쟁점(1) 청구법인의 소유의 토지 및 임원 소유의 토지를 비업무용 토지로 보아 관련 유지관리비를 손금불산입한 처분의 당부 (인용)
(2) 청구법인이 법인소유의 토지 및 임원 소유의 토지에 임대건물을 신축하기 위하여 소송을 진행하면서 지출한 비용을 전액 청구법인의 손금으로 인정할 것인지, 아니면 그 비용을 토지 소유자의 지분비율에 따라 안분계산하여 법인분만 손금에 산입할 것인지 여부 (기각)

청구번호 : 2008서3197 결정일자 : 2010-02-05 세목 : 법인세
심판청구번호 조심2008서 3197(2010. 2. 5)

 

주 문

○○○세무서장이 2008.6.13. 청구법인에게「별첨」<부과처분내역>과 같이 한 법인세 및 부가가치세의 부과처분은

1. ○○○ 1,787,4㎡ 중 청구법인 소유의 토지인 ○○○토지 337㎡에 소요된 유지관리비 합계 19,106,610원은 업무와 관련한 비용으로 보아 각 사업연도 법인소득금액 계산상 해당 비용을 손금산입하여 법인세 과세표준 및 세액을 경정하고

2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

이 유

1. 처분개요

청구법인은 1964.8.17. 설립되어 무역오퍼와 부동산임대업을 영위하는 법인으로 ○○○ 337㎡를 취득한 후, 당해 토지와 대표이사인 ○○○ 등”이라 한다) 소유의 토지를 합하여(이하 “쟁점토지”라 한다) 임대용 건물신축을 계획 중이었으나, 쟁점토지가 2000.7.25. ○○○도시환경정비구역 및 도심재개발사업계획구역으로 결정?고시되었다.

2002.7.24. ○○○주식회사의 재개발사업시행 신청에 따라 ○○○이 2003.2.24. 도심재개발사업을 인가하자 청구법인은 ○○○을 상대로 ‘재개발사업시행조건부가결처분’에 대한 취소소송(이하 “1차 소송”이라 한다)을 ○○○의 이름으로 제기하여 2005.3.11. 대법원으로부터 승소판결을 받았다.

청구법인은 ○○○ 등 임원이 소유한 토지에 대하여 토지사용승낙을 받아 2005.3.22. ○○○에게 쟁점토지 지상에 건축허가신청서를 제출하였으나, 2005.6.10. ○○○으로부터 건축허가신청 반려통지를 받고 2005.7.25. 서울행정법원에 건축허가신청 반려처분 취소소송(이하 “2차 소송”이라 한다)을 제기하였으나 2008.6.26. 대법원에서 기각판결을 받았다.

청구법인은 쟁점토지와 관련한 소송비용인 868,932,958원(1차 : 768,719,418원, 2차 : 100,213,540원), 재산세 등 유지관리비 19,106,610원을 2002～2005사업연도 손금산입하고 해당 매입세액을 공제하였다.

처분청은 1차 소송비용과 유지관리비를 업무와 관련없는 비용으로 보아 손금불산입하고 동 비용에 매입세액 불공제하여 2002～2006년 법인세 및 부가가치세 348,782,610원을 과세예고통지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2007.1.11. 과세전적부심사청구를 제기하였고, 처분청은 2008.3.31. 과세전적부심사에 대한 심리결과 2차 소송비용(100,213,540원)에 대해서만 쟁점토지의 해당 사업연도별 기준시가에서 청구법인 소유토지의 기준시가가 차지하는 비율에 해당하는 금액을 손금으로 보고 1차 소송비용(768,719,418원)과 유지관리비는 부인하며, 해당 매입세액을 불공제하여 2008.6.13. 청구법인에게「별첨1」<부과처분내역>과 같이 2002～2006사업연도 법인세 합계 271,428,110원, 2002년 제2기～2006년 제1기 부가가치세 합계 45,856,890원을 경정?고지하였고, 1차 소송비용을 쟁점토지 공동소유자(○○○ 외 2인)별 기준시가에 의한 지분비율에 따라 안분계산하여 상여로 소득처분하고 소득금액변동통지를 하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2008.9.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 1994.12.31.부터 1997.8.4.까지 단기간 내에 법인 소유의 토지를 집중 취득하였던 것은 쟁점토지 위에 임대용 건물을 신축할 목적이었고, 이러한 청구법인의 의도는 1995년부터 1996년까지 작성된 빌딩건축계획서에 나타나 있으며, 아울러 청구법인은 1999.3.5. 정관상 목적사업에 재개발사업 및 건축사업을 추가하고 빌딩건축을 본격적으로 추진하던 중, 2000.7.25. 서울특별시장이 쟁점토지가 포함된 ○○○구역도심재개발구역으로 지정?고시하게 됨으로써 청구법인의 당초 토지이용계획은 법적인 제약을 받게 되었으며, 2002.7.24. ○○○주식회사는 ○○○에게 ○○○구역도심재개발사업 시행인가를 신청하게 되었고, 2002.11.21. 청구법인은 도심재개발사업 시행인가처분 취소소송을 제기하고 2005.3.11. 대법원 판결까지 가는 소송으로 인하여 건물신축계획은 사실상 진척되지 못하게 되었으므로 쟁점토지를 비업무용 부동산으로 보아 유지관리비를 업무와 관련없는 비용으로 손금불산입한 처분은 부당하다.

(2) 처분청이 1차 소송비용을 소송에 참여한 ○○○ 등에 안분하도록 한 결정은 소송에 따른 효익이 모든 참여자들에게 고르게 귀속된다는 전제하에 이루어진 것으로 보여지나, 1차 소송의 핵심은 토지의 재산권 중 소유권이 아니라 그 지상권을 지키기 위한 것이었으며, 지상권의 최대 수혜자가 되는 청구법인에게 소송의 가장 큰 효익이 돌아가는 것이고 이에 따라 소송비용을 전적으로 부담한 행위는 타당하고, 청구법인을 제외한 ○○○ 등은 소송의 승패여부에 관계없이 자신들이 보유한 토지의 소유권에 기인한 공정가치를 회수할 수 있기 때문에 토지 소유자의 자격으로서는 소송에 참여할 적극적인 동기가 없다고 보아야 하며, 다만 청구법인의 임원 또는 주주의 입장에서 청구법인의 기업가치를 높이기 위하여 참여한 것으로 보아야 하기 때문에 청구법인의 이익을 위하여 이루어진 행위에 수반하여 발생한 비용은 청구법인이 전적으로 부담하는 것이 타당하므로, 1차 소송비용을 청구법인, ○○○ 등이 각 보유한 토지의 기준시가로 안분계산하여 법인세 등을 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인 명의로 1994.12.31.～1997.8.4. 기간 중에 취득한 토지 4필지 지상에 있던 건물은 공실 상태로 방치하고 있다가 2002.6.7.부터 2003.6.8.까지의 기간 중에 멸실되었음이 건축물대장에서 확인되고 있고, 청구법인 소유의 토지는 취득 후 유예기간(1년)이 경과한 후에 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산이므로「법인세법 시행령」제49조 제1항 제1호 가목 단서 및 같은 법 시행규칙 제26조 제5항 제2호 가목의 규정이 적용되지 아니하므로 쟁점토지는 업무와 관련없는 부동산에 해당되어 관련 유지관리비는 손금불산입하는 것이 정당하다.

(2) 소송의 쟁점이 된 쟁점토지에 대한 소송 당사자들의 토지소유 비율을 보면, 대표이사 ○○○이 57.09%, 이사 ○○○가 25.88%, 이사 ○○○가 4.61%, 청구법인이 12.42%를 소유한 상태로 개인인 토지 소유자들에 대한 소송비용은 비업무용 부동산으로 법인의 손금에 산입할 수 없고, 청구법인이 ○○○ 등으로부터 토지사용승낙을 받아 해당토지에 건물을 신축할 계획으로 소송을 진행하였으나, 소송판결문 등에서 소송의 당사자는 청구법인을 포함한 ○○○ 등임이 확인되고 있고, 이로 인한 소송의 효익은 건물을 신축하는 청구법인에게 혜택이 많이 돌아가는 것이 사실이지만 ○○○ 도심재개발사업 계획구역안의 토지 소유자를 포함하여 소송의 당사자들에게 돌아가는 것이 명백하며, 이로 인한 소송비용은 청구법인이 전액 부담할 비용이 아니라 토지 소유자인 개인이 부담하여야 하므로 1차 소송비용을 청구법인, ○○○ 등이 각 보유한 토지의 기준시가로 안분계산하여 법인세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 청구법인 소유의 토지 및 임원 소유의 토지를 비업무용 토지로 보아 관련 유지관리비를 손금불산입한 처분의 당부

(2) 청구법인이 법인소유의 토지 및 임원 소유의 토지에 임대건물을 신축하기 위하여 소송을 진행하면서 지출한 비용을 전액 청구법인의 손금으로 인정할 것인지, 아니면 그 비용을 토지 소유자의 지분비율에 따라 안분계산하여 법인분만 손금에 산입할 것인지 여부

나. 관련법령

(1) 국세기본법

제14조【실질과세】② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

(2) 법인세법

제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

제27조【업무와 관련없는 비용의 손금불산입】내국법인이 각 사업

연도에 지출한 비용 중 다음 각호의 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령이 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령이 정하는 금액

2. 제1호외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령이 정하는 것

(3) 법인세법 시행령(2008.2.29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것)

제49조【업무와 관련이 없는 자산의 범위 등】① 법 제27조 제1호에서 “대통령령이 정하는 자산”이라 함은 다음 각호의 자산을 말한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산, 자산유동화에 관한 법률에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 재정경제부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.

가. 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 재정경제부령이 정하는 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동산을 제외한다.

나. 유예기간 중에 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하는 부동산. 다만, 재정경제부령이 정하는 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 경우를 제외한다.

② 제1항 제1호의 규정에 해당하는 부동산인지 여부의 판정 등에 관하여 필요한 사항은 재정경제부령으로 정한다.

③ 법 제27조 제1호에서 "대통령령이 정하는 금액" 이라 함은 제1항 각호의 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용, 유지비, 수선비 및 이와 관련되는 비용을 말한다.

(4) 부가가치세법

제17조【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

다. 사실관계 및 판단

(1) 과세관련자료 등에 의한 이 건 처분경위는 다음과 같다.

(가) 청구법인이 쟁점토지에 임대용 건물신축을 추진하다가 쟁점토지가 2000.7.25. ○○○도시환경정비구역 및 도심재개발사업계획구역(이하 “○○○도심재개발구역”이라 한다)으로 결정?고시된 후, 2002.7.24. ○○○주식회사가 재개발사업시행을 신청함에 따라 ○○○이 2003.2.24. ○○○도심재개발사업을 인가하자 청구법인은 ○○○을 상대로 1차 소송을 ○○○(보조참가자는 청구법인, ○○○)의 이름으로 제기하여 2005.3.11. 대법원으로부터 승소판결을 받았다.

(나) 청구법인은 ○○○ 등 임원이 소유한 토지에 대하여 토지사용승낙을 받아 2005.3.22. ○○○에게 쟁점토지 지상에 건축허가신청서를 제출하였으나, 2005.6.10. ○○○으로부터 건축허가신청 반려통지를 받고 2005.7.25. ○○○을 상대로 2차 소송을 제기하였으나 2008.6.26. 대법원에서 기각되었다.

(다) 청구법인은 쟁점토지 관련한 소송비용 868,932,958원(1차 소송 : 768,719,418원, 2차 소송 : 100,213,540원), 유지관리비 19,106,610원을 2002～2005사업연도 손금으로 계상하고 해당 매입세액을 공제하였고, 처분청은 소송비용 중 1차 소송비용과 유지관리비를 업무와 관련없는 비용으로 보아 손금불산입하고 동 비용과 관련된 부가가치세를 매입세액 불공제하는 것으로 하여 2002～2006년 법인세 및 부가가치세 348,782,610원을 과세예고통지하였다.

(라) 처분청은 청구법인이 2007.1.11. 제기한 과세전적부심사 결과에 따라 쟁점토지의 유지관리비 19,106,610원을 업무무관 비용으로 보고, 1차 소송비용 768,719,418원은 해당 사업연도 기준시가 평가액에서 청구법인 소유토지의 기준시가 평가액이 차지하는 비율에 해당하는 금액을 손금으로 보아 2008.6.13. 청구법인에게 법인세 합계 271,428,110원(2002사업연도 471,920원, 2003사업연도 103,303,790원, 2004사업연도 70,522,540원, 2005사업연도 66,016,320원, 2006사업연도 31,113,540원), 부가가치세 합계 45,856,890원(2002년 제2기분 6,842,220원, 2003년 제1기분 13,572,020원, 2003년 제2기분 12,602,590원, 2005년 제1기분 10,666,850원, 2006년 제1기분 2,173,210원)을 경정?고지하였다.

(2) 대차대조표, 법인등기부등본, 주식등변동상황명세서 등에 의한 청구법인 현황은 다음과 같이 확인된다.

(가) 정관 및 법인등기부등본을 보면, 청구법인의 목적사업은 광산개발사업, 비소광석 가공 및 안료제조업(1999.3.5. 추가), 국내외 무역 및 대리점업, 부동산임대업, 합성수지 제조 판매업, 전자제품 제조 판매업, 음향 및 영상기기 제조업, 재개발사업 및 건축사업(1999.3.5. 추가)으로 되어 있다.

(나) 법인등기부등본에 의한 청구법인 임원현황은 창업주 겸 이사 ○○○(전 대표이사, 1992.5.10.～현재), 대표이사 ○○○의 딸, 2006.11.30. 취임), ○○○의 딸, 1993.12.19.～현재), 감사 ○○○(1995.3.22.～현재)으로 구성되어 있다.

(다) 주식등변동상황명세서에 의한 2008년 9월 현재 청구법인의 주주구성은 ○○○ 4,477주(44.77%), 대표이사 ○○○ 457주(4.57%), ○○○ 1,600주(16.0%), ○○○ 1,733주(17.33%), ○○○ 1,733주(17.33%)를 소유한 것으로 나타난다.

(라) 대차대조표에 나타난 청구법인의 분야별 매출액 구성은 아래 <표>와 같다.

○○○

(마) 청구법인 및 그 특수관계자인 ○○○ 등은 아래 <표>와 같이 쟁점토지를 취득?보유하고 있는 것으로 토지등기부등본에 나타나고, 1990년대 이전에 취득?보유한 토지는 주로 ○○○ 개인소유이고 1994년 이후 청구법인이 ○○○ 일대 토지를 추가로 청구법인 명의로 매입한 것으로 확인된다.

○○○

(2) ○○○ 사업추진계획서, ○○○ 신축공사계획안 및 프로제트개발을 위한 업무위임약정서, 신문기사 등에 나타난 청구법인의 부동산개발사업 추진경위는 아래 <표>와 같다.

○○○

(가) ○○○건설주식회사 개발사업본부가 1995년 4월 작성한 ○○○ 사업추진계획서를 보면, 위치는 ○○○(대지면적 980평)이고, 공사기간은 1996년 3월부터 1998년 8월까지 29개월이며, 건축규모는 지하 6층 지상 15층 건물로 건축면적은 480평 연면적(임대면적) 11,690평(지상 7,040평, 지하 4,650평)의 임대목적의 건물신축을 추진하려던 것으로 나타난다.

(나) ○○○과 도시환경정비주식회사가 1996.9.2. 작성한 ○○○을 위한 건축설계서비스 제안서를, 호텔위치는 ○○○ 외이고 부지면적은 7,175.23㎡(연면적 60,000㎡), 건물시설 및 규모는 호텔객실, 연회장, 그 외 오성호텔에 필요한 시설로 구성되며, 건축설계서비스는 기획설계, 기본계획, 기본설계, 실시설계의 감수, 설계감리로 구성되고, 일정은 기획설계(2개월), 기본계획(2개월), 기본설계(3개월) 순으로 진행되며, 건축설계수수료는 4억 800만엔에 제안한 것으로 되어 있다.

(다) 청구법인, ○○○2001년 9월 ○○○8,149.9㎡ 부지상에 추진중인 ○○○빌딩신축을 포함한 도심재개발업무와 관련하여 체결한 업무위임약정서를 보면, 청구법인은 주식회사 ○○○ 및 주식회사 ○○○에게 당해 사업을 위하여 필요한 사업시행사역할, 사업부지 매입시 매입대행업무, 조합설립업무대행, 개발기본계획, 사업계획서 등 사업시행 업무를 위임하여 성공적으로 당해 사업을 개발하기로 한다는 내용이 약정되어 있다.

(라) 1996.6.21. 모일간지(○○○ 기자)에 청구법인의 건물추진과 관련하여 게재된 내용을 보면, 청구법인의 창업자인 ○○○은 민족정기의 유실을 막기 위하여 ○○○ 일대에 빌딩을 신축할 목적으로 이미 ○○○ 일대 땅 700평을 매입하고, 신축빌딩 조감도를 들고 다니면서 나머지 토지를 매입할 계획이나 평당 1천만～2천만원인 땅 값의 1.5배를 주겠다고 하여도 토지 소유주들이 내놓지 아니하고 있으므로 정부가 나서서 민족정기를 살릴 수 있는 방책을 촉구하는 내용의 기사가 실려 있다.

(3) 개발구역지정고시, 사업시행인가서, 취소청구소송, 건축허가신청서, 판결문 등에 나타난 이 건 처분과 관련한 사건 진행경위는 다음과 같다.

(가) 서울특별시장은 2000.7.25. 구 도시재개발법(2002.12.30. 법률 제6852호로 변경되기 전의 것) 제4조에 의하여 쟁점토지가 포함된 ○○○ 8,149.9㎡(이후 8,163.3㎡로 늘어남)를 ○○○구역도심재개발구역으로 지정하여 이를 고시(서울특별시 고시 제2000-197호)하였다.

(나) ○○○지역에서 도심재개발사업을 추진하던 ○○○주식회사는 ○○○구역도심재개발구역의 지정?고시가 있는 날(2002.7.25.)로부터 2년이 경과하기 전인 2002.7.24. 토지면적의 40.49%의 토지소유자의 동의, 토지소유자의 53.48% 및 건축물소유자의 54.28%의 각 동의를 받은 것으로 하여 ○○○에게 ○○○도심재개발사업 시행인가신청을 하였다.

(다) ○○○은 2002.10.11. 위 신청에 대하여 심의일로부터 6개월 이내에 토지 및 건축물 소유자의 3분의 2 이상의 동의를 받을 것과 자원조달계획, 사업계획서를 제출받아 이를 확인한 후 사업시행을 인가할 조건으로 조건부 심의가결을 하였고, ○○○주식회사는 이후 토지면적의 67.44%, 토지소유자의 74.14%의 각 동의를 받은 보완자료를 제출하자 ○○○은 구 도시개발법에서 규정한 소정의 동의요건이 갖추어진 것으로 판단하여 2003.2.24. ○○○주식회사에게 ○○○도심재개발사업 시행인가처분을 하였다.

(라) ○○○도심재개발사업으로 인하여 쟁점토지 위에 건물을 신축할 계획이 무산될 처지에 놓이게 되자 청구법인의 임원인 ○○○ 등은 개별적으로 외부 법률자문을 받게 되었고, 그 과정에서 ○○○에게 법률자문을 하던 ○○○ 변호사의 자문내용을 채택하게 되었으며 이후 청구법인은 ○○○사무소를 소송대리인으로 선임하여 청구법인 명의로 소송을 제기할 계획이었으나 동일사안에 대한 중복문제, 소송대리인의 편의 등을 고려하여 ○○○를 소송의 당사자로 하고 청구법인을 보조참가인으로 하여 서울행정법원에 도심재개발사업시행 인가처분의 취소를 구하는 소송(1차 소송)을 제기하여 2005.3.11. 대법원에서 최종 승소판결을 받았다.

(마) 청구법인은 2005.3.11. 위 대법원 판결에 따라 쟁점토지에 지하 2층, 지상 11층 연면적 4,790.74㎡ 건물과 지하 2층 지상 10층 연면적 2,280.82㎡ 건물의 건축허가신청서를 ○○○ 등의 토지사용승낙서를 첨부하여 ○○○에게 건축허가신청서를 제출하였으나, ○○○은 2000.7.25. ○○○도심재개발구역으로 결정?고시되었고, 위 결정의 효력이 계속하여 유지되고 있음을 전제로 청구법인의 건축허가신청은 이미 결정된 ○○○도심재개발구역에 적합하지 아니한다 하여 건축허가신청서를 반려하였다.

(바) 청구법인은 이에 불복하여 서울행정법원에 건축허가신청반려처분 취소청구소송(2차 소송)을 제기하였으나 2006.1.10. 패소판결을 받고 2008.6.26. 대법원에서 최종 패소판결을 받았다.

(4) 쟁점토지가 비업무용 토지에 해당한다 하여 관련 유지관리비를 손금불산입한 처분이 정당한지 여부를 본다.

(가) 처분청은 쟁점토지를 비업무용으로 판단하여 아래 <표>와 같이 당해 토지와 관련한 유지관리비 19,106,610원을 업무와 관련없는 비용으로 보아 손금부인하였다.

○○○

(나) 처분청의 과세근거를 보면, 청구법인의 부동산임대건물 소재지는 ○○○에 소재하고 있는 점, 청구법인이 임차하고 있는 건물(○○○)은 처분당시 ○○○ 개인소유의 부동산으로 ○○○이 ○○○이라는 상호로 임대업을 영위하고 있는 점, 쟁점토지를 취득한 기간은 1994.12.31.부터 1996.10.23.까지로 그 지상에 있던 건물을 장시간 공실상태로 방치하고 있다가 2002.6.7.부터 2003.6.8.까지의 기간 중 멸실된 점, 쟁점토지 취득 후 유예기간(1년)이 경과된 후에 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산은「법인세법 시행령」제49조 제1항 가목 단서 및 같은 법 시행규칙 제26조 제5항 제2호 가목의 규정이 적용되지 아니한 점 등을 들어 당해 토지를 업무와 관련없는 부동산에 해당한다고 보았다.

(다) 그러나, 청구법인이 제출한 쟁점토지 중 청구법인 소유의 토지(4필지)에 대한 활용내역을 보면, ○○○는 1994.12.31. 취득한 후 1995.10.1.부터 1998.9.30.까지 ○○○과 계약하여 숙박업으로 임대한 사실이 임대차계약서, 월세계약서, 세금계산서에 의하여 확인되고 있고, 같은 곳 43 86㎡는 1996.12.2. 취득한 후 1997.7.1.부터 청구법인 물품창고로 사용한 것으로 내부품의서에 나타나 있으며, 같은 곳 44-1 49.6㎡는 1996.12.2. 취득한 후 ○○○과 계약하여 1997.5.1.부터 1998.10.31.까지 화실로 임대한 사실이 임대차계약서, 세금계산서에 의하여 확인되고, 같은 곳 44-5 72.7㎡는 도로부지로 사용되고 있는 것이 토지대장에 나타난다.

(라)「법인세법」제27조, 같은 법 시행령 제49조 및 같은 법 시행규칙 제26조(2001.3.28. 재정경제부령 제183호로 개정된 것)에 의하면 건축물 또는 시설물 신축용 토지는 취득일로부터 5년간은 비업무용자산의 범위에서 제외시키고 있으나, 상기 조항이 개정되기 전에는「법인세법 시행규칙」제26조 제1항 제7호에 의한 부동산은 비업무용자산의 범위에서 제외시키는 기간이 1년(건축물 또는 시설물이 없는 토지의 경우 3년)이며, 2001.3.28.이 속하는 사업연도의 개시일 현재 종전의 시행규칙 제26조 제1항 제7호의 규정을 적용받은 부동산으로서 동조 동항 동호의 규정에 의한 기간이 경과된 부동산에 대하여는 종전의 규정에 의한다고 같은 법 시행규칙 부칙 제6조에 규정하고 있다.

(마) 이상의 사실관계 등을 종합하면, 임대업을 겸영하는 법인이 사옥신축을 목적으로 취득한 토지 및 건물을 사옥 신축 전에 임대하고 임대료를 수입하는 경우로서 당해 법인의 법인등기부상에 임대업을 목적사업으로 정하고 있는 경우 당해 부동산을「법인세법」제27조 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제49조 제1항의 규정에 의한 업무무관자산으로 보지 아니하는 것이 타당한 것인바, 이 건의 경우 회사정관에 부동산임대업을 목적사업으로 정하고 있는 점, 쟁점토지의 취득(1994.12.31.～1997.8.4.) 후 ○○○도심재개발구역 지정(2000.7.25.)으로 인하여 당해 토지의 사용이 금지 또는 제한된 점, 사업용빌딩 신축사업을 위한 일련의 사업계획추진 및 소송제기 등 당초 취득목적인 임대빌딩을 신축하기 위하여 노력을 경주한 점, 쟁점토지 중 청구법인 소유 토지의 경우「법인세법」에서 규정한 비업무용자산의 범위에서 제외시키는 취득 후 유예기간(1년)이 경과하기 전에 숙박업 및 화실로 임대하여 임대료를 수입하거나 청구법인의 물품창고로 활용한 점 등을 고려할 때, 단기매매차익을 실현하기 위하여 일시적으로 취득한 부동산으로 보기는 어렵다.

(바) 그렇다면, 쟁점토지 중 청구법인이 소유한 토지는 「법인세법」에서 규정한 업무와 관련이 없는 부동산에 포함되지 아니하므로유지관리비(19,106,610원)는 손금에 산입하는 것이 타당하다고 판단된다.

(5) 1차 소송비용을 각 보유토지의 개별공시지가를 기준으로 청구법인이 부담할 비용을 안분하여 계산하는 것이 정당한지 여부를 본다.

(가) 처분청의 과세결의서 등에 의하면, 청구법인의 1, 2차 소송비용에 대하여 손금부인 및 손금인정한 금액내역은 다음과 같다.

○○○

(나) 1차 소송비용(768,719,418원) 중 청구법인이 법인 명의로 소송계약을 체결하고, ○○○ 외 7개 소송대리인에게 722,681천원을 지급한 사실이 아래 <표>와 같이 계약서(또는 약정서), 보조부원장, 금융거래자료, 세금계산서, 사실확인서, 영수증 등의 증빙자료에 의하여 확인된다.

○○○

(다) 대법원 판결문 등에 의하여 1, 2차 소송의 성격을 보면, 청구법인은 쟁점토지에 임대용 건물신축을 추진하다가 쟁점토지가 2000.7.25. ○○○도심재개발구역으로 결정?고시된 후, ○○○이 2003.2.24. ○○○주식회사에게 ○○○도심재개발사업을 인가하자 ○○○가 보조참가자인 청구법인, ○○○을 상대로 제기하여 ○○○도심재개발사업 시행인가의 취소소송(1차 소송)을 제기하여 2005.3.11. 대법원으로부터 승소판결을 받은 사실이 나타난다.

또한, 청구법인은 ○○○ 등 임원이 소유한 토지에 대하여 토지사용승낙을 받아 2005.3.22. ○○○에게 쟁점토지 지상에 임대용 건물 건축허가신청서를 제출하였으나, 2005.6.10. ○○○으로부터 건축허가신청 반려통지를 받고 2005.7.25. 청구법인이 ○○○을 상대로 하여 건축허가신청 반려처분 취소소송(2차 소송)을 제기하였으나 2008.6.26. 대법원에서 기각된 사실이 나타난다.

(라) 등기부등본, 개별공시지가표 등을 보면, 기준시가에 의한 2006년 6월 현재 쟁점토지의 지분비율은 청구법인 12.42%, ○○○ 57.09%, ○○○ 25.88%, ○○○ 4.61%인 것으로 나타난다.

○○○

(마) 위의 사실관계 등을 종합하면, 청구법인은 업무와 관련하여 지출한 1차 소송비용 중 법인 명의로 소송계약을 체결하고 ○○○법률사무소 외 7개 소송대리인에게 지급한 722,681천원은 사외에 유출된 것이 확인되므로 소득처분은 기타사외유출로 하는 것이 타당하지만, 1차 소송비용은 ○○○도심재개발사업 시행인가 취소소송을 제기하여 토지 소유자들의 토지이용권을 제고하기 위한 비용이므로 당해 소송에 대한 판결 후에 청구법인의 목적사업(부동산임대업)을 영위하기 위하여 제기한 건축허가신청 반려처분 취소소송에 소요된 2차 소송비용과는 그 성격이 동일하다고 보기는 어렵고, 1차 소송은 당사자들이 청구법인을 포함한 토지 소유자들이고 비록 그로 인한 소송의 효익이 임대사옥을 신축하는 청구법인에게 많이 돌아가는 것이 사실이지만 ○○○도심재개발사업 구역안의 토지 소유자들을 포함하여 소송 당사자들 전원에게 돌아가는 것이 명백하므로 1차 소송비용 전부가 청구법인에게만 귀속된다고 단정하기는 사실상 어렵다 하겠다.

따라서, 1차 소송비용 중 쟁점토지의 사업연도별 기준시가에서 청구법인이 소유하는 토지의 기준시가가 차지하는 비율에 상당하는 금액을 손금으로 보아 이 건 법인세 및 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리 결과 청구주장이 일부 이유있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.