서면 제출 기업 3만개, 20일까지 세무서 방문해야
퇴직자, 기업폐업시 6월 말까지 종소세 신고로 환급금 받아야

연말정산 보완대책을 담은 소득세법 개정안이 지난 13일부터 시행됨에 따라 원천징수의무자인 기업이 2014년 귀속 연말정산 재정산 작업에 본격적으로 착수했다.

연말정산 재정산은 일부 퇴직자를 제외하고는 기업이 작업해 국세청에 신고하면 마무리된다.

이 때문에 국세청은 14일 연말정산 재정산 환급업무와 관련한 브리핑을 여는 등 기업 회계담당자들이 재정산 절차를 쉽게 인지할 수 있도록 홍보활동에 총력을 기울이고 있다.

연말정산 재정산을 할 수 있는 자체 또는 상용 프로그램이 없거나 세무대리인 이 없는 기업은 국세청 민원사이트인 홈택스에서 재정산 프로그램을 내려받아 사용하면 된다. 해당 기업은 6만개 정도로 추산된다.

전자신고를 하지 않고 세무서에 지급명세서를 서면으로 제출한 3만개의 영세기업은 오는 20일까지 세무서를 방문하면 개정세법을 반영해 재계산된 지급명세서를 수령할 수 있다.

국세청은 이들 영세기업을 상대로 신고 안내문을 발송 중이다.

자체적으로 프로그램을 개발했거나 상용 프로그램을 이용하는 회사는 국세청이 소득세 개정안에 맞게 안내한 '전산매체 제출 요령'에 따라 프로그램을 수정하면 된다.

'전산매체 제출 요령'은 국세청 홈페이지에 게시돼 있으며, 재정산 대상자는 홈택스에서 조회할 수 있다.

기업은 재정산과정에서 지난 2월 근로자가 제출한 연말정산 신고서를 활용하면 된다. 다만, 지난해 입양을 한 근로자에 대해서는 입양관계증명서나 입양증명서를 제출받아야 한다.

국세청은 자체 프로그램을 보유한 기업에 대해선 재정산 프로그램을 지원하지 않는다.

5월에 종합소득세 신고와 근로·자녀장려금 신청 등 각종 세무신고가 집중돼 홈택스가 과부하될 수 있기 때문이다.

5월에 원천징수한 세금이 환급금보다 미달하는데다 자체 자금이 부족해 환급금이 부족한 기업은 6월 10일까지 세무서에 환급금을 신청하면 지원받을 수 있다.

지난해 기준으로 이직자는 현재 근무지에서 재정산이 돼야 한다. 이전 근무지에서 재정산이 이뤄지면 중복환급이 될 수 있어 가산세를 물 수 있다.

퇴직자는 2월에 연말정산을 한 회사에서 재정산을 맡는 게 원칙이지만, 회사와 연락이 안 되거나 회사가 폐업했을 경우, 6월 말까지 종합소득세 신고를 통해 환급금을 신청할 수 있다.

퇴직자는 6월 15일 이후 홈택스에서 주민등록번호와 이름을 입력해 재정산 대상 여부를 조회할 수 있다.

재정산을 마친 기업은 수정된 원천징수영수증을 5월 말까지 지급해야 한다. 또 6월 10일까지 지급명세서와 원천징수이행상황신고서를 홈택스나 세무서로 제출해야 한다.

    김봉래 국세청 차장은 "연말정산 재정산은 기업체가 근로자를 대신하기 때문에 기업에 대한 지원을 위해 비상체제를 가동해왔다"면서 "새로운 홈택스의 과부하 문제가 5월 말께 발생할 것으로 예상돼 관련 준비를 하고 있다"고 말했다.