이동통신사가 지급하는 휴대전화 단말기 보조금은 부가가치세 부과 대상으로 볼 수 없다는 대법원 판단이 나왔다.

대법원 취지대로 판결이 확정되면 KT는 2006∼2009년분 부가가치세 1천144억9천794만원을 돌려받게 된다.

대법원 3부(주심 김용덕 대법관)는 KT가 보조금에 부과된 부가가치세를 환급하라며 전국 세무서 13곳을 상대로 낸 소송에서 원심을 깨고 원고 승소 취지로 사건을 서울고법에 돌려보냈다고 4일 밝혔다.

대리점은 KT에서 단말기를 출고가격으로 공급받고서 보조금 지원요건이 되는 가입자에게는 보조금을 뺀 가격에 단말기를 팔고 판매대금을 KT에 지급했다.

KT는 애초 보조금을 과세표준에 포함해 부가가치세를 납부했다. 이후 보조금에 부과된 액수만큼 감액과 환급을 요구했다가 받아들여지지 않자 소송을 냈다.

재판부는 보조금이 세법상 '에누리액'에 해당해 세금부과 대상이 아니라고 봤다. 부가가치세법은 '공급 당시 통상의 공급가액에서 일정액을 직접 공제하는 금액'인 에누리액을 과세표준에서 제외하고 있다.

재판부는 "KT와 대리점 사이에 보조금만큼 할인 판매하는 조건으로 보조금 상당액을 감액해 결제하는 약정이 있었다고 볼 수 있다"며 "결국 보조금은 KT의 단말기 공급가액에서 직접 공제되는 가액에 해당한다"고 판시했다.

재판부는 "보조금이 이동통신용역 공급거래에서 수익을 얻기 위한 목적이라고 해도 일정 기간 공급을 조건으로 직접 공제된 이상 단말기 공급과 관련된 에누리액"이라고 설명했다.

이어 "KT가 보조금을 판매장려금 등으로 계상하고 단말기 공급가액 감소에 따른 수정 세금계산서를 발급하지 않았더라도 이는 보조금을 에누리액으로 보지 않던 당시 과세행정을 고려한 부득이한 조치로 볼 수 있다"고 덧붙였다.

세무당국은 보조금을 과세표준에서 제외하면 보조금 경쟁이 과열되는 등 정부정책과 어긋나고 이동통신사간 공평과세를 저해한다고 주장했으나 받아들여지지 않았다.

하급심에서는 보조금을 에누리액으로 보느냐에 따라 판결이 엇갈렸다. 1심은 대법원처럼 에누리로 봤다. 2심은 "직접 공제가 아닌 채권 상계 방식으로 단말기 대금이 정산되는 것으로 보인다"며 세무당국의 손을 들어줬다.

SK텔레콤도 보조금에 부과된 각각 2천900억원대의 부가가치세를 환급해달라는 소송을 2014년 8월 제기해 1심이 진행 중이다. LG유플러스 역시 보조금에 매겨진 400억원대의 부가가치세를 돌려달라는 소송을 2011년에 제기해 현재 1심이 진행되고 있다