쟁점     (1) 심판청구기한을 경과한 부적법한 청구인지 여부 (본안심리)
(2) 쟁점세금계산서관련 매입세액을 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액으로 봐 부가세 환급거부한 처분의 당부 (인용) 
 
 
청구번호    2009구0341 결정일자    2009-06-29 세목    부가가치세
 
심판청구번호 조심 2009구341(2009.6.29)

 

주 문

○○○세무서장이 2008.12.9. 청구인에게 한 2007년 제2기분 부가가치세 매입세액 13,200,000원의 환급거부처분은 이를 취소한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 2005.7.11. ○○○에서 섬유기계 및 섬유 도매업을 영위하는 ‘교촌산업’을 개업하여 사업을 영위해오다가 2007.12.14. ○○○로 사업장을 이전하고 업종을 식품제조업으로 변경한 사업자이다.

나. 청구인은 업종변경에 따라 필요한 공장을 신축하기 위하여 2007.10.31. ○○○와 ○○○ 소유의 ○○○ 대지 합계 2,450㎡(이후 같은 리 ○○○ 대지 합계 2,449㎡로 변경. 이하 ○○○ 대지 합계 2,449㎡를 “쟁점토지”라 하고, ○○○ 대지 합계 2,450㎡를 “연접토지” 한다)를 전세보증금 20,000,000원, 월임료 1,100,000원(부가가치세 별도)의 조건으로 120개월(10년)동안 임차하는 내용의 임대차계약을 체결하고, 2007.10.31. ○○○에게 쟁점토지 임대차계약과 관련한 전세보증금 20,000,000원과 120개월분 월임료 145,200,000원(공급대가) 합계 165,200,000원을 일시불로 지급한 후 ○○○로부터 공급대가 145,200,000원 상당의 세금계산서 1매(이하 “쟁점 세금계산서”라 한다)를 교부받아 2007년 제2기분 부가가치세 신고시 쟁점 세금계산서 관련 매입세액 13,200,000원(이하 “쟁점 매입세액”이라 한다)을 신고하였다.

다. 처분청은 2008년 2월경 청구인에 대한 부가가치세 환급자 현지확인조사를 실시하여 쟁점 매입세액을 청구인의 사업과 관련이 없는 지출에 대한 매입세액으로 보고 2008.4.1. 청구인에게 쟁점 매입세액을 불공제하고 세금계산서합계표 불성실 및 초과환급신고 가산세 2,668,920원을 추징하겠다는 내용의 과세예고통지를 하였으나, 이후 청구인에게 2007년 제2기분 부가가치세(가산세 포함)를 경정고지하지는 아니하였다.

라. 이에 청구인은 2008.11.28. 처분청에 쟁점 매입세액의 환급을 구하는 내용의 고충신청서를 제출하였고, 처분청은 청구인이 자기의 사업과 관련하여 쟁점토지를 임차한 것이 아니므로 쟁점 매입세액은 사업과 관련이 없는 지출에 대한 매입세액에 해당한다고 하여 청구인의 고충신청을 기각하고 그 고충처리결과를 2008.12.9. 청구인에게 통지하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2009.2.3. 심판청구를 제기하였다.

 

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 2007년 제2기분 부가가치세 신고시 쟁점 매입세액의 환급를 신청하였으나 환급을 받지도 환급거부통지를 받지도 못하다가 2008년 11월경 처분청이 환급을 거부하고 있다는 사실을 알게 되어 2008.11.28. 처분청에 쟁점 매입세액의 환급을 구하는 고충신청서를 제출한 것이고 처분청이 이를 기각하여 심판청구를 한 것이므로 적법한 심판청구이다.

(2) 청구인은 기존에 운영하던 섬유기계 도매사업이 부진하여 업종변경을 추진하던 중 사업을 하면서 알게 된 ○○○로부터 자신이 소유한 쟁점토지 위의 건물에 화재가 발생하여 방치하고 있으므로 새로 건물을 지어 공장을 해보라는 권유를 받고, 토지는 임차하고 그 지상에 공장건물을 신축하면 비용이 절감될 것으로 기대하고 쟁점토지를 장기로 임차하여 공장건물을 신축한 후 치킨 양념제조업을 영위하고자 쟁점토지를 임차하고 10년간 임차료를 미리 지급한 것이므로 이를 사업과 관련이 없는 매입세액이라 하여 매입세액 불공제한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 환급거부통지를 받지 못하였다고 주장하고 있으나, 2008.4.1. 청구인이 직접 환급현지확인결과에 의한 과세예고통지서를 수령한 사실이 확인되므로 청구인의 주장은 사실과 다르고, 고충민원에 대한 처리결과는 「국세기본법」 제55조에 규정하는 불복청구의 대상이 되는 처분에 해당되지 아니하므로 이 건 심판청구는 각하대상에 해당한다.

(2) 청구인이 ○○○로부터 쟁점토지를 10년간 145,000,000원에 임차하였다는 주장은 임차료를 지급한 구체적인 증빙이 없고, 2007.10.31. ○○○로부터 쟁점토지 위의 근저당권을 인수한 사실로 볼 때 청구인이 임차료라고 주장하는 2007.10.31.자 ○○○ 등에게 지급한 금액 179,986,000원은 청구인이 ○○○로부터 근저당권을 인수한 대가와 관련된 것으로 보인다. 따라서 청구인이 2007.10.31. 쟁점토지 소유자 ○○○로부터 교부받은 공급가액 132,000,000원의 쟁점 세금계산서는 「부가가치세법」 제17조 제2항 제2호에 규정된 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액에 해당하므로 쟁점 매입세액의 환급은 불가하다.

 

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 적법한 심판청구인지 여부

(2) 쟁점 매입세액이 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액인지 여부

나. 관련법령

(1) 쟁점 (1) 관련

(가) 부가가치세법 제24조 【환 급】① 사업장 관할세무서장은 각 과세기간별로 당해 과세기간에 대한 환급세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업자에게 환급하여야 한다.

(나) 부가가치세법 시행령 제72조 【환 급】① 법 제24조 제1항에 규정하는 환급세액은 각 과세기간별로 그 확정신고기한경과후 30일내(법 제24조 제2항의 경우에는 15일 이내)에 사업자에게 환급하여야 한다.

(다) 국세기본법 제55조 【불 복】① 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다.

(라) 국세기본법 제68조 【청구기간】① 심판청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.

② 이의신청을 거친 후 심판청구를 하는 경우의 청구기간에 관하여는 제61조 제2항의 규정을 준용한다.

(2) 쟁점 (2) 관련

(가) 부가가치세법 제9조 【거래시기】① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

(나) 부가가치세법 제17조 【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액” 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

(다) 부가가치세법 제24조 【환 급】① 사업장 관할세무서장은 각 과세기간별로 당해 과세기간에 대한 환급세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업자에게 환급하여야 한다.

② 사업장 관할세무서장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 의하여 환급세액을 사업자에게 환급할 수 있다.

1. 제11조의 규정이 적용되는 때

2. 사업설비를 신설ㆍ취득ㆍ확장 또는 증축하는 때

(라) 부가가치세법 시행령 제72조 【환 급】① 법 제24조 제1항에 규정하는 환급세액은 각 과세기간별로 그 확정신고기한경과후 30일내(법 제24조 제2항의 경우에는 15일 이내)에 사업자에게 환급하여야 한다.

② 관할세무서장은 법 제21조의 규정에 의한 결정ㆍ경정에 의하여 추가로 발생한 환급세액을 지체없이 사업자에게 환급하여야 한다.

④ 법 제24조의 규정에 의하여 환급하여야 할 세액은 법 제18조ㆍ법 제19조 또는 제73조 제4항의 규정에 의하여 제출한 신고서 및 이에 첨부된 증빙서류와 법 제20조의 규정에 의하여 제출한 매입처별세금계산서합계표, 신용카드매출전표등수취명세서에 의하여 확인되는 금액에 한한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점 (1)에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청은 청구인이 2008.4.1. 부가가치세 환급자 현지확인결과가 기재된 과세예고통지서를 직접 수령한 사실이 있으므로 과세예고통지서 수령일(2008.4.1.)을 부가가치세 환급거부처분일로 보아야 하고, 이 건 심판청구는 과세예고통지서 수령일로부터 90일이 경과한 2009.2.3. 제기되었으므로 각하대상이라는 의견이므로 이에 대하여 살펴본다.

1) 처분청이 2008.4.1. 청구인에게 송달한 것으로 나타나는 과세예고통지서의 과세예고내용에는 ‘2007.2기 확정 부가가치세 환급자 현지확인 조사에 의거한 바, 매입세금계산서 수취 및 대금지급 증빙불비에 의거하여 매입세액 전액 불공제하고 세금계산서 합계표 불성실 및 초과환급신고 가산세 2,668,922원을 추징코자 합니다’라는 내용이 기재되어 있고, 그 과세예고통지서 하단에는 과세예고통지내용에 대하여 이의가 있는 경우에는 「국세기본법」 제81조의12의 규정에 의하여 30일 이내에 과세전적부심사청구를 할 수 있으며, 과세전적부심사결정에 의한 고지에 대하여 다시 이의가 있을 때에는 납세고지서를 받은 날부터 90일 이내에 국세기본법 등에 의한 불복청구를 할 수 있다라는 내용이 기재되어 있다.

2) 「국세기본법」 제81조의9 및 「국세기본법 시행령」제63조의3에 의하면, 세무공무원은 국세의 과세표준과 세액을 결정하거나 경정하기 위한 실지조사를 마친 때에는 그 조사결과를 서면으로 납세자에게 통지하여야 하고, 「국세기본법」 제81조의12 및 「국세기본법 시행령」 제63조의9에 의하면, 납세자는 세무서장 또는 지방국세청장이 현지확인조사 등에 따라 행하는 과세예고통지에 대하여 30일 이내에 과세전적부심사를 청구할 수 있다고 규정하고 있는바, 세무조사결과통지나 과세예고통지는 최종적으로 고지서 등을 발부하기 전에 납세자에게 소명기회를 부여함으로써 불복에 따른 과세관청입장에서의 행정력낭비를 방지하고 납세자에게도 비용과 고통부담을 덜어주기 위한 것으로 일종의 “처분의 사전(예정)통보” 성격으로 볼 수 있는 것으로서 그 자체가 처분은 아니라고 할 것이며, 이는 과세예고통지서에 기재된 문언에 의해서도 확인된다고 할 것이다.

3) 위와 같은 성격의 과세예고통지를 받은 청구인으로서는 과세전적부심사청구 등 소정의 절차를 선택하지 아니한 이상 과세예고통지서에 기재된 내용대로 납세고지서가 발부될 때까지 기다릴 수 밖에 없는 것이고 과세예고통지서상의 예고내용대로 쟁점 매입세액을 불공제하는 것으로 하여 세금계산서 합계표 불성실 및 초과환급신고 가산세가 고지되었다면 이의신청, 심사 또는 심판청구 등 불복청구를 제기할 수 있었을 것인데, 처분청은 과세예고통지만 하고 청구인이 고충민원을 제출할 때까지 가산세 부과처분이나 부가가치세 환급거부처분 등 아무런 처분도 하지 아니한 것으로 확인되므로 과세예고통지서 수령일을 환급거부처분일로 보아야 한다는 처분청 의견은 받아들일 수 없다고 판단된다

(나) 한편, 청구인은 쟁점 매입세액을 환급하지 못하자 2008.11.28. 처분청에 쟁점 매입세액의 환급을 구하는 내용의 고충민원을 제기하였고 처분청은 2008.12.9. 청구인에게 쟁점 매입세액을 환급하지 아니하겠다는 뜻을 명확히 하여 고충민원처리결과를 통지한 사실이 확인되며, 청구인은 이에 불복하여 고충민원처리결과 통지일로부터 90인이내인 2009.2.3. 심판청구를 제기한 것으로 나타나는바, 처분청은 고충민원에 대한 처리결과는 「국세기본법」 제55조에 규정하는 불복청구의 대상이 되는 처분에 해당되지 아니하므로 이 건 심판청구를 각하하여야 한다는 의견이므로 이에 대하여 살펴본다.

1) 「부가가치세법」 제24조 및 「부가가치세법 시행령」 제72조의 규정에 의하면 사업장 관할 세무서장은 각 과세기간별로 당해 과세기간에 대한 환급세액을 확정신고기한 경과후 30일내(조기환급의 경우에는 예정신고기한 경과후 15일 이내)에 사업자에게 환급하여야 한다고 규정하고 있고, 「국세기본법」 제55조, 제68조에 의하면 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있고, 심판청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다고 규정하고 있다.

2) 청구인은 2007년 제2기분 부가가치세를 신고하면서 쟁점 매입세액을 환급세액으로 신고하였으나, 처분청은 앞에서 살펴본 바와 같이 청구인의 2007년 제2기분 부가가치세를 경정결정하지도 청구인이 신고한 환급세액을 환급하지도 아니하고 있다가 청구인이 고충민원을 제기하자 2008.12.9. 청구인에게 쟁점 매입세액을 환급하지 아니하겠다는 뜻을 명확히 한 고충민원 처리결과를 문서로 통보하였고, 청구인은 그 고충민원 처리결과를 부가가치세 환급거부처분으로 받아들이고 이에 불복하여 심판청구를 한 것으로 나타나므로, 처분청은 2008.12.9. 청구인에게 2007년 제2기분 부가가치세 환급거부처분을 하였다고 보는 것이 타당하다고 할 것이다. 따라서 청구인은 부가가치세 환급거부처분일로부터 90일 이내에 심판청구를 제기하였으므로 이 건 심판청구는 적법한 심판청구로 판단된다.

3) 설령, 처분청 의견대로 위 고충민원에 대한 회신을 불복대상인 부가가치세 환급거부처분으로 볼 수 없다고 하더라도 처분청은 청구인의 부가가치세 환급세액 신고에 대하여 아무런 경정결정이나 환급거부처분도 하지 아니하고 부작위에 의하여 환급세액의 환급을 거부하고 있는 상태에 있다고 할 것이고, 이러한 부작위에 의한 권리 또는 이익의 침해에 대하여는 그 부작위가 지속되는 한 심판청구기간의 제한을 받지 않고 심판청구가 가능한 것이므로 이 건 심판청구는 적법한 심판청구라고 할 것이다.

(2) 쟁점 (2)에 대하여 살펴본다.

(가) 쟁점토지 및 연접토지 분할측량성과도(2006.3.30. ○○○ 발급)에 의하면, 쟁점토지와 연접토지 총 4필지는 각 4각형 모양으로서 서로 연접하여 전체가 4각형의 모양을 하고 있고, 모두 생산녹지지역의 공장용지(2006.5.4. 답에서 공장용지로 변경)이며, 쟁점토지 면적은 2,449㎡, 연접토지 면적은 2,450㎡으로 나타난다.

(나) 쟁점토지 및 연접토지 등기부등본의 등기내용은 다음과 같다.

1) 소유권에 관한 등기내용을 보면, ○○○가 2006.5.10. 매매를 원인으로 소유권을 취득하였고, 채권자 ○○○의 신청(청구금액 226,950,000원)으로 2006.10.11. ○○○이 가압류결정○○○을 하였다가 2007.11.2. 해제한 사실이 나타나며, 채권자 주식회사 ○○○(이하 ○○○이라 한다)의 신청으로 2007.7.9. ○○○이 경매개시결정○○○을 하였다가 2007.11.13. 취하에 의하여 경매개시결정등기를 말소한 내용이 나타난다.

2) 소유권 이외의 권리에 관한 등기내용을 보면, ○○○는 2006.5.15. ○○○에 채권최고액 1,170,000,000원의 근저당권을 설정(전 소유자 ○○○이 2006.3.14. ○○○에 설정해 준 근저당권을 인수)하였고, 2006.5.15.○○○에 채무자 ○○○를 위하여 채권최고액 390,000,000원의 근저당권을 설정하였으며, 2006.6.8.에는 채권자 ○○○에게 채권최고액 300,000,000원의 근저당권(이하 “쟁점 근저당권”이라 한다)을 설정한 사실이 나타나는바, 쟁점 근저당권은 2007.10.31. ○○○에서 청구인(1/2)과 ○○○(1/2)으로 근저당권자 명의가 변경된 것으로 나타난다.

한편, 청구인과 ○○○은 2007.12.28. 쟁점토지 및 연접토지에 각 2분의 1의 지분으로 지상권을 취득하였으며, 그 내용을 보면 목적은 견고한 건물의 소유, 범위는 토지전부, 존속기간은 2007.12.28.부터 30년, 지료는 무료로 나타난다.

(다) 쟁점토지 건축물 대장에 의하면, 쟁점토지 위에는 ○○○소유의 ○○○의 건축물이 멸실된 후 청구인이 연면적 481.61㎡, 지상 1층, 높이 10.2m, 일반철골구조의 식품공장용 건축물을 신축(2008.1.11. 건축허가, 2008.7.1. 사용승인)한 사실이 나타난다.

한편, 연접토지 건축물 대장에 의하면, 연접토지 위에는 ○○○이라는 명칭의 연면적 481.61㎡, 지상 1층, 높이 6.85m, 일반철골구조의 ○○○ 소유의 공장이 2006.4.20. 준공되었다가 2006.11.17. 화재로 멸실되었다는 내용이 나타나며, ○○○의 건축물이 멸실된 이후 ○○○이 연면적 481.61㎡, 지상 1층, 높이 10.2m, 일반철골구조의 식품공장용 건축물을 신축(2008.2.27. 건축허가, 2008.7.1. 사용승인)하였다는 내용이 나타난다.

(라) 청구인과 ○○○, ○○○과 ○○○가 2007.10.31. 각각 체결한 부동산임대차계약서에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

1) ○○○는 청구인에게 연접토지를 전세보증금 2,000만원, 월임료 110만원(부가가치세 별도)의 조건으로 120개월(10년)간 임대하고, 건물신축에 필요한 서류는 ○○○가 책임지되 청구인은 건물을 신축하여 사용하며, 월임료 120개월분을 일시불로 지급한다는 내용이다.

2) ○○○와 ○○○이 체결한 부동산임대차계약서는, 임대차 대상부동산이 쟁점토지로 기재된 것 외에 나머지 계약조건은 청구인과 동일한 것으로 나타난다.

3) 위 부동산임대차계약서에 의하면 청구인은 연접토지를, ○○○은 쟁점토지를 임차하는 것으로 기재되어 있으나 앞서 살펴본 건축물대장에는 청구인은 쟁점토지 위에, ○○○은 연접토지 위에 각 건축물을 신축한 것으로 나타나는바, 이에 대하여 청구인은 당초 청구인이 연접토지를 임차하는 것으로 부동산임대차계약서를 작성하였으나 건축허가를 신청하는 과정에서 설계사무소의 착오로 토지가 서로 바뀌었으며 두 토지의 경제적 가치가 동일하다고 생각되었기 때문에 결국 청구인은 쟁점토지 위에, ○○○은 연접토지 위에 공장을 신축하게 되었다는 주장이다.

4) 위 부동산임대차계약서에 첨부되어 있는 약정서에 의하면 ○○○ 설정금 다음에 설정된 근저당권자 ○○○의 명의변경을 ○○○와 ○○○가 책임지고 넘겨준다는 내용이 나타난다.

(마) 청구인이 제시하는 청구인 및 김극용의 임대차 계약대금 지급내역은 다음과 같다.

1) 청구인이 제시한 무통장입금·송금신청서에 의하면 청구인과 ○○○이 2007.10.31. ○○○ 영업부 지점에서 ○○○를 대리하여 ○○○에게 62,959,031원을 송금하였고, 위 금액 합계는 179,986,000원(이하 “청구인 송금액”이라 한다)으로서 청구인이 쟁점토지 임대차계약에 따라 ○○○에게 지급하여야 할 전세보증금 20,000,000원 및 10년분 월임료 145,200,000원(공급대가) 합계 165,200,000원(이하 “청구인의 임대차 계약대금”이라 한다)을 14,786,000원 초과하는 것으로 나타나며, ○○○는 2007.10.31. 청구인의 임대차 계약대금 165,000,000원을 영수하였다는 내용의 입금표(영수증)를 발행한 것으로 나타난다.

2) 청구인은 ○○○에게 지급하여야 할 청구인의 임대차 계약대금을 ○○○와 합의하여 ○○○의 채권자인 ○○○에게 송금한 것이고, 청구인 송금액이 청구인의 임대차 계약대금을 초과하는 이유는 ○○○이 ○○○에게 지급하여야 할 ○○○의 임대차 계약대금(전세보증금 20,000,000원 및 10년분 월임료 145,200,000원 합계 165,200,000원, 이하 “○○○의 임대차 계약대금”이라 한다) 중 일부를 청구인이 ○○○으로부터 전달받아 청구인의 임대차 계약대금과 합하여 ○○○에게 지급하였기 때문이라는 주장이며, 청구인의 농협계좌 거래내역에 의하면 ○○○이 2007.10.31. 2,500,000원을 입금한 내역이 나타난다.

3) 청구인이 제시한 ○○○의 무통장입금·신청서에 의하면, ○○○은 2007.10.31. ○○○(보내는 사람)를 대리하여 ○○○에 100,000,000원을 송금하였고, 박세중은 2007.10.31. ○○○(보내는 사람)를 대리하여 위 ○○○에 50,000,000원을 송금한 것으로 나타나며, ○○○은 2007.10.31. ○○○로부터 150,000,000원을 입금받았다는 내용의 확인서(2008.10.16.자)를 발급한 것으로 나타난다.

4) 위 내용을 종합해보면 청구인과 ○○○이 ○○○의 채권자인 ○○○, ○○○, ○○○에 송금한 금액은 329,986,000원(청구인이 송금한 금액 179,986,000원, ○○○이 송금한 금액 150,000,000원)이고, 청구인과 ○○○의 임대차 계약대금 합계는 330,400,000원(각 165,200,000원)으로서 거의 같은 금액으로 나타난다.

(바) ○○○와 ○○○·청구인이 2007.10.31. 작성한 근저당권 양도증서에 의하면 ○○○가 ○○○과 청구인에게 자신이 취득하고 있는 쟁점 근저당권을 피담보채권과 함께 양도한다는 내용이 나타나고, ○○○와 ○○○·청구인이 2007.12.28. 작성한 지상권 설정계약서에 의하면 ○○○가 ○○○·청구인에게 쟁점토지 및 연접토지에 지대 무료, 존속기간 30년의 지상권을 설정해준다는 내용이 나타난다.

(사) 청구인은 청구인의 사업과 관련하여 쟁점토지를 공장용지로 임차하고 임차료를 선납한 것이므로 쟁점 매입세액은 사업과 관련한 정당한 매입세액이라는 주장인 반면, 처분청은 임대차계약서상의 임대차부동산과 실제 임대차부동산이 상이하고, 청구인 송금액과 청구인의 임대차 계약대금이 서로 상이하며, ○○○가 청구인과 ○○○에게 30년간 무료로 지상권을 설정해준 사실로 보아 청구인 송금액은 쟁점토지 임차료가 아니고 ○○○의 쟁점 근저당권을 인수하고 그 대가로 지급한 것으로 보이므로 쟁점 매입세액은 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액이라는 의견이다.

(아) 살피건대, 이 건의 쟁점은 쟁점 매입세액이 청구인의 사업과 관련이 없는 지출에 대한 매입세액인지 여부라고 할 것인바, 청구인 주장 및 제시자료에 나타나는 사실, 즉 ① 청구인은 연접토지를, ○○○은 쟁점토지를 ○○○로부터 임차하는 것으로 하여 당초 임대차 계약을 체결하였으나 청구인은 쟁점토지에, ○○○은 연접토지에 건축물을 신축한 사실이 나타나고, 쟁점토지와 연접토지가 거의 같은 면적이며, 청구인과 ○○○의 임대차 계약대금이 동일한 점으로 보아 건축허가신청과정에서 토지가 서로 바뀌었고 이에 따라 실질적으로 청구인은 쟁점토지를, ○○○은 연접토지를 임차하고 있다고 보이는 점, ② 청구인 송금액이 청구인의 임대차 계약대금을 초과하고 있으나 청구인이 ○○○으로부터 일부 돈을 송금받은 사실이 나타나고, 청구인과 ○○○의 임대차 계약대금과 청구인과 ○○○이 ○○○의 채권자들에게 송금한 금액이 거의 일치하는 것으로 나타나며, ○○○가 청구인으로부터 청구인의 임대차 계약대금을 수령하였다는 내용의 영수증이 제시된 점으로 보아 청구인이 ○○○에게 청구인의 임대차 계약대금을 지급하였다고 보이는 점, ③ 청구인이 2007.12.14. 사업장을 ○○○에서 쟁점토지 소재지로 이전하였고 업종을 식품제조업으로 변경하였으며, 2008.1.11. 쟁점토지 위에 건축허가를 받아 2008.7.1. 식품공장용도의 건축물을 신축한 사실이 나타나므로 쟁점토지는 청구인의 사업과 관련된 토지로 보이는 점, ④ 청구인과 ○○○이 ○○○의 쟁점 근저당권을 인수하는 내용의 근저당권양도증서를 작성한 것으로 나타나나 이는 청구인과 ○○○이 ○○○에게 지급하여야 할 임대차 계약대금을 ○○○의 채권자인 ○○○에게 지급하고 ○○○의 근저당권이 소멸된 사실을 명확히 하기 위하여 쟁점 근저당권을 인수한 것이지 청구인 송금액이 쟁점 근저당권의 인수대금이라고는 볼 수 없는 점, ⑤ ○○○가 쟁점토지 및 연접토지에 대하여 청구인과 ○○○에게 지료를 무료로 하여 30년의 지상권을 설정한 것은 청구인과 ○○○이 10년분 임대차 계약대금을 선납하였기 때문으로 보이는 점을 종합해 볼 때, 청구인은 식품제조업을 영위하기 위한 공장을 신축하기 위하여 ○○○로부터 쟁점토지를 10년의 기간동안 임차하고 그 임차료를 미리 지급함과 동시에 쟁점 세금계산서를 교부받은 것으로 판단된다.

(자) 따라서 처분청이 쟁점 매입세액을 사업과 관련이 없는 지출에 대한 매입세액으로 보아 매입세액을 불공제하고 쟁점 매입세액을 청구인에게 환급하지 아니하고 있는 처분은 잘못이 있다고 할 것이다.

 

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.