40대 남성 A씨는 작년 10월초 위례신도시의 87㎡ 아파트 분양권(분양가 5억 9천870만원)을 프리미엄 7천만원을 얹어 사들였다.

당시 관할 구청에 내야 할 지방세를 문의했더니 '프리미엄은 취득세 과세표준(부과 대상 금액)에 포함되지 않아 700만원대 초반'이라는 답변을 받았다. 세무사에 알아본 결과도 이와 다르지 않았다.

그러나 지난달 1일 입주자 집단 등기 후 부과된 취득세 내역을 본 A씨는 자신의 눈을 의심했다. 실제 부과된 취득세와 그에 연동된 지방세(지방교육세, 농어촌특별세)가 예상의 2배가 넘는 1천550만원이나 됐다.

A씨가 예상치 못한 취득세 '폭탄'을 맞은 것은 구청과 세무사의 설명과 달리 분양권 프리미엄 7천만원이 세액 계산에 반영됐기 때문이다.

17일 행정자치부 등에 따르면 작년 11월9일 행자부는 분양권 프리미엄을 취득세 과세표준에 반영하도록 하는 지침을 전국 자치단체에 통보했다.

종전에는 대부분 지자체들이 분양권을 사서 아파트를 취득한 납세자에게 실거래가(분양가+옵션가격+프리미엄) 중 프리미엄을 제외한 가격을 기준으로 취득세를 물렸다.

그러나 지방세법령(지방세법시행령 제18조1항)을 보면 실제 취득가격을 기준으로 취득세를 매기는 것이 옳다는 게 행자부의 설명이다.

행자부의 한 관계자는 "지난해 부동산 시장이 가열되는 중에 세종시와 인천시 등 몇몇 자치단체가 이 문제를 행자부에 질의한 것을 계기로 프리미엄도 취득세에 반영된다는 유권해석을 담은 지침을 마련, 모든 자치단체에 보냈다"고 말했다.
프리미엄을 취득세 과세표준에 반영하는 지침은 그날로 바로 적용됐다.

취득세 부과 기준이 변경됨에 따라 A씨 아파트의 과세표준이 6억원을 훌쩍 넘기게 됐고, 그에 따라 세율도 1%가 아닌 2%로 2배가 돼 지방세 폭탄을 맞게 된 것이다.

주택을 취득할 때 부과되는 지방세(취득세, 지방교육세, 농어촌 특별세)는 과세표준 6억원을 기준으로 그 이하는 1.1%(85㎡ 이하) 또는 1.3%(85㎡ 초과)이지만 6억원 초과 9억원 이하는 2.2%(85㎡ 이하) 또는 2.4%(85㎡ 초과)가 적용된다. 9억원이 넘으면 3.3%(85㎡ 이하) 또는 3.5%(85㎡ 초과)를 문다.

행자부 관계자는 "일반적인 주택 거래에서 취득한 가격대로 취득세를 부과하는 것과 비교하면 프리미엄에도 취득세를 매기는 게 형평에 맞다"고 강조했다.

그러나 '마이너스 프리미엄', 즉 분양가보다 싸게 분양권을 취득한 경우에는 분양가대로 취득세를 부과한다.

분양가가 전매가격보다 더 높다면 분양가를 부동산 취득 가격으로 해석해야 한다는 대법원 판례 때문이다.

행자부의 취득세 부과 기준이 타당하다고 해도 분양권 매수자 입장에서는 사실상 증세에 해당하는 제도변경을 하면서도 예고조차 하지 않은 것은 논란이 되는 부분이다.

더욱이 A씨는 작년 10월 초에 전매 절차를 완료하고 신고를 했는데도 완공 및 등기가 새 지침 적용 이후였기 때문에 예상의 2배가 넘는 지방세 고지서를 받았다.

A씨는 "이렇게 중요한 기준 변경을 예고조차 없이 시행하다니 어처구니가 없다"고 분통을 터뜨렸다.

민원이 제기되자 행자부는 A씨처럼 11월9일 이전에 분양권을 취득한 경우에는 종전대로 프리미엄을 과표에 반영하지 않는 보완책을 뒤늦게 내놨다.

행자부 관계자는 "위례나 세종시처럼 거액의 프리미엄이 붙는 단지가 아니라면 취득세 부담 증가는 크지 않을 것"이라고 덧붙였다.