쟁점     (1) 퇴직급여를 중간정산받은 청구법인의 임원 주○○○이 현실적으로 퇴직하지 아니한 것으로 보아 쟁점퇴직급여를 손금불산입하고 청구법인이 한 결손금 소득공제에 의한 법인세액 환급신청액 중 일부을 환급거부한 처분의 당부(인용) 
 
 

청구번호    2007서3760 결정일자    2008-01-11 세목    법인세
 
심판청구번호 국심 2007서3760(2008. 1. 11.)

 

주 문

○○○세무서장이 2007.7.6. 청구법인에게 한 2005.1.1~2005.12.31. 사업연도 법인세 67,432,456원의 환급을 거부한 처분은 이를 취소한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 1976.1.20. 설립되어 도매업 등을 영위하여 온 ○○○으로, 2006.1.1~2006.12.31.사업연도(이하 “2006사업연도”라 한다)에 결손금 428,643,023원이 발생하자 2007.3.31. 당해 사업연도 법인세를 신고하면서 직전 2005.1.1~2005.12.31.사업연도(이하 “2005사업연도”라 한다)의 소득에 대하여 과세된 법인세액 중 107,160,756원을 환급신청하였다.

나. 처분청은 청구법인이 2006.12.29. 주○○○에게 지급한 퇴직급여 중간정산 지급액 269,729,794원(이하 “쟁점퇴직급여”이라 한다)은 주○○○의 퇴직이 현실적인 퇴직에 해당하지 아니하는 것으로 보아 2006사업연도 소득금액 계산시 쟁점퇴직급여를 손금불산입하고, 이에 따라 계산한 2006사업연도의 결손금이 158,913,233원이라 하여 2007.7.6. 청구법인이 환급신청한 2005사업연도 법인세액 107,160,756원 중 39,728,300원만 환급하고 나머지 67,432,456원은 환급을 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.9.18. 심판청구를 제기하였다.

 

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 2006.11.6. 임시주주총회를 개최하여 정관에 규정된 임직원의 퇴직급여지급규정을 적법하게 변경하였고, 청구법인의 임원인 주○○○에 대한 급여를 연봉제로 전환함에 따라 향후 퇴직급여를 지급하지 아니하는 조건으로 그 때까지의 퇴직급여를 중간정산하여 269,729,794원을 지급하였는 바, 이러한 경우에 현실적인 퇴직으로 보아 손금에 산입하도록 한 법인세법 시행령 제44조제2항제4호의 규정에 불구하고 영세중소기업인 청구법인의 업무상 일부 미숙함을 들어 쟁점퇴직급여를 손금불산입한 처분은 부당하다.

또한, 청구법인은 주○○○ 뿐만 아니라 임원인 조○○○, 주○○○에게도 동일한 조건에 의해 퇴직급여 중간정산을 하였으므로 개정된 정관에 의한 퇴직급여지급규정은 일반적인 규정이고, 처분청이 조○○○, 주○○○에게 지급한 퇴직급여는 인정하면서도 주○○○에게 지급한 쟁점퇴직급여만은 손금불산입한 것은 불합리하며, 처분청은 주○○○이 다른 연도에는 18,000천원의 급여를 받다가 유독 2006년에만 43,500천원의 급여를 받은 점을 지적하나, 주○○○은 청구법인의 대표이사로 재직해왔던 아버지 주○○○이 2005년 6월경 사망하자 대표이사로 취임하고 본점을 ○○○에서 서울특별시로 이전하면서 대표이사로서의 지위와 그 동안의 경영실적을 감안하여 급여를 인상한 것이고, 조○○○의 급여도 주○○○과의 형평에 맞게 36,250천원으로 인상하였으므로 청구법인의 환급신청을 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인이 2006.12.31. 주○○○과 맺은 연봉근로계약서에는 총연봉이 18,000천원으로 기재되어 있을 뿐, 당해 연봉에 포함된 퇴직급여의 액수가 명확히 구분되어 있지 아니하고, 당해 연봉근로계약서에 퇴직급여 중간정산은 1년 이상 근무한 자에 한하여 지급하는 것으로 규정되어 있는 점, 주○○○이 퇴직급여를 중간정산하고자 하는 서면요구가 없는 점, 주○○○의 급여가 2005년에 18,000천원이고 2006년에는 43,500천원으로 인상되었다가 다시 2007년에는 18,000천원으로 환원된 점, 청구법인의 임원에 대한 급여를 연봉제로 전환하면서 향후 퇴직급여를 지급하지 아니하는 조건으로 퇴직급여를 중간정산하기로 한 내용의 이사회의사록이 없는 점 등으로 판단할 때, 퇴직급여를 지급하기 위해 형식적으로 연봉근로계약서 등이 작성되었을 뿐 현실적인 퇴직에 해당하지 아니하므로 당초 처분은 정당하다.

 

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

퇴직급여를 중간정산받은 청구법인의 임원 주○○○이 현실적으로 퇴직하지 아니한 것으로 보아 청구법인이 한 결손금 소급공제에 의한 법인세액 환급신청을 거부한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 법인세법 제72조 【결손금 소급공제에 의한 환급】①제25조 제1항 제1호의 규정에 의한 중소기업은 각 사업연도에 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액(대통령령이 정하는 법인세액을 말한다)을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급신청할 수 있다. 이 경우 당해 결손금에 대하여는 제13조 제1호의 규정을 적용함에 있어서 이를 공제받은 금액으로 본다.

⑤납세지 관할세무서장은 제3항의 규정에 의하여 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우에는 환급세액 중 그 감소된 결손금에 상당하는 세액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산한 금액을 당해 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수한다.

⑥결손금의 소급공제에 의한 환급세액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령 제110조 【결손금 소급공제에 의한 환급세액의 계산】②법 제72조 제1항에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액”이라 함은 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 금액을 말한다.

1. 직전사업연도의 법인세 산출세액

2. 직전사업연도의 과세표준에서 법 제14조 제2항의 규정에 의한 당해 사업연도의 결손금으로서 소급공제를 받고자 하는 금액(직전사업연도의 과세표준을 한도로 하며, 이하 이 조에서 “소급공제 결손금액”이라 한다)을 차감한 금액에 직전사업연도의 세율을 적용하여 계산한 금액

제44조 【퇴직급여의 손금불산입】(2006.2.9. 제목개정)

①법인이 임원 또는 사용인에게 지급하는 퇴직급여(「근로자퇴직급여 보장법」 제2조 제5호의 규정에 따른 급여를 말한다. 이하 같다)는 임원 또는 사용인이 현실적으로 퇴직(이하 이 조에서 “현실적인 퇴직”이라 한다)하는 경우에 지급하는 것에 한하여 이를 손금에 산입한다.

②현실적인 퇴직에는 법인이 퇴직급여를 실제로 지급한 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 포함하는 것으로 한다. (2006.2.9. 개정)

1. 법인의 사용인이 당해 법인의 임원으로 취임한 때

2. 법인의 임원 또는 사용인이 그 법인의 조직변경ㆍ합병ㆍ분할 또는 사업양도에 의하여 퇴직한 때

3. 「근로자퇴직급여 보장법」 제8조 제2항의 규정에 의하여 퇴직급여를 중간정산하여 지급한 때

4. 법인의 임원에 대한 급여를 연봉제로 전환함에 따라 향후 퇴직급여를 지급하지 아니하는 조건으로 그 때까지의 퇴직급여를 정산하여 지급한 때 (2006.2.9. 개정)

④ 제3항 제1호의 규정은 정관에 임원의 퇴직급여를 계산할 수 있는 기준이 기재된 경우를 포함하며, 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정이 따로 있는 경우에는 당해 규정에 의한 금액에 의한다.

(3) 법인세법 시행령 부칙 (2006.2.9. 대통령령 제19328호)

제1조 【시행일】이 영은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>

제2조 【일반적 적용례】이 영은 2006년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

청구법인이 임원 주○○○에 대한 급여를 연봉제로 전환하면서 향후 퇴직금을 지급하지 아니하는 조건으로 정관에 규정된 퇴직급여지급규정에 따라 퇴직급여를 중간정산하였음에도 처분청이 현실적인 퇴직에 해당하지 아니한다 하여 주○○○에게 지급한 쟁점퇴직급여를 손금불산입하고 결손금 소급공제에 의한 법인세액 환급신청을 거부한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

(1) ○○○인 청구법인이 2005사업연도에 보유부동산의 매매 등에 따른 소득금액에 대해 법인세 256,029,411원을 신고납부하고, 2006사업연도에는 그 임원 주○○○에게 중간정산하여 지급한 쟁점퇴직급여 269,729,794원을 포함한 결손금 428,643,023원이 발생한 것으로 법인세를 신고하면서 결손금 소급공제에 의한 환급을 규정한 법인세법 제72조, 같은 법 시행령 제110조제2항에 따라 2005사업연도에 신고납부한 법인세액 중 107,160,756원을 환급신청한 데 대해,

처분청은 주○○○의 퇴직이 현실적인 퇴직에 해당하지 아니하는 것으로 보아 2006사업연도 소득금액계산시 쟁점퇴직급여를 손금불산입하고, 이에 따라 계산한 결손금이 158,913,233원이라 하여 2007.7.6. 청구법인인 환급신청한 법인세액 107,160,756원 중에서 39,728,300원을 환급하고 나머지 67,432,456원은 환급을 거부한 것으로 처분청 과세자료에 나타난다.

(2) 법인이 임원 또는 사용인에게 지급하는 근로자퇴직급여보장법 제2조제5호의 규정에 따른 퇴직급여는 현실적으로 퇴직하는 경우에 지급하는 것에 한하여 이를 손금에 산입하되, 법인의 임원에 대한 급여를 연봉제로 전환함에 따라 향후 퇴직급여를 지급하지 아니하는 조건으로 그 때까지의 퇴직급여를 정산하여 지급한 때에는 이를 현실적인 퇴직에 해당하는 것으로 법인세법 시행령 제44조가 2006.2.9. 개정되었고,

법인세법 제72조제5항에서는 관할세무서장으로 하여금 결손금 소급공제에 의해 법인세액을 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우에는 환급세액 중 그 감소된 결손금에 상당하는 세액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산한 금액을 당해 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수하도록 규정하고 있다.

(3) 청구법인은 2006.11.6. 임시주주총회를 개최하여 정관을 개정하면서 임원에 대한 퇴직급여지급규정을 신설하였고, 2006.12.29. 대표이사 주○○○(1948.11.19. 출생), 이사 조○○○을 대상으로 급여를 연봉제로 전환하면서 퇴직급여를 정관에 신설된 퇴직급여지급규정대로 중간정산하여 1982.3.20. 입사한 주○○○에게는 269,729,794원(쟁점퇴직급여임)을, 2005.11.1. 입사한 조○○○에게는 10,577,054원을 지급하였으며, 지급한 퇴직급여에 대해 퇴직소득세를 원천징수하여 납부하였으며, 처분청은 주○○○에게 지급한 퇴직급여는 손금불산입하였으나, 조○○○에게 지급한 퇴직급여는 이를 부인하지 아니한 사실이 청구법인의 정관, 퇴직소득원천징수영수증, 처분청 조사보고서 등에 의해 확인된다.

 

(4) 청구법인이 퇴직급여를 중간정산하면서 2006.12.31. 주○○○과 체결한 연봉근로계약서에는 계약기간이 2007.1.1.~2007.12.31., 연봉금액은 18,000천원을 지급하기로 약정한 것으로 나타나고, 당해 계약서 제4조에는 ‘연차수당 및 퇴직급여 중간정산은 1년 이상 근무한 자에 한하여 지급한다’라고 기재되어 있는 바, 이에 대해 처분청은 그 기재된 문구가 향후 퇴직급여 지급을 약정하고 있는 것이어서 현실적인 퇴직으로 보기 어렵다는 의견인데 반해, 청구법인은 직원이 모두 4명에 불과한 영세중소기업(2006사업연도 법인세 신고서에 첨부된 중소기업기준검토표에 상시 종업원수가 4명으로 나타남)으로서 처음으로 연봉제를 도입하면서 표준양식을 빌어 연봉근로계약서를 작성하면서 발생한 착오에 불과하고 향후 퇴직급여는 지급하지 아니하기로 약정하였다고 주장한다.

(5) 청구법인은 2004년과 2005년에는 주○○○에게 급여를 매년 18,000천원 지급하였고, 퇴직급여를 중간정산한 2006년에는 43,500천원으로 인상하였다가, 2007년에는 위에서 살펴 본 바와 같이 다시 18,000천원을 연봉으로 지급하기로 약정한 것으로 심리자료에 나타나고, 이 건 관련 과세쟁점위원회 심의결과(2007.5.9.)를 보면 과세쟁점위원회는 청구법인이 2005년에 보유부동산 매각으로 발생한 순이익을 이익처분할 경우 발생하는 세금을 경감하기 위하여 주○○○에 대한 급여를 2006년에만 인상하여 퇴직급여를 중간정산한 것으로 보았고, 이에 대해 청구법인은 주○○○의 아버지 주○○○이 청구법인을 설립하여 대표이사로 재직하다가 2005년에 사망하여 주○○○이 청구법인의 대표이사로 취임하면서 그 지위와 경영실적을 감안하여 급여를 인상한 것이라고 주장하였으며, 청구법인이 제출한 제적등본에 의해 주○○○이 2005.3.5. 사망하고 주○○○이 호주를 승계한 사실이 확인된다.

(6) 살피건대, 처분청이 지적한 대로 주○○○의 급여가 2005년 이전에는 매년 18,000천원이었는데, 퇴직급여를 중간정산한 2006년에는 43,500천원으로 인상되었다가 2007년에는 다시 18,000천원으로 환원된 것으로 나타나나, 임원에 대한 급여는 법인의 재량에 속하는 것으로써 경영실적, 재무현황, 임원의 지위 및 담당업무 등을 종합적으로 고려하여 자유롭게 정할 수 있는 것이고, 1948년생인 주○○○이 청구법인의 대표이사로서 받은 2006년의 급여 43,500천원이 사회통념에 비추어 지나치게 높은 것으로는 보기 어려운 점,

대표이사 주○○○의 연봉근로계약서 제4조에서 ‘연차수당 및 퇴직급여 중간정산은 1년 이상 근무한 자에 한하여 지급한다’라고 기재되어 있기는 하나, 청구법인이 주○○○ 등의 임원에 대하여 퇴직급여를 중간정산하기 위해 미리 임시주주총회를 개최하여 퇴직급여지급규정을 신설하는 정관 변경을 한 것으로 보이고, 이후 연봉근로계약서를 체결한 다음 신설된 퇴직급여지급규정에 따라 동일한 조건으로 대표이사 주○○○ 뿐만 아니라 이사 조○○○도 퇴직급여를 중간정산하였으며, 그와 관련한 원천징수의무를 이행하여 관련세액을 납부하였으며, 청구법인이 주○○○ 및 조○○○에게 중간정산하여 지급한 퇴직급여를 손금에 산입하여 2006사업연도 법인세 신고를 하면서 결손금 소급공제에 의한 법인세액을 환급신청한 일련의 과정을 종합하여 보면, 직원이 4명에 불과한 영세중소기업인 청구법인이 향후에 퇴직급여를 지급하지 아니하는 조건으로 급여를 연봉제로 전환하였음에도 표준양식을 빌어 연봉근로계약서를 작성하면서 착오로 이와 같은 문구를 기재하였다는 주장이 신빙성이 있어 보이는 점,

설령 청구법인이 향후에 주○○○에게 실제로 퇴직급여를 다시 지급하는 경우에는 당초 중간정산하여 지급한 퇴직급여는 이를 해당 사업연도 소득금액 계산상 손금에 산입할 수 없게 되고, 이에 따라 해당 사업연도의 결손금이 감소하게 되면 법인세법 제72조제5항의 규정에 따라 처분청은 그 감소된 결손금에 상당하는 세액 뿐만 아니라 이자상당액까지 청구법인으로부터 징수할 수 있는 점 등을 종합하여 보면,

청구법인이 주○○○의 급여를 연봉제로 전환하면서 향후에 퇴직급여를 지급하지 아니하는 조건으로 퇴직급여를 중간정산하여 지급한 것으로 보는 것이 합리적이라 할 것이므로, 처분청이 현실적인 퇴직에 해당하지 아니하는 것으로 보아 주○○○에게 지급한 퇴직급여를 손금불산입하여 청구법인이 한 결손금 소급공제에 의한 법인세액 환급신청을 거부한 처분은 잘못이라고 판단된다.

 

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.