(1) 천재 · 지변 등으로 장부 기타 증빙서류가 멸실되어 추계하는 경우로 보아 청구인에 대한 소득처분을 기타사외유출로 할 수 있는지 여부 (기각)
(2) 청구인을 폐업한 소기업으로 보아 단순경비율을 적용하여 소득금액을 추계결정할 수 있는지 여부 (기각)
(3) 청구인에게 이의신청결정서를 송달한 후 그 결정내용을 변경하여 재차 이의신청결정서를 송달한 경우 어느 결정서에 따라 처분을 하여야 하는지 여부 (재차 송달된 이의신청 결정서의 효력인정 여부) (인용) 
 
 
청구번호    2008서3014 결정일자    2009-03-16 세목    법인세
 
심판청구번호 조심 2008서 3014(2009.3.16)

 

주 문

○○○세무서장이 2008.1.14. 청구인에게 한 2004사업연도 법인세 1,095,742,790원, 2005사업연도 법인세 2,068,126,790원의 부과처분과 2004사업연도 및 2005사업연도 법인소득금액 계산상 익금산입한 금액 8,921,240,666원(2004년 2,928,082,471원, 2005년 5,993,158,195원)을 대표이사 ○○○에게 상여로 소득처분하여 청구인에게 한 소득금액변동통지처분은

1. 청구인의 2004사업연도 및 2005사업연도 법인소득금액을 단순경비율에 의하여 추계결정하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

2. 나머지 청구는 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 처분청은 2007년 8월~11월중 ○○○에서 건설업을 영위하다가 2006.10.16. 폐업신고한 청구인에 대한 법인세조사결과, 청구인이 2004사업연도 및 2005사업연도중 신축·판매한 ○○○에 소재한 ○○○, ○○○, ○○○에 대한 수입금액 10,727,999천원(2004년 3,909,090천원, 2005년 6,818,909천원)을 신고누락한 사실을 적출하여 2008.1.14. 청구인에게 법인세 2003사업연도분 110,000원, 2004사업연도분 1,095,742,790원 및 2005사업연도분 2,068,126,790원을 경정고지하는 한편, 2004사업연도 및 2005사업연도 법인소득금액 계산상 익금산입한 금액 8,921,240,666원(2004년 2,928,082,471원, 2005년 5,993,158,195원)을 대표이사 ○○○에게 상여로 소득처분하여 청구인에게 소득금액변동통지하였다.

나. 청구인이 이에 불복하여 2008.4.11. 이의신청을 제기하자 처분청은 2008.5.8. 송달한 이의신청결정서에서 청구인의 2004사업연도 및 2005사업연도 법인소득금액을 단순경비율을 적용하여 추계결정하는 것으로 결정하였다가, 2008.5.15. 재차 송달한 이의신청결정서에서 위의 소득금액을 기준경비율을 적용하여 추계결정하는 것으로 정정결정하였고, 이에 따라 처분청은 2008.6.4. 2004사업연도 법인세 62,605,010원을 감액경정하는 한편, 대표이사에 대한 2004년 귀속 소득금액변동통지금액중 751,248,232원을 감액하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2008.8.11. 심판청구를 제기하였다.

 

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인이 2004년~2005년중 ○○○ 소재 ○○○, ○○○, ○○○ 및 ○○○를 신축·판매한 후 관련 공사수입금액을 일부 누락한 것은 사실이나, 처분청은 청구인이 건축허가 등을 위하여 형식적으로 작성하여 관할 구청에 제출한 공사도급계약서 및 취득세신고서만을 근거로 하여 아래 <표>와 같이 공사수입금액 신고누락액을 결정하면서 수익·비용 대응원칙에 따라 당해 도급계약서에 첨부된 공사원가명세서의 금액을 공사원가로 하여 손금으로 인정하면 순이익이 발생하지 않음에도 동 계약서상의 공사원가는 부인하고 공사도급금액만 수입금액으로 결정하였다.

<표> 공사현장별 공사수입금액 결정내역

○○○

청구인은 2006.10.16. 폐업한 후 ○○○으로부터 고용보험 및 산재보험과 관련한 조사를 받는 과정에서 분산하여 보관중이던 장부가 일부 망실되었고, 그 이후 장부 등을 보관할 장소가 여의치 아니하여 청구인의 대표이사 ○○○이 아들 ○○○에게 임대하던 ○○○의 세탁실 옆에 보관하였으나, 2007.8.27. 동 세탁실에 전기누전으로 인한 화재가 발생하여 이들 서류의 대부분이 소실되었거나 화재진압당시 침수되어 망실된 상태에서 세무조사를 받게 되어 회계관련 서류 등을 전혀 제출할 수 없었다.

이와 같은 사실은 ○○○소방서의 화재증명원 및 ○○○경찰서의 조사자료에 ○○○ 지하 2층 세탁실의 콘텐츠 부위에서 전기누전으로 화재가 시작된 것으로 조사되어 있고, 3개 소방서에서 소방차 17대와 소방관 68명이 출동한 대형 화재로 소실면적이 331㎡로 명시되어 있으며, 동산 피해중 “서류(○○○경찰서 조서상 회사서류)”가 명시된 사실 등으로 볼 때, 이 건은 천재·지변 기타 불가항력으로 장부 및 증빙서류가 멸실된 경우라고 할 수 있으므로 법인세법 제68조 단서 및 법인세법시행령 제107조의 규정에 정한 요건에 해당되어 법인세법시행령 제106조 제2항 단서에 따라 소득처분을 기타사외유출로 하여야 하는 경우에 해당된다.

(2) 법인소득금액을 추계로 결정하는 경우 기준경비율을 적용하는 것이 원칙이나 폐업한 소기업으로서 조세회피의 우려가 없는 성실한 법인의 소득금액은 단순경비율에 의해 추계결정할 수 있고(○○○, 2006.10.10.), 소기업에 해당하는 경우 소득세법시행령 제143조 제3항 제1호의 2의 규정을 준용하여 소득금액 계산시 단순경비율을 적용하여 과세함이 타당한 바(○○○, 2005.9.12.), 청구인의 2004사업연도 및 2005사업연도 법인세 신고 및 처분청의 경정내역을 보면, 매출액 대비 결정소득률이 2004년 69.7%, 2005년 81.1%가 되어 매출누락금액의 추계분에 대해 주요 경비(원재료 매입비용, 인건비 등)가 전혀 반영되지 아니한 것을 알 수 있고 이와 같이 주요 경비가 확인되지 아니할 때에는 기준경비율이 아닌 단순경비율을 적용하여 추계결정하여야 한다.

(3) 청구인은 이 건 처분에 대하여 2008.4.11. 이의신청을 제기하여 2008.5.8. 이의신청심의위원회가 심의한 이의신청결정서를 송달받았으나, 2008.5.15. 구체적인 사유나 설명없이 결정내용중 법인소득금액의 추계방법이 단순경비율에서 기준경비율로 번복된 이의신청결정서를 재차 송달받게 되었는 바, 동 번복결정된 내용은 주요 다툼사항으로이 건은 국세기본법 제65조의 2 제1항에서 당초 결정을 경정할 수 있는 사유로 정하고 있는 단순 오기·계산착오 기타 이와 유사한 잘못이 있는 명백한 경우에 해당되지 아니하므로 재차 통보된 결정서는 중대한 오류가 있는 것이므로 그 효력이 없을 뿐 아니라 불이익변경금지의 원칙에도 위배되는 재결이므로 청구인이 당초 송달받은 이의신청결정서의 결정내용에 따라 청구인의 2004사업연도 및 2005사업연도의 소득금액을 단순경비율을 적용하여 추계결정하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 이 건 조사시 ○○○의 화재현장을 방문하여 본 바, 청구인의 회계장부 및 증빙서류가 지하 2층의 보일러실 통로에 보관되어 있었다고 보기 어려울 뿐 아니라 화재잔해 등에서 회계관련 서류의 흔적을 찾을 수 없었고, 동 화재발생일(2007.8.27.)은 청구인에게 사전통지한 이 건 세무조사착수일(2007.8.30.) 3일 전으로 통상 세무대리인 등과 회계관련 서류를 검토하면서 조사에 대비하고 있을 시점일 뿐만 아니라 청구인의 대표이사 ○○○은 당시 ○○○ 외에 다른 여러 사업장(부동산임대업, 주택신축판매업 등)이 있었음에도 유독 ○○○의 아들 ○○○에게 임대중이던 ○○○ 지하 2층 보일러실 통로에 세무조사와 관련된 중요한 회계장부 및 증빙서류를 모두 보관하고 있었다는 것은 사회통념상으로도 납득하기 어려우며,

○○○소방서장의 화재증명원에 따르면, 연면적 3,602㎡중 10㎡만 화재로 소실되었고, 피해내용이 서류, 선풍기, 세탁기, 기타 집기비품 등으로만 기재되어 있어 서류의 구체적 항목이 나열되어 있지 아니하고, ○○○경찰서장의 ○○○에 대한 피해자진술조서에도 화재당시 세탁실에 대형드럼세탁기, 열건조기, 대형선풍기, 회사서류가 있었다고 진술한 것으로 되어 있는데, 위와 같이 화재증명원과 피해자진술조서에 나열된 회사서류가 청구인의 회계관련 서류라는 객관적인 증거가 없는 점 등으로 볼 때, 청구인이 세무조사에 필요한 회계서류가 미비하거나 허위인 원인을 화재로 인한 멸실로 떠넘긴 것으로 판단되므로 위와 같은 청구인의 주장은 이유없다.

또한, 법인세법 제68조 단서에서 규정한 요건에 해당되어 법인세법시행령 제106조 단서규정을 적용하여 소득처분을 기타사외유출로 적용하기 위해서는 법인세법시행령 제107조의 규정에 따라 법인세법시행령 제104조 제2항 제2호의 과세표준 추계결정방법인 동일 업종의 다른 법인의 소득금액을 참작하거나 동일 업종의 다른 법인이 없는 경우로서 과세표준 신고후에 장부 및 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 법인세법 제60조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하는 경우에만 적용하도록 규정하고 있는 바, 이 건은 기준경비율(또는 단순경비율)을 적용하여 소득금액을 추계결정하는 경우로서 익금산입하는 금액에 대하여 기타사외유출로 소득처분할 여지가 없다.

(2) 법인세법시행령 제104조 제2항 제3호는 소기업이 폐업한 때이고 조세회피의 우려가 없는 경우 소득세법의 단순경비율을 이용한 추계방법 등 국세청장이 정하는 합리적인 방법을 사용할 수 있도록 하기 위한 것이 입법취지이고, 국세청장이 정한 법인세 무신고법인에 대한 처리기준에 의하면, 해당 사업연도 법인세를 무신고하였고 명백한 탈루혐의가 없으며 폐업한 소기업에 해당하는 경우에만 추계결정시 단순경비율을 적용하는 것인 바, 청구인의 경우 2004사업연도 및 2005사업연도에 대한 법인세과세표준 신고를 기한내에 하였고, 이 건 세무조사결과 수입금액 탈루금액이 10,728백만원(총 결정수입금액의 25.5%)에 이르는 등 명백한 탈루혐의가 있으므로 청구주장은 이유없다.

(3) 청구인이 제기한 이의신청과 관련하여 2008.5.8. 이의신청심의위원회의 심의를 거친 이의신청결정서를 청구인에게 송달한 사실이 있으나, 결정내용중 이 건 과세기간에 대한 소득금액을 “기준경비율을 적용하여 추계결정한다”라고 기재하여야 할 것을 “단순경비율을 적용하여 추계결정한다”라고 잘못 기재된 사실이 발견되어 국세기본법 제65조의 2 및 제66조 제6항의 규정에 의거 이의신청심의위원회를 거쳐 이의신청결정서를 정정하여 통보한 것은 정당하다.

 

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 법인세법시행령 제106조 제2항 단서규정(천재ㆍ지변 등으로 장부 기타 증빙서류가 멸실되어 추계하는 경우)을 적용하여 청구인에 대한 소득처분을 기타사외유출로 할 수 있는지 여부

(2) 청구인의 소득금액을 추계결정함에 있어 폐업한 소기업으로 보아 법인세법시행령 제104조 제2항 제3호의 규정을 적용하여 단순경비율로 결정할 수 있는지 여부

(3) 청구인에게 이의신청결정서를 송달한 후 그 결정내용을 변경하여 재차 이의신청결정서를 송달한 경우 어느 결정서에 따라 처분을 하여야 하는지 여부(재차 송달된 이의신청결정서의 효력인정 여부)

나. 관련법령

(1) 법인세법

(가) 제60조 【과세표준 등의 신고】① 납세의무있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

(나) 제66조 【결정 및 경정】② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.

(다) 제67조 【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

(라) 제68조【추계에 의한 과세표준 및 세액계산의 특례】제66조 제3항 단서의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 추계하는 경우에는 제13조 제1호 및 제57조의 규정은 이를 적용하지 아니한다. 다만, 천재ㆍ지변 등으로 장부 기타 증빙서류가 멸실되어 대통령령이 정하는 바에 따라 추계하는 경우에는 그러하지 아니하다.

(2) 법인세법시행령

(가) 제104조 【추계결정 및 경정】① 법 제66조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

② 법 제66조 제3항 단서의 규정에 의한 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각호의 1의 방법에 의한다.

1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.

가. 매입비용(사업용 고정자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용 고정자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액

나. 대표자 및 임원 또는 사용인의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액

다. 사업수입금액에 소득세법 시행령 제145조의 규정에 의한 기준경비율(이하 “기준경비율”이라 한다)을 곱하여 계산한 금액

2. 기준경비율이 결정되지 아니하였거나 천재ㆍ지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일 업종의 다른 법인의 소득금액을 참작하여 그 과세표준을 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 동일 업종의 다른 법인이 없는 경우로서 과세표준신고 후에 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 법 제60조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하고 과세표준신고 전에 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 직전사업연도의 소득률에 의하여 과세표준을 결정 또는 경정한다.

3. 조세특례제한법 제7조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 소기업이 폐업한 때에는 소득세법 시행령 제143조 제3항 제1호의 2의 규정을 준용하는 방법 등 합리적인 방법으로 인정되어 국세청장이 정하는 방법

(나) 제106조 【소득처분】① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만，귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호안 생략)에게 귀속된 것으로 본다.

② 제104조 제2항의 규정에 의하여 결정된 과세표준과 법인의 대차대조표상의 당기순이익과의 차액(법인세 상당액을 공제하지 아니한 금액을 말한다)은 대표자에 대한 이익처분에 의한 상여로 한다. 다만, 법 제68조 단서의 규정에 해당하는 경우에는 이를 기타사외유출로 한다.

③ 제2항의 경우 법인이 결손신고를 한 때에는 그 결손은 없는 것으로 본다.

(다) 제107조【추계에 의한 과세표준계산의 특례】법 제68조 단서에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 추계하는 경우”라 함은 제104조 제2항 제2호의 규정에 의하여 추계결정 또는 경정하는 경우를 말한다.

(3) 소득세법시행령 제143조 【추계결정 및 경정】③ 법 제80조 제3항 단서의 규정에 의하여 소득금액의 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각호의 방법에 의한다. 다만, 제1호의 2의 규정은 단순경비율 적용대상자에 한하여 적용한다.

1의 2. 수입금액에서 수입금액에 단순경비율을 곱한 금액을 공제한 금액을 그 소득금액으로 결정 또는 경정하는 방법

(4) 조세특례제한법시행령 제6조【중소기업에 대한 특별세액감면】⑤ 법 제7조 제1항 제2호 가목에서 “대통령령이 정하는 소기업”이라 함은 중소기업 중 제2조 제1항 제1호의 규정에 의한 상시 사용하는 종업원수가 다음 각호의 요건을 충족하는 기업을 말한다.

2. 광업ㆍ건설업ㆍ물류산업 또는 운수업 중 여객운송업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 50명 미만일 것

(5) 국세기본법

(가) 제65조의 2 【결정의 경정】① 심사청구에 대한 결정에 오기 ·계산착오 기타 이와 비슷한 잘못이 있는 것이 명백한 때에는 국세청장은 직권 또는 심사청구인의 신청에 의하여 이를 경정할 수 있다.

② 제1항의 규정에 의한 경정의 세부적인 절차는 대통령령으로 정한다.

(나) 제66조 【이의신청】④ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 이의신청을 받은 세무서장과 지방국세청장은 이의신청심의위원회의 심의를 거쳐 이를 결정하여야 한다.

⑥ 제61조 제1항ㆍ제3항 및 제4항ㆍ제62조 제2항ㆍ제63조ㆍ제64조 제1항 단서 및 제2항과 제65조ㆍ제65조의 2의 규정은 이의신청에 관하여 준용한다. 다만, 제65조 제2항 중 “90일”은 이를 “30일”로 한다.

(다) 제79조【불고불리ㆍ불이익변경금지】② 국세심판관회의 또는 국세심판관합동회의는 제81조에서 준용하는 제65조의 규정에 의한 결정을 함에 있어서 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불이익이 되는 결정을 하지 못한다.

(라) 제80조 【결정의 효력】① 제81조에서 준용하는 제65조의 규정에 의한 결정은 관계 행정청을 기속한다.

(6) 국세기본법시행령 제53조의 2 【결정의 경정】① 국세청장은 법 제65조의 2의 규정에 의한 결정의 경정을 하고자 하는 때에는 국세심사위원회의 의결을 거쳐야 한다.

(7) 행정심판법

(가) 제37조【재결의 기속력 등】①재결은 피청구인인 행정청과 그 밖의 관계행정청을 기속한다.

(나) 제38조【재결의 송달과 효력발생】①위원회는 지체없이 당사자에게 재결서의 정본을 송달하여야 한다.(이하 생략)

② 재결은 청구인에게 제1항의 규정에 의한 송달이 있은 때에 그 효력이 생긴다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다.

(가) 청구인은 2004사업연도 및 2005사업연도중 신축·판매한 ○○○, ○○○에 대한 공사수입금액을 일부 신고누락한 것은 사실이나, 2006년 10월 폐업후 임대사업장인 ○○○ 지하 2층에 보관중이던 청구인의 회계장부 등이 화재로 소실되었으므로 법인세법시행령 제106조 제2항 단서의 규정에 따라 소득금액의 경정에 따른 소득처분을 기타사외유출로 하여야 한다고 주장하면서 화재증명원, 피해자진술조서 및 ○○○의 사실확인서 등을 증빙자료로 제출하고 있다.

(나) 법인세법 제68조 단서, 법인세법시행령 제107조 및 제106조 제2항 단서에서 천재ㆍ지변 등으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 경우로서 법인세법시행령 제104조 제2항 제2호에 의하여 동일 업종의 다른 법인의 소득금액을 참작하여 결정한 과세표준과 법인의 대차대조표상의 당기순이익과의 차액에 대한 소득처분은 기타사외유출로 한다고 규정하고 있다.

(다) ○○○소방서장의 화재증명원(○○○, 2007.9.6.)을 보면, 2007.8.27. 12시 58분 전기적인 요인에 의하여 ○○○ 지하 2층 세탁실에서 화재가 발생하여 동 건물연면적 3,602㎡중 10㎡ 및 동산중 서류, 선풍기, 세탁기, 기타 집기 비품 등이 화재로 소실된 것으로 조사되어 있고, 첨부된 출동지령서, 화재현장출동보고서, 화재보고서를 보면, 2007.8.27. 12시 58분 ○○○에 대한 화재발생신고를 접수하여 ○○○소방서의 소방차 17대와 소방관 68명이 출동하였고 13시 화재현장에 도착하여 13시 08분 화재를 완전히 진화(10분 소요)하고 14시 08분에 소방서로 귀소한 것으로 보고되어 있으며,

○○○경찰서장이 ○○○모텔에서 숙박업을 영위하는 ○○○로부터 받은 피해자진술조서(○○○, 2008.7.22.)를 보면, ○○○는 2007.8.27. 12:58분경 ○○○ 지하에서 발생한 연기를 발견하고 즉시 119에 신고하였고 ○○○소방서에서 출동하여 지하 2층 세탁실에서 화재가 발생한 것을 확인하여 진화하였으며 동 화재로 당시 세탁실에 있던 대형드럼세탁기, 열건조기, 대형선풍기, 회사서류가 불에 타서 소실된 것으로 진술한 내용으로 되어 있고,

2006.5.1.~2007.12.30. 기간중 ○○○ 지하 2층의 보일러실 및 세탁실의 책임자로 근무하였다는 ○○○의 사실확인서(2008.8.1.)를 보면, ○○○은 화재발생당시 점심시간이어서 주변 식당에서 식사를 하다가 화재발생 소식을 듣고 현장에 와보니 이미 소방서에서 진화를 하고 있었고 직원들과 같이 숙박손님들을 대피시키는 일을 하였는데 14층까지 유독가스가 차서 숨쉬기가 어려웠으며, 화재가 발생한 지하 2층 세탁실은 약 10평 정도이고, 세탁기 2대 및 회사장부 수십권이 보관되어 있었으나, 화재가 진압된 후 지하 2층에 들어가 보니 회사 장부들은 거의 불에 타거나 물에 젖어 쓰레기가 되어 있었다고 확인하고 있다.

(라) 위의 사실관계 등을 종합하여 보면, 청구인의 대표이사 ○○○의 임대사업장인 ○○○ 지하 2층 세탁실에 전기적인 요인에 의하여 화재가 발생한 것은 사실인 것으로 보이나, ○○○의 화재증명원에 의하면, 동 화재로 인하여 부동산은 동 건물의 연면적 3,602㎡중 10㎡가 소실되었고, 동산은 지하 2층 세탁실에 있던 서류, 선풍기, 세탁기, 기타 집기비품 등이 소실된 것으로 피해내용이 기재되어 있으며, 동 모텔을 임차하여 숙박업을 영위하는 ○○○의 피해자진술조서 및 동 모텔의 세탁실 책임자라는 ○○○의 사실확인서에 의하면, 동 화재로 인하여 지하 2층 세탁실에 보관중이던 회사서류가 모두 불에 타거나 물에 젖어 소실되었다고 확인하고 있으나, 화재로 인하여 소실된 서류에 대한 구체적인 내용 등이 적시되어 있지 아니하여 위 증빙자료를 동 소실된 서류가 청구인의 회계관련 장부라고 인정할 수 있는 객관적인 증빙자료로 볼 수 없으며, 또한 처분청의 이 건 심리자료에 의하면, 청구인의 대표이사 ○○○은 당시 동 임대사업장 이외에도 다른 여러 사업장이 있었던 사실이 확인되는 점 등을 감안할 때, 위와 같은 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다.

(가) 조세특례제한법시행령 제6조 제5항 제2호에서 법 제7조 제1항 제2호 가목의 “대통령령이 정하는 소기업”이라 함은 건설업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 중소기업중 제2조 제1항 제1호의 규정에 의한 상시 사용하는 종업원수가 50명 미만인 기업을 말한다고 규정하고 있고, 법인세법시행령 제104조 제2항 제3호의 규정에 의거 국세청장이 정한 법인세 무신고법인 처리지침(○○○호, 2005.6.14. 및 ○○○호, 2006.6.14.)을 보면, 당해 법인이 해당 사업연도에 대한 법인세를 무신고하였고, 명백한 탈루혐의가 없어야 하며, 폐업한 소기업의 경우에만 소득금액 추계결정시 단순경비율을 적용할 수 있도록 정하고 있다.

(나) 청구인이 증빙자료로 제출한 2004년 및 2005년 근로소득원천징수이행신고서를 보면, 2004년 및 2005년 평균 종업원수가 각각 20명 및 13명으로 되어 있고, 국세통합전산시스템에 의하면, 청구인은 2006.10.16. 폐업한 것으로 나타나는 바, 청구인은 자신이 폐업한 소기업으로 조세회피의 우려가 없으므로 청구인의 소득금액을 경정함에 있어 법인세법시행령 제104조 제2항 제3호의 규정에 의거 단순경비율을 적용하여 추계결정하여야 한다는 주장이다.

(다) 위의 사실관계 및 관련법령 등에 의하면, 청구인은 폐업한 소기업에 해당되는 것으로 보이나, 청구인이 일부 공사수입금액을 신고누락한 사실 자체에 대하여는 다툼이 없는 것으로 볼 때, 청구인은 위의 국세청장이 정한 단순경비율을 적용할 수 있는 법인의 요건에 해당되지 아니하므로 청구인의 주장은 이유없다.

(3) 쟁점③에 대하여 본다.

(가) 청구인이 2008.4.11. 이의신청을 제기한 데 대하여 처분청이 2008.5.8. 청구인에게 송달한 이의신청결정서를 보면, 주문에 “이 건 이의신청은 쟁점매출누락액(2004년 귀속 3,909,090천원, 2005년 귀속 6,818,909천원)을 포함하여 해당연도 소득금액을 추계로 결정하고 나머지 청구주장은 기각합니다.”라고 기재되어 있고, 결정이유중 사실관계 및 판단에 “위에서 살펴본 바와 같이 청구법인에 대한 추계결정은 필요한 장부 등 증빙서류의 미비를 이유로 기준경비율을 적용하여야 할 것이나, 그럴 경우 당초 처분청의 부과처분보다 불리한 결과가 발생하여 부득이 차선책으로 단순경비율에 의하여 그 소득금액을 결정할 수 밖에 없다 할 것이다. 따라서 단순경비율을 적용하여 소득금액을 결정하고 해당연도 대차대조표상 당기순이익과의 차액을 대표자에게 상여처분함이 타당하다.”고 결정되어 있고,

처분청의 이의신청결정서 정정통보 공문(○○○ 2008.5.13.)을 보면, 청구인의 이의신청과 관련하여 이의신청심의위원회의 심의를 거쳐 2008.5.7. 이의신청결정서를 송달한 사실이 있으나, 이의신청결정서의 내용중 일부가 잘못 기재되어 있음이 발견되어 붙임과 같이 수정된 이의신청결정서를 정정통보하게 되었다고 설명되어 있고, 동 공문과 같이 2008.5.15. 청구인에게 송달한 이의신청수정결정서를 보면, 주문은 2008.5.8. 송달된 이의신청결정서의 내용과 같으나, 결정이유중 사실관계 및 판단에서 “이 건 추계결정은 법인세법시행령 제104조 제2항 제1호의 규정을 따라 기준경비율을 적용하여 소득금액을 결정하고 동 소득금액과 해당연도 대차대조표상 당기순이익과의 차액을 대표자에게 상여처분함이 타당하다.”고 결정되어 있다.

(나) 처분청이 청구인에게 송달한 이의신청 처리결과 통보공문(○○○, 2008.6.3.)을 보면, 청구인의 이의신청에 대한 결정에 의한 경정내역을 아래 <표>와 같이 통보하였고, 2005사업연도의 경우 이의신청결정결과 법인세 예상고지세액이 당초 고지세액보다 오히려 1,671,480,530원만큼 증가하지만 이에 따른 결정은 하지 아니하는 것으로 되어 있고, 동 문서와 같이 송달한 청구인의 대표이사 ○○○에 대한 소득금액변동통지서의 내용을 보면, 2004년 귀속분에 대하여만 751,248,232원이 감액된 소득금액변동내역을 통보한 것으로 되어 있는 바, 이에 대하여 처분청은 청구인에게 당초 송달한 이의신청결정중 이 건 과세기간에 대한 소득금액을 “기준경비율을 적용하여 추계결정한다”라고 기재하여야 할 것을 “단순경비율을 적용하여 추계결정한다”라고 잘못 기재된 사실이 발견되어 이의신청심의위원회를 거쳐 이의신청결정을 정정·통보한 것이므로 적법하다는 의견이다.

<표> 이의신청 처리결과 법인세과세표준 및 세액결정내역

(법인세 과세표준내역)
 
 
 (단위:원)
 
기분
 당초경정과세표준
 결정과세표준
 차 액
 비 고
 
2004년
 2,941,062,966
 2,575,994,000
 -365,068,966
 
 
2005년
 5,953,817,160
 10,190,763,000
 4,236,945,840
 재경정안함
 
합 계
 8,894,880,126
 12,766,757,000
 
 
 

(법인세 결정내역)
 
 
 (단위:원)
 
기분
 수입금액
 결정과세표준
 산출세액
 차 액
 비 고
 
2004년
 22,389,857,983
 2,575,994,000
 683,518,380
 -62,605,010
 
 
2005년
 19,595,855,554
 10,190,763,000
 2,535,690,750
 1,671,480,530
 재경정안함
 
합 계
 41,985,713,537
 12,766,757,000
 3,219,209,130
 
 
 

 

(다) 국세기본법 제65조의 2 제1항 및 제66조 제6항 및 국세기본법시행령 제53조의 2 제1항에서 심사청구(이의신청 또는 심판청구)에 대한 결정에 오기·계산착오 기타 이와 비슷한 잘못이 있는 것이 명백한 때에는 직권 또는 청구인의 신청에 의하여 국세심사위원회(이의신청심사위원회 또는 국세심판관회의)를 거쳐 이를 경정할 수 있다고 규정하고 있는 바,

동 규정의 취지는 심사결정서(이의신청 또는 심판결정서)의 표현상의 기재 잘못이나 계산의 착오 기타 이와 유사한 잘못을 재결청 스스로가 정정 또는 보충하도록 하는 데 있는 것으로서 그 결정서를 정정할 수 있는 범위는 그 결정의 내용을 실질적으로 변경하지 않는 한도내라고 보여지고, 또한 심사결정(이의신청 또는 심판결정)은 당해 처분에 관하여 결정주문 뿐만 아니라 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단부분에 대하여도 처분청을 기속하는 것으로 보아야 하므로(○○○, 2003.4.25. 같은 뜻임), 위의 규정에 의한 결정의 경정제한범위는 결정주문만이 아닌 그 전제가 된 사실인정 및 판단부분에 대하여도 미친다고 할 것이다.

(라) 국세기본법에 의한 이의신청은 같은법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법ㆍ부당한 처분 또는 필요한 처분을 받지 못하여 권리 또는 이익을 침해당한 자 등이 세무서장 또는 지방국세청장에게 그 처분의 취소ㆍ변경이나 필요한 처분을 청구하는 일종의 행정법상 쟁송으로서 그에 대한 이의신청결정은 일반 행정처분과는 달리 재심 기타 특별한 규정이 없는 한 결정을 한 재결청 자신에 의해서도 취소ㆍ변경될 수 없는 것이라고 보아야 할 것인 바(○○○, 1999.6.22. 같은 뜻임),

이 건의 경우, 처분청이 당초 청구인에게 송달한 이의신청결정서의 내용과 결정내용을 정정하여 재차 송달한 이의신청결정서의 내용을 비교하여 보면, 청구인의 2004사업연도 및 2005사업연도 법인세과세표준 및 세액이 당초 결정서에 비하여 정정결정한 결정서에 의한 소득금액 및 세액이 훨씬 더 많아지는 것으로 볼 때, 이는 당초 결정중 오기 또는 계산착오를 단순히 바로잡은 것이 아니라 그 결정내용을 실질적으로 변경한 것이므로 동 이의신청결정내용을 정정하여 청구인에게 재차 송달한 것은 위의 규정에서 정한 결정서를 정정할 수 있는 한도를 벗어난 것으로서 위법하다고 판단된다.

(마) 그렇다면, 처분청이 당초(2008.5.8) 이의신청결정서의 내용을 정정하여 2008.5.15. 재차 송달한 이의신청결정서에 따라 기준경비율을 적용한 법인세 부과처분과 대표자에 대한 소득금액변동통지처분은 위와 같은 이유로 위법한 것으로 판단되므로 당초 청구인에게 송달한 이의신청결정서에 따라 단순경비율을 적용하는 방법으로 청구인의 2004사업연도 및 2005사업연도 법인소득금액을 추계결정하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

 

4. 결 론

이 건 심판청구는 조세심판관합동회의에서 심리한 결과 청구인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.