쟁점     (1) 과세기준일 현재 부가가치세법상 부동산 임대업(과세사업)으로 사업자등록 하였으나, 소득세법상의 주택 임대업(면세사업)을 등록하지 않은 경우, 종합부동산세 과세표준 합산배제 임대주택에 해당하지 아니하는 것으로 보아 이 건 종합부동산세를 과세한 처분의 당부 (인용) 
 
 
청구번호    2008서0161 결정일자    2008-06-13 세목    종합부동산
 
심판청구번호 조심 2008서0161(2008. 6. 13.)

 

주 문

○○○세무서장이 2007.10.9 청구인에게 한 2006년 귀속 종합 부동산세 3,401,670원 및 농어촌특별세 680,330원의 부과처분은 각각 이를 취소한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 2006년 귀속 종합부동산세 과세기준일(2006.6.1) 현재 보유 주택분 공시가격 합산금액이 6억원을 초과하는 종합부동산세 납세의무자로서, 2006.12.13 서울특별시 ○○○ 소재 다가구주택(이하 “쟁점주택”이라 한다)에 대하여 종합부동산세 신고를 하면서 임대주택 합산배제 신청을 하였다.

나. 처분청은 쟁점주택이 종합부동산세 과세표준 합산대상에서 배제되는 임대주택 요건에 해당되지 아니한다는 이유로 2007.10.9 청구인에게 2006년 귀속 종합부동산세 3,401,670원 및 농어촌특별세 680,330 원을 경정?고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2007.12.28 이 건 심판청구를 제기하였다.

 

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점주택을 신축하여 사무실(2,3층)과 다가구주택(4,5,6층)으로 임대하면서, 부가가치세 및 종합소득세 신고시 주택분 면세사업 수입금액과 상가분 임대수입금액을 구분하여 신고하였고, 부가가치세 사업자등록증상의 부동산 임대에는 상가의 임대 뿐만 아니라 주택의 임대로 당연히 포함되는 것이므로 쟁점주택은 종합부동산세 합산배제 임대주택에 해당되는 바, 이 건 부과처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인은 쟁점주택을 신축하면서 2003.9.15 상가 및 주택임대목적으로 부동산임대 사업자등록을 하였으나, 주업종코드가○○○로 비주거용 건물임대업으로 되어 있고, 국세청 예규○○○에 의하면 복합주택의 경우 주택임대부분에 대하여는 추가로 등록을 하여야 한다고 되어 있는 바, 청구인은 2006년 귀속 종합부동산세 과세기준일(2006.6.1) 이후인 2006.12.11 주택임대를 부업종으로 사업자등록정정을 하여 과세기준일 현재 쟁점주택은 임대주택 합산배제 요건에 해당되지 아니하므로 이 건 부과처분은 정당하다.

 

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

다가구주택과 상가임대에 대하여 부동산 임대업으로 부가가치세 사업자등록을 하고, 부가가치세 및 종합소득세 신고시 주택임대분을 함께 신고하여 온 경우 이를 종합부동산세 합산배제 임대주택 요건을 갖춘 것으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 종합부동산세법(2007.1.11. 법률 제8235호로 개정되기 전의 것) 제7조【납세의무자】① 과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자로서 국내에 있는 재산세 과세대상인 주택의 공시가격을 합산한 금액이 6억원(개인의 경우 세대별로 합산한 금액을 말하며, 이하 "주택분 과세기준금액"이라 한다)을 초과하는 자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있다. 이 경우, 개인은 1세대에 속하는 자(이하 "세대원"이라 한다)중 대통령령이 정하는 주된 주택소유자(이하 "주된 주택소유자"라 한다)가 납세의무자가 된다.

제8조【과세표준】① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액에서 6억원을 공제한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항의 규정에 의한 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1.「임대주택법」제2조제1호의 규정에 의한 임대주택 또는 대통령령이 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 감안하여 대통령령이 정하는 주택

(2) 종합부동산세법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19893호로 개정되기 전의 것) 제3조【합산배제 임대주택】① 법 제8조제2항제1호에서 "대통령령이 정하는 주택"이라 함은「임대주택법」제2조제4호의 규정에 따른 임대사업자(이하 "임대사업자"라 한다)로서 과세기준일 현재「소득세법」제168조 또는「법인세법」제111조의 규정에 따른 사업자등록(이하 "사업자등록"이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대하고 있는 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 "합산배제 임대주택"이라 한다)을 말한다.

 

1.「임대주택법」제2조제2호의 규정에 의한 건설임대주택으로서 다음 각목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택

② 법 제8조제2항제1호에서 "대통령령이 정하는 다가구 임대주택"이라 함은 제3항의 규정에 따라 임대사업자로 보는 자가 임대하는「건축법 시행령」별표 1 제1호 다목의 규정에 따른 다가구주택(이하 이 조에서 "다가구주택"이라 한다) 또는 다가구주택과 그 밖의 주택을 말한다.

③ 다가구주택 또는 다가구주택과 그 밖의 주택을 소유한 납세의무자로서「임대주택법 시행령」제6조제1항의 규정에 따른 등록기준 호수(호수)에 미달하는 자가 주택임대를 위하여 사업자등록을 하는 경우에는 그 사업자등록을 한 날에 임대사업자에 해당하는 것으로 본다.

④ 제3항의 규정에 따라 임대사업자로 보는 자가 임대하는 다가구 임대주택이 제1항의 규정에 따른 요건을 갖춘 경우에는 법 제8조제2항제1호의 규정에 따른 합산배제 임대주택으로 본다.

⑥ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 다가구주택은「지방세법 시행령」제140조의 규정에 의한 1구를 1호의 주택으로 본다.

부칙 제3조【2005년도 합산배제 임대주택 등의 사업자등록 요건 등에 과한 적용 특례】① 제3조제1항제1호 및 제2호의 규정을 적용받고자 하는 자가 2005년 12월 15일까지「임대주택법」제6조의 규정에 의한 임대사업자등록 및「소득세법」제168조 또는「법인세법」제111조의 규정에 의한 사업자등록을 하는 경우에는 제3조제1항 본문의 규정에 불구하고 2005년도 과세기준일 현재「임대주택법」제6조의 규정에 의한 임대사업자등록 및「소득세법」제168조 또는「법인세법」제111조의 규정에 의한 사업자등록을 한 것으로 본다.

(3) 지방세법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19897호로 개정되기 전의 것) 제140조【주택의 구분】「건축법 시행령」별표 1의 규정에 의한 다가구주택은 1세대가 독립하여 구분 사용할 수 있도록 구획된 부분을 1구의 주택으로 본다. 이 경우 그 부속토지는 건물면적의 비율에 따라 안분한 면적을 1구의 부속토지로 본다.

(4) 소득세법(2006.12.30. 법률 제8144호로 개정된 것) 제168조【사업자등록 및 고유번호의 부여】① 부가가치세법의 규정에 의하여 사업자등록을 한 사업자는 당해 사업에 관하여 제1항의 규정에 의한 등록을 한 것으로 본다.

(5) 임대주택법(2007.7.19. 법률 제8534호로 개정되기 전의 것) 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다.

1. "임대주택"이라 함은 임대목적에 제공되는 건설임대주택 및 매입임대주택을 말한다.

2. "건설임대주택"이라 함은 다음 각목의 1에 해당하는 주택을 말하며, 그 종류는 대통령령으로 정한다.

가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택

4. "임대사업자"라 함은 국가·지방자치단체·대한주택공사·지방공기업법 제49조의 규정에 의하여 주택사업을 목적으로 설립된 지방공사(이하 "지방공사"라 한다)·제6조의 규정에 의하여 주택임대사업을 하기 위하여 등록한 자 또는 제6조의2의 규정에 의하여 설립된 임대주택조합을 말한다.

제6조【임대사업자의 등록】① 대통령령이 정하는 호수 이상의 주택을 임대하고자 하는 자는 시장·군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 등록을 신청할 수 있다.

(6) 임대주택법 시행령(2007.3.27. 대통령령 제19975호로 개정되기 전의 것) 제6조【임대사업자의 범위 및 등록기준 등】① 법 제6조제1항에서 "대통령령이 정하는 호수"라 함은 다음 각 호의 구분에 따른 호수 또는 세대를 말한다.

1. 건설임대주택의 경우 : 단독주택은 2호, 공동주택은 2세대

2. 매입임대주택의 경우 : 단독주택은 5호, 공동주택은 5세대

(7) 국세기본법(2006.12.30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제14조【실질과세의 원칙】② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득?수익?재산?행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 2006년 귀속 종합부동산세 납세의무자인 점, 과세기준일 현재에는 부동산 임대업으로 부가가치세 사업자등록이 되어 있는 점 및 쟁점주택에 대한 임대주택 합산배제 신청서를 제출한 점에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없는 바, 청구인의 사업자 기본사항 및 쟁점주택의 내역은 아래와 같다.

(가) 국세통합전산망에 등록된 청구인의 사업자 기본사항 조회 결과를 보면, 청구인은 2001.5.10 개업한 부가가치세 일반과세자로서, 2001.7.18 부동산 임대업으로 사업자등록을 하였으며, 2006. 12.11 주택임대업을 부업종으로 추가하여 사업자등록을 정정한 사실이 확인된다.

(나) 쟁점주택의 일반건축물대장을 보면, 쟁점주택은 2002.8.3 주택신축으로 청구인에게 소유자등록되었으며, 지하 1층은 계단실, 지상 1층은 계단실과 주차장, 지상 2?3층은 1종 근린생활시설, 지상 4～6층은 11가구의 다가구주택(단독주택)으로 되어 있는 바, 다가구주택은 전용면적 44.98～46.56㎡의 국민주택 규모 이하이다.

(2) 청구인이 종합부동산세법 시행령 제3조(합산배제 임대주택)에서 규정하는 바, 종합부동산세법 및 임대주택법상 임대사업자 등록대상인지 여부에 대하여 보면,

청구인은 다가구주택(단독주택) 1동(11가구)을 소유하고 있으므로 임대주택법 및 같은법 시행령에서 규정하고 있는 바, 단독주택인 경우 2호 이상의 주택을 임대하고자 하는 자만이 할 수 있는 임대주택법상 임대사업자등록 신청대상은 아니나, 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제1호에서 “「임대주택법」제2조제2호의 규정에 의한 건설임대주택으로서 다음 각목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택” 이라고 하고, 같은조 제6항에서, “다가구주택은「지방세법 시행령」제140조의 규정에 의한 1구를 1호의 주택으로 본다.”고 규정하고 있으며, 지방세법 시행령 제140조에서는 “「건축법 시행령」별표 1의 규정에 의한 다가구주택은 1세대가 독립하여 구분 사용할 수 있도록 구획된 부분을 1구의 주택으로 본다.”고 규정하고 있는 바, 쟁점 주택은 모두 11구(11호)의 주택에 해당하므로, 종합부동산세법상 임대주택 합산배제 적용을 위한 임대사업자 등록대상에 해당된다.

(3) 청구인은 부가가치세법에 의하여 부동산 임대로 사업자 등록을 하였으나, 이는 상가의 임대 뿐만 아니라 주택의 임대도 당연히 포함되는 것이고, 부가가치세 및 종합소득세 신고시에도 주택 및 상가부분을 구분하여 신고하여 왔다고 주장하면서, 임대주택 합산배제신청서 등을 관련 증빙으로 제출하였다.

(가) 임대주택 합산배제신청서에는 쟁점주택에 거주하고 있는 임차인 청구외 최○○○ 등 11명의 임대주택에 대하여 합산배제신청을 하였으며, 이들에 대한 임대개시일은 2002.9.1로 되어 있고, 주택임대사업자 수입금액검토표(2006년)에는 보증금 285백만원, 월세 2,050천원, 임대료 수입금액은 24,600천원으로 되어 있으며, 각 세대에 대한 총수입금액명세가 첨부되어 있고, 이와는 별도로 2～3층 근린생활시설에 부동산임대공급가액명세서가 첨부되어 있다.

(나) 청구인의 2005년 제1기～2006년 제2기 부가가치세 신고서에는 과세사업인 비거주용건물분과 면세사업인 주택부분으로 구분되어 있으며, 2002～2006년 귀속 종합소득세 신고서에는 부가가치세 면세분에 해당하는 11가구의 주택에 대하여 총수입금액을 계산하고 상가의 임대료수입금과 합산하여 과세표준과 세액을 신고한 것으로 되어 있다.

(4) 위 관련법령 및 사실관계 등을 종합하여 보면, 종합부동산세법 시행령 제3조제3항에는 합산배제 임대주택의 요건으로 “다가구주택 또는 다가구주택과 그 밖의 주택을 소유한 납세의무자로서「임대주택법 시행령」제6조제1항의 규정에 따른 등록기준 호수에 미달하는 자가 주택임대를 위하여 사업자등록을 하는 경우에는 그 사업자등록을 한 날에 임대사업자에 해당하는 것으로 본다.”고 되어 있어, 사업자등록시 반드시 ‘주택임대’로 사업자등록을 하여야 한다고 규정한 것이 아니라, 단지 ‘주택임대를 위하여 사업자등록을 하는 경우’라고 규정하고 있는 바,

청구인이 과세기준일(2006.6.1) 현재 주택임대업을 별도로 사업자등록을 하지 아니하였으나, 그 이전인 2001.7.18. 이미 부동산 임대업으로 사업자등록을 하였으며, 2006.12.11자로 주택임대를 부업종으로 추가하여 2007년 귀속 종합부동산세에 대하여도 합산배제될 것일 뿐만 아니라, 부동산 임대업자로 사업자등록을 하였더라도 주택임대가 가능하고 청구인이 주택임대 수입금액을 합산하여 종합소득세를 신고ㆍ납부한 바, 청구인이 실제로 부가가치세 과세사업인 상가임대 외에도 면세사업인 주택임대를 위하여 사업자등록을 한 것으로 인정하여 실질과세의 원칙에 의거 쟁점주택을 합산배제 임대주택에 해당되는 것으로 보는 것이 타당하다고 할 것이다○○○.

따라서, 처분청이 쟁점주택을 종합부동산세법상 합산배제 임대주택에 해당되지 아니하는 것으로 보아 청구인에게 이 건 종합부동산세 및 농어촌특별세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

 

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.