정부가 올해 세법개정안에 담은 신성장사업 연구개발(R&D) 비용에 대한 추가 세액공제의 혜택이 대부분 중견·대기업 몫으로 돌아갈 것이라는 분석이 공개됐다.

2일 국회 기획재정위원회 소속 더불어민주당 김종민 의원이 기재부에서 입수한 '신성장산업 R&D 세액공제 세수추계' 자료를 보면 2017∼2018년 2년간 예상되는 추가 감면액은 매년 217억씩 총 434억원으로 추산됐다.

앞서 정부는 중견·대기업의 신성장산업 R&D 비용의 세액공제율을 기존 20%에서 최대 30%까지 인상하고, 세액공제 대상을 11대 신산업 분야 세부기술로 재편하는 내용의 세법개정안을 발표했다.

중소기업의 세액공제율은 기존 30%가 그대로 유지됐다.

기재부 세수추계를 보면 이에 따른 세금 감면 혜택 가운데 86.2%인 374억원이 중견·대기업에 돌아가는 것으로 나타났다.

이 가운데 공제혜택 대상 기술이 재편되는데 따른 공제분이 190억∼200억원, 공제율 인상에 따른 혜택이 160억∼180억원 정도로 나타났다.

반면 중소기업 몫은 13.8%(60억원)에 그치는 것으로 예상됐다. 중소기업은 공제율 변화가 없어 대상 기술 재편에 따른 혜택만 일부 증가하는 것으로 나타났다.

김종민 의원은 "기존 R&D 세액공제 혜택의 60% 이상을 중견·대기업이 가져가고 있는 상황에서 이번 제도 개편으로 중소기업과의 격차가 더욱 커질 것으로 보인다"고 우려했다.

김 의원은 "박근혜 정부가 신성장산업 지원을 강화한다는 명목으로 양극화 격차를 더욱 벌리고 있다"면서 "야당의 법인세 정상화 요구에 대한 반대논리로 정부가 내세워온 '세제감면 혜택 정비' 약속과 배치되는 것"이라고 지적했다.

이에대해 기재부는 신성장산업에 있어서는 대기업과 중소기업 등 기업 규모와 상관없이 리스크 부담에 따른 세제 혜택을 주기로 했을 뿐, 다른 R&D 비과세·감면에서는 대기업 혜택을 줄여왔다고 설명했다.

게다가 기업 규모별로 매출액 대비 신성장산업 비중을 봐도 대기업보다는 중견기업이 높은 만큼 중견기업에 돌아가는 혜택이 더 많을 것이라고 반박했다.

기재부 관계자는 "올해 세법개정안에 따른 변화를 전체적으로 보면 서민·중산층과 중소기업은 세 부담이 3천805억원 줄어드는 반면 고소득자와 대기업은 7천252억원 늘어난다"면서 "세법개정 항목 하나만 떼어놓고 보면 오해의 소지가 생길 수 있다"고 말했다.