기획재정부는 28일 세법 개정과 관련한 후속 시행령을 개정하면서 신성장동력·원천기술 연구기술(R&D) 세액공제 대상을 세부 155개 기술로 확대 재편했다.

중소기업이 고용하는 경력단절여성에 대한 사회보험료 세액공제율을 100%로, 신성장 서비스업 고용인원에 대한 공제율을 75%로 각각 인상했다.

중고차 구입비용의 일부에 신용카드 등 소득공제를 적용하기로 했다.

다음은 조세특례제한법 시행령의 주요 개정 내용이다.

◇ 고용·투자·R&D 세제지원 대상 대폭 확대한다
▲ 고용·투자·연구개발(R&D) 관련 세제지원 대상업종 확대 = 고용창출 투자세액공제의 적용대상을 기존에 49개로 한정했던 것을 앞으로는 소비성 서비스업을 제외한 모든 업종으로 확대하는 '네거티브 방식' 도입하고 1%포인트(p)의 공제율이 가산되는 서비스 업종범위 역시 마찬가지로 적용. 그 외 각종 고용·투자·R&D 세제지원 제도상 중소기업 업종범위도 기존 농업·제조업·건설업 52개 업종에서 소비성 서비스업을 제외한 모든 업종으로 확대
▲ 소득·법인세 감면대상인 청년창업 중소기업 범위 규정 = 개인사업자는 창업자의 창업 당시 나이가 15세 이상 29세 미만(병역 이행 시 해당 기간을 빼고 연령 계산)인 경우, 법인은 창업 당시 대표자가 나이 요건에 해당하고 최대주주 또는 최대출자자인 경우
▲ 창업중소기업에 대한 세액감면 적용 제외사유 추가 = ① 중견·대기업과 합병 ② 유예기간 중인 기업과 합병 ③ 소유 및 경영의 실질적인 독립성 요건을 갖추지 못하는 경우 ④ 창업일이 속하는 과세연도 종료일로부터 2년 이내에 중소기업 기준을 초과하는 경우
▲ 신성장동력·원천기술 R&D 세액공제 대상기술 확대 재편 및 공제율 인상 = 공제 대상인 신성장동력·원천기술을 통합해 11개 분야 36개 세부분야의 155개 기술로 조정, 중견·대기업의 공제율을 20%에서 최대 30%로 인상(20% + 매출액 대비 신성장 R&D 지출액 비중의 3배)
▲ R&D 세액공제시 위탁·공동 연구개발기관 범위 확대 = 국내 대학 또는 전문대학, 국공립연구기관, 정부출연연구기관, 국내 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관 포함). 다만, 신약에 대한 임상 1·2상 및 희귀질환의약품 임상의 위탁연구개발은 국외 기관 포함
▲ 기술이전 및 기술취득 등 과세특례 적용범위 조정 = ① 국내에서 자체 연구·개발한 특허권, 실용신안권 ② 국내에서 자체 연구·개발한 것으로서 수입금액 기준 등 일정 요건(시행규칙에서 규정)을 충족하는 기술 및 기술비법
▲ 대·중소기업 상생협력에 대한 세제지원 확대 = 내국법인이 협력중소기업에 무상임대 시 취득가액의 법인세 3%를 세액공제받을 수 있는 유형고정자산 범위를 연구개발을 위한 연구·시험용 시설로 한정하는 등 규정 마련
▲ 지역특구 세제지원 감면한도 대상 서비스업 범위 규정 = 소비성 서비스업을 제외한 모든 서비스업종
▲ 내국법인이 벤처기업 등에 출자시 세액공제되는 요건 규정 = 중소기업창업투자회사, 신기술사업금융투자업자 등을 제외한 내국법인
▲ 내진보강설비도 안전설비 등 투자세액공제 대상에 추가 = ① 건축법에 따른 구조안전 확인대상이 아닌 건축물 ② 건축 당시 법률에 따라 구조안전 확인대상이 아닌 건축물
▲ 신성장기술 사업화시설 투자세액공제 신설 = 투자금액은 해당 과세연도에 투자된 금액으로 산정. 공제요건은 직전연도 신성장동력·원천기술 R&D가 전체 R&D의 10% 이상이거나 해당 기술 관련해 기업이 연구개발한 특허권 보유한 경우에 해당. 공제연도 이후 2년 이내 상시근로자 수가 감소하면 1인당 1천만원 추징, 투자 완료일부터 3년 이내에 다른 목적에 전용하면 세액공제 상당액 추징
▲ 영상콘텐츠 제작비용 세액공제 = 텔레비전 방송 혹은 영화관 상영 콘텐츠가 적용대상. 작가료, 주·조연 출연료, 시나리오 등 원작료, 편집비 등이 공제대상. 국가·지자체·공공기관 등에서 받아 지출했거나 국외에서 사용한 제작비 등은 제외

◇ 중소기업, 경단녀 고용하면 사회보험료 100% 세액공제
▲ 중소·중견기업에 대한 가속상각 특례 신설 = 기준내용연수의 50%를 가감한 범위에서 감가상각 내용연수를 선택
▲ 중소기업에 대한 근로소득 증대세제 적용기준 신설 = 임금증가율 3.3% 초과 시 적용
▲ 중소기업 고용증가 인원 사회보험료 세액공제 확대 = 경력단절여성은 임신·출산·육아로 퇴직(1년 이상 근무)한 여성으로, 퇴직한 날로부터 3∼10년 기간이 지났고 해당 기업의 최대주주·최대출자자 혹은 그 특수관계인이 아닌 경우 공제율 50→100%로 인상. 시행령에 규정된 신성장 서비스업은 고용인원 공제율 75%로 인상
▲ 사업전환중소기업 등 세액감면 요건 완화 = 사업전환 기간 3→5년으로 연장
▲ 본사 지방 이전시 과세특례 계산 합리화 = 종전 본사 일부를 다른 사람이 사용 시 이전일부터 소급해 2년 이상 직접 사용면적 비율에 상당하는 양도차익만 특례 적용
▲ 기부장려금단체 지정 요건 및 배분방법 명확화 = 지정을 신청한 경우 직전 연도의 모금·활용실적을 신청일이 속하는 연도의 3월 말까지 공개하도록 함. 기부자가 2개 이상의 단체에 대해 기부장려금을 신청하는 경우, 기부자의 각 단체별 기부장려금 신청 기부금 비율로 기부장려금 결정액을 안분
▲ 임대주택펀드의 투자비율 계산방법 등 명확화 = 임대주택 정의를 '민간임대주택특별법 및 공공주택특별법의 임대주택'으로 명확화. 재간접투자시 다른 펀드·리츠를 통해 임대주택에 투자한 금액도 포함해 계산하도록 보완. 액면가액보다 발행가액이 큰 경우(할증발행)는 발행가액을 기준으로 계산하도록 규정
▲ 공모리츠에 대한 현물출자시 법인세 과세이연 특례 신설 = 현물출자로 발생한 양도차익의 상당액만큼 압축기장충당금을 설정해 손금산입, 현물출자별로 취득한 주식의 처분비율이 50% 미만이면 '충당금 설정액 x 당해연도 주식 처분비율'만큼 주식을 처분한 사업연도의 익금으로 산입, 출자자의 주식 차분비율 합계가 50% 이상이거나 리츠의 해산일 경우 전부 익금산입

◇ 필요시 근로·자녀장려금 증명서 발급 가능
▲ 근로·자녀장려금 환급 절차 보완 = 일반적인 환급계좌와 별도로 근로·자녀장려금을 계좌 이체받고자 할 경우 세무서장에게 계좌개설 신고서를 제출토록 규정. 수급자가 세무서장에게 수급사실 증명을 신하는 경우 증명서를 발급토록 규정
▲ 외국 연·기금의 소득원천별 과세 적용범위 확대 = 국내 PEF가 PEF 투자목적회사(SPC)를 통해 투자대상에 투자하는 경우도 포함
▲ 자본확충목적회사에 대한 과세특례 세부사항 규정 = 자본확충목적회사가 지원하는 금융기관은 한국산업은행·한국수출입은행으로 규정. 한국은행 또는 기업은행으로부터 차입하는 방식으로 자금조달
▲ 석유제품 전자상거래 공제대상 범위 신설 = 공급자는 석유정제업자, 석유수출입업자, 일반대리점이 대상이지만 전자상거래로 공급받은 석유제품을 다시 공급하는 경우는 제외함. 매수자는 일반대리점, 주유소, 일반판매소
▲ 평창 동계올림픽 관련 법인세 및 부가가치세 지원 = 법인세 면제 외국법인에 지역별독점방송중계권자(RHB) 추가. 부가가치세 환급이 가능한 외국법인에 국제경기연맹과 세계반도핑기구 등을 추가하고. 부가세 환급대상인 방송중계 관련 재화·용역의 범위는 방송장비, 방송중계 관련 자문·운송·경비용역 등으로 한정
▲ 신성장산업 중심 외국인투자기업 세제지원 개편 = 지원 대상을 신성장동력·원천기술 R&D 세액공제 대상기술과 동일하게 규정하고, 신성장산업 관련 소재·공정기술 등을 시행규칙에 추가. 감면대상 사업 소득이 관련 사업 소득을 포함한 전체 소득의 80% 이상인 경우 전체 소득에 대해 감면토록 지원범위 확대. 일정 금액 이상 투자시 세제지원을 적용하도록 하는 규정 신설
▲ 중고차 구입에 대한 신용카드등 소득공제 적용 = 중고차 구입금액의 10%가 신용카드 등 사용금액으로 포함됨. 신용카드의 공제율은 사용액의 15%, 체크카드와 현금영수증은 30%임. 2017년 1월1일 이후 신용카드등 사용하는 분부터 적용
▲ 전통시장 소득공제 제외대상 추가 = 사업자단위 과세자로서 전통시장 안 사업장과 전통시장 밖 사업장의 신용카드 등 사용액이 구분되지 않는 사업자

◇ 영농조합법인 등에 현물출자시 적용되는 양도세 과세특례 보완
▲ 농지가 주거지역 등 편입 시 감면되는 소득의 계산방법 = 양도소득금액 x (주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날의 기준시가 - 취득 당시 기준시가) / (양도 당시 기준시가 - 취득 당시 기준시가)
▲ 양도소득세 이월과세 적용시 직접경작 기간 규정 = 농산물재배업 등에 사용되는 부동산을 현물출자할 때 적용되는 이월과세는 재촌요건을 갖춘 농업인이 4년 이상 직접 경작한 경우에만 해당
▲ 8년 이상 자경농지에 대한 양도세 감면시 소득금액 요건 보완 = 사업소득금액과 총급여액의 합계액이 3천700만원 이상인 과세기간은 자경기간에서 제외하지만, 사업소득금액이 결손인 경우 사업소득금액을 0(영)으로 간주
▲ 박물관·미술관 등의 이전시 양도세 과세특례 = 분할납부 과세대상 산출방법 규정(양도차익 x 신규시설 취득가액 / 종선시설 양도가액). 특례 적용대상은 신규시설 개관일로부터 2년 내에 종전시설을 양도하거나, 종전시설 양도일로부터 1년 내에 신규시설을 취득해 개관(신축하는 경우 3년)하는 경우. 사후관리 위반 시 연 10.95%의 이자를 적용해 추징
▲ 어작업 대행용역 등 부가가치세 면제 대상 추가 = 어업회사법인을 추가
▲ 부가가치세를 면제받는 정부업무대행단체 추가 = 수산업협동조합법에 따른 조합공동사업법인, 시·군·구가 설립한 지방공사, '국제경기대회 지원법'에 따라 설립된 조직위원회로서 기재부 고시로 정한 조직위원회
▲ 부가가치세가 면제되는 희귀병치료제 확대 = 근육이양증환자의 치료에 사용할 치료제
▲ 매입자납부특례제도 전용계좌 사용방법 보완 = 예외적으로 부가가치세액만 입금이 가능한 거래 방법(① 전자채권 ② 외국환은행을 통해 외화로 대금을 결제하는 경우)을 추가