쟁점(1) 처분청이 그 동안 청구법인에 대한 부가가치세 환급 현지확인시 지점매출분을 본점에서 신고.납부한 것

에 대해 가산세 등을 과세하지 아니한 것은 청구법인의 부가가치세 신고가 적접하다는 처분청의 공식적인 견해

표명에 해당되므로, 이 건 부과처분은 신의.성실의 원칙에 위배된다는 청구주장의 당부 (기각)
(2) 청구법인의 매출처인 ○○○공장이 자동차부품 납품을 위한 업체코드를 청구법인의 본점에만 부여하여 부득

이하게 지점매출분에 대해 본점이 세금계산서를 교부하고 부가가치세 신고.납부한 것으로 이는 가산세를 부과하

지 아니하는 정당한 사유에 해당되므로 가산세 부과는 취소되어야 한다는 청구주장의 당부 (기각)
(3) 본.지점 전체 입장에서 보면 과소납부하거나 초과하여 환급받은 세액이 없어 납부불성실가사세를 부과할 수

없다는 청구주장의 당부 (인용)
 
청구번호 : 2010부0382 결정일자 : 2010-08-10 세목 : 부가가치세
심판청구번호 조심2010부 382(2010.8.10)

 

주 문

○○○세무서장이 2009.12.3. 청구법인에게 한 부가가치세 2008년 제1기 88,618,000원, 2008년 제2기

196,483,460원, 2009년 제1기 171,530,670원의 부과처분은 납부?환급불성실가산세를 과세하지 않는 것으로 하여

그 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각한다.

이 유

 

1. 처분개요

가. 청구법인은 ○○○ 소재 주식회사 ○○○(이하 “본점”이라 한다)의 지점법인으로 2008.3.1. 개업하여 ○

○○에서 자동차부품 제조?판매업을 영위하고 있으며, 2009년 제1기 부가가치세 확정신고시 환급신고를 하였다.

나. 처분청은 2009.8.10.부터 2009.8.14.까지 청구법인에 대하여 부가가치세 환급 현지확인을 실시하고, 청구법

인이 2008년 제1기부터 2009년 제1기까지의 부가가치세 과세기간에 ○○○주식회사(이하 “○○○”라 한다) ○

○○공장에 납품한 공급가액 106억1,014만원(2008년 제1기 36억8,921만원, 2008년 제2기 47억5,500만원 및 2009

년 제1기 21억6,592만원으로, 이하 “쟁점금액”이라 한다) 상당의 자동차 부품을 본점의 매출로 신고한 사실을

확인하고, 쟁점금액에 대하여 세금계산서미교부가산세, 초과환급신고가산세, 납부?환급불성실가산세 및 영세율

과세표준불성실가산세를 적용하여 2009.12.3. 청구법인에게 부가가치세 2008년 제1기분 88,618,000원, 2008년

제2기분 196,483,460원, 2009년 제1기분 171,530,670원을 경정?고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.1.19. 심판청구를 제기하였다.

 

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청이 그동안 청구법인에 대하여 부가가치세 환급조사를 하면서 초과환급신고에 따른 가산세 이외의 가

산세에 대하여는 경정?고지하지 아니하였다는 것은 청구법인이 한 부가가치세의 신고가 적법한 것으로 처분청이

공식적인 견해표명이 있었다고 보아야 하고, 청구법인은 이러한 공식적인 견해를 신뢰하고 부가가치세를 신고?

납부하였으므로 처분청의 이 건 처분은 「국세기본법」 제15조의 신의성실의 원칙에 위배된다.

(2) 청구법인은 거래의 실질과 다르게 쟁점금액 상당의 지점 매출을 본점의 매출로 계상하여 ○○○공장으로부

터 본점의 사업자번호가 기재된 세금계산서를 송부받아 부가가치세를 신고하게 된 이유는 원청과 하청의 관계에

서 하청인 청구법인의 의지대로 세금계산서를 교부받지 못하고 ○○○공장이 자동차부품을 납품할 수 있도록 납

품코드를 부여한 사업장은 본점 뿐이어서, 청구법인은 ○○○공장이 교부한 세금계산서를 전송받아 본점의 사업

자등록번호로 부가가치세를 신고?납부할 수 밖에 없었는 바, 이는 「국세기본법」 제48조의 규정에 의한 정당한

사유에 해당되는 것으로 보아 이 건 가산세를 감면하여야 하고,

설사, 위 청구주장을 받아들일 수 없는 경우에도, 청구법인은 쟁점금액 상당의 매출을 본점의 매출로 신고?납부

하여 청구법인 전체의 입장에서는 과소 또는 과다 신고?납부한 세액이 없으므로 납부?환급불성실가산세의 부과

처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 처분청은 청구법인의 환급신고내역에 대하여 탈루혐의가 있어 환급신고와 관련된 일부분에 대한 부가가치세

환급자 현지확인을 실시하였을 뿐, 청구법인에 대하여 세무조사를 실시한 적이 없고, 청구법인에게 과세관청을

신뢰할 만한 공식적인 견해를 표명한 적이 없으며, 명백한 법령 위반사항에 대하여는 신의성실의 원칙을 적용하

기 어려우므로 이 건 과세처분이 신의성실의 원칙에 위배된다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

(2) 청구법인은 ○○○공장이 정책적 판단에 따라 납품코드를 청구법인의 본점에 한하여 1개만 부여하였다고 주

장하나, 이는 사인간의 거래관계에서 발생하는 문제일 뿐 납품코드가 부여되지 아니한 것이 납세의무 불이행에

대한 정당한 사유가 될 수 없고, 청구법인은 지점의 매출에 대하여 본점에서 부가가치세를 총괄납부할 것을 승

인받은 사실도 없어 ○○○공장이 청구법인에게 세금계산서를 전산으로 송부한 것에 대하여 청구법인이 승인한

후 출력하여 본점의 매출로 신고한 것이 부득이한 사유에 의한 것이라고 보기도 어려우므로 쟁점금액을 본점 매

출로 신고한데 대하여 정당한 사유가 있었으므로 이 건 가산세를 감면하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어

렵다.

또한, 세법상 가산세는 신고?납부 등의 의무해태에 따른 행정상의 제재로서 부과하고, 납세의무자의 고의?과실

은 고려되지 않는 것이므로 처분청이 쟁점금액 상당의 매출분에 대하여 청구법인에게 부가가치세를 경정하면서

납부?환급불성실가산세를 부과한 것은 정당하다.

 

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 지점 매출을 본점 매출로 신고한데 대하여 지점의 매출누락으로 보아 부가가치세를 경정한 것이 신의성실의

원칙에 위배되는지 여부

② 청구법인에게 세금계산서미교부가산세, 영세율과표불성실가산세, 초과환급신고가산세 및 납부?환급불성실가

산세 등을 감면할 정당한 사유가 있었는지 여부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법(2008.12.26. 법률 제9268호로 개정되기 전의 것) 제4조 【신고ㆍ납세지】 ① 부가가치세는 사

업장마다 신고ㆍ납부하여야 한다.

② 사업자에게 2 이상의 사업장이 있는 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 주된 사업장 관할세무서장에게

신청하여 그 승인을 얻은 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 주된 사업장에서 총괄하여 납부할 수 있다.

③ 제1항의 규정에 불구하고 2 이상의 사업장이 있는 사업자가 다음 각호의 요건을 갖춘 경우에는 당해 사업자

의 본점 또는 주사무소에서 총괄하여 신고ㆍ납부할 수 있다. 이 경우 당해 사업자의 본점 또는 주사무소는 신고

ㆍ납부와 관련한 이 법(제5조ㆍ제16조ㆍ제32조ㆍ제33조 및 제35조의 규정을 제외한다)의 적용에 있어서 각 사업

장으로 본다.

1. 당해 사업자가 각 사업장의 물류흐름 및 재고를 관리할 수 있는 대통령령이 정하는 전산시스템설비를 갖추고

있을 것

2. 대통령령이 정하는 바에 따라 본점 또는 주사무소의 관할세무서장에게 신청하여 그 승인을 얻을 것

제16조 【세금계산서】 ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통

령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금

계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서

를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정

하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성연월일

5. 제1호부터 제4호까지 외에 대통령령이 정하는 사항

⑤ 제1항 및 제3항외에 세금계산서의 작성ㆍ교부에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제22조 【가산세】 ⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가

산하거나 환급세액에서 공제한다.

2. 제18조 제4항 또는 제19조 제2항의 규정에 의하여 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에

미달하거나 환급받은 세액이 환급받아야 할 세액을 초과하는 때에는 다음 각목의 금액의 합계액

가. 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액)×납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는

납세고지일까지의 기간×금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자

율

나. 초과하여 환급받은 세액×환급받은 날의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간×금융기관이

연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율

⑦ 영세율이 적용되는 과세표준을 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지

아니하거나 신고한 과세표준이 신고하여야 할 과세표준에 미달하는 때에는 그 신고하지 아니한 과세표준(미달하

게 신고한 경우에는 그 미달한 과세표준)의 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서

공제한다.

(2) 국세기본법(2008.2.29. 법률 제8860호로 개정되기 전의 것) 제15조【신의?성실】납세자가 그 의무를 이행함

에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

제47조의4 【초과환급신고가산세】① 납세자가 법정신고기한 내에 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로

서 세법에 따라 신고납부하여야 할 세액을 납세자가 환급받을 세액으로 신고하거나 납세자가 신고한 환급세액이

세법에 따라 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 경우에는 그 환급신고한 세액 또는 그 초과환급신고한 세액의

100분의 10에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 이 경우 납세자가 환급

신고를 하였으나 납부하여야 할 세액이 있는 경우에는 납부하여야 할 세액을 과소신고한 것으로 보아 제47조의

3의 규정을 적용한다. 다만, 「부가가치세법」 제17조의2 제3항 단서에 따라 관할 세무서장이 경정하는 경우에

는 그러하지 아니하다.

② 제1항의 규정에 불구하고 부당한 방법으로 초과환급신고한 세액이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한

금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

1. 부당한 방법으로 초과환급신고한 세액에 대한 가산세액 : 초과환급신고한 세액 중 부당한 방법으로 초과환급

신고한 세액의 100분의 40에 상당하는 금액

2. 제1호 외의 부분에 대한 가산세액 : 초과환급신고한 세액 중 부당한 방법으로 초과환급신고한 세액 외의 세

액의 100분의 10에 상당하는 금액

③ 제47조의 2 제5항 및 제6항의 규정은 초과환급신고가산세의 부과에 관하여 준용한다.

제47조의5 【납부ㆍ환급불성실가산세】① 납세자가 세법에 따른 납부기한 내에 국세를 납부하지 아니하거나 납

부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달한 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하

거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 「인지세법」 제8조 제1항의 규정에 따라 인지세를 납부하지 아니하였

거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 경우에는 그 납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세

액의 100분의 300으로 한다.

납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세액 × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 ×

금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령이 정하는 이자율

② 납세자가 환급받은 세액이 세법에 따라 환급받아야 할 세액을 초과하는 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산

한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

초과하여 환급받은 세액 × 환급받은 날의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융기관이

연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령이 정하는 이자율

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다.

1. 「소득세법」 제158조 및 제159조의 규정에 따른 가산세가 부과되는 경우

2. 「법인세법」 제76조 제2항 및 제98조 제2항ㆍ제3항의 규정에 따른 가산세가 부과되는 경우

3. 「부가가치세법」 제34조 제2항의 규정에 따른 가산세가 부과되는 경우

4. 「부가가치세법」 제17조의 2 제3항 단서에 따라 관할 세무서장이 경정하는 경우

④ 제1항의 산식 중 납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세액과 제2항의 산식 중 초과하여 환급받은 세액은 「법

인세법」 또는 「조세특례제한법」에 따라 소득세 및 법인세에 가산하여 납부하여야 할 이자상당가산액을 포함

하여 산정한다.

⑤ 제1항 또는 제2항의 규정을 적용하는 경우 「부가가치세법」 제18조의 규정에 따른 예정신고납부와 관련하여

가산세가 부과되는 부분에 대하여는 동법 제19조의 규정에 따른 확정신고납부와 관련한 가산세를 부과하지 아니

한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 청구법인에 대하여 부가가치세 환급 현지확인을 실시하고 2009.9.24. 작성한 보고서에 의하면, 청

구법인(지점)은 2008.3.1. 개업하여 ○○○에서 ○○○주식회사 및 주식회사 ○○○에 자동차부품을 납품하는 1

차협력업체로, 2008년 제1기부터 2009년 제1기까지 부가가치세 과세기간에 ○○○공장에 쟁점금액 상당의 ‘도

어 빔 아세이’라는 자동차부품을 납품하였으나 업체코드가 부여되어 있는 본점의 사업자등록번호로 세금계산서

를 발행하여 청구법인이 쟁점금액 상당의 매출액을 과소?신고한 사실을 확인하고, 쟁점금액을 청구법인의 매출

누락액으로 보아 세금계산서미교부가산세, 초과환급신고가산세, 납부?환급불성실가산세 및 영세율과세표준불성

실가산세를 적용하여 경정하였다고 기재되어 있다.

(2) 청구법인은 ○○○와 납품거래시 납품코드를 부여받아 거래하는데 ○○○에서 본점에만 납품코드를 부여하

고 지점인 청구법인에는 납품코드를 부여해주지 아니하여 부득이 본점의 사업자등록번호로 세금계산서를 발행하

여 본점의 매출로 부가가치세를 신고하였다고 주장하면서 그 증빙으로 ○○○ 대표이사 ○○○의 사실확인서,

○○○의 본점에 대한 협조공문 및 청구법인의 확인서를 제출하였는 바, 그 내용은 다음과 같다.

(가) ○○○ 대표이사 ○○○이 2008.10.13. 작성한 사실확인서에 의하면, ○○○가 협력업체를 등록할 때 납품

코드는 회사의 정책적 판단에 따라 본점 1개 또는 본?지점에 각각 부여할 수 있는데, 주식회사 ○○○(청구법인

의 본점)의 경우 부도난 주식회사 ○○○를 임시로 운영해 오던 개인회사인 ○○○을 인수한 점을 고려하여 납

품코드를 본점에 한하여 1개만 부여하였고, ○○○에 등록된 사업자등록번호만 매출?매입거래를 인정하고, 관련

부품대금을 부여된 납품코드로 신고된 거래은행으로 대금을 결제하고 있으며, 공급자의 세금계산서는 ○○○가

공급자의 부품을 공급받아 엄격한 검수를 거친 양품에 대하여만 매입으로 인정하여 ○○○가 본점 명의로 세금

계산서를 발행하여 본점으로 송금하고 있다고 기재되어 있다.

(나) ○○○가 2008.4.10. 본점에 발송한 ‘업체CODE 변경에 따른 후속업무 협조요청’ 공문○○○에 의하면,

○○○가 2008.4.15.부터 ○○○를 거래하던 협력사인 ○○○의 납품코드번호를 아래 〈표〉와 같이 ○○○으로

변경한다는 취지의 내용이 기재되어 있다.

〈표〉본점의 코드번호 변경 내역

○○○

(다) 청구법인이 2009.8.13. 작성한 확인서에 의하면, 청구법인이 2008년 제1기부터 2009년 제1기까지의 부가가

치세 과세기간에 쟁점금액 상당의 자동차 부품을 ○○○에 공급하고 본점을 공급자로 하여 세금계산서를 발행하

였는데, 이는 ○○○에 수차례 청구법인의 납품코드를 부여해 줄 것을 요청하였으나 수용되지 아니하여 부득이

납품코드가 부여된 본점의 사업자등록번호로 세금계산서를 발행하였다는 취지의 확인내용이 기재되어 있다.

(3) 쟁점①에 대하여 살펴본다.

청구법인은 처분청이 그동안 수차에 걸쳐 부가가치세 환급조사를 실시한 후, 청구법인의 위 매출누락분에 대하

여 환급신고불성실가산세를 제외한 가산세를 경정?고지한 사실이 없는 점으로 보아 청구법인이 신고한 내용이

적법하다는 점에 대하여 처분청이 공식적인 견해를 표명한 것으로 보아야 하므로 이 건 부가가치세 과세처분이

신의성실의 원칙에 위배되는 처분에 해당한다고 주장하나, 신고내용에 대한 경정 내지는 수용을 비과세에 관한

과세관청의 공식적인 견해표명으로 볼 수 없으므로 이 건 과세처분이 신의성실의 원칙에 위배됨을 이유로 취소

하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(4) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 「부가가치세법 제4조 제1항에서 “부가가치세는 사업장마다 신고 납부하여야 한다”고 규정하면서 제2항

에서 “사업자가 2개 이상의 사업장이 있는 경우에는 주된 사업장 관할 세무서장에게 신청하여 그 승인을 얻는

경우에 한하여 주된 사업장에서 총괄하여 납부할 수 있다”규정하고 있는 바, 2개 이상의 사업장이 있는 청구법

인이 지점의 매출액에 대하여 본점에서 부가가치세를 총괄납부할 것을 신고하거나 승인받은 사실은 없는 것으로

확인된다.

(나) 청구법인은 ○○○의 정책적 판단에 의하여 청구법인에게 별도의 코드번호를 부여하지 아니하여 청구법인

이 부득이 본점의 사업자등록번호로 세금계산서를 발행하고 본점의 매출로 신고하였으므로 청구법인이 지점 매

출을 본점의 매출로 신고한 데 대하여 정당한 사유가 있었던 것으로 보아야 한다고 주장하나, 사인간의 관계에

서 별도의 코드번호가 부여되지 아니하였다는 사유가 매출처를 사실과 다르게 신고한데에 대한 정당한 사유가

될 수 없다고 판단되고, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가

정당한 이유없이 법에 규정된 신고?납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상

의 제재로서, 납세의무자의 고의?과실은 고려되지 않는 것이므로 처분청이 청구법인에게 이 건 부가가치세를 경

정하면서 의무위반의 내용에 따라 세금계산서미교부가산세, 영세율과표불성실가산세 및 초과환급신고가산세 등

을 과세한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

다만, 「부가가치세법」 제22조 제5항 제2호에 규정된 납부?환급불성실가산세는 사업자가 예정신고 또는 확정신

고에 의하여 납부하여야 할 세액을 납부하지 아니하거나, 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하는 때 또

는 환급받은 세액이 환급받아야 할 세액을 초과하는 때에 과세하는 것인데, 이 건의 경우 청구법인이 주사업장

총괄납부승인을 득하지 아니하였으나 청구법인에서 납부하여야 할 세액을 본점에서 납부하여 결과적으로는 납부

하여야 할 세액을 납부하지 아니하거나 당해 납부세액이 납부하여야 할 세액에 미달 또는 환급받은 세액이 환급

받아야 할 세액을 초과하였다고 보기 어려우므로 처분청이 청구법인에게 이 건 부가가치세를 과세하면서 납부?

환급불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다○○○.

 

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3

호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.