[사건번호] 조심 2011서1134
[일자] 2011.07.05

[요약]

[주문]

○○세무서장이 2010.9.1. 청구인에게 한 2008년 제1기 부가가치세 60,865,220원 및 2008년 제2기 부가가치세 21,630,400원의 부과처분은 이를 취소한다.



[이유]

1. 처분개요

가. 청구인(현○○, 오○○)은 2008.2.18. 상가신축판매업으로 사업자등록하고 ○○ 대지 193.9㎡ 제1종 및 제2종 근린생활시설(이하 “쟁점건물”이라 하고 토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)로 2007.11.30. 건축허가를 받아 2008.5.16. 신축하여 분양하였으며, 쟁점부동산을 토지가액과 건물가액으로 안분하여 쟁점건물에 대한 2008년 제1기 및 제2기 부가가치세를 신고·납부하였다.

나. 처분청은 청구인이 쟁점부동산의 토지가액과 건물가액을 임의로 안분하여 건물가액이 토지가액에 비하여 너무 낮게 산정되어 합리적이지 못한 것으로 보고, 「부가가치세법 시행령」 제48조의2에 따라 기준시가에 의거 토지가액과 건물가액을 안분 계산하여 2010.9.1. 청구인에게 2008년 제1기 부가가치세 60,865,220원 및 2008년 제2기 부가가치세 21,630,400원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.11.9. 이의신청을 거쳐 2011.3.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 당초 주택신축 허가를 받으려 하였으나 용적률(주차장면적) 부족으로 부득이 근린생활시설로 건축허가를 받았으며, 기본 골격은 주택으로 시공하였고, 각 호의 난방시설을 미리 완성하여 사용승인 받은 후 내부시설을 완비하여 실수요자에게 분양하였다.

실질적인 주택으로 사용하기 위한 주방, 화장실 배관이 매립형으로 시공되었고, 쟁점건물 분양 이전에 청구인과 임차인간에 이미 주거용으로 임대차계약이 이루어진 점으로 볼 때, 분양일 이전에 가스공급시설, 오하수 배관, 전기배선 등이 시공 당시에 완공되었고, 주방시설, 화장실, 가스보일러 등 내부시설이 모두 갖추어진 주거형태로 분양되었음을 확인할 수 있다.

부가가치세 면제의 기준이 되는 「조세특례제한법」 제106조 제1항 제4호에 따른 국민주택은 「주택법」상 주택의 면적에 대한 규정만을 준용하고 있는 것으로 불법개조, 무허가주택의 경우에도 「주택법」에서 정하는 국민주택 규모 이하라면 부가가치세를 면제함이 타당하며(대법원 93누7075, 1993.8.24., 재무부 소비 22601-937, 1998.10.27.), 조세심판례(조심 2008서2262, 2009.2.11.)에서도 다중주택으로 건축허가를 받아 준공되고, 일반건축물대장에 용도도 다중주택으로 등재되어 있는 경우에도 건축물이 각 가구마다 출입문이 별도로 되어 있고, 화장실, 싱크대 등 주방시설이 별도로 갖추어져 있으며, 외부에 노출되지 않게 각 가구마다 독립된 주거생활을 할 수 있도록 물리적으로 6～7평 정도의 원룸주택으로서 다가구주택과 차이가 없다면 「조세특례제한법」 제106조에서 규정한 부가가치세 면제대상 주택으로 보아야 한다고 결정한 바 있다.

청구인이 쟁점부동산에 대하여 부가가치세가 과세되는 재화로 세금계산서를 발행한 후 부가가치세를 신고한 것은 건축허가시 근린생활시설로 허가되어 과세사업자로 사업자등록을 할 수 밖에 없었고 부가가치세가 면제되는 국민주택규모 이하인 것을 알면서도 부득이 입주자가 부담하게 되어 있는 부가가치세를 공급자인 신청括� 부담하면서 부가가치세를 신고·납부한 것이므로 쟁점건물을 근린생활시설로 보아 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인은 상가신축판매업으로 사업자등록하였고, 건축물대장에 쟁점건물의 용도가 제1종 및 제2종 근린생활시설(소매점과 사무소)로 되어 있으며, 건물등기부등본에도 근린생활시설로 표기되어 있는 사실로 보아 쟁점건물을 신축하여 주택으로 용도 변경한 것이 아니라 당초부터 근린생활시설로 사용하기 위하여 신축한 것으로 보이며, 용산구청장이 발급한 건축물대장에는 동일한 날짜에 위반건축물이 표기되지 않은 것으로 보아 당초부터 주택으로 신축하였다고 보기 어렵고, 또한 쟁점건물 B04호는 2008.6.17. 임○○이 취득하여 2008.11.14. 최○○에게 양도할 때 쟁점건물을 기타 건물로 양도한 점, 청구인이 증빙으로 제출한 쟁점건물 사진은 불법으로 주택을 개조하여 사용하고 있을 뿐이고, 건축허가상 용도 위반해서 벌과금을 부과당한 것은 건축허가시 용도로 원상 복구할 의무가 있는 사항으로 그 사실만으로 주택으로 볼 수 없으므로 쟁점건물을 근린생활시설로 보아 과세한 처분은 정당함

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

건축물대장에 제1종 및 제2종 근린생활시설(사무소 등)로 되어 있는 쟁점건물이 신축 당시부터 사실상 주택(국민주택규모 이하)으로 분양된 것으로 보아 부가가치세가 면제되는지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제14조 【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

(2) 부가가치세법

제1조 【과세대상】① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.

1. 재화 또는 용역의 공급

제6조 【재화의 공급】① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

② 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기의 사업을 위하여 직접 사용ㆍ소비하는 경우에 대통령령이 정하는 것은 재화의 공급으로 본다.

(3) 조세특례제한법

제106조 【부가가치세의 면제 등】 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호 내지 제3호 및 제9호의 규정은 2009년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용하고, 제4호의2의 규정은 2008년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용하며, 제8호의 규정은 2010년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 분에 한하여 이를 적용한다.

4. 대통령령이 정하는 국민주택 및 당해 주택의 건설용역(대통령령이 정하는 리모델링 용역을 포함한다)

(4) 조세특례제한법 시행령

제51조의2 【자기관리부동산투자회사 등에 대한 과세특례】③ 법 제55조의2 제4항에서 “대통령령이 정하는 규모”라 함은 「주택법」에 따른 국민주택 규모(재정경제부령이 정하는 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한 면적을 말한다)를 말한다.

제106조 【부가가치세 면제 등】④ 법 제106조 제1항 제4호에서 ＂대통령령이 정하는 국민주택 및 당해 주택의 건설용역＂ 이라 함은 다음 각호의 것을 말한다.

1. 제51조의2 제3항에 규정된 규모 이하의 주택

(5) 주택법

제2조 【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. “국민주택”이란 제60조에 따른 국민주택기금으로부터 자금을 지원받아 건설되거나 개량되는 주택으로서 주거의 용도로만 쓰이는 면적(이하 “주거전용면적”이라 한다)이 1호(戶) 또는 1세대당 85제곱미터 이하인 주택(「수도권정비계획법」 제2조 제1호에 따른 수도권을 제외한 도시지역이 아닌 읍 또는 면 지역은 1호 또는 1세대당 주거전용면적이 100제곱미터 이하인 주택을 말한다. 이하 ＂국민주택규모＂ 라 한다)을 말한다. 이 경우 주거전용면적의 산정방법은 국토해양부령으로 정한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2008.2.18. 상가신축판매업으로 사업자등록하고 쟁점부동산에 2007.11.30. 근린생활시설로 건축허가를 받아 2008.5.16. 신축하여 분양하였으며, 쟁점부동산을 토지가액과 건물가액으로 안분하여 쟁점건물에 대한 2008년 제1기 및 제2기 부가가치세를 신고·납부하였으나, 처분청은 「부가가치세법 시행령」 제48조의2에 따라 기준시가에 의거 토지가액과 건물가액을 안분 계산하여 2010.9.1. 청구인에게2008년 제1기 부가가치세 60,865,220원 및 2008년 제2기 부가가치세 21,630,400원을 고지한 사실이 경정결의서 등에 나타난다.

(2) 청구인은 쟁점건물을 주택으로 분양하려 하였으나 용적률 부족으로 부득이하게 근린생활시설로 완공허가를 받고 다시 난방공사하여 실제로는 주택으로 분양하였다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

(가) 국세통합전산망에 의하면, 청구인은 2008.2.18. 쟁점부동산 소재지를 사업장으로 하여 상가신축판매업으로 사업자등록을 하였고, 2008.5.16. 쟁점건물을 신축하여 분양한 후 2008.12.31. 폐업한 것으로 나타난다.

(나) 집합건축물대장에 의하면, 쟁점건물은 대지 193.9㎡, 지하 1층～지상 3층 제1종 및 제2종 근린생활시설로서, 2008.5.16. 사용승인되어 2008.6.5. 대장이 생성되었으며, 건축 허가사항을 위반하여 적발된 내용은 아래 <표>와 같이 나타난다.

○○

(다) 청구인의 쟁점건물에 대한 2008년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고 현황은 아래 <표>와 같으며, 2008년 제1기 쟁점건물에 대한 매입세액을 공제받은 것으로 나타난다.

○○

(라) 과세자료처리 복명서에 의하면, 쟁점부동산의 양도로 인한 건물분 매출 신고 현황 등은 아래 <표>와 같이 나타난다.

○○

(마) 청구인이 제출한 쟁점건물의 층별 각 호수별 사진에는 주방, 화장실 등 주거시설이 설치되어 있는 것으로 나타나며, 건축기사 문○○의 확인서(2010.11.3.)에 의하면, 쟁점건물을 현장 확인한 결과, 사용승인된 설계도면과 다르게 각 호실 내부에 별도의 싱크대 및 화장실이 설치되어 있고, 현재 시공된 급수 및 오·하수배관을 확인한 결과, 구조적으로 건물완공 이후에는 재설치가 불가능한 매립형으로 시공되어져 있음을 확인하고 있으며, 도시가스 공급예정 확인원(2010.10.20.)에는 분담금납부일이 2008.5.13.이고, ○○가 청구인에게 2008.7.17. 공급예정일로 하여 가스계량기 15전에 대한 공급확인을 한 것으로 나타난다.

(3) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 보면, 「조세특례제한법」 제106조 제1항 제4호 및 같은 법 시행령 제106조 제4항 제l호, 같은 영 제51조의2 제3항, 「주택법」 제2조 제3호에 의하면, 주택이란 세대의 세대원이 장기간 독립된 주거생활을 영위할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지를 말하며, 주택으로서 주거의 용도로만 쓰이는 면적이 1호 또는 1세대당 85제곱미터 이하인 주택을 국민주택이라 하여 그 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정 하고 있고, 「국세기본법」 제14조 제2항이 “세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다”고 하여 실질과세의 원칙을 규정하고 있음에 비추어 볼 때, 어떠한 건축물의 용도가 부가가치세 면제대상인 국민주택에 해당하는지 여부는 건축허가에서 정한 용도나 공부상의 용도를 기준으로 할 것이 아니라 당해 건축물의 실제 용도를 기준으로 판단하여야 할 것인 바(대법원2010두9037, 2010.9.9. 참조).

처분청은 청구인이 쟁점건물을 근린생활시설로 신축허가를 득하고 근린생활시설로 분양한 후, 부가가치세를 신고·납부하였으므로 주택으로 분양한 것으로 보기 어렵다 하여 과세하였으나, 쟁점건물에 시공된 급수 및 오·하수 배관이 완공 후 재설치가 불가능한 매립형으로 시공되었고, 사용승인 설계도면과 다르게 싱크대, 화장실이 설치되어 있는 것으로 건축기사가 확인하고 있는 점, 쟁점건물의 각 호수별로 가스계량기가 설치되어 있는 점, 건축물대장에 ○○구청으로부터 위반건축물로 표기되어 있는 점, 쟁점건물의 내·외부를 촬영한 사진자료에서 쟁점건물이 실제 주거용으로 사용된 것으로 나타나는 점 등으로 볼 때, 청구인이 쟁점건물을 신축할 때부터 근린생활시설이 아닌 주택으로 분양하기 위한 것으로 보이며, 비록 청구인이 쟁점건물의 용도를 근린생활시설로 하여 건축허가 및 사용승인을 받았고, 건축물대장에 근린생활시설로 등재되어 있다 하더라도 그 실질적인 용도는 처음부터 주택이라 할 것이고, 주택으로 사용되는 쟁점건물은 「조세특례제한법」제106조 제1항 제4호 등에서 규정하는 부가가치세가 면제되는 국민주택의 공급에 해당되는 것으로 판단된다.

따라서, 처분청이 쟁점부동산의 분양에 대하여 근린생활시설로 신축하여 공급한 것으로 보아 청구인에게 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.