쟁점(1) 정부출연금을 지원받은 경우 당해 출연금의 수입시기를 협약서를 작성한 날이 속하는 2006년 귀속으로 보아 종합소득세를 부과한 처분의 당부 (일부인용)
 
청구번호 : 2010부1360 결정일자 : 2010-06-23 세목 : 종합소득세
심판청구번호 조심 2010부 1360(2010. 6. 23)

 

주 문

○○○세무서장이 2010.4.16. 청구인에게 한 2006년 귀속 종합소득세 60,926,090원의 부과처분은 청구인이 2007.1.17. 지급받은 지역산업기술개발사업 정부출연금 40,000,000원을 2006년 수입금액에서 제외하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

 

 

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 2006.10.30. ○○○ 등과 지역산업공통기술개발사업협약을 체결하고 2006.11.14. 및 2007.1.17. 각각 지급받은 기술개발사업비 160,000천원 및 40,000천원(합계 200,000천원이고, 이하 “쟁점금액”이라 한다)을 수입금액으로 신고하지 아니하였다.

나. 처분청은 쟁점금액을 2006년의 총수입금액에 산입하고 청구인이 2006.11.22. ○○○대학교에 지급한 위탁연구개발비 70,000천원을 필요경비로 하여 2010.4.16. 청구인에게 2006년 귀속 종합소득세 60,926,090원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.4.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 1985.1.5.부터 제조업(질소, 인산 및 복합비료)을 영위하는 사업자로서 2006년 11월 및 2007년 1월에 각각 160,000천원 및 40,000천원을 지급받아 2006년에는 연구개발에 집행할 틈도 없었고, 이러한 불합리한 제도를 개선하기 위하여 정부출연금에 대하여 지출일이 속하는 과세연도의 익금에 산입하도록 하는「조세특례제한법」제10조의2 규정이 2006.12.30. 신설되어 2007.1.1.부터 시행되었으며, 교부통지서를 받은 바가 없음에도 쟁점금액을 2006년 수입금액에 산입하여 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인은 산업기술개발자금으로 국비 160,000천원(2006.11.14. 수령), 광역시도비 40,000천원(2007.1.17. 수령), 합계 200,000천원을 지급한다는 통지를 2006년도 과세연도에 받은 것으로 나타나는 바, 2006.12.30. 신설된 「조세특례제한법」 제10조의2는 2007.1.1. 이후에 지급받은 분부터 적용되는 것이고, 「소득세법」 기본통칙 39-6은 정부로부터 교부받은 국고보조금의 귀속연도는 동 국고보조금의 교부통지를 받은 날이 속하는 과세기간으로 한다고 규정하고 있어 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점금액의 수입시기를 2006년 귀속으로 하여 종합소득세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제24조 【총수입금액의 계산】① 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액의 계산은 당해연도에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액에 의한다.

② 제1항의 경우 금전 외의 것을 수입하는 때에는 그 수입금액을 그 거래 당시의 가액에 의하여 계산한다.

③ 총수입금액의 계산에 있어서 수입하였거나 수입할 금액의 범위와 계산 또는 확정시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제32조【국고보조금으로 취득한 사업용자산가액의 필요경비계산】① 거주자가 사업용자산을 취득 또는 개량할 목적으로 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률에 의한 보조금(이하 “국고보조금”이라 한다)을 받아 당해 목적에 지출한 금액은 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 국고보조금을 받은 날이 속하는 연도의 소득금액의 계산에 있어서 필요경비로 계상할 수 있다.

② 국고보조금을 받은 날이 속하는 연도에 제1항의 사업용 자산을 취득 또는 개량할 수 없는 경우에는 그 연도의 다음 연도의 종료일까지 이를 취득 또는 개량하는 것에 한하여 제1항의 규정을 준용한다.

③ 제2항의 규정에 의하여 국고보조금을 필요경비로 계상하고자 하는 자는 그 받은 국고보조금의 사용계획서를 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 국고보조금을 필요경비로 계상한 거주자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 이를 당해 사유가 발생한 연도의 총수입금액에 산입한다.

1. 국고보조금을 제1항의 사업용자산의 취득 또는 개량을 위하여 그 기한내에 사용하지 아니한 때

2. 제2항의 기한내에 당해 사업을 폐업한 때

제39조【총수입금액과 필요경비의 귀속연도 등】① 거주자의 각 연도의 총수입금액과 필요경비의 귀속연도는 총수입금액과 필요경비가 확정된 날이 속하는 연도로 한다.

② 거주자가 매입ㆍ제작 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 당해 자산의 매입가액이나 제작원가에 부대비용을 가산한 금액으로 한다.

③ 거주자가 각 과세기간의 소득금액을 계산함에 있어서 총수입금액과 필요경비의 귀속연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다.

④ 제1항의 총수입금액과 필요경비의 귀속연도, 제2항의 취득가액의 계산이나 기타 자산ㆍ부채등의 평가에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다

(2) 소득세법 시행령

제51조【총수입금액의 계산】③ 사업소득에 대한 총수입금액의 계산은 다음 각호에 의한다.

4. 사업과 관련하여 무상으로 받은 자산의 가액과 채무의 면제 또는 소멸로 인하여 발생하는 부채의 감소액은 총수입금액에 이를 산입한다. 다만, 법 제26조 제2항의 경우에는 그러하지 아니하다.

5. 제1호 내지 제4호의2 외의 사업과 관련된 수입금액으로서 당해 사업자에게 귀속되었거나 귀속될 금액은 총수입금액에 산입한다.

(3) 소득세법 기본통칙

39-6【국고보조금의 귀속연도】정부로부터 교부받은 국고보조금의 귀속연도는 동 국고보조금의 교부통지를 받은 날이 속하는 과세기간으로 한다. 다만, 국고보조금의 교부통지를 받기 전에 폐업한 경우에는 폐업일이 속하는 과세기간으로 한다.

(4) 조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정된 것)

제10조의2【연구개발 관련 출연금 등의 과세특례】① 내국인이 2009년 12월 31일까지 연구개발 등을 목적으로 「기술개발촉진법」 그 밖에 대통령령이 정하는 법률에 따라 출연금 등의 자산(이하 이 조에서 “연구개발출연금 등”이라 한다)을 지급받은 경우로서 대통령령이 정하는 방법에 따라 해당 연구개발출연금 등을 구분경리하는 경우에는 연구개발출연금 등에 상당하는 금액을 해당 과세연도의 소득금액 계산의 경우 익금에 산입하지 아니할 수 있다.

② 제1항의 규정에 따라 익금에 산입하지 아니한 금액은 다음 각 호의 방법에 따라 익금에 산입하여야 한다.

1. 연구개발출연금 등을 해당 연구개발비로 지출하는 경우 : 해당 지출액에 상당하는 금액을 해당 지출일이 속하는 과세연도의 소득금액계산의 경우 익금에 산입하는 방법

2. 연구개발출연금 등으로 해당 연구개발에 사용되는 자산을 취득하는 경우 : 대통령령이 정하는 방법에 따라 익금에 산입하는 방법

③ 제1항의 규정에 따라 연구개발출연금 등 상당액을 익금에 산입하지 아니한 내국인이 해당 연구개발출연금 등을 해당 연구개발 목적 외의 용도로 사용하거나 해당 연구개발에 사용하기 전에 폐업 또는 해산하는 경우 그 사용하지 아니한 금액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 소득금액계산의 경우 이를 익금에 산입한다. 다만, 합병 또는 분할하는 경우로서 합병법인 등이 그 금액을 승계한 경우를 제외하며, 그 금액은 합병법인 등이 제1항의 규정에 따라 익금에 산입하지 아니한 것으로 본다.

④ 제3항의 규정에 따라 익금에 산입할 금액에 대하여는 제33조 제3항 후단의 규정을 준용한다.

⑤ 제1항 내지 제4항의 규정을 적용하는 경우 출연금익금불산입명세서의 제출 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

부 칙 (2006. 12. 30. 법률 제8146호)

제1조 【시행일】이 법은 2007년 1월 1일부터 시행한다.

제5조 【연구개발 관련 출연금등의 과세특례에 관한 적용례】제10조의 2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 출연금 등을 지급받는 분부터 적용한다

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 비료를 제조하는 ○○○공업사를 운영하는 사업자로서 ○○○ 및 ○○○와 2006.10.30. 지역산업공통기술개발사업협약을 체결하고 기술개발사업비로 2006.11.14. 및 2007.1.17. 지급받은 쟁점금액을 2006년 종합소득세 신고시 수입금액에 산입하지 아니하였고, 처분청은 쟁점금액을 2006년 수입금액에 산입하여 2010.4.16. 청구인에게 2006년 귀속 종합소득세 60,926,090원을 고지한 사실이 경정결의서 등에 나타난다.

(2) 청구인은 2006년에는 쟁점금액을 연구개발에 집행할 틈도 없었고, 이러한 불합리한 제도를 개선하기 위하여 「조세특례제한법」제10조의2 규정이 2006.12.30. 신설되어 2007.1.1.부터 시행되었으며, 교부통지서를 받은 바가 없음에도 쟁점금액을 2006년 수입금액에 산입하여 과세한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

(가) 「소득세법」제24조 제1항은 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액의 계산은 당해연도에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액에 의하는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제51조 제3항 제4호는 사업과 관련된 수입금액으로서 당해 사업자에게 귀속되었거나 귀속될 금액은 총수입금액에 산입하는 것으로 규정하고 있으며, 같은 법 제39조 제1항은 거주자의 각 연도의 총수입금액과 필요경비의 귀속연도는 총수입금액과 필요경비가 확정된 날이 속하는 연도로 하는 것으로규정하고 있다.

(나) 청구인이 2006.10.30. ○○○장관에게 제출한 지역산업기술개발사업계획서의 내용을 보면, 과제명은 해양부산물과 CNT(탄소나노튜브)를 결합한 나노입상유기질비료 및 실물대사촉진제 개발이고, 개발기간은 2006.10.1.~2008.7.31. 이며, 연차별 사업비는 1차연도(2006년) 200,000천원, 2차연도 80,000천원, 합계 280,000천원이고, 위탁기관은 부산대학교로 나타난다.

(다) 청구인이 체결한 지역산업공통기술개발사업협약서를 보면, 협약대상자는 ○○○(갑)과 ○○○(을)이고, 기술개발사업비를 1차연도 2006.10. 200,000천원, 2차연도 2007.8. 80,000천원 지급한다고 되어 있는 것으로 나타난다.

(라) 청구인의 통장사본(○○○)을 보면, 2006.11.14. ○○○으로부터 160,000천원이 입금되었고, 2006.11.22. 70,000천원이 대체출금되었으며, 2007.1.17. (재)○○○로부터 40,000천원이 입금된 것으로 나타난다.

(마) 청구인이 2007.5.31. 종합소득세 신고시 처분청에 제출한 국고보조금사용계획서를 보면 위탁연구개발비 160,000천원을 고정자산취득목적의 보조금 항목으로 2007.1.1.~2007.7.3. 사용하는 것으로 되어 있다.

(바) ○○○은 우리 원의 정부출연금 교부 절차 등의 자료요구(○○○ 2010.6.1.)에 대하여 ○○○장관 승인을 통해 청구인에게 신규사업자 선정 사실을 2006.10.24. 통보하였으며 2006.10.30. 협약을 체결하고 정부출연금을 교부(지급)하였다고 회신(○○○, 2010.6.7.)하였다.

(사) 위 사실관계 및 관련 법령을 종합하면, 청구인이 처분청에 제출한 국고보조금사용계획서는 「소득세법」 제32조에 따라 국고보조금을 지급받고 그 사업연도에 사업용자산을 취득하지 못한 경우에 필요경비로 산입하기 위한 것으로서 기술개발사업비로 사용한 쟁점금액은 적용대상이 아니고, 2006.12.30. 신설된 「조세특례제한법」 제10조의2 규정은 2007.1.1. 시행 후 최초로 출연금 등을 지급받은 분부터 적용되는 것이어서 이를 소급하여 적용하기는 어려우며, 정부로부터 기술개발에 소요되는 경비를 출연금 명목으로 지원받은 경우 동 출연금은 출연금 교부통지를 받은 날이 속하는 과세연도의 수입금액에 산입하는 것이 원칙이나, 별도의 교부통지 없이 협약서에 의해 지급시기를 달리하여 순차적으로 지원받는 경우 당해 출연금은 실제 지급받은 날이 속하는 과세연도의 수입금액으로 산입하는 것이 타당하다고 보이는 바, 교부통지라 함은 출연금의 교부사실을 알리는 통지행위라고 할 것으로서 ○○○이 2006.10.24. 청구인에게 사업자선정을 통보하고 2006.10.30. 협약을 체결한 것을 교부통지로 보기 어려우므로 청구인이 쟁점금액을 실지로 지급받은 때를 수입금액의 산입시기로 보는 것이 타당하다 할 것이다.

따라서 쟁점금액 중 청구인이 2007.1.17. 지급받은 정부출연금 40,000,000원은 2006년 수입금액에서 제외하여 청구인의 2006년 종합소득세 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.