[사건번호] 심사양도 2011-91 [일자] 2011.07.15 [제목] 매매대금의 99%가 지급된 때를 양도시기로 볼 수 있는 것임 [요약] 1차 잔금지급일에 매매대금 중 대부분인 99%를 지급받았고, 매매계약 조건에 따라 토지사용동의서를 발급하면서 당해 토지를 명도하기로 하였으며, 1차 잔금일에 매수법인이 쟁점토지에 청구인을 채무자로 하여 토지매매대금의 130%에 해당하는 금액에 대하여 근저당권을 설정하였으므로 사실상 1차 잔금지급일에 당해 토지를 양도한 것임 [주문] [이유] 1. 처분내용 청구인은 @@시 QQ구 GG읍 NN리 38-3번지 외5필지(14,772㎡,이하 “쟁점토지”라 한다)를 1995.11.20. 상속으로 취득하여 보유하다가 2006.4.26. 학교법인 SA학원(NSS대학교, 이하 “매수법인“이라 한다)에 실지거래가액 4,468백만원에 양도하는 것으로 계약을 체결한 후, 2009.12.16. 매수법인으로부터 2차 잔금 44,700천원을 지급받고 쟁점토지의 양도시기를 2009.12.23.로 하여 양도소득세 예정신고를 하면서 산출세액 1,036,419,066원 중 2억원에 대하여 조세특례제한법 제69조 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 신청하였다. 처분청은 청구인이 쟁점토지의 양도대금 99%(계약금·중도금·1차 잔금의 누계액)에 해당하는 4,423,300,000원을 2006년 4월～5월에 수령하였다 하여 쟁점토지의 양도시기를 1차 잔금지급시기인 2006.5.26.로 보아 2011.2.9. 청구인에게 2006년 과세연도 양도소득세 641,786,710원을 경정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2011. 3. 24. 이 건 심사청구를 제기하였다. 2. 청구주장 청구인은 매수법인과 쟁점토지의 매매계약을 체결할 당시 농지법에 의거 소유권 이전이 불가하여 학교시설결정 후 도시계획사업 시행변경허가를 받아 소유권이전이 가능할 때 소유권이전서류를 교환하면서 잔금 44,700천원을 받기로 하였고, 잔금수령일이 2009.12.16.까지 지연된 사유는 매수법인에서 부지매입지연으로 학교시설 결정사업이 늦어졌기 때문이다. 청구인은 잔금수령일까지 쟁점토지를 직접 경작하면서 직불보상금도 수령하였고, 재산세도 2006년부터 2009년까지 4년간 매년 100만원 이상을 계속 부담하면서 실제 소유권을 행사하였으며, 계약조건 중 “매도인은 1차 잔금수령일 이후 소유권을 주장하지 않는다”는 조건과 근저당권을 설정한 것은 실제 소유권이 매수법인에게 귀속된다는 것이 아니라 청구인이 쟁점토지를 이용하여 사해행위를 못하도록 방지하기 위한 조항에 불과한 것이다. 또한, 청구인이 1차 잔금 지급시기인 2006.5.26.에 매매대금의 99%를 수령하였다 하여도 남은 1%인 44,700,000원은 사회통념상 소액이 아니기 때문에 대가적 급부가 전부 이행되었다고 볼 수 없으며, 대법원판례의 취지는 최종잔금일이 양도시기 이지만 사실상 매매대금이 수수되었으면서도 소액의 일부 잔금을 이용해 조세회피하려는 것에 대해 제동을 걸기 위한 것이지 청구인과 같이 선량한 납세자까지도 이를 근거로 세금을 부과하기 위한 것은 아닐 것이므로 처분청이 쟁점토지의 양도시기를 2006.5.26.로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다. 3. 처분청 의견 원칙적으로 양도시기는 「소득세법 시행령」제162조에서 규정하는 바와 같이 잔금을 청산한 날이나, 양도에 대한 대가가 사회통념상 거의 지급되었다고 볼만한 정도의 대금 지급이 이루어졌다면 그 대가가 지급된 시기를 양도로 볼 수 있는 것(대법원88누8609, 1987.7.11. 같은 뜻)인 바 이 건의 경우 청구인이 1차 잔금지급일(2006.5.26.)까지 매수법인으로부터 쟁점토지의 매매대금 중 대부분인 99%를 지급받았으므로 이 때를 양도시기로 보는 것이 타당하다. 청구인은 2차 잔금지급일까지 쟁점토지의 재산세를 부담하고 자경해 오면서 쟁점토지의 소유권을 행사하였다고 주장하나, 매매계약 조건에 의하면, 소유권 이전일 이전에 부과되는 세금은 청구인이 납부하는 것으로 명시되어 있고, 1차 잔금지급일에 쟁점토지를 매수법인에게 명도하고 1차 잔금지급일로부터 매수법인의 교육용 재산으로 사용하며, 청구인은 어떠한 경우라도 소유권을 주장하지 않을 것을 매매조건으로 하고 있는 것으로 보아 청구인이 1차 잔금지급일에 쟁점토지의 토지사용을 승낙한 것으로 보여지며, 매수법인이 쟁점토지의 소유권을 확보하고자 1차 잔금지급일에 청구인을 채무자로 하여 토지매매대금의 130%에 해당하는 금액에 대하여 근저당권을 설정한 사실로 보아 1차 잔금이 지급된 시점에 청구인의 쟁점토지에 대한 소유권이 사실상 상실된 것으로 보여지므로 2006.5.26.을 양도시기로 보아 양도소득세를 과세한 당초처분은 정당하다. 4. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점토지의 양도시기를 매매대금의 99%가 지급된 때로 볼 수 있는 지 여부를 가리는 데 있다. 나. 관련법령 1) 소득세법 제98조【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. 2) 소득세법 시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】 ① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다. 1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일 2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일 3. 재정경제부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일·인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날 다. 사실관계 1) 청구인은 1995.11.20. 쟁점토지를 상속받아 2006.4.26. 매수법인에게 실지거래가액 4,468백만원에 양도계약을 체결하였으며, 2009.12.16. 매 수법인으로부터 2차 잔금 44,700천원을 지급받고 쟁점토지의 양도시기를 등기이전일인 2009.12.23.로 하여 양도소득세를 예정신고하였다. 2) 부동산매매계약서상 제3조에서 「쟁점토지의 명도는 1차 잔금 지급일에 명도하기로 한다」고 기재되어 있고, 제4조에서는 「매도인은 1차 잔금시까지 쟁점토지에 관련된 채무 및 제세공과금을 변제하기로 한다」고 기재되어 있다. 3) 쟁점토지의 『매매 계약조건』제2항에서 「쟁점토지에 대하여 남서울대학교에서 교지로 사용할 수 있도록 매도인은 1차 잔금 수령시 별첨 토지사용동의서(인감증명서첨부)를 발급한다」고 기재되어 있고, 제3항에서 「1차 잔금 지급일로부터 학교법인 SA학원 교육용 재산으로 사용하며, 모든 권한은 학교법인 SA학원에서 갖는다. 매도자 및 상속인은 어떠한 경우라도 권리 주장 및 권한 행사 등 소유권을 주장하지 않는다」고 기재되어 있으며, 제5항에서 「토지를 학교법인 SA학원에서 매수하였으나 현재 소유권이전이 불가하므로 매수인이 지정하는 법무사사무실에서 1차 잔금을 지급하고 본 토지매매대금의 130% 금액에 해당하는 금원으로 근저당권 설정계약을 체결하며, 근저당권 설정등기를 한다. 단, 근저당권 설정 비용은 매수인이 부담한다」고 기재되어 있다. 그리고, 제7항에서 「2차 잔금 44,700,000원은 학교시설결정 및 사업시행허가로 소유권이전이 가능할시 이전서류와 교환하기로 한다」고 기재되어 있고, 제10항에서 「지상물건(건물, 창고, 과수목, 정원수목 등 기타 지상 제반 시설물일체)은 모두 본 계약에 포함되었으며 어떠한 조건이나 이유를 제기할 수 없고 1차 잔금 지급 후에는 본 재산에 대한 모든 권한을 매수인이 갖는다」고 기재되어 있으며, 제11항에서「현 과수원의 과수목 수확물은 매도자가 갖고, 2006.11.30. 이후에는 매수자의 소유물로 하며, 이후 토지 및 지상물에 대하여 소유권을 주장하지 않는다」고 기재되어 있다. 4) 2010.7.23. @@시 도시계획위원회에서 NSS대학교 시설결정이 통과되었고, 쟁점토지가 2010.8.2. NSS대학교 교육용 교지로 고시(QQ시 제2010-154)된 사실이 청구인이 제시한 천안시의 공문에 의하여 확인된다. 5) 처분청은 현지확인 결과, 쟁점토지에 대한 자경농지에 대한 양도소득세 감면은 인정하였으나, 청구인이 쟁점토지의 양도대금 99%(계약금·중도금·1차 잔금의 누계액)에 해당하는 4,423,300,000원을 2006년 4월～5월에 수령한 사실이 확인되어 과세사실판단자문위원회를 거쳐 쟁점토지의 양도시기를 1차 잔금수령일인 2006.5.26.로 하여 양도소득세를 경정·고지한 사실이 경정결의서에 의하여 확인된다. 6) 처분청의 과세사실판단자문위원회에서는 쟁점토지의 양도시기에 대하여 ‘1차 잔금지급일에 쟁점토지를 명도하기로 하였고, 매매계약조건상 1차 잔금지급일부터 매수법인의 재산으로 사용하며, 청구인은 어떠한 경우라도 소유권을 주장하지 않는다고 명시되어 있는 점과, 원칙적인 양도시기는 잔금청산일이나 양도의 대가가 사회통념상 거의 지급되었다고 볼만한 정도의 대금지급이 이루어졌다면 그 대가가 지급된 시기를 양도로 볼 수 있을 것이고(대법원88누8609, 1989.7.11. 같은 뜻), 쟁점토지의 매매대금 99%가 지급된 2006.5.26.에 매수법인을 근저당권자로 설정하여 청구인이 쟁점토지의 소유권을 행사하지 않도록 하였기에 양도시기는 2006.5.26.로 봄이 타당하다고 2010.11.29. 의결한 사실이 의결서에 의하여 확인된다. 7) 쟁점토지 중 @@시 QQ구 GG읍 NN리 38-3번지, 동소 38-1번지, 동소 39-3번지, 동소 56번지는 2010.8.24.에 소유권이 이전되었고, 나머지 토지는 2009.12.23.에 소유권이 이전되었음이 등기부등본에 의해 확인된다. 8) 2010.12.22. 매수법인의 이사장이 작성한 『잔금지급지연사유서』에 의하면, 「쟁점토지의 매입당시 농지법에 의거 소유권 이전이 불가하여 매매계약조건 제6항, 제7항에 따라 학교시설결정 및 사업시행허가로 소유권 이전이 가능할 시 잔금을 지급하기로 하였으나, 교지 예정부지내의 개인사유토지 매입이 지연되어 학교시설결정 사업이 늦어지게 되었고, 2010.8.2. 학교시설결정이 통과되어 교육용교지로 고시 받음으로써 소유권이전이 가능하게 되어 잔금을 지연하여 지급한 것이다」라고 기재되어 있다. 또한, 2011년 3월 매수법인의 이사장이 작성한 『확인서』에 의하면, 「매매계약체결시 첨부된 계약조건과 달리 2006.5.26. 1차 잔금(법적 2차 중도금) 지급일부터 2009.12.16. 최종 잔금지급일까지 매도인으로부터 6개필지를 명도받아 교육용재산으로 사용하지 못하고, 매도인이 계속 경작하면서 경작지의 수확물도 매도인의 소유로 하였으며, 계약조건처럼 매도인이 토지에 대한 재산세도 부담하는 등 이 건 토지에 대해 매수법인이 소유권을 행사하거나 소유권과 관련된 의무를 부담한 사실이 없음을 확인한다. 그리고, 이 토지에 대해 2006.5.26. 매매대금의 99%가 지급되었지만 천안시의 도시계획 승인이 늦어짐에 따라 즉시 소유권 이전이 불가능한 관계로 매도인이 이 토지와 관련된 매수법인에 대한 사해행위를 방지하기 위해 근저당권을 설정한 것임을 확인함니다」고 기재되어 있다. 9) 청구인은 쟁점토지의 최종 잔금청산일은 2009.12.16.이고 최종 잔금청산일까지 청구인이 쟁점토지의 소유권을 행사하였다고 주장하면서 쟁점토지의 제세공과금 납부내역, 쌀소득보전금 수령내역이 나타나는 납부영수증, 예금계좌사본, 과세내역서 등을 제시하였다. 라. 판단 원칙적으로 양도시기는 「소득세법 시행령」제162조에서 규정하는 바와 같이 잔금을 청산한 날이나, 양도에 대한 대가가 사회통념상 거의 지급되었다고 볼만한 정도의 대금지급이 이루어졌다면 그 대가가 지급된 시기를 양도로 볼 수 있는 것(대법원 88누8609, 1989.7.11. 같은 뜻)인 바, 이 건의 경우 청구인이 1차 잔금지급일(2006.5.26.)까지 매수법인으로부터 쟁점토지의 매매대금 중 대부분인 99%를 지급받았고, 쟁점토지의 매매계약 조건에 따라 1차 잔금지급일에 토지사용동의용 인감증명서를 첨부하여 토지사용동의서를 발급한 점, 1차 잔금일에 매수법인이 쟁점토지에 청구인을 채무자로 하여 토지매매대금의 130%에 해당하는 금액에 대하여 근저당권을 설정한 점, 1차 잔금일 이후에 청구인은 어떠한 경우라도 소유권을 주장하지 않는다고 한 점, 1차 잔금일에 쟁점토지를 매수법인에게 명도하기로 한 점 등에 비추어 청구인이 1차 잔금지급일에 쟁점토지의 토지사용 승락과 함께 모든 권리를 매수법인에게 양도한 것으로 보아야 할 것이다. 따라서, 처분청이 1차 잔금지급일인 2006.5.26.을 쟁점토지의 양도시기로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 5. 결론 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.