁점금액 상당 세금계산서의 매입세액을 불공제한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 영위하는 업종이 부가가치세 면세사업이라 하여 쟁점시설 투자비 2,121,715,390원에 대한 매입세액을 불공제한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제12조 【면 세】 ① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

4. 의료보건용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 것과 혈액

부가가치세법시행령 제29조 【의료보건용역의 범위】 법 제12조 제1항 제4호에 규정하는 의료보건용역은 다음 각호에 규정하는 것(의료법 또는 수의사법의 규정에 의하여 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.

11. 폐기물관리법 제26조의 규정에 의하여 생활폐기물 또는 감염성폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 또는 감염성폐기물의 수집ㆍ운반 및 처리용역과 동법 제30조의 규정에 의하여 폐기물처리시설의 설치승인을 얻거나 그 설치의 신고를 한 사업자가 공급하는 생활폐기물의 재활용용역

(2) 부가가치세법 제17조 【납부세액】 ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액” 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

(3) 폐기물관리법 【제2조】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “폐기물”이란 쓰레기, 연소재(燃燒滓), 오니(汚泥), 폐유(廢油), 폐산(廢酸), 폐알칼리 및 동물의 사체(死體) 등으로서 사람의 생활이나 사업활동에 필요하지 아니하게 된 물질을 말한다.

2. “생활폐기물”이란 사업장폐기물 외의 폐기물을 말한다.

3. “사업장폐기물”이란 대기환경보전법, 수질환경보전법 또는 소음·진동규제법의 규정에 의하여 배출시설을 설치·운영하는 사업장 기타 대통령령이 정하는 사업장에서 발생되는 폐기물을 말한다.

5. “처리”라 함은 폐기물의 소각(燒却)·중화(中和)·파쇄(破碎)·고형화(固形化) 등의 중간처리(제6호의 규정에 의한 재활용을 포함한다. 이하 같다)와 매립?해역배출 등에 의한 최종처리를 말한다.

7. “폐기물처리시설”이라 함은 폐기물의 중간처리시설과 최종처리시설로서 대통령령이 정하는 시설을 말한다.

폐기물처리법시행령 제2조 【사업장의 범위】 법 제2조 제3호에서 “기타 대통령령이 정하는 사업장”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 사업장을 말한다.

7. 폐기물을 1일 평균 300킬로그램이상 배출하는 사업장

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 서비스업(환경관련엔지니어링서비스, 폐기물 중간처리 등)을 영위하기 위하여 2002.9.5. 개업하였으며, 사업용 건물을 신축하고 쟁점시설인 음식물(우유슬러지) 사료화 시설 설비공사를 부광이엔지(○○○, 대표자 ○○○)에게 도급을 주는 등 시설투자를 하고 아래 표와 같이 쟁점시설 투자 등 관련 매입세액을 공제하여 당해 과세기간의 부가가치세신고를 한 사실이 부가가치세 신고서, 조사복명서 등에 의하여 확인되고,

(단위 : 백만원)

구분
 ’02.2기
 ’03.1기
 ’03.2기
 ’04.1기
 ’04.2기
 ’05.1기
 ’05.2기
 ’06.1기
 ’06.2기
 
매출액
 -
 -
 -
 -
 332
 30
 △30
 -
 (260)
 
매입액
 31
 103
 9
 19
 215
 2,146
 999
 173
 124
 
세액
 △3
 △10
 △1
 △2
 13
 △198
 △100
 △17
 △12
 

주) 2006년 제2기 ( )안은 금액은 음식물쓰레기처리 용역대가에 대한 수입금액으로 부가가치세 면세수입금액임

처분청은 청구법인이 영위하는 업종이 음식물쓰레기처리용역업으로 부가가치세 면세사업에 해당한다고 보아 쟁점시설 투자 등 관련 매입세액을 전액 불공제하여 아래 표와 같이 부가가치세 6건을 과세한 사실이 경정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(단위 : 원)

과세기간
 세액
 과세기간
 세액
 과세기간
 세액
 
2004.2기
 5,694,310
 2003.1기
 15,284,980
 2003.2기
 1,335,790
 
2004.1기
 2,655,970
 2004.2기
 △11,725,290
 2005.1기
 255,258,290
 
2005.2기
 123,695,510
 2006.1기
 20,237,930
 2006.2기
 1,243,300
 
합계
 △11,725,290

425,406,080
 

주) 청구법인은 쟁점금액이 투자된 2004년 제2기?2005년 제2기 과세기간에 대한 것만 다투고 있음.

(2) 처분청은 청구법인이 부가가치세법시행령 제29조 제11호에서 규정한 면세사업인 생활폐기물(음식물쓰레기)처리업을 영위하므로 동 사업을 위한 시설투자에 대한 매입세액은 공제할 수 없다는 의견인 반면, 청구법인은 처음에는 과세사업인 우유슬러지처리업을 영위하기 위하여 쟁점시설투자를 하였으나 기술적인 결함 등으로 동 업종을 영위하지 못하고 업종을 면세사업인 음식물쓰레기처리업으로 변경하고 이에 대한 시설투자를 다시 하여 2006.8월부터 음식물쓰레기처리에 대한 수입금액이 발생하고 있는 바, 쟁점시설은 처음부터 우유슬러지처리업인 과세사업을 영위하기 위하여 발생한 것이므로 쟁점시설투자에 관련된 매입세액은 공제되어야 한다고 주장하면서, 폐기물처리와 관련하여 용인시장이 통보한 공문, 쟁점시설투자 관련 서류, 용인시장이 발급한 폐기물중간처리업허가 관련 사항, 쟁점시설이 철거되어 보관된 사진 등을 제시하므로 이에 대하여 살펴본다.

(가) ○○○시장이 2003.12.11. 청구법인에게 통보한 폐기물처리업 사업계획 ○○○)에 의하면, 폐기물처리업[음식물류폐기물(고상) 중간처리 퇴비화사업계획]에 대해 적정통보를 받았는 바, 업종은 ‘음식물류폐기물(우유슬러지)중간처리 퇴비화’, 장비 및 시설은 ‘반응시설, 건조시설, 세정집진시설, 재이용수조’, 시설규모는 ‘50톤/일’로 되어 있다.

(나) 청구법인은 쟁점시설인 음식물(우유슬러지) 사료화 시설 설비공사를 ○○○(○○○, 대표자 ○○○)와 설치공사계약을 체결[총공사금액 2,599,755천원(부가가치세 별도)]하고, ○○○는 쟁점시설 설치공사를 하였고 공급가액 2,121,715,390원 상당의 세금계산서 8매(2004.11.8. 192백만원, 2005.1.3. 408백만원, 2005.2.18. 130백만원, 2005.3.24. 100백만원, 2005.5.9 577백만원, 2005.7.4. 499,692,975원, 2005.8.29. 215,022,415원)를 청구법인에게 발행?교부한 사실이 쟁점시설 설비공사 계약서, 세금계산서, 쟁점시설 설비공사내역서 등에 의하여 나타나고, 처분청도 이에 대하여는 다툼이 없다.

(다) ○○○시장은 2005.10.26. 청구법인에게 폐기물중간처리업허가(번호 ○○○)를 하였는 바 그 내용을 보면, 영업대상폐기물은 ‘음식물류폐기물(우유슬러지)’이며, 2006.2.10. 변경허가를 하였는데, 처리용량증가는 ‘50[(톤/일, 비료화]에서 95[(톤/일, 비료화+습식사료화]으로, 처리시설신설은 위 (가)의 반응시설, 건조시설, 세정집진시설에서 선별시설, 파쇄시설, 발효?가열시설, 탈수시설, 건조시설, 계량시설로 되어 있고, 청구법인은 2006.7.6. 시설사용개시신고를 하고, 2007.2.8. 기재사항을 음식물류폐기물(우유슬러지)에서 음식물류폐기물로 변경한 것으로 나타난다.

(라) 환경부의 2006.1.5. 민원회신공문(처리부서 : 산업폐기물과)에 의하면, 우유제조후 발생되는 슬러지는 사업장폐기물이라고 되어 있다.

(마) 청구법인은 2005.11.21.부터 음식물쓰레기처리시설을 설치하기 시작하여 2007.7.16.까지 742,275,742원 상당의 시설투자를 하였다고 주장하면서 공사내역서, 세금계산서 등을 제시하고 있다.

(바) 청구법인은 쟁점시설(우유슬러지처리시설)중 액상사료가열장치 및 이송펌프, 압롤박스, 전기공사, 관류중기 보일러 등 245,966천원 상당의 설비는 음식물쓰레기처리시설에 재사용하고 나머지는 철거하여 사업장 공터에 보관하고 있다고 주장하면서 이에 대한 사진(46장)을 제시하고 있다.

(3) 위의 내용을 종합하여 보면, 청구법인은 법인사업자(과세사업자임)로 사업자등록을 하고 사업장폐기물인 우유슬러지를 수집?운반?처리하여 비료를 생산하기 위하여 용인시장으로부터 폐기물처리허가를 받고 쟁점시설(우유슬러지처리시설)을 설치하였으며, 우유슬러지는 우유제조회사에서 우유를 가공한 후 발생되는 찌꺼기로 페기물관리법에서 규정하는 사업장폐기물로 우유슬러지처리업은 부가가치세 과세사업에 해당하나 생활폐기물(음식물쓰레기)처리업은 부가가치세법시행령 제29조 제11호의 규정에 의하여 면세사업에 해당하고(○○○, 2001.9.12. ; ○○○, 2003.10.15. 참조), 쟁점시설은 반응시설, 건조시설, 세정집진시설, 재이용수조이나 변경허가된 음식물쓰레기처리시설은 선별시설, 파쇄시설, 발효?가열시설, 탈수시설, 건조시설, 계량시설로 설비자체가 다르며 또한, 우유슬러지 건조시설은 간접예열방식의 건조기이며, 음식물쓰레기 건조시설은 직접건조방식의 건조기로 설비자체가 서로 다른 것으로 나타나는 바, 청구법인은 당초 과세사업인 우유슬러지처리업을 영위하기 위하여 쟁점시설을 설치하였으나 기술력 부족 등의 이유로 우유슬러지처리업을 영위하지 못하고 쟁점시설을 철거하고 면세사업인 음식물쓰레기처리업을 영위하기 위하여 새로이 시설투자를 한 후 행정관청에 동 시설사용개시신고를 하고 동 시설을 가동하여 면세사업인 음식물쓰레기처리용역대가가 발생한 것으로 나타난다.

따라서, 청구법인이 과세사업을 영위하기 위하여 쟁점시설에 투자를 하였으나 동 시설을 가동하지 못하고 면세사업인 음식물쓰레기처리업을 영위하기 위하여 새로이 투자를 한 것으로 나타나므로 청구법인의 업종이 당초 과세사업에서 면세사업으로 변경되었음에도 처분청이 청구법인이 처음부터 면세사업인 음식물쓰레기처리업만을 영위한 것으로 보아 쟁점시설투자 관련 매입세액을 불공제한 것은 타당하지 아니하며 쟁점시설은 일부 면세사업에 사용하고 대부분은 철거하여 보관하고 있으므로 쟁점시설이 면세사업에 사용되거나 매각되는 때에 과세하는 것은 별론으로 하더라도 쟁점시설투자 관련 매입세액을 공제되어야 한다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다