정부 주택사업용 부동산에 세금을 면제해줬는데, 갑자기 정책이 바뀌어 다른 용도로 쓰게 됐더라도 과세관청은 이미 면제해준 세금을 다시 물릴 수 없다는 대법원 판결이 나왔다.

정책 때문에 부득이 사업이 바뀌었는데도 당초 용도를 지키지 않았다며 과세하는 건 옳지 않다는 취지다.

대법원 2부(주심 박상옥 대법관)는 21일 한국토지주택공사가 부산시 사하구청장을 상대로 낸 지방세 부과처분 취소소송 상고심에서 원고 승소로 판결한 원심을 확정했다고 밝혔다.

공사는 2005년 부산 사하구 일대에 국민임대 아파트 1천400세대 건설 사업을 승인받고 2009년 7월부터 2012년 12월까지 부지와 그 위의 건축물을 240억6천337만원에 사들였다.

이후 공사는 "정부 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 부동산을 취득한 경우 취·등록세를 면제한다"는 구 지방세법 289조에 따라 취·등록세 면제를 신청했고, 구청은 이를 승인했다.

하지만 2012년 정부의 주택공급 정책이 국민임대 방식에서 공공분양 방식으로 변경되면서 상황이 급변했다.

정부는 그해 공사의 국민임대 아파트 건설 사업 승인을 취소하고, 이듬해 해당 용지에 공공분양 보금자리주택 900세대를 짓는 사업을 새롭게 승인했다.

이에 구청은 공사가 임대 아파트 건설용으로 사들여 세금이 면제된 부동산을 다른 용도로 사용했다며 지방세특례제한법 32조에 따라 면제된 세금을 추징하기로 했다. 취득세 6억4천여만원, 등록세 5억6천여만원, 지방교육세 1억여만원이 부과됐다.

특례제한법 32조는 소규모 공동주택 건설 사업을 위해 토지를 취득한 후 다른 용도로 사용한 경우 감면된 취·등록세를 추징하도록 규정한다.

공사는 "국민임대 아파트 건설을 목적으로 부동산을 구매해 취·등록세를 면제받았지만, 공공분양을 위해 취득한 경우도 지방세특례제한법에 취·등록세 면제 규정이 있으므로 추징은 위법하다"며 소송을 냈다.

이 법 76조는 공공분양 사업을 위해 부동산을 취득한 경우 취·등록세를 면제해준다.

1, 2심은 복잡하게 얽힌 구 지방세법과 지방세특례제한법의 세금 면제·추징 규정의 적용과 해석을 두고 판단이 엇갈렸다.

1심은 "소규모 공동주택 건설 사업을 목적으로 부동산을 사들여 다른 용도로 사용한 상황에 해당하므로 세금을 추징해야 한다"며 구청 주장을 받아들였다. 다만 법에서 세목 규정이 사라진 일부 세금은 빼라고 했다.

반면 2심은 추징 전부가 위법하다며 공사의 손을 들어줬다.

재판부는 "정부 정책 변경에 따라 국민임대주택 건설이 취소되고 공공분양 사업으로 변경 승인되면서 부동산 용도를 변경하게 됐으므로 공사에 책임을 묻기 어려운 정당한 사유가 있다"고 밝혔다.

이어 "공사가 공공분양 사업으로 재승인을 받아 부동산을 취득했더라면 특례제한법 면제 대상이 되고, 애초 공공분양 승인을 받았더라면 지방세법 면제 대상이 됐을 것이므로 이런 경우와 형평을 고려해도 추징은 허용되지 않는다"고 지적했다.