근로자를 정규직으로 전환하는 중소기업에 적용되는 세액공제 혜택이 최대 3년 연장되는 방안이 검토된다.

주식 양도소득에 대해서는 전면과세한다는 정부 방침에 따라 과세대상이 단계적으로 확대되고, 내년부터 시행하기로 한 연 2천만원 이하 월세 임대소득에 대한 과세도 2∼3년 미뤄질 전망이다. 

20일 기획재정부와 관련부처에 따르면 정부는 이달 말 발표할 세제개편안에 중소기업 지원 등 민생안정을 위한 세제지원 내용을 담기로 했다.

현행 조세특례제한법은 중소기업이 2015년 6월30일 기준으로 고용하고 있는 기간제 및 단시간근로자나 파견근로자 등 비정규직을 정규직 근로자로 고용하는 경우 1명당 200만원씩을 소득세나 법인세에서 공제하도록 하고 있다.

중소기업계에서는 이 규정을 제외하면 비정규직의 정규직 전환 지원책이 사실상 전무하다는 점을 들어 올 연말로 일몰(폐지) 될 예정인 것을 2019년까지 3년 연장할 것을 건의한 바 있다.

정부는 최근 노동시장 이중구조 심화에 따라 비정규직 처우개선이 중요한 사회적 과제로 떠오른 점 등을 감안, 일몰 연장 및 개선방안을 논의하고 있는 것으로 전해졌다.

정부 관계자는 "정규직 근로자 전환에 대한 세액공제 혜택을 연장해야 한다는 건의를 받아 세제개편안에 최종적으로 확정할지를 두고 검토하고 있다"고 말했다.

이번 세제개편안에는 주식 양도소득세 과세대상 대주주의 범위를 확대하는 방안도 포함될 것으로 알려졌다.

현재 양도세 대상 대주주 범위는 유가증권시장은 지분율 1% 이상 또는 시가총액 25억원 이상, 코스닥시장은 지분율 2% 이상 또는 시가총액 20억원 이상이다.

코넥스시장은 지분율 4% 또는 시가총액 10억원 이상으로 규정돼 있다.

정부는 '소득이 있으면 세금을 내야 한다'는 세법 기본원칙에 따라 주식 양도차익에 대해서도 전면과세로 간다는 방향을 설정해놓고 있다.

다만 급격한 제도변화에 따른 세부담 증대 등을 고려해 우선 단계적으로 양도세 과세 대상인 대주주 범위를 확대하는 쪽으로 의견을 모았다.

'뜨거운 감자'인 기업소득 환류세제의 경우 기업들이 배당 대신 임금을 확대하도록 하는 방향으로 개선안을 검토 중이다.

기업소득 환류세제는 투자나 배당, 임금 등에 쓰지 않고 남은 당기소득에 세금을 물리는 것이다. 정부는 최근 기업들이 투자·임금을 늘리는 대신 배당과 자사주 매입 등으로 세금을 회피하고 있다는 지적을 반영, 임금 등으로 인정되는 범위를 확대하는 방안을 검토 중이다.

유일호 부총리 겸 기획재정부 장관은 지난 6월 국회 기획재정위 업무보고에서 "배당 쪽을 낮추고 임금 증가로 무게중심을 두도록 기업소득 환류세제 개정방안을 마련하겠다"고 밝힌 바 있다.

정부는 대신 기업들의 의견을 받아들여 현재 기업소득환류세제상 투자로 인정되지 않는 해외 투자와 인수·합병(M&A)을 포함할지를 놓고 고민 중이다.

지난 2014년부터 3년 간 과세를 미뤄온 연 2천만원 이하 월세 임대소득에 대한 과세 방침도 연기될 전망이다.

당초 정부는 2014년 초 임대소득에 대한 과세방침을 발표했지만 임대사업자 등의 반발로 2016년까지 3년 간 비과세하기로 했다.

정부는 내년 소득분부터 과세하겠다는 당초 계획을 수정해 유예 기간을 2∼3년 연장하는 방안을 검토하고 있다.

대기업과 중소기업 간 상생투자 촉진을 위한 '상생협력기금' 출연 시 부여하는 세액공제 혜택을 당초 올해 말 일몰에서 2019년 말로 3년 연장하고 세액공제 대상도 R&D시설투자자금 등에서 대폭 확대하기로 했다.

정부는 또 우리 중소·벤처기업들의 기술거래를 활성화하기 위해 기술취득 시 적용되는 특허권 등의 이전·취득·대여에 관한 과세특례 일몰을 2019년까지 3년 연장하는 한편 이를 확대하는 방안도 내놓을 계획이다.

현재 중소기업이 내국인에게 기술을 취득한 경우 비용의 7%를 세액공제해주고 있다.