쟁      점 (1) 예선업이 구 조세특례제한법시행령 제2조 제1항에서 규정하고 있는 중소기업인 물류산업(화물운송업)에 해당하는지 여부(취소)
 
청구번호 2005서0652 결정일자 2005년07월27일 주세목 법인세
 
 
심판청구번호 국심 2005서0652(2005.7.28)

주 문

처분청이 2005.1.26. 청구법인에게 한 2001사업연도 법인세 96,255,430원, 2002사업연도 법인세 137,734,680원, 합계 233,990,110에 대한 경정청구거부처분은 이를 취소합니다.

이 유

1. 처분개요

청구법인은 대형선박을 부두로 안전하게 이·접안하는 ○○○을 영위하는 법인으로 2001, 2002사업연도 법인세 신고시 ○○○이 중소기업의 범위를 규정하고 있는 구 조세특례제한법시행령 제2조 규정에 의한 운수업(물류산업)에 해당하지 아니하는 것으로 보고 중소기업투자세액 공제를 배제하여 법인세를 신고·납부하였다가 2005.1.21. 청구법인이 위 규정에 의한 운수업에 해당하는 것으로 보고 중소기업투자세액공제를 적용하여 법인세 233,990,110원(2001사업연도 96,255,430원, 2002사업연도 137,734,680원)을 처분청에 경정청구하였다.

처분청은 청구법인이 영위하는 ○○○은 위 규정에 의한 물류산업에 해당하지 아니하는 것으로 보고 중소기업투자세액공제를 배제하여 2005.1.26. 청구법인의 경정청구를 거부처분하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2005.2.3. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

○○○은 한국표준산업분류표상 해상운송업으로 분류되고 있고, ○○○이라는 운송시설에 의하여 대형화물선을 부두에 접안하는 과정에서 화물운송을 담당하고 있으므로 물류산업인 화물운송업으로 보아야 하며, 최근 대통령령 제17829호(2002.12.30.)로 개정된 조세특례제한법시행령 제5조 제8항에서 물류산업의 범위에 ○○○을 추가하였는데, 이는 ○○○의 특수성을 감안하여 물류산업의 범위를 보다 명확히 하기 위하여 개정한 것이므로 개정전 사업연도에 대하여도 ○○○을 물류산업으로 보아야 한다.

조세특례제한법 제1조 "목적"에서 이 법은 조세의 감면 또는 중과등 조세특례와 이의 제한에 관한 사항을 규정하여 과세의 공평을 기하고 조세정책을 효율적으로 수행함으로써 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 한다"고 규정함으로써 조세감면에 있어서 과세의 공평이 중요한 원칙이 되고 있으며, 이러한 관점에서 볼 때, 물류산업을 중소기업의 범위에 포함시키고 중소기업특별세액감면제도를 적용하여 정책적으로 물류산업을 지원하는 것이라면 내·외항을 항해하는 선박운송업과 항만과 부두사이의 운송을 담당하는 ○○○을 차별대우하여야 할 하등의 이유가 없으므로 처분청이 ○○○을 운송업에 해당하지 아니하는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

한국표준산업분류표상 해상운송업은 외항운송업과 내항운송업 및 기타해상운송업으로 분류되고, 이중 ○○○은 기타해상운송업에 속하는 것으로 되어 있으며, 청구법인이 운영하고 있는 ○○○의 경우 화물을 직접운송하는 것이 아니라 단지 화물선이나 여객선을 안전하게 예인하는 서비스용역이므로 이를 조세특례제한법시행령에서 규정한 화물운송업에 해당한다고 보기는 어렵다고 판단되므로 당초 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 영위하는 ○○○이 조세특례제한법상 중소기업인 물류산업(화물운송업)에 해당하는지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제5조【중소기업투자세액공제】

① 중소기업을 영위하는 내국인이 다음 각호의 1에 해당하는 자산에 2003년 12월 31일까지 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)하는 경우에는 당해 투자금액의 100분의 3에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 사업용자산

2. 판매시점정보관리시스템설비

3. 정보보호시스템설비

② 생략

(2) 조세특례제한법시행령 제4조【중소기업투자세액공제】

① 중소기업이 제2조 제1항의 규정에 의한 업종에 해당하는 사업과 기타의 사업에 공동으로 사용되는 사업용자산, 판매시점정보관리시스템설비 및 정보보호시스템설비를 취득한 경우에는 당해 자산은 그 자산을 주로 사용하는 사업의 자산으로 보아 법 제5조의 규정을 적용한다.

② 법 제5조의 규정에 의한 투자세액공제를 받고자 하는 자는 투자완료일이 속하는 과세연도(동조 제2항의 규정을 적용받고자 하는 경우에는 당해 투자가 이루어지는 각 과세연도를 말한다)의 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 투자세액공제신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

(3) 조세특례제한법시행령 제2조 【중소기업의 범위】

① 조세특례제한법(이하 “법”이라 한다) 제4조 제1항에서 “대통령령이 정하는 중소기업”이라 함은 제조업(소득세법시행령 제31조의 규정에 의하여 제조업으로 보는 업종을 포함한다. 이하 같다), 광업, 건설업, 제5조 제6항의 규정에 의한 엔지니어링사업, 제5조 제8항의 규정에 의한 물류산업，운수업 중 여객운송업, 어업，도매업, 소매업, 전기통신업, 연구 및 개발업，방송업, 정보처리 및 기타 컴퓨터운영 관련업, 제54조 제1항의 규정에 의한 자동차정비공장을 운영하는 사업, 의료법에 의한 의료기관을 운영하는 사업, 폐기물관리법에 의한 폐기물처리업(동법 제44조의 2의 규정에 의하여 신고를 하고 폐기물을 재생처리하는 경우를 포함한다. 이하 "폐기물처리업" 이라 한다)，수질환경보전법에 의한 폐수처리업(이하 “폐수처리업”이라 한다), 종자 및 묘목생산업, 축산업, 과학 및 기술서비스업, 포장 및 충전업，영화산업(영화 및 비디오 제작업, 영화 및 비디오 제작관련 서비스업, 영화 배급업에 한하며, 이하 “영화산업”이라 한다), 공연산업，전문디자인업, 뉴스제공업, 관광진흥법에 의한 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업을 제외한다) 및 노인복지법에 의한 노인복지시설을 운영하는 사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업" 이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상이거나 자기자본이 1천억원 이상인 경우 또는 매출액이 1천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법시행령 별표의 범위기준(이하 이 조에서 “중소기업기준”이라 한다) 이내일 것

3. 실질적인 독립성이 중소기업기본법시행령 제3조 제2호의 규정에 적합할 것

(4) 조세특례제한법시행령 제5조 【창업중소기업 등에 대한 세액감면】

⑦ 법 제6조 제3항에서 "대통령령이 정하는 정보처리 및 컴퓨터운용관련업" 이라 함은 통계법 제17조의 규정에 의하여 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 “한국표준산업분류”라 한다)에 의한 정보처리 및 기타 컴퓨터운영 관련업을 말한다.

⑧ 법 제6조 제3항에서 “대통령령이 정하는 물류산업”이라 함은 운수업 중 화물운송업, 화물취급업, 창고업, 화물터미널운영업, 화물운송주선업，화물포장업, 화물검수서비스업 및 화물형량서비스업과 기타 산업용 기계장비 임대업중 파렛트임대업(이하 "물류산업" 이라 한다)을 말한다.

(5) 조세특례제한법시행령 제5조 【창업중소기업 등에 대한 세액감면】→ 2002.12.30. 개정된 것

⑧ 법 제6조 제3항에서 “대통령령이 정하는 물류산업”이라 함은 운수업 중 화물운송업, 화물취급업, 창고업, 화물터미널운영업, 화물운송주선업，화물포장업, 화물검수서비스업, 화물형량서비스업 및 항만법에 의한 예선업과 기타 산업용 기계장비 임대업중 파렛트임대업(이하 “물류산업”이라 한다)을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 중소기업기본법상 중소기업에 해당하는 법인으로 ○○○을 영위하고 있으며, ○○○이 중소기업의 범위를 규정하고 있는 구 조세특례제한법시행령 제2조 규정에 의한 물류산업에 해당하는 것으로 보고 2005.1.21. 중소기업투자세액공제에 대한 법인세 233,990,110원(2001사업연도 96,255,430원, 2002사업연도 137,734,680원)을 경정청구하였다.

(2) 한국표준산업분류에 의하면 ○○○은 운송업(운송업>수상운송업>해상운송업> 기타해상운송업> ○○○)에 속해 있으며, 청구법인은 물류산업을 중소기업의 범위에 포함시키고 중소기업특별세액감면제도를 적용하여 정책적으로 물류산업을 지원하는 것이라면 내·외항을 항해하는 선박운송업과 항만과 부두사이의 운송을 담당하는 ○○○을 차별대우하여야 할 하등의 이유가 없으므로 처분청이 ○○○을 운송업에 해당하지 아니하는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다고 주장한다.

(3) 구 조세특례제한법시행령 제2조 제1항에서 중소기업의 범위에 "운수업(물류산업)"을 포함하고, 같은 법 시행령 제5조 제8항에서는 "물류산업"에 "운송업(화물운송업)"을 포함시키고 있으며, 2002.12.30 개정된 조세특례제한법시행령 제5조 제8항에서 ○○○을 "물류산업"에 포함시켰는 바, 동 개정규정은 2003.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도부터 적용하는 것으로 규정하고 있다.

(4) 청구법인이 영위하고 있는 ○○○이 중소기업투자세액감면을 받을 수 있는 운송업에 해당하는지 여부에 관하여 살펴보면, 운송업이란 노선 또는 정기운송 여부를 불문하고 철도, 도로, 파이프라인, 해상 및 항공 등으로 여객 및 화물을 운송하는 산업활동을 의미하고, 한국표준산업분류○○○에 의하면, 운수업(한국표준산업분류표상의 분류번호 60-63)을 크게 운송업과 운송관련 서비스업으로 나누고, 이는 또한 육상운송 및 파이프라인 운송업(60), 수상운송업(61), 항공운송업(62), 여행알선, 창고 및 운송관련 서비스업(63)으로 구분하는데, 그 중 수상운송업(61)은 노선 또는 정기 운송 여부를 불문하고 수상 운송설비로 여객 및 화물을 운송하는 산업활동을 의미하는 것으로서, 이는 다시 해상운송업(611, 연·근해 및 원양에서 정기 또는 부정기로 여객 및 화물을 운송하는 산업활동), 내륙 수상운송업(612)으로 분류하고, 이 중 해상운송업은 다시 세분하여 외항운송업(6111), 내항운송업(6112), 기타 해상운송업(6113)으로 구분하는데, 예인선 운영은 수상운송업 중 기타 해상운송업에 속하는 것으로서 운송시설 없이 운송업을 지원하는 운송관련 서비스업과는 별개의 것으로 취급하고 있으며, 실제 선박이 항만에 들어오기 위해서는 예인선이 필수적인 운송수단으로의 기능을 하고 있으므로, ○○○은 구 조세특례제한법시행령 제2조 제1항의 물류산업(화물운송업)에 포함된다고 할 것이다.○○○

따라서 처분청이 청구법인이 영위하는 ○○○이 위 규정에 의한 화물운송업에 포함되지 않음을 전제로 하여 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단된다.

 

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.