쟁점(1) 대표자 개인소유 ○○○을 임차하고 지급한 임차료가 그 실제 임차면적을 초과한 것으로 보아 그 초과면적 상당 임차료를 손금불산입한 처분의 당부 (기각)
(2) 특수관계법인의 물류창고를 임차하고 지급한 창고임차료가 고가임차에 따른 부당행위계산부인대상인지 여부 (일부인용)
(3) 특수관계자에게 지급한 ○○○내의 조업료가 실제 조업을 제공받지 아니하고 지급한 부당 지출경비인지 여부 (기각)
(4) 국외특수관계자에게 지급한 경영자문수수료(6개분야) 중 3개분야(회계, 인사노무관리, 대외광고 및 홍보업무)와 관련된 용역을 제공받은 사실이 객관적으로 확인되는지 여부 (기각)

 

청구번호 : 2008서1404 결정일자 : 2010-01-15 세목 : 법인세

 

심판청구번호 조심 2008서1404(2010.1.15)

 

주 문

1. ○○○세무서장이 2007.6.19. 청구법인에게 한 법인세 2004사업연도분 247,082,740원, 2005사업연도분 211,221,040원, 2006사업연도분 226,591,130원의 부과처분은 ○○○ 및 사무실의 임차료에 대하여 부당행위계산부인하여 각사업연도 익금에 산입한 금액에서 2004사업연도 146,681,516원, 2005사업연도 113,147,280원, 2006사업연도 113,754,959원을 각각 차감하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 ○○○에 본점을 두고 1988.4.21.부터 화물운송 대행사업 등을 영위하는 사업자로서

(1) 2000.3.7.~2005년11월초까지의 기간 중 ○○○에 소재한 대표이사 김○○○ 개인소유의 ○○○의 지하층 및 지상 1층의 일부 165㎡(이하 “남산건물”이라 한다)를 보증금 5천만원, 월임료 2백만원을 지급하기로 하는 임대차계약에 따라 그 임차료를 지급하고 비용계상하였고,

(2) 특수관계에 있는 (주)○○○(이하 “특수관계회사”라 한다)이 보유한 ○○○ 소재 물류창고 5,170㎡ 중 3,768㎡(이하 “○○○”라 한다)를 임차하여 (주)○○○에 다시 임대하였으며,

(3) 특수관계회사 소유의 ○○○의 창고(이하 “○○○”라 한다)에서 2006년 6월~12월까지 7개월간 91백만원의 조업료가 발생한 것으로 비용을 계상하였고,

(4) 2004년 9월까지는 국외특수관계자인 ○○○와 서비스계약을, 그 이후부터 2006년 6월까지는 벨기에 소재 ○○○와 회계업무, 경영관리업무, 각종 영업계약 관련업무, 임직원의 인사노무관리 업무, 대외광고 및 홍보업무, 물류관련 기술정보업무 등 6개 항목의 서비스를 제공받는 것으로 하여 계약을 체결하고, 매분기마다 경영자문수수료를 지급한 것으로 비용계상하여 법인세 등을 신고하였다.

나. 처분청은 (1) ○○○을 임차계약한 2000.3.7.에는 임차면적이 165㎡이었으나, 동 건물이 2003.1.17. 여성고시원으로 용도변경되면서 지하창고는 휴게실, 지상 1층은 관리실 및 식당으로 변경되어 실제 임차면적이 57㎡(지하계단 옆 창고)로 줄었으나 그 임차료를 감액하지 아니하였다 하여 108㎡에 상당하는 임차료 44,880천원을 손금불산입하였고,

(2) 청구법인이 특수관계회사에 지급한 ○○○의 임차료가 제3자의 임차료보다 150~200%정도의 고가임차에 해당하는 것으로 보아 부당행위계산부인하여 임차료 730,890,990원을 손금불산입하였으며,

(3) ○○○ 창고의 조업료로 특수관계회사에 지급한 91,000,000원은 실제 조업사실없이 지급한 것으로 경비를 계상한 것으로 보아 손금불산입하고,

(4) 해외특수관계자인 싱가폴의○○○ 및 벨기에의 ○○○에 경영자문수수료로 지급한 금액 중 회계, 인사노무관리, 대외광고 및 홍보업무는 관련 용역을 제공받지 아니하고 지급한 경비로 보아 그 상당 수수료 720,921,428원을 손금불산입하는 한편, 그 소득처분시 해외 모기업에 배당한 것으로 소득처분을 하여

2007.6.19.청구법인에게 법인세 816,551,340원(2002사업연도 64,942,030원, 2003사업연도 66,714,400원, 2004사업연도 247,082,740원, 2005사업연도 211,221,040원, 2006사업연도 226,591,130원), 법인원천세 90,060,180원(2004년 귀속 44,962,300원, 2005년 귀속 37,033,690원, 2006년 귀속 8,064,190원)을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.9.17. 이의신청을 거쳐 2008.3.26. 심판청구를 제기하였다.

 

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 ○○○의 지하 1층을 여성고시원의 카페식 실내공간으로 용도변경하였다는 2003.1.17.자 인터넷상의 사진자료를 근거로 계약서상 임차면적 165㎡ 중 108㎡를 실제 임차한 면적이 아니라고 하여 그 면적상당의 임차료를 부인하였으나, 위 인터넷상의 사진자료는 여성고시원의 입주자를 모으기 위하여 사진을 합성하여 게재한 것일 뿐 실제 지하 1층은 2006년도에 휴게실로 개조하였고 그 이전에는 창고용도로 계속 사용하였으며,

또한, 청구법인이 ○○○ 중 창고용도로 임차한 면적은 계약상 165㎡이나 실제 사용면적은 1층 로비와 정문앞의 주차장에 야적하는 등 계약면적을 초과하여 사용하였으므로 처분청이 108㎡를 실제 사용하지 아니한 것으로 보아 그에 상당하는 임차료를 손금불산입한 처분은 부당하다.

(2) ○○○는 당초 청구법인이 전체면적 5,170㎡를 임차하여 청구법인의 주요 거래처인 ○○○에게 재임대하는 조건으로 특수관계회사가 제3자로부터 토지 등을 임차하여 창고건물 일부까지 신축하였으나, (주)○○○가 당초 요구와 달리 3,768㎡만을 사용한다 하여 청구법인도 부득이하게 3,768㎡만을 임차할 수 밖에 없었고 이에 따라 특수관계회사 입장에서는 당초 예상하지 못한 공실면적의 발생으로 입게 될 손해를 최소화하기 위하여 미임대 면적을 제3자에게 조속히 임대하여야 할 필요가 있어 청구법인의 임대료보다 낮은 가격으로 제3자에게 임대하였을 뿐 청구법인이 특수관계회사에게 지급한 임차료는 결코 고가에 해당하지 아니하며,

더우기, 특수관계회사는 2004년부터 2006년까지의 임대료 신고액이 2,761,853천원이고, 창고관련 원가는 3,906,714천원으로서 1,144,861천원의 손실이 발생하여 그 보전을 위하여는 청구법인이 오히려 연간 4억원 수준의 추가 임대료를 지급하여야 함에도 청구법인이 지급한 임차료가 청구법인의 소득에 대한 조세를 부당하게 감소시킬 목적으로 특수관계법인에게 고가의 창고임차료를 지급한 것으로 보아 부당행위계산부인한 처분은 부당하다.

설사, 청구법인이 특수관계회사에 지급한 임차료가 고가에 해당하여 부당행위계산부인대상이라 하더라도 특수관계회사가 2004.8.31.까지는 제3자에게 임대한 사실이 없어 2004.1.1~8.31.기간은 비교대상이 되는 시가가 없음에도 처분청이 2004.1.1~8.31.기간에 대하여도 부당행위계산부인한 처분은 부당하고,

또한, 청구법인은 특수관계회사로부터 단순히 창고만을 임차한 것이 아니라 제3자의 임차조건과는 달리 그 사용에 필요한 제반 자산 및 편익(사무실, 승합차, 랙, 파레트, 화물통관검수, 청소유지, 중점경비관리 및 관련 제반서비스)을 추가로 제공받는 사실상의 특약계약이므로 창고건물만을 단순 임차한 제3자의 임차료와 평면 비교하여 부당행위계산부인함으로 인하여 그 적정액을 초과하여 손금부인하였는 바, 이 처분 역시 경제적 합리성을 추구하는 부당행위계산부인의 원칙에 어긋나는 처분이므로 이 건 부당행위계산부인시 이러한 제반조건을 고려하여 청구법인의 임차료를 재산정함이 타당하다.

(3) 처분청은 청구법인 소유의 ○○○의 창고에서 특수관계회사의 직원이 전혀 조업에 참여하지 아니하였는데도 조업료를 허위 지급한 것으로 판단하였으나, 위 창고에서는 특수관계회사 직원들이 기타 직원들의 수작업과 병행해서 그 소유 지게차를 이용하여 청구법인이 운반할 화물을 계속 이동시키는 등 실제로 조업을 하였음에도 조업료로 비용계상한 91,000천원 전액을 손금불산입한 처분은 부당하다.

(4) 처분청은 벨기에 소재 ○○○(해외 모기업)과 체결한 계약서의 6개 서비스항목 중 회계·인사노무관리·대외광고 및 홍보업무 등 3개 업무는 실제 용역을 제공받지 아니하고 단지 모기업의 비용청구라는 이유로 이를 지급하였다 하여 그 관련 서비스수수료를 손금불산입하고 배당으로 소득처분하였으나, 회계업무에 있어서는 ○○○가 글로벌네트워크의 원활한 조정을 위해 독립된 영업·관리·회계프로그램을 개발 및 사용토록 하였고, 인사관리업무에서는 매분기마다 통보된 Invoice에서 보는 바와 같이 회계교육 등의 용역을 실제로 제공받았으며, 대외광고 및 홍보업무 역시 전세계에서 화물운송을 하는 업종의 특성상 ○○○가 전세계에 걸쳐 있는 자회사 광고 및 홍보업무를 일괄 추진하고 있음에도 이러한 사실을 무시하고 용역을 전혀 제공받지 아니하고 수수료를 지급한 것으로 보아 손금불산입한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 남산건물의 주차장 및 1층 로비는 청구법인이 임차 초기부터 계속하여 편의상 사용해 온 것(일반적으로 주차장 및 로비를 임대면적에 포함시키는 경우는 없으며 있더라도 무상사용함)이므로 처분청이 임차면적 중 감소된 것으로 본 지하1층 및 지상1층의 면적과는 관련이 없는 것이다.

○○○은 여성전용고시원으로 사용되고 있는데 2003.1.17.자 인터넷자료의 내용을 보면, 지하 1층을 카페식 실내공간으로 개조하였음을 홍보하고 있고, 조사당시 출장하여 확인한 결과 인터넷홍보물과 현재 설치된 내용이 동일하여 이는 2003년 고시원 개원시부터 휴게실로 사용되었다는 것을 나타내는 것이다.

또한, 청구주장대로 창고로 계속 사용하다가 2006년도에 휴게실로 개조하였다면 이와 관련된 세금계산서나 공사계약서가 있어야 함에도 이에 대한 관련증빙을 전혀 제시하지 못하고 있으므로 청구주장은 받아 들일 수 없다.

(2) 청구법인의 주장대로 공실 면적을 조속히 임대하기 위하여 제3자에게는 싼가격으로 임대하였다면 2004년 이후 2년의 임대기간이 만료되어 재임대하는 2006년 이후에는 이러한 공실사유가 소멸되어 청구법인과 제3자의 평당임대료가 어느 정도 일치하여야 하나 평당임차료의 차이가 2004년 24,108천원에서 2006년 30,694천원으로 증가된 점으로 볼 때 특수관계있는 법인에 고가 임차료를 지급한 것을 나타내는 것이다.

청구법인은 ○○○를 소유한 특수관계회사가 매년 손실을 보고 있어 부당행위계산부인대상이 아니라고 주장하나, 특수관계회사의 손실여부는 부당행위계산여부와는 관계가 없는 것이고 손실이 난 특수관계법인에게도 당연히 이익을 분여할 수 있는 것이며, 또한 특수관계회사는 2004사업연도부터 2006사업연도까지 법인소득금액으로 313,139천원을 신고한 사실이 확인되고 있으므로 손실이 발생하였다는 청구주장은 사실과 다르다.

청구법인은 2004.1.1.~8.31.기간에는 부당행위계산부인대상이 되는 임대사례가 존재하지 아니하였으므로 이 기간에 대한 부당행위계산부인이 잘못이라고 주장하나, 처분청이 이 건의 비교대상으로 삼은 제3자와의 임차료는 2004.9.1.자 특수관계회사와 청구외 ○○○ 간의 임대사례만을 대상으로 한 것이 아니라 창고의 경우 2004.5.22.자 청구외 ○○○와의 임대사례 등 총 4건(사무실의 경우 2건)의 임대사례를 고려하여 산술평균한 것이므로 청구법인이 2004.9.1.자 이전에는 이 건의 비교대상이 되는 임대사례가 없었다는 주장은 이 건 처분의 내용을 제대로 파악하지 못한 것에 기인한 것일 뿐 아니라, 설사 이 부분 청구법인 주장을 그대로 인정한다 하더라도 2004.9.1.이후의 수차에 걸친 임대사례에서 나타나는 제3자와의 임차료에 비추어 볼 때, 청구법인이 특수관계회사에 지급한 임차료는 과다하다고 봄이 합리적이므로 이 건에 대하여 2004.1.1.부터 부당행위계산부인한 처분은 정당하다.

청구법인은 특수관계회사로부터 단순히 창고만 임차한 것이 아니라 창고를 사용하기 위한 기타자산을 추가로 제공하는 특약계약이므로 고가임차료를 지급한 것이 아니라고 주장하나, 임대차계약서상 창고와 사무실을 임대한다는 내용외에 장비 및 설비를 추가 제공한다는 내용이 없을 뿐만 아니라 실제 다른 용역 및 사업상 편의를 제공받은 사실이 확인되지 아니하고, 또한 ○○○(주)가 ○○○에서 사용하고 있는 지게차에 대하여 청구법인이 별도로 월 1,500천원의 사용료를 받고 있는 것으로 확인되어 부당행위계산부인시 청구법인이 지급한 임차료에서 차감하여 계산하였으므로 청구주장은 받아 들일 수 없다.

(3) 청구법인은 특수관계회사의 직원이 ○○○내 창고에서 화물적재 등의 조업을 실제로 수행하여 이에 따른 조업료를 지급한 것이라고 주장하나, 특수관계회사가 근로소득세를 신고하는 임직원은 3명으로 이 중 창고를 관리하는 직원은 정○○○ 1명이고 나머지 성○○○은 청구법인의 대표이사 김○○○의 사돈으로 실제 근무여부가 불분명한 점, 청구법인에 인력파견 사실을 입증할 수 있는 증빙자료를 보관하고 있지 아니한 점, 물류센터책임자(김○○○)의 진술내용에 의하면 용역업체의 외부인력을 사용하는 일수가 극히 제한적임에도 월 조업료로 13,000천원을 책정한 점, 용역인건비를 본사에서 지급하였다고 진술한 점 등을 종합하여 볼 때 정상적인 인력파견 및 실제조업에 따른 대가를 지급하였다고 보기보다는 지배주주인 김○○○ 일가의 가족회사 성격이 강한 특수관계회사에게 용역제공없이 부당하게 이익을 분여한 것이므로 2006년에 지급한 조업료를 손금부인한 처분은 정당하다.

(4) 회계업무에 대한 용역제공이 있었는지를 조사한 바, 청구법인의 회계프로그램인 Winsabis는 회사의 회계처리 및 수출입절차의 모든 과정에서 사용할 목적으로 ○○○(주)에서 제작하여 청구법인에 제공한 것으로서 모법인인 벨기에의 ○○○에서 제공한 것이 아닐 뿐만 아니라○○○가 회계업무 전반에 대한 자문용역을 제공 또는 수행한 사실이 있다면 자문활동기록 또는 자문서비스운영보고서 등 구체적인 결과물이 확인되어야 하나 제공받은 회계업무관련 용역내용의 실체가 확인되지 아니하고 대가지급관련 시간배당조사서 및 용역대가 산출근거 등의 객관적인 입증자료가 보관되어 있지 아니하다.

인사노무관리에 대한 용역제공이 있었는지를 조사한 바, 임직원의 채용·인사고가·승진·재배치 등 인적자원에 대하여 인사관리를 하였다거나, 임직원에 대한 업무능력 향상을 위한 교육을 실시하였다거나, 조직의 인사관리기능을 극대화시키기 위한 선진인사시스템을 도입하였다거나 하는 등의 인사노무관리업무와 관련한 경영자문 또는 인적용역을 제공받은 내용과 실체를 확인할 수 없고, 청구법인의 직원들과의 문답서에서도 그러한 교육 등을 받은 사실이 있다는 점을 확인할 수 없어 인사노무관리와 관련한 용역제공이 없는 것으로 확인한 것이다.

대외광고 및 홍보 역시 각종 인쇄물을 거래처로 발송하여 국내 경쟁력을 제고하였다고 주장하나 어떤 인쇄물을 언제 어떤 식으로 보냈는지에 대한 증빙을 제시하지 못하고 있다.

따라서, 벨기에의 ○○○ 등 국외특수관계자로부터 위와 관련된 용역을 제공받았다면 이에 관련된 서류를 제시하여야 함에도 이를 제시하지 않으면서 용역을 제공받았다고 주장하고 있는 바, 청구법인이 수수료 명목으로 지급한 금액은 업무와 관련없는 국외특수관계자에 대한 임의배당에 해당하므로 관련비용을 손금불산입한 처분은 정당하다.

 

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 대표자 개인소유 남산건물을 임차하고 지급한 임차료가 그 실제 임차면적을 초과한 것으로 보아 그 상당 임차료를 손금불산입한 처분의 당부

(2) 특수관계법인의 물류창고를 임차하고 지급한 창고임차료가 고가임차에 따른 부당행위계산부인대상인지 여부

(3) 특수관계자에게 지급한 인천국제공항 물류창고내의 조업료가 실제 조업을 제공받지 아니하고 지급한 부당 지출경비인지 여부

(4) 국외특수관계자에게 지급한 경영자문수수료(6개분야) 중 3개분야(회계, 인사노무관리, 대외광고 및 홍보업무)와 관련된 용역을 제공받은 사실이 객관적으로 확인되는지 여부

나. 관련법령

(1) 법인세법 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

(2) 법인세법 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

(3) 법인세법 시행령 제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

7. 금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율·요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우

(4) 법인세법 제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.

② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우에는 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등은 제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조 내지 제39조의 2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호 및 동법시행령 제57조 제1항·제2항의 규정을 준용함에 있어서 “직전 6월은(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3월로 한다)”은 이를 각각 “직전 6월”로 본다.

④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액

(5) 국제조세조정에관한법률 제9조(소득금액조정에 따른 소득처분 및 세무조정) ① 제4조의 규정을 적용함에 있어서 익금에 산입되는 금액이 국외특수관계자로부터 내국법인에게 반환될 것임이 증빙에 의하여 확인되지 아니하는 경우에는 동 금액은 「법인세법」 제67조의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 국외특수관계자에 대한 배당으로 처분하거나 출자 또는 대여금 등으로 조정한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1988.4.21.부터 ○○○에 본점을 두고 화물운송대행 등의 사업을 영위하는 내국법인으로서 1999년경 전략적 제휴의 필요성에 따라 청구법인의 대표 김○○○ 등이 보유하던 청구법인의 출자지분 중 85%를 벨기에의 ○○○(벨기에 소재 해외모기업)에 양도하여 김○○○과 ○○○가 각각 15% 및 85%의 지분을 보유하다가(벨기에의 ○○○는 2004년도 초 청구법인의 출자지분 85%를 그가 100% 출자한 싱가폴의○○○에 양도하였음) 벨기에 모기업이 국내사업을 철수하던 2006.4.30. 김영진 등이 다시 그 지분을 인수한 사실이 있어 이 건 과세처분 사업연도 중 2006.4.30.까지는 청구법인, 김영진, 벨기에의 ○○○, 싱가폴의 ○○○이 서로간 「법인세법」 또는 「국제조세조정에관한법률상」의 특수관계에 있었던 사실, 청구법인의 특수관계회사(주식회사 ○○○)는 2003. 9월 청구법인의 대표 김○○○ 및 그의 아들 등이 출자하여 설립한 내국법인으로서 「법인세법」상 청구법인과 특수관계에 해당하는 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 청구법인이 제출한 장부와 처분청이 제출한 청구법인의 법인세 과세표준 및 세액경정결의서 등에 의하여 정리한 이 사건 쟁점관련 각사업연도별 손금계상액 및 손금불산입액의 내역은 각각 아래표 (가) 및 (나)와 같다.

○○○

(3) 이 건의 경우 위의 사실관계 등에 기초하여 청구법인의 주장 및 처분청의 의견의 타당성에 대하여 살펴본다.

(가) 우선 쟁점(1)에 대하여 살펴보면, 청구법인의 대표이사 개인소유 ○○○에 대한 청구법인의 지급임차료와 관련하여 처분청이 그 임차계약면적(165㎡)중 지하 1층 등 108㎡는 2003.1.1.부터 청구법인이 임차한 창고가 아니라 대표이사의 개인사업장인 여성고시원의 시설로 사용되고 있다고 보아 그 해당 임차료를 손금불산입한 데 대하여, 청구법인은 지하 1층이 2006년도에 휴게실로 개조되었고 그 개조 전까지 청구법인이 창고로 임차하여 사용하였다고 주장하고 있으나, 청구법인은 2006년도에 휴게실로 개조된 사실을 입증할 객관적 증빙(공사자 및 공사대금 지급에 관한 자료 등)을 전혀 제시하지 못하는 반면, 그 건물내 여성고시원에 관한 인터넷상의 2003.1.17.자 광고내용 및 관련 사진, ○○○의 종전 임차자가 청구법인을 제외하고는 2003.1.1. 이전에 모두 퇴거한 점 등을 종합해 보면, ○○○의 지하 1층은 위 광고당시 이미 휴게실로 개조하고 있었던 것으로 봄이 타당하다 하겠고, 그 이외에 청구법인의 다른 주장들도 그 근거가 없는 것으로 보여지고 있으므로 이 부분 청구법인의 주장은 받아 들일 수 없다 하겠다.

(나) 다음으로 쟁점(2)의 경우 먼저 이 부분 사실관계를 추가적으로 살펴본 후 그 소쟁점별로 심리하여 본다.

① 쟁점(2) 부분과 관련된 사실관계를 살펴본다.

㉮ (주)○○○은 청구법인의 대표이사와 그 가족 등 특수관계인이 100% 출자하고 있어 청구법인과 (주)○○○은 법인세법상 특수관계에 해당하고 이에 대한 다툼은 없다.

㉯ 다음으로 ○○○의 임대차와 관련있는 회사들의 임대차에 관한 내용을 순차적으로 살펴본다.

ⅰ) 우선 ○○○의 임대차 흐름 등은 다음과 같다.

㉠ 특수관계회사는 (주)○○○ 등 5인으로부터 토지 5,007평 및 창고건물 약 800평을 임차한 후 여기에 건축자금 약 12억원을 투입하여 764평의 창고건물을 신축하는 등 창고와 사무실 용도의 건물 1,564평을 확보하였으며, 청구법인은 그 중 건물 1,140평(창고 1,070평, 사무실 70평)을 2004.1.1.부터 3년간 임차하였고, 그 임차창고 및 사무실 중 창고건물 1,070평을 2004.1.1.부터 3년간 청구법인의 주요 거래처인 (주)○○○에 임대하였다.

㉡ 한편, 특수관계회사는 청구법인에 임대하고 남아 있는 나머지 창고건물 및 사무실을 특수관계가 없는 제3자에게 임대하였다.

ⅱ) 임대차 관련회사간 임대차 계약의 내용은 다음과 같다.

㉠ (주)○○○ 외 4인(임대인)과 특수관계회사(임차인)가 체결한 2003.11.15.자 임대차계약서를 보면, 특수관계회사는 (주)○○○외 4인으로부터 대지 5,007평, 창고건물 1동 800평 및 앞으로 신축할 창고를 2003.11.15.부터 2008.11.15. 까지 5년간 임차하는 것으로 되어 있고, 그 임료는 연도별로 1차연도 1억 2천만원(부가가치세 별도, 이하 같음), 2차연도 1억 8천만원, 3차연도 4억원, 4차연도 5억원, 5차연도 5억원 등 모두 17억원으로 되어 있으며, 임료의 지급에 관하여 각차연도 매년 11. 15.에 약정임료를 선납하기로 하였으며, 임대인의 기존건물 위에 1개층을 신축하여 특수관계회사에 제공하기로 하되 창고로서의 기능에 필요한 제반시설은 특수관계회사가 비용을 부담하기로 하였으며, 그 특약사항으로 임차인(특수관계회사)은 선급임차료와 별도로 임대인((주)○○○ 외 4인)에게 3억원의 공사비(설계비, 감리비, 도로이용료 등)를 지급하되 임대차계약의 해지시 이를 반환하지 아니하기로 약정하였다. 한편, 특수관계회사는 위 약정에 따라 창고건물 764평의 신축과 관련하여 약 12억원의 시설비를 투입하였으며, 신축창고의 시설비는 5년의 임차기간 경과시 조건없이 (주)○○○ 등에 귀속되는 것으로 약정하였다.

㉡ 그 다음, 특수관계회사(임대인)와 청구법인(임차인)이 체결한 2004.1.1.자 ○○○에 관한 임대차계약서를 보면, 그 임차면적은 특수관계회사가 보유한 건물면적 총5,170㎡(1,564평) 중 3,768.62㎡(1,140평), 임차기간은 2004.1.1.부터 2006.12.31.까지 3년간, 임차료는 임대보증금은 2억원(2005.9.26. 임대보증금 조정에 대한 합의를 하고 1억5천만원으로 하향조정하였음), 임료는 월 64,400천원, 관리비는 월 6,000천원(2005.6월부터는 3,600천원)으로 하기로 하였으며, 위 임차기간 중인 2006.5.31. (주)○○○가 창고의 임차면적을 744평으로 변경하고 2006.1.1.부터 임료의 소급적용을 요구함에 따라 청구법인도 특수관계회사와 동일한 합의를 한 바 있으며, 청구법인 및 처분청이 제시한 자료에 의하면 위 창고 및 사무실의 임차와 관련하여 청구법인이 특수관계회사에 실제 지급한 임차료와 관리비는 2004사업연도 826,800천원, 2005사업년도 658,849천원, 2006사업연도 624,569천원으로 확인되고 있다.

㉢ 청구법인(임대인)과 (주)○○○(임차인) 간의 2004.1.1.자 임대차계약서를 보면, 임대면적은 창고용 건물 1,070평, 임차기간은 2004.1.1.부터 2006.12.31.까지 3년간, 임차료는 보증금없이 월임료 및 관리비(Warehouse rent & maintenance)로 월 48,792천원, 창고내 화물운반용 시설 등의 이용료로 월 9,452천원(Rack depreciation 5,577.5천원, High reach truck 1,500천원, Forklift 2대 1,500천원, Delivery car 874.5천원), 기타 비용(Documentation/Handling fee Logistics service)으로 월 3,000천원을 지급하기로 약정하였고, 이에 따라 청구법인이 (주)○○○로부터 창고 및 시설 등의 임대료로 지급받은 금액은 2004사업연도 852,053,130원, 2005사업연도 694,530,520원, 2006사업연도 594,259,050원으로 확인되고 있다.

ⅲ) 특수관계회사와 제3자간의 창고 및 사무실의 임대차 계약내용은 아래 표와 같다.

○○○

ⅳ) 한편, 청구법인은 특수관계회사가 ○○○ 등의 임대를 하게 된 경위에 대하여 (주)○○○ 및 청구법인의 해외모기업 간의 화물운송약정에 따라 (주)○○○의 화물을 운송하는 사업자로서 (주)○○○와의 지속적인 거래관계를 유지하고 그 화물운송을 원활하게 하기 위해서는 창고건물의 안정적 확보 등 추가적 서비스 제공이 필요하나, 해외 모기업들은 유동성이 낮고 비교적 투자 리스크가 높은 부동산 투자를 하지 아니한다는 경영방침 때문에 그 자회사들인 (주)○○○ 및 청구법인 역시 창고를 소유할 수 없었기 때문에 청구법인이 (주)○○○와의 지속적인 사업관계를 유지하기 위하여 2003년 9월에 부득이 창고임대업을 하는 별도의 회사(특수관계회사)를 설립하게 되었다고 설명하고 있다.

ⅴ) 위 사실에 대하여 처분청의 적정임차료 등 부당행위계산부인액의 산정내역은 아래와 같다.

㉠ 창고 임차료의 부당행위계산부인액의 산정근거는 아래 표와 같으며, 처분청은 임차료의 산정에 있어서 청구법인의 임차료에 관리비 및 임대보증금에 대한 간주임대료를 포함하고 지게차 사용료(월 150만원)를 차감하였으며, 제3자의 경우 그 평당임차료는 4개 회사의 임차료를 산술평균하였다.○○○

㉡ 사무실 임차료의 부당행위계산부인대상액의 산정근거는 아래표와 같으며, 제3자의 사무실 평당임차료는 2개 회사의 사무실 임차료를 산술평균하였다.○○○

② 위와 같은 기본적 사실관계 및 처분청의 처분내용 등을 기준으로 쟁점(2) 부분에 대한 과세처분의 당부를 살펴본다.

ⅰ) 쟁점(2)의 소쟁점 중 우선 부당행위계산부인대상으로 본 처분이 부당하다는 청구법인의 주장에 대하여 살펴보면, 청구법인은 처분청이 청구법인과 특수관계회사 간의 임차료가 특수관계없는 제3의 임차인에 비하여 월등히 높다 하여 부당행위계산부인하였으나, 특수관계회사의 제3자에 대한 창고 및 사무실임대료가 청구법인에 대한 임대료보다 낮은 것은 (주)○○○가 당초와 달리 임차면적을 축소함에 따라 예상하지 못한 공실이 생겨 특수관계회사가 그 손실을 최소화하기 위하여 공실을 신속히 임대할 수 밖에 없었기 때문에 저렴하게 임대하였을 뿐 청구법인의 지급임차료가 절대적으로 높은 것이 아니며, 또한 특수관계회사가 ○○○의 임대와 관련하여 회계상 이익이 발생한 것으로 되어 있으나 2004~2006사업년도에 창고건물(구축물) 취득가액 중 감가상각비로 계상하지 못한 2006년도말 현재의 미상각잔액 1,011백만원을 반영할 경우 사실상 손실이어서 그 손실발생에 책임이 있는 청구법인으로서는 오히려 추가 부담하여야 할 입장임을 고려하지 아니하고 단지 겉으로 드러난 현상만을 비교하여 부당행위계산부인한 이 건 처분은 합리성을 결여한 것이라고 주장하고 있다.

살피건대, 청구법인은 특수관계회사에 지급한 임차료가 적정하다고 주장하고 있으나 동 주장을 입증할 그 주변의 유사한 임대사례를 제시하지 못하고 있으므로 다른 객관적인 증거가 제시되지 아니하는 한 청구법인이 지급한 임차료가 적정수준이라는 청구법인의 주장은 받아 들일 수 없다 하겠고, 또한 특수관계회사가 ○○○의 임대와 관련하여 사실상 손실이 발생하였다는 주장도 특수관계회사의 3년간(2004~2006사업연도) 사업실적이 약 256백만원의 당기순이익을 시현한 것으로 나타나는 점으로 볼 때 인정하기 어려우며, 그 이외에 청구법인의 주장은 장래 그 발생여부가 불분명한 현상에 기초한 것으로서 합리성이 있다고 보기 어려울 뿐 아니라, 더욱이 ○○○의 임대와 관련하여 청구법인이 (주)○○○로부터 받는 순수 임대수입이 청구법인이 특수관계회사에 지급하는 임차료에 미치지 못하는 점을 보더라도 청구법인이 특수관계회사에 지급한 임차료는 특수관계가 없다면 보기 드문 거래로서 부당행위계산부인대상에 해당한다고 봄이 타당하다 하겠으므로 이와 다른 이 부분 청구법인의 주장은 받아 들일 수 없다 하겠다.

ⅱ) 다음으로 ○○○의 지급임차료가 고가에 해당하여 부당행위계산부인대상이라 하더라도 특수관계회사가 2004.8.31. 까지는 제3자에게 임대한 사실이 없어 청구법인이 지급한 임차료가 고가인지 여부를 비교할 수 없음에도 이 기간의 임차료에 대하여도 그 이후의 임차사례를 기준으로 하여 부당행위계산부인한 처분은 잘못이므로 2004사업연도의 ○○○ 임차료에 대한 부당행위계산부인한 처분 중 2004.1.1.~8.31. 기간에 대하여는 그 대상기간에서 제외하여야 한다고 주장하는 바, 청구법인과 처분청은 ○○○ 인근의 창고임대 시세 등 유사한 임대실태를 파악하지 못하고 있으므로 이 건의 경우 특수관계회사가 제3자에게 임대한 내용에 기초하여 비교할 수 밖에 없어 보이고, 특수관계회사의 제3자에 대한 임차시기를 보면, ○○○와는 2004.5.22.부터, ○○○과는 2006.5.22.부터, ○○○와는 2006.12.1부터, 필립모리스와는 2004.9.1.부터 각각 창고건물을 임차한 것으로 나타나고 있으므로 2004.9.1.부터 제3자에게 임차하였다는 청구법인의 주장은 과장되어 있을 뿐 아니라, 설사 특수관계회사와 제3자간의 임차사례가 2004.8.30.현재까지 없었다 하더라도 2004.1.1.부터 2004.8.30.까지의 임차공백기간 중 그 임차료에 변동이 있었음을 입증할 만한 다른 객관적인 근거가 없는 한 특수관계없는 제3자에 대한 이 건 임차료를 시가가 아니라고 보기 어려우므로 이 부분 청구주장은 받아 들이기 어렵다고 판단된다.

ⅲ) 마지막으로 청구법인이 특수관계회사에 지급하는 임차료에는 제3자가 특수관계회사에 지급하는 임차료와 달리 특수관계회사의 장비 등의 사용료가 포함되어 있다는 주장에 대하여 살펴본다.

㉠ 청구법인은 특수관계회사로부터 단순히 창고만을 임차한 것이 아니라 처분청이 임대료의 시가로 삼은 제3자의 임차조건과는 달리 특수관계회사의 장비사용 및 제반 편익을 제공하는 대가가 포함되어 있는 사실상의 특약계약이므로 단순히 창고건물만을 임차한 제3자의 임차료와 단순비교하여 부당행위계산부인함은 경제적 합리성을 추구하는 부당행위계산부인의 원칙에 어긋나는 처분이라는 주장이고, 이에 반하여 처분청은 이 건 임대차계약서상 특수관계회사가 창고와 사무실의 임대 외에 장비 및 설비 등을 추가 제공하기로 한다는 특약이 없을 뿐만 아니라 실제로 임대물건 이외에 다른 용역 및 사업상 편의를 제공받은 사실이 확인되지 아니하고, 다만 ○○○(주)가 ○○○에서 사용하고 있는 지게차에 대하여 제3자와의 임대차계약 내용과 다르다고 인정하여 그 사용료 월 150만원을 청구법인이 지급한 임차료에서 차감하였으므로 그 차이에 대한 조정을 하였다고 주장하고 있다.

㉡ 이에 대하여 살펴보면 ○○○ 및 사무실의 임대차계약이 특수관계회사와 청구법인, 청구법인과 (주)○○○간에 약정되어 있으나, ○○○ 및 사무실의 임대차계약 당사자간의 관계 및 그 임대차에 이르게 된 일련의 과정을 보면 서로 밀접한 연관성이 있음을 알수 있고, 처분청(조사관청)이 청구법인과 (주)○○○ 간의 임대차계약서에만 명시되어 있는 특수관계회사의 지게차 사용료 150만원을 청구법인의 지급임차료에서 차감한 점도 이러한 사정을 반영한 것으로 보여지고 있으므로, 이 부분 심리시에는 그 전체를 묶어서 청구주장의 신빙성 여부를 살펴 봄이 타당하다 하겠다.

㉢ 우선 청구법인과 (주)○○○ 간의 창고 임대차계약서 중 제5조를 보면 (주)○○○가 청구법인에 창고 1,070평의 임대료 및 관리비(Warehouse rent & maintenance)로 월 48,792,000원(3.3㎡당 45,600원)을 지급하기로 되어 있으며, 동조 01(Basis)의 Schedule A에는 위 임대료 이외에 지게차(Forklift 2Set) 사용료 월 1,500,000원, High reach truck 사용료 월 1,500,000원, Rack depreciation 월 5,577,500원, Delivery car 875,000원, Documentation/Handling fee Logistics service 3,000,000원 등 총 12,452,000원이 구분·약정되어 있는 바, 이 건 창고 등에 관한 일련의 임대차 관계를 고려할 경우 만약 그 사용료를 임차료와 별도 지급하기로 되어 있는 위 장비가 특수관계회사의 소유라면 비록 청구법인이 특수관계회사에 지급하는 임차료에는 장비 등의 사용료가 창고임차료와 구분표시되어 있지는 아니하나 그 장비 등의 사용대가가 포함되어 있다고 봄이 타당하다 하겠다. 다만, 위 계약상의 지급액 중 Documentation/Handling fee Logistics service 3,000,000원은 비용의 성격상 운송용역과 관련한 서비스의 대가로 인정될 뿐 창고임차 및 장비 등의 사용과 관련이 없다 하겠으므로 동 금액은 이 부분 차감대상에서 제외함이 타당하다 하겠다.

㉣ 다음으로, 청구법인이 제시한 특수관계회사의 재무제표, 자산관리대장 및 관련장부 등에 의할 때 청구법인과 (주)○○○ 간의 창고 임대차계약상 그 사용료를 받기로 한 장비 Forklift 2Set, High reach truck, Rack, Delivery car는 특수관계회사의 보유자산으로 인정된다.

㉤ 한편, 특수관계회사와 특수관계가 없는 제3자 간의 창고 및 사무실의 임대차계약서를 보면 장비 등의 사용에 관한 약정사항이 없으며, 특수관계가 없는 창고임차자 중 임차규모가 큰 ○○○(현재 주식회사 ○○○로 변경)가 제출한 확인서를 보면 그들은 창고임차료가 장비 등의 사용료가 포함되어 있지 아니한 순수 임차료이고, 지게차 등의 장비는 그들이 직접 소유하고 있거나 또는 타 장비회사로부터 임차하여 사용한다고 확인하면서 일부 장비의 임대차계약서를 제시하였으며, 위 양회사의 ○○○ 관리업무를 수행하는 직원들도 각각 위 확인내용과 같은 진술을 하고 있는 점에 비추어 볼 때, 특수관계회사가 제3자로부터 받는 임대료 및 관리비에는 특수관계회사의 장비 등의 사용료가 포함되어 있지 아니한 순수 임차료로 봄이 타당하다 하겠다.

㉥ 이 부분의 경우 위 사실관계 등을 종합해 보면, 청구법인이 특수관계회사로부터 신갈에 소재한 창고 및 사무실을 임차하고 지급한 임차료 및 관리비에는 청구법인과 (주)○○○ 간의 임대차계약서에 창고건물의 임대료 이외에 이와 별도로 구분되어 있는 총 12,452,000원 상당의 편익대가 중 Documentation/Handling fee Logistics service 3,000,000원을 제외한 지게차(Forklift 2Set) 사용료 월 1,500,000원, High reach truck 사용료 월 1,500,000원, Rack depreciation 월 5,577,500원, Delivery car 사용료 월 875,000원이 포함되어 있다는 청구법인의 주장에 신빙성이 있다고 봄이 타당한 반면, 이 건 부당행위계산부인에 있어서 처분청이 시가로 본 제3자의 임차료에는 장비 등의 사용대가가 포함되어 있지 아니하고 단지 창고임차에 따른 순수 임차료 및 관리비만이 반영된 가액으로 보여지므로 이 건 부당행위계산부인시에는 그 차이를 조정한 다음에 부당행위계산부인액을 산정함이 타당하다는 청구법인의 주장은 이유가 있다 하겠다. 다만, 2005사업연도의 경우 특수관계회사와 청구법인, 청구법인과 (주)○○○ 간에는 실제 수수한 지급임차료의 일부가 당초의 약정내용과 다르게 감액된 것으로 나타나고 있으므로 위 장비 등의 사용료도 그 감액이 있었던 사업연도에는 지급임차료의 감액비율에 따라 감액함이 타당하다 하겠고, 또한 2006사업연도에는 창고의 임차면적이 744평으로 축소되었으므로 장비 등의 사용대가 중 임차면적의 증감에 영향을 받는 Rack depreciation에 대하여도 그 감소면적에 해당하는 금액을 장비 등의 사용료에서 차감함이 타당하다고 판단된다(<붙임> 참고자료 참조).

㉦ 위의 판단에 기초로 하여 ○○○ 및 사무실의 임차료에 대하여 부당행위계산부인액을 재산정한 내역은 아래 ⓐ 및 ⓑ와 같은 바, 청구법인의 그 각사업연도소득금액을 계산함에 있어서 부당행위계산부인하여 익금산입하여야 할 금액은 2004사업연도 188,820,120원, 2005사업연도 52,777,440원, 2006사업연도 173,408,712원으로 산출되고 있으므로 당초 처분청이 ○○○ 및 사무실의 임차와 관련하여 부당행위계산부인시 위 금액을 초과하여 익금산입한 2004사업연도 146,681,516원(처분청 익금산입액 335,501,636원 - 정당 익금산입액 188,820,120원), 2005사업연도 113,147,280원((처분청의 익금산입액 165,924,720원 - 정당 익금산입액 52,777,440원), 2006사업연도 113,754,959원(처분청의 익금산입액 287,163,671원 - 정당 익금산입액 173,408,712원)을 차감하여 각사업업도의 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다 하겠다.

○○○

(다) 다음, 쟁점(3) “특수관계회사에 지급한 ○○○내의 조업비 월 13,000천원이 실제 조업사실없이 부당하게 지출한 경비인지 여부”에 대하여 살펴본다.

청구법인은 특수관계회사 소속 직원이 ○○○에서 청구법인의 화물운송을 지원하기 위하여 지게차를 운행하는 한편, 다른 직원들이 파레트나 야적장 위에 출하목록과 출하순서에 맞추어 화물을 상·하차하는 등 실제 조업을 하고 그 대가로 조업료 91,000천원을 지급하였음에도 이를 손금불산입한 처분은 부당하다고 주장하는 바, 청구법인과 특수관계회사간의 ○○○에 대한 임대차계약서를 보면 청구법인은 특수관계회사로부터 2006.4.1.부터 1년간 물류창고 657.28㎡(199.17평) 및 사무실 115.02㎡(34.85평)를 임차보증금 41,000천원 및 월 임료 10,500원에 임차하는 것으로 되어 있고, 또 다른 2006.6.1.자 임대차계약서에는 위 임차료에 추가로 월 13,000천원 상당의 조업료를 특수관계회사에 지급하는 것으로 기재되어 있으나, 청구법인이 제출한 인건비 지출내역에 의하면 청구법인의 소속직원 중 10여명 이상이 신공항 물류창고에 상근하는 것으로 보여지고 있어 특수관계회사에서 청구법인의 물류운반을 지원할 필요가 있었다고 인정되지 아니할 뿐 아니라, 특수관계회사의 지게차 사용료 및 그 운행을 담당하는 직원의 인건비 등이 창고 임차료 및 관리비에 이미 포함되어 있을 수 있는 점, 월 13,000천원에 달하는 고액의 지출액을 그 지급에 관한 구체적 내역도 없이 금액만을 기재하고 이를 근거로 지출하고 있는 점 등은 사회통념에 비추어 수긍하기 어려운 반면, 이 부분 처분청의 처분은 달리 잘못이 있다고 보기 어렵다 하겠다.

 

(라) 마지막으로, 쟁점(4) “국외특수관계자에게 지급한 경영자문수수료(6개 분야) 중 3개분야(회계, 인사노무관리, 대외광고 및 홍보업무)와 관련된 용역을 제공받은 사실이 객관적으로 확인되는지 여부”에 대하여 살펴본다.

청구법인이 2004~2006사업연도 중 회계업무와 관련하여 198백만원, 인사·노무관리와 관련하여 80백만원, 대외광고 및 홍보와 관련하여 100백만원을 청구법인의 해외모기업에 지급한 사실에 대한 다툼은 없고, 이에 대하여 청구법인은 해외모기업이 청구법인을 위하여 관련 용역을 수행한 대가라고 주장하는 반면, 처분청은 청구법인이 해외모기업으로부터 위와 같은 용역을 제공받은 사실을 인정할만한 객관적인 근거가 없기 때문에 그 지급비용을 인정할 수 없다는 입장을 보이고 있어 서로 다툼이 되고 있다.

살피건대, 청구법인이 제시하는 이 부분 관련 증빙만으로는 해외모기업으로부터 회계, 인사노무관리, 대외광고 및 홍보업무 등의 자문 또는 용역을 실제로 제공받았는지 여부가 명확하지 아니하고, 청구법인이 해외모기업에 지급한 금액이 위 용역의 대가라고만 주장할 뿐 그 산정근거를 제시하지 못하고 있을 뿐 아니라 향후에도 그 관련 근거자료를 제시할 수 없다고 진술하고 있는 바, 그렇다면, 이 부분 비용은 그 지출의 근거가 객관적으로 입증되지 아니하는 비용이라 하겠으므로 이 부분 청구법인의 주장은 받아 들일 수 없다 하겠다.

 

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.