쟁점(1) 청구법인이 영위하는 서비스업(소프트웨어개발업 등)에서 수입금액이 발생하지 아니하였다 하여 법인세법 제72조에 따라 신청한 09사업연도에 발생된 결손금의 소급공제를 부인한 처분의 당부 (인용)
 
청구번호 : 2010서2063 결정일자 : 2011-03-24 세목 : 법인세
심판청구번호 조심 2010서2063(2011. 3. 24.)

 

주 문

○○○세무서장이 2010.5.10. 청구법인에게 한 2009사업연도 법인세 723,748,290원의 환급에 대한 거부처분은 이를 취소한다.

 

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 2003.5.30. 개업한 이래 서비스업(소프트웨어개발업 등)을 영위하는 법인으로, 2008사업연도의 과세표준을 3,117,220,657원으로 하여 법인세 749,145,164원을 자진신고·납부하였다가, 2009사업연도에 손금의 총액이 익금의 총액을 초과함에 따라 발생된 결손금인 2,894,993,194원을 과세표준으로 신고함과 동시에 법인세 신고기한 내인 2010.3.31. 2008사업연도에 납부한 법인세 중 723,748,299원의 환급을 구하는 결손금 소급공제에 의한 법인세 환급을 신청하였다.

나. 처분청은 청구법인이 결손금 소급공제를 적용받을 수 있는 중소기업에 해당되지 아니한다는 이유로 2010.5.10. 결손금소급공제의 적용에 따른 법인세 환급신청을 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.6.16. 심판청구를 제기하였다.

 

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 소프트웨어 개발?자문 및 공급업을 영위하는 법인으로 2009사업연도 말 현재「조세특례제한법 시행령」제2조에서 규정하는 중소기업에 해당되며,「법인세법」제72조에서 규정하는 결손금 소급공제를 적용받을 수 있는 요건을 갖추었으므로, 2008사업연도에 신고?납부한 법인세의 소급공제는 허용되어야 한다.

(2) 결손금 소급공제규정의 적용대상이 되는 중소기업은「조세특례제한법 시행령」제2조에서 열거하는 사업을 주된 사업으로 영위하며 일정한 요건을 충족하는 기업을 뜻하며, 해당 사업에서 매출액 또는 매입액이 발생될 것을 요건으로 하고 있지 아니한 바, 청구법인은 소프트웨어개발업 등을 영위하는 소규모의 법인으로 사업의 특성상 매출액이 지속적으로 발생되기 어렵고, 연구개발업은 개발활동이 상당 부분 선행된 이후에 매출이 발생될 수밖에 없으며, 청구법인이 2003사업연도에 사업을 개시하였으나 2005사업연도에 들어서 매출액이 발생된 것도 이러한 사업의 특성에 따른 결과이고, 2007～2009사업연도 중에도 청구법인이 소프트웨어 관련 사업을 영위하는 점은 관련 계약서를 통하여 입증이 되며, 매출액이 발생하는지 여부가 중소기업 해당 여부를 판단하는 기준이 될 수는 없다.

(3) 처분청은 중소기업 업종에 해당될 수 없는 부동산 임대업을 주업으로 영위하던 자가 동 업종에 포함되는 가구 도?소매업으로 주업을 변경한 후에 그 업종에서 결손금이 발생된 경우에는 당해 사업연도를 기준으로 중소기업 해당 여부를 판단하는 것이므로 부동산 임대업에서 발생된 소득에 대한 법인세를 소급하여 환급할 수 있는 것으로 해석하였고○○○, 연구 및 개발업을 목적사업으로 하는 법인에서 매출이 발생하지는 아니하였으나, 수명의 연구원을 고용하여 연구 및 개발업을 영위한 경우에는 실제로 그러한 사업을 영위한 것으로 해석함에 따라 매출액의 발생 여부를 해당 사업의 영위에 대한 판단기준으로 삼지는 아니하는 것인 바○○○, 청구법인은 결손금 소급공제대상인 중소기업의 형식적?실질적 요건을 모두 충족하고 있으므로, 청구법인에게 발생된 결손금의 소급공제를 인정하는 것이 제도의 입법취지에 부합하는 것이고, 일시적으로 발생된 유가증권처분손익으로 인하여 본래부터 영위하던 사업의 성격 자체를 부인하는 처분청의 해석은 부당하며, 일회적인 거래에 따른 과다한 자금부담을 해소하여야 하는 때 오히려 관련 조세혜택을 적용할 수 없도록 조치하는 것은 중소기업에 대한 결손금 소급공제제도의 취지에 어긋나는 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 결손금 소급공제규정은 중소기업이 각 사업연도에 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전사업연도의 소득금액에 부과하여 이미 납부한 법인세액을 한도로 하여 법인세를 환급하여 주는 것이며, 이는 정부가 즉각적인 세액의 환급을 통하여 기업의 자금난을 해소하게 하고 그와 동시에 신규투자를 장려하는 등 중소기업에 대한 조세지원을 강화하기 위한 조세정책적인 목적에 의한 것이다.

(2) 결손금 소급공제가 가능한 중소기업에 해당되는지는 업종 기준, 규모 기준, 독립성 기준으로 판단하여야 할 것이며, 업종의 분류는 사업의 실질 내용에 따라 판정하는 것이 타당한 바, 청구법인은 2007～2009사업연도에 소프트웨어 관련 매출액 및 매입액이 없으며, 유가증권의 처분에 따른 손익으로 법인세 납부액 및 결손금이 발생하였으나, 소프트웨어개발업 등을 주업으로 하는 법인이 아니므로 결손금 소급공제를 적용받을 수 있는 중소기업에 해당되지 아니한다.

(3) 청구법인은 소프트웨어개발업 등을 영위하면서 발생한 손실이 아닌 주식매매로 인한 손실에 대하여 법인세 환급을 신청한 것인 바, 이는 중소기업에 대한 자금난을 경감시켜 주고자 하는 결손금 소급공제의 입법취지에도 어긋나는 것이므로 처분청이 청구법인의 결손금 소급공제에 의한 법인세 환급신청을 거부한 처분은 정당하다.

 

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 영위하는 서비스업(소프트웨어개발업 등)에서 수입금액이 발생하지 아니하였다 하여「법인세법」제72조에 따라 신청한 2009사업연도에 발생된 결손금의 소급공제를 부인한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 법인세법 제72조【결손금 소급공제에 의한 환급】① 제25조 제1항 제1호의 규정에 의한 중소기업은 각 사업연도에 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액(대통령령이 정하는 법인세액을 말한다)을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급신청할 수 있다. 이 경우 당해 결손금에 대하여는 제13조 제1호의 규정을 적용함에 있어서 이를 공제받은 금액으로 본다.

② 제1항의 규정에 의한 법인세액의 환급을 받고자 하는 내국법인은 제60조의 규정에 의한 신고기한내에 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 신청하여야 한다.

③ 납세지 관할세무서장이 제2항의 규정에 의한 신청을 받은 때에는 지체없이 환급세액을 결정하여 국세기본법 제51조 및 제52조의 규정에 의하여 환급하여야 한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정은 당해 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고기한내에 결손금이 발생한 사업연도와 그 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준 및 세액을 각각 신고한 경우에 한하여 이를 적용한다.

(2) 법인세법 시행령 제39조【중소기업의 범위 등】① 법 제25조 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 중소기업”이라 함은「조세특례제한법 시행령」 제2조의 규정에 의한 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 말한다.

제110조【결손금 소급공제에 의한 환급세액의 계산】① 법 제72조 제1항 전단에서 “대통령령이 정하는 법인세액”이란 직전사업연도의 법인세 산출세액(법 제55조의 2에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에서 직전사업연도의 소득에 대한 법인세로서 공제 또는 감면된 법인세액(이하 “감면세액”이라 한다)을 차감한 금액(이하 이 조에서 “직전 사업연도의 법인세액”이라 한다)을 말한다.

② 법 제72조 제1항에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액”이라 함은 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 금액을 말한다.

1. 직전사업연도의 법인세 산출세액

2. 직전사업연도의 과세표준에서 법 제14조 제2항의 규정에 의한 당해 사업연도의 결손금으로서 소급공제를 받고자 하는 금액(직전사업연도의 과세표준을 한도로 하며, 이하 이 조에서 “소급공제 결손금액”이라 한다)을 차감한 금액에 직전사업연도의 세율을 적용하여 계산한 금액

③ 법 제72조 제2항의 규정에 의하여 환급을 받고자 하는 법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고기한내에 기획재정부령이 정하는 소급공제 법인세액환급신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.

④ 법 제72조 제5항의 규정에 의하여 결손금이 감소됨에 따라 징수하는 법인세액의 계산은 다음 산식에 의한다. 다만, 법 제14조 제2항의 결손금 중 그 일부 금액만을 소급공제받은 경우에는 소급공제받지 아니한 결손금이 먼저 감소된 것으로 본다.

[법 제72조 제3항의 규정에 의한 감소된 결손금액으로서 소급공제 환급세액(이하 이 조에서 “당초 받지 아니한 결손금을 초과하는 금액

환급세액”이라 한다)] × ────────────────

소급공제 결손금액

(3) 조세특례제한법 시행령 제2조【중소기업의 범위】①「조세특례제한법」(이하 “법”이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 하수ㆍ폐기물 처리(재활용을 포함한다)ㆍ원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운수업 중 여객운송업, 음식점업, 출판업, 영상ㆍ오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, 전기통신업, 컴퓨터 프로그래밍ㆍ시스템 통합 및 관리업, 정보서비스업, 연구개발업, 광고업, 그 밖의 과학기술서비스업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 전시 및 행사대행업, 창작 및 예술관련 서비스업, 인력공급 및 고용알선업, 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업, 법 제7조 제1항 제1호 커목에 따른 직업기술 분야 학원, 제5조 제6항에 따른 엔지니어링사업, 제5조 제8항에 따른 물류산업, 제6조 제1항에 따른 수탁생산업, 제54조 제1항에 따른 자동차정비공장을 운영하는 사업,「해운법」에 따른 선박관리업,「의료법」에 따른 의료기관을 운영하는 사업,「관광진흥법」에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업은 제외한다),「노인복지법」에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업,「전시산업발전법」에 따른 전시산업, 「에너지이용 합리화법」제25조에 따른 에너지절약전문기업이 하는 사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수ㆍ자본금 또는 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 “중소기업기준”이라 한다) 이내일 것

2. (삭제, 2000. 12. 29.)

3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」제3조 제2호의 규정에 적합할 것. 이 경우 같은 영 제3조 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함한다.

(4) 조세특례제한법 시행규칙 제2조【중소기업의 범위】①「조세특례제한법 시행령」(이하 “영”이라 한다) 제2조 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 “기획재정부령으로 정하는 사업”이란 자기가 제품을 직접 제조하지 아니하고 제조업체(사업장이 국내 또는 「개성공업지구 지원에 관한 법률」 제2조 제1호에 따른 개성공업지구에 소재하는 업체에 한한다)에 의뢰하여 제조하는 사업으로서 그 사업이 다음 각 호의 요건을 충족하는 경우를 말한다.

1. 생산할 제품을 직접 기획(고안ㆍ디자인 및 견본제작 등을 말한다)할 것

2. 당해 제품을 자기명의로 제조할 것

3. 당해 제품을 인수하여 자기책임하에 직접 판매할 것

② 영 제2조 제1항 각호외의 부분 단서 및 동항 제1호에서 “상시 사용하는 종업원수”라 함은 당해 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자(주주인 임원, 「소득세법 시행령」 제20조의 규정에 의한 일용근로자 및 「기술개발촉진법 시행령」 제15조 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소의 연구전담요원을 제외한다)수로 한다. 이 경우 종업원수는 당해 과세연도의 매월 말일 현재의 인원을 합하여 해당 월수로 나눈 인원을 기준으로 하여 계산한다.

③ 영 제2조 제1항 각호외의 부분 단서에서 “자기자본”이라 함은 과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 대차대조표(이하 이 조에서 “대차대조표”라 한다)상의 자산에서 부채를 차감한 금액을 말한다.

④ 영 제2조 제1항 각호외의 부분 단서 및 동항 제1호에서 “매출액”이라 함은 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액을 말한다. 다만, 창업ㆍ분할ㆍ합병의 경우 그 등기일의 다음 날(창업의 경우에는 창업일)이 속하는 과세연도의 매출액을 연간 매출액으로 환산한 금액을 말한다.

⑤ 영 제2조 제1항 각호외의 부분 단서에서 “자산총액”이라 함은 과세연도 종료일 현재 대차대조표상의 자산총액을 말한다.

⑥ 영 제2조 제1항 제1호에서 “자본금”이란 다음 각 호의 금액을 말한다.

1.「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제9조에 따른 주권상장법인과「주식회사의 외부감사에 관한 법률」제2조의 규정에 의한 외부감사의 대상이 되는 기업의 경우에는 대차대조표상의 자본금과 자본잉여금을 합한 금액

2. 제1호외의 기업인 경우에는 대차대조표상의 자본금과 대차대조표상의 자산에서 부채를 차감한 금액 중 많은 금액

⑦ 영 제2조 제4항에 따른 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여는「국제조세조정에 관한 법률 시행령」제2조 제2항을 준용한다.

(5) 중소기업기본법 시행령 제3조【중소기업의 범위】「중소기업기본법」(이하 “법”이라 한다) 제2조 제1항에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업

나. 자산총액(직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5천억원 이상인 법인. 이 경우 외국법인의 자산총액을 원화로 환산할 경우에는 직전 사업연도 말일 현재의 종가환율 또는 직전 사업연도의 평균환율을 적용하여 환산한 금액 중 적은 것으로 한다.

다. 자기자본이 5백억원 이상인 기업

라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목 모두에 해당하는 기업

가.「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하지 아니하는 회사일 것

나. 제1호 나목에 따른 법인(「중소기업창업 지원법」에 따른 중소기업창업투자회사와 이에 준하는 자로서 중소기업 육성을 위하여 중소기업청장이 정하여 고시하는 자는 제외한다)이 발행주식(「상법」 제370조에 따른 의결권 없는 주식은 제외한다) 총수의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 최대주주(법인의 의결권 있는 발행주식 총수를 기준으로 본인 및 그와 특수관계자가 소유하는 주식을 합하여 그 수가 가장 많은 경우의 본인을 말한다. 이 경우 특수관계자는 본인이 개인인 경우 사실상 혼인관계에 있는 자를 포함한 배우자, 8촌 이내의 혈족 및 4촌 이내의 인척을 말하며, 본인이 법인인 경우 그 법인의 임원을 말한다)인 기업이 아닐 것. 이 경우 발행주식의 간접소유 비율에 관하여는 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제2조 제2항을 준용한다.

다. 관계회사에 속하는 기업의 경우에는 제7조의 2에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 “상시근로자수 등”이라 한다)이 제1호에 따른 기준을 초과하는 기업이 아닐 것

(6) 중소기업기본법 시행령【별표 1】중소기업의 업종별 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모기준(제3조 제1호 관련)

해 당 업 종
 분류부호
 규모기준
 
제조업
 C
 상시 근로자 수 300명 미만

또는 자본금 80억원 이하
 
광업
 B
 상시 근로자 수 300명 미만

또는 자본금 30억원 이하
 
건설업
 F
 
운수업
 H
 
출판, 영상, 방송통신 및 정보서비스업
 J
 상시 근로자 수 300명 미만

또는 매출액 300억원 이하
 
사업시설관리 및 사업지원서비스업
 N
 
보건 및 사회복지사업
 Q
 
농업, 임업 및 어업
 A
 상시 근로자 수 200명 미만

또는 매출액 200억원 이하
 
전기, 가스, 증기 및 수도사업
 D
 
도매 및 소매업
 G
 
숙박 및 음식점업
 I
 
금융 및 보험업
 K
 
전문, 과학 및 기술 서비스업
 M
 
예술, 스포츠 및 여가관련산업
 R
 
하수처리, 폐기물 처리 및 환경 복원업
 E
 상시 근로자 수 100명 미만

또는 매출액 100억원 이하
 
교육 서비스업
 P
 
수리 및 기타서비스업
 S
 
부동산업 및 임대업
 L
 상시 근로자 수 50명 미만

또는 매출액 50억원 이하
 

 

다. 사실관계 및 판단

(1) 법인세 과세표준 및 세액신고서, 소급공제 법인세액 환급신청서, 재무제표 등 부속서류, 결손금 소급공제 법인세 환급거부통지서, 원천징수 이행상황신고서, 부가가치세 과세표준신고서 등의 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실관계가 확인된다.

(가) 청구법인은 소프트웨어 개발?자문 및 공급업을 영위하기 위하여 2003.5.30. 설립된 법인으로, 자본금은 660백만원으로 현재까지 그 사업을 계속하여 영위하고 있으며, 법인세 과세표준 및 세액신고서를 요약하면 아래 표와 같고, 청구법인은 직전사업연도 법인세액 751,305,164원에서 27,556,865원을 차감한 723,748,290원을 환급신청세액으로 하여 소급공제 법인세액의 환급을 신청하였으며, 그 세액에 대하여는 다툼이 없다.

○○○

(나) 청구법인의 표준손익계산서와 대차대조표를 정리하면 아래 표와 같고, 그 중 영업외 수익 및 비용은 유가증권처분이익 및 유가증권처분손실과 관련된 금액이며, 원천징수 이행상황신고서에 의하면 직원 4～5명에게 매월 급여를 지급한 것으로 나타나고, 부가가치세 과세표준신고서에 의하면, 2010년 제1기에 6,068천원의 영세율 매출이 발생하였으며, 매월 10백만원에 상당하는 매입이 있는 것으로 확인된다.

○○○

(다) 처분청이 청구법인에게 한 ‘결손금 소급공제 법인세 환급거부통지서’에 의하면, 청구법인의 결손금은「조세특례제한법 시행령」제2조에서 규정하고 있는 중소기업을 영위하는 사업에서 발생한 것이 아니며, 또한 청구법인은「법인세법」제72조에서 규정하는 결손금의 소급공제를 적용받을 수 있는 중소기업에 해당되지 아니하는 것으로 판단되므로 결손금 소급공제에 의한 법인세액의 환급을 거부한다고 되어 있다.

(2) 청구법인은 소프트웨어 개발?자문 및 공급업을 영위하기 위하여 2003년 설립하여 현재까지 그 사업을 실제 영위하고 있으며, 구체적으로 여행관련 포탈을 제작하여 ○○○에 컨텐츠를 공급하고, ○○○로부터 광고를 유치하였으며, (주)○○○와 공동으로 문화컨텐츠 자동변환시스템 서비스 구축에 관한 소프트웨어 개발을 진행하는 등 컨텐츠와 소프트웨어의 개발사업을 영위하고 있다고 주장하며 제시한 증빙서류는 다음과 같다.

(가) 연구위탁계약서 및 세금계산서에 의하면, 청구법인은 문화컨텐츠 자동변환시스템 서비스 구축에 관한 소프트웨어 개발을 공동사업으로 영위하기 위하여 (주)○○○와 2005.8.11. 연구위탁계약을 체결하고 세금계산서를 교부한 내역은 아래 표와 같다.

○○○

(나) 서비스제휴계약서 및 세금계산서에 의하면, 청구법인이 여행관련 포탈을 공급하기 위하여 2006.4.26. ○○○와 서비스제휴계약을 체결하고 세금계산서를 교부한 내역은 아래 표와 같다.

○○○

(다) 외화수표 매입계산서에 의하면, 청구법인이 ○○○에 광고용역을 제공하고 대가를 받은 사실이 아래 표와 같이 나타난다.○○○

(라) 기술개발 용역계산서 및 해지합의서, 세금계산서에 의하면, 청구법인은 ‘휴대용 무선데이터 통신장치의 개발’ 사업과 관련하여 2009년 9월 (주)○○○와 기술개발 용역계약을 체결하였으나, 해당 결과물인 제품의 개발에 따른 수익창출의 효과가 당초 예상과는 달리 미미할 것으로 판단되어 2010년 4월 동 계약을 해지하고 개발비용 5백만원을 지급(2010.4.8. 세금계산서 수수)한 사실이 나타난다.

(마) 청구법인이 (주)○○○와 2009.11.13. 체결한 업무협력을 위한 양해각서에 의하면, ‘디지털뷰의 신규서비스 개발’ 사업과 관련하여 당사자 간에 업무협력를 하기로 약정한 사실이 나타난다.

(바) 청구법인이 2010년 6월 (주)○○○와 체결한 모바일 어플리케이션 공동개발 협정서에 의하면, 협정당사자가 모바일 비즈니스 사업의 추진을 위한 정보의 제공, 브랜드 어플리케이션 공동개발, 모바일 광고수익사업의 추진 등을 상호 협력하여 공동으로 진행하기 위한 계약을 체결한 사실이 나타난다.

(사) 유가증권(주식) 거래를 하게 된 경위에 대하여, 청구법인은 코스닥 상장법인을 활용하여 소프트웨어 관련 기업을 인수하거나 새로운 사업을 추진하려고 하였고, 그에 따라 2007사업연도에 (주)○○○ 주식을 취득하였으나, 그 법인은 2008사업연도부터 신규사업의 부진 등의 사유로 경영이 어려워져 주식가치가 상당히 하락하였으며, 손실을 최소화하기 위하여 2008년말에 동 주식을 대부분 처분하였고, 2009년에는 보호예수 중이던 나머지 주식도 모두 처분하였는 바, 처분 당시의 거래가격에 따라 2008사업연도에는 이익이 발생한 반면 2009사업연도에는 손실이 발생하였는데, 만약 보호예수기간에 대한 제한이 없었다면, 2008년의 이익과 2009년의 손실이 대부분 상계되어 다액의 결손금 환급문제는 발생되지도 아니하였을 것이며, 동 주식의 처분손익은 중소기업 업종인 소프트웨어개발업을 영위하면서 사업을 확장하는 과정에서 불가피하게 일어난 것이고, 청구법인의 대표이사가 (주)○○○의 대표이사로 취임한 것도 이를 뒷받침하는 것이며, 동 주식 외에는 다른 주식을 거래한 적이 없다고 주장하고 있으며, 동 주식의 거래내역은 아래 표와 같다.

○○○

(3) 청구법인의 임원인 최○○○과 그 대리인이 2010.12.29. 및 2011.3.3. 심판관회의에 출석하여 진술한 주요 내용은, 컨텐츠를 개발하는데 많은 시간이 소요되어 계약체결이 바로 매출로 이어지지 아니하는 것이나, 2009년 및 그 이전에 체결된 계약으로 인하여 2010년에 일부 매출이 발생하였고, 현재에도 계속하여 계약이 체결되면서 새롭게 추진하는 프로젝트도 있으므로 앞으로 매출이 발생할 것이며, 컨텐츠 개발에서 중요한 것은 아이디어이고 아이디어가 나오면 외주를 주어 개발할 수도 있기 때문에 적은 인원으로도 컨텐츠 개발이 가능한 것이고, 컨텐츠 시장의 주요 구매자인 다음과 네이버 등에 코스닥등록기업을 통하여 안정적인 컨텐츠를 공급할 목적으로 코스닥등록기업의 주식을 취득하였으나 이들 회사들과의 협상이 원활하게 진행되지 아니하여 이러한 사업구상을 포기하게 되어 부득이 코스닥등록기업의 주식을 매각하였을 뿐이지 컨텐츠 개발사업을 중단한 것은 아니며, 앞으로도 사업영역을 넓혀 교육 관련 컨텐츠를 개발하기 위한 연구를 계속하면서 청구법인을 운영하고 있다는 내용이다.

(4) 살피건대,

(가)「법인세법」제72조에 의한 결손금 소급공제를 적용받기 위한 요건을 살펴보면, ①「조세특례제한법 시행령」제2조의 규정에 의한 중소기업에 해당되어야 하고, ② 특정 사업연도에 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액의 환급을 신청하여야 하며, ③「법인세법」제60조의 규정에 의한 신고기한 내에 결손금이 발생한 사업연도와 그 직전사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준 및 세액을 각각 신고한 경우에 한하여 이를 적용할 수 있는 것이고, 또한,「조세특례제한법 시행령」제2조에 의한 중소기업 해당 여부는, ㉠ 상시 사용하는 종업원 수, 자본금 또는 매출액이 업종별로「중소기업기본법 시행령」별표1의 규정에 의한 규모 기준 이내이고, ㉡ 실질적인 독립성이「중소기업기본법 시행령」제3조 제2호의 규정에 적합하여야 하며, 처분청이 과세근거로 삼은 관련 수입금액의 발생 여부에 대하여는 규정하고 있지 아니하다.

(나) 처분청은 청구법인이 소프트웨어개발업 관련 수입금액이 발생되지 아니하여 결손금 소급공제를 적용받을 수 있는 중소기업에 해당되지 아니한다는 의견이나,「법인세법 시행령」제110조 제1항에서 같은 법 제55조의2에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인세에 대하여는 결손금 소급공제 대상에서 제외한다고 규정하고 있을 뿐 그 밖에는 다른 제한사항을 규정하고 있지 아니한 점, 중소기업 해당 여부를 판단하는「조세특례제한법 시행령」제2조 등에서도 수입금액 등이 발생되지 아니한 법인을 중소기업에서 배제한다는 규정이 없는 점, 법인이 사업을 한다는 의미는 그 내용이 정관에 규정되어 있고 그 표현된 사업을 영위하면 되는 것이므로 수입금액 등의 발생 여부를 당해 법인이 해당 업종을 영위하는지 여부의 판단기준으로 삼기는 어려운 점, 결손금의 이월공제나 소급공제는 일정기간, 소급공제의 경우 2년간 통산한다는 의미이므로 당해 법인이 존속하는 경우에는 결손금은 통산되어야 하는 점, 청구법인은 소프트웨어를 개발하고 관리하는 임직원을 상시 두고 인건비 등의 사업과 관련한 비용을 지출하고 있는 점, 청구법인이 제시한 증빙서류에 의하여 용역계약서를 작성하거나 양해각서를 체결하는 등 관련 수입금액이 일부 발생하여 소프트웨어개발을 위한 사업을 영위한 사실이 인정되는 점, 결손금 소급공제의 직접 원인이 된 주식거래는 청구법인이 소프트웨어개발업 등의 관련사업을 확장하기 위하여 일시적으로 행한 것으로 보이는 점, 이 건 업종은 그 특성상 계약이 체결되고 구체적인 업무의 진행방향이 확정된 후에 본격적으로 소프트웨어의 개발활동을 진행하면 관련된 인력을 보강하거나 프로그램을 구축하는 등의 추가 비용이 발생하게 되고, 소프트웨어의 개발이 완성되어 이를 공급함에 따라 매출이 일어나게 되므로 연구개발활동의 상당 부분이 선행된 뒤 매출액이 발생될 수밖에 없는 점 등을 감안하면, 청구법인은「법인세법」제72조에 의한 결손금 소급공제를 적용받을 수 있는 중소기업 업종인 소프트웨어개발업을 영위하고 있다고 보는 것인 타당함에도, 처분청이 단지 소프트웨어개발업 등과 직접 관련한 수입금액이 발생하지 아니하였다 하여 법인세액의 환급을 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

 

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.