최근 조세심판원에서는 연말정산을 이행한 근로소득자라면 일부 신고를 누락했다고 하여 무신고로 보아 국세부과제척기간 7년을 적용해 과세한 것은 잘못이라고 판단했다<2011서 0254, 2011. 3. 25>.

조세심판원에 따르면 A씨는 2003년과 2004년 B주식회사에 근무하면서 발생한 근로소득에 대해 각 과세연도별로 근로소득을 연말정산해 종합소득세를 신고·납부했다.

그러나 K지방국세청장이 외국계기업 임직원 주식매수선택권 행사에 따른 소득 실태 점검시 A씨가 2003년과 2004년 주식매수선택권 행사이익을 신고하지 않은 것을 확인해 처분청에 과세자료를 통보했고 처분청은 A씨에게 2003년 귀속 종합소득세 1219만9080원과 2004년분 1538만6790원을 경정·고지했다.

A씨는 이에 불복해 심판청구를 제기했다.

이에 대해 심판원은 결정문을 통해 “처분청은 A씨가 무신고한 것으로 보아 국세부과제척기간을 7년으로 적용해야 한다는 한다는 의견이지만 A씨는 연말정산을 통해 납세의무가 종결되는 근로소득자”라며 “연말정산 과정에서 근로소득을 과소신고한 것”이므로 “국세기본법 제26조의2 제1항 제2호에서 규정하고 있는 ‘납세자가 법정신고기한내 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우’로 보기 어렵다”고 판단했다.

또한 “동법 제1항 제1호 ‘사기 기타 부정한 행위’는 조세 부과·징수를 불가능하게 하거나 기타 부정한 적극적인 행위를 말하는 것이지 단순히 세법상 신고를 하지 아니함에 그친 것은 포함되지 않는다”면서 “A씨에 대해 5년의 국세부과제척기간을 적용해야 할 것”이라며 “A씨의 손을 들어줬다.