쟁점     (1) 청구법인이 영위한 사업은 보증보험업이 아닌 조세특례제한법 제6조 제3항의 창업벤처중소기업 업종인 '정보처리 및 기타 컴퓨터운용관련업' 에 해당되므로 창업벤처중소기업에 대한 법인세 감면대상이라는 청구주장의 당부 (기각)
 
 
청구번호    2008서2975 결정일자    2009-10-20 세목    법인세
 
심판청구번호 조심 2008서 2975(2009.10.20)

 

주 문

심판청구를 기각합니다.

 

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 ‘의료소프트웨어 개발업, 의료정보통신 서비스업, 인터넷 비즈니스업 등’을 목적으로 설립된 법인으로서 1999.12.8. ‘의료소프트웨어 개발업’으로 사업자등록을 하고, ‘인터넷을 이용한 금융대출서비스 방법’을 개발하여 2001.12.3. ○○○으로부터 벤처기업확인서를 발급받고, 2002∼2004사업연도 법인세 신고시 창업벤처중소기업에 대한 세액감면을 받아 2002사업연도 법인세 353,416,380원, 2003사업연도 법인세 428,853,700원, 2004사업연도 법인세 597,616,480원 합계 1,379,886,560원을 감면받았다.

나. ○○○은 처분청에 대한 종합감사에서 청구법인의 주된 업종이 대출업무 협약을 맺은 은행에 개업의사의 무보증 대출을 보증하기 위하여 금융자산 담보제공과 연대보증인으로 입보하고 은행으로부터 대출받은 의사로부터 대출보증 명목의 수수료를 수취하는 사업으로서, 「조세특례제한법」 제6조 제3항에서 규정하는 창업벤처중소기업의 업종에 해당하지 아니하여 세액감면을 받을 수 없음에도 감면세액을 추징하지 아니한 사실을 지적하였고, 이에 처분청은 2007.7.11. 청구법인에게 법인세 2002사업연도분 518,179,090원, 2003사업연도분 581,457,970원, 2004사업연도분 742,495,860원 합계 1,842,132,920원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.9.28. 이의신청을 거쳐 2008.7.24. 심판청구를 제기하였다.

 

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 의료인에게 대출할 자금을 조성하거나 자금을 제공한 사실이 없고, 단지 은행에 의료인을 추천하는 소프트웨어를 개발하고 우수회원 추천에 따르는 위험부담을 줄이기 위하여 회원으로부터 일정 금액을 받은 것에 불과하며, 중소기업청장으로부터 벤처기업으로 확인받은 기업으로서 금융업을 영위하였다면 벤처기업으로 확인받지 못하였을 것이라는 점으로 보더라도 청구법인이 금융업을 영위하지 아니한 사실이 확인됨에도, 5년이나 지난 지금에 와서 금융보험업을 영위한 것으로 보아 세액감면을 배제하고 과세하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 인터넷을 통하여 대출신청자와 금융기관 사이에서 지급보증(연대보증) 서비스를 제공하고 수수료를 받는 것을 주된 산업활동으로 하는 보증보험업을 영위한 것이고, 수술동영상 등의 온라인 정보제공 용역은 총 매출의 10%에 불과하고 대출관련 매출이 90%를 차지하는 점으로 보아 의료인에게 청구법인을 통하여 대출을 받도록 하기 위하여 부수적으로 제공하는 용역으로 봄이 타당하다. 「조세특례제한법」 제6조 제3항은 창업벤처중소기업이라 하더라도 확인받은 업종이 동항의 업종에 해당하고 실제 영위하는 업종도 동항의 업종에 해당하여야 세액감면을 받을 수 있다고 해석하여야 할 것이므로, 보증보험업을 영위한 청구법인에게 세액감면을 배제하고 과세한 당초 처분은 정당하다.

 

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 「조세특례제한법」 제6조 제3항의 창업벤처중소기업 업종인 ‘정보처리 및 기타 컴퓨터운용관련업’을 영위하였는지, 아니면 「보험업법」에 의한 보험업 중 보증보험업을 영위하였는지 여부

나. 관련 법령

⑴ 조세특례제한법(2004.12.31. 법률 제7322호로 개정되기 전의 것) 제6조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】② 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업 중 대통령령이 정하는 기업으로서 창업후 2년 이내에 동법 제25조의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 "창업벤처중소기업" 이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항의 규정을 적용받는 경우를 제외하며, 감면기간 중 벤처기업의 확인이 취소된 경우에는 취소일이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다.

③ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 제조업, 광업, 부가통신업，연구 및 개발업, 과학 및 기술서비스업, 전문디자인업, 방송법에 의한 방송사업, 방송프로그램제작업，대통령령이 정하는 엔지니어링사업(이하 “엔지니어링사업”이라 한다), 정보처리 및 기타 컴퓨터운영관련업, 대통령령이 정하는 물류산업(이하 “물류산업”이라 한다), 영화산업(영화 및 비디오 제작업, 영화 및 비디오 제작관련 서비스업，영화배급업에 한한다), 공연산업(자영예술가를 제외한다), 관광진흥법에 의한 관광숙박업ㆍ대통령령이 정하는 관광객이용시설업ㆍ국제회의업ㆍ유원시설업, 광고업, 노인복지법에 의한 노인복지시설을 운영하는 사업，무역거래기반조성에관한법률에 의한 무역전시산업을 영위하는 중소기업으로 한다.

⑵ 조세특례제한법 시행령(2001.12.31. 대통령령 제17458호로 개정되기 전의 것) 제5조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】④ 법 제6조 제2항에서 “대통령령이 정하는 기업”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 기업을 말한다.

1. 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항 제1호ㆍ제3호 및 제4호의 규정에 의한 중소기업

⑦ 법 제6조 제3항에서 "대통령령이 정하는 정보처리 및 컴퓨터운용관련업" 이라 함은 컴퓨터설비자문업, 소프트웨어의 자문ㆍ개발 및 공급업과 자료처리업 및 데이타베이스업(이하 “정보처리 및 컴퓨터운용관련업”이라 한다)을 말한다.

⑶ 벤처기업육성에 관한 특별조치법(2001.5.24. 법률 제6482호로 개정된 것) 제2조【정의】①이 법에서 “벤처기업”이라 함은 중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다)으로서 다음 각호의 1에 해당하는 기업을 말한다.

3. 다음 각목의 권리·신기술 또는 지식을 이용하여 사업화하는 기업으로서 사업화의 정도가 제3조의 규정에 의한 기준에 적합한 기업

가. 특허권 또는 실용신안권(특허출원 또는 실용신안등록출원중인 기술로서 특허청장이 인정하는 기술을 포함한다)

제25조【벤처기업의 해당 여부에 대한 확인】①기업은 당해 기업이 벤처기업에 해당하는지 여부에 관하여 중소기업청장에게 확인을 요청할 수 있다.

②중소기업청장은 제1항의 규정에 의하여 요청을 받은 경우에는 산업자원부령이 정하는 기간내에 확인하여 그 결과를 요청인에게 통지하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

⑴ 청구법인의 사업내용에 대하여 본다.

㈎ 청구법인은 의료소프트웨어 개발업, 의료정보통신 서비스업. 인터넷 비즈니스업 등을 목적으로 설립되었고, 현재는 자회사인 포인트닉스를 설립하여 치과영상장비, 전자차트, 의료영상저장전달시스템, 문자전송시스템, 음성호출대기자시스템 등 각종 의료장비를 생산하여 판매하는 의료기기 전문업체로서 2001.12.3. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조의 규정에 의하여 ‘신기술개발기업’으로 서울지방중소기업청장으로부터 벤처기업으로 확인받았다.

㈏ 청구법인은 의사, 한의사, 치과의사, 의과대학생 등 의료인을 대상으로 하는 의료종합 포털싸이트를 만들어 의료인에게 의료에 관한 종합정보를 제공하였고, 벤처기업으로 확인받은 기술인 ‘인터넷을 통한 금융대출서비스 방법’은 포털싸이트에 가입한 5만여 명에 이르는 회원의 각종 정보를 분석하여 우수 회원을 선발하여 은행에 추천하면, 은행은 청구법인에 대한 신뢰도와 청구법인과 맺은 업무협약에 따라 그 의료인에게 신용대출을 해주는 기술로서, 은행은 추천받은 우수회원의 신용정보를 최종 확인하고 대출승인을 하며, 은행은 대출자금이 병의원 개업에 필요한 의료기기, 장비, 물품구입 및 인테리어 자금으로만 사용되도록 대출금 사용에 대하여 사전실사를 하는 것으로 확인된다.

㈐ 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 의하면 청구법인의 수입원은 청구법인이 개발하여 병·의원에 보급한 전자차트 등 전산 프로그램, 유료 수술동영상 제공, 온라인에 의한 의료기기 매출 수수료, 의료인의 홈페이지 제작, 배너광고료 및 ‘인터넷을 통한 금융대출서비스 방법’에 의한 대출관련 용역수입 등인데, 주된 수입원은 대출관련 용역수입으로서 총 매출의 약 90%를 차지하는 것으로 확인된다.

⑵ ○○○이 이 건 과세처분 전에 통계청장에게 청구법인의 표준산업분류상 업종과 관련하여 질의하였던 바, 동 질의에 대한 ○○○, 2007.1.10.)에 의하면, 인터넷을 통하여 이루어지는 영업행위라고 하여 무조건 정보처리 및 컴퓨터운영 관련업으로 보는 것이 아니라 실제 주된 산업활동에 따라 업종을 판단하는 것임을 알 수 있다. 또한 세법상 업종은 감독기관의 허가여부를 떠나 실제 이루어지는 주된 산업활동으로 판단하여야 할 것으로서, ‘인터넷을 통한 금융대출서비스 방법’에 따라 은행이 의료인들에게 대출하는 경우 청구법인이 대출금의 일정 비율을 담보예치금으로 적립한 점, 청구법인이 의료인의 대출에 대하여 은행과 포괄근보증계약을 체결하여 연대보증인으로 입보한 점, 의료인들이 대출금을 미상환하여 발생된 청구법인의 구상채권이 2005사업연도 손익계산서상 대손상각비로 72억원이 계상된 점, 청구법인의 주된 수입이 대출관련 용역수입인 점으로 보면, 청구법인이 영위한 업종은 보증보험업이라고 봄이 타당하다(○○○, 2008.2.22. 같은 뜻임).

⑶ 따라서, 처분청이 청구법인의 주된 업종을 보증보험업으로 보아 「조세특례제한법」 제6조 제3항의 창업벤처중소기업에 대한 세액 감면을 배제하고 법인세를 과세한 당초 처분에는 잘못이 없다고 판단된다.

 

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.