쟁 점 (1) 2002.12.31 이전에 종전주택(24평형)이 공사착수되어 2003.5.10 사용승인을 받고 2003.9.26 쟁점주택{(○○○아파트 ○○○)}을 양도한 경우, 처분청은 쟁점주택 양도당시 2002.12.28 개정된 법에 의하면 쟁점주택이 고가주택이므로 신축주택의 양도소득세특례대상이 아니라고 보았으나, 개정법의 부칙에 의하면 쟁점주택의 양도는 종전 조특법 제99조의 3 규정을 적용하는 것으로 쟁점주택이 종전법에 의한 고급주택이 아니므로 쟁점주택의 양도에 대하여 "신축주택의 양도소득세 특례규정"을 적용하여 양도소득세를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부(취소)
청구번호 2005서1704 결정일자 2005년08월16일 주세목 양도소득세
심판청구번호 국심2005서1704(2005. 8. 16.)
주 문
○○○세무서장이 2005.4.14. 청구인에게 한 경정청구의 거부처분은 이를 취소한다.
이 유
1. 처분개요
청구인은 1997.2.18. ○○○를 취득하여 보유하고 있었는 바, 동 아파트가 재건축된 ○○○(이하 "쟁점주택"이라 한다)를 사용승인일(2003.5.10.) 이후인 2003.9.26. 양도하고 양도소득세 27,913,500원을 신고·납부하였다가 2005.2.11. 쟁점주택의 양도가 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호에 의한 신축주택의 취득자에 대한 과세특례에 해당되므로 양도소득세를 감면해 달라는 취지의 경정청구를 하였다.
처분청은 쟁점주택이 고가주택에 해당되고, 고가주택의 경우 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례가 적용되지 아니한다 하여 2005.4.14. 청구인의 경정청구를 거부통지하였다.
청구인은 이에 불복하여 2005.4.21. 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
구 조세특례제한법 제99조의 3 제1항은 신축주택이 고급주택에 해당되지 아니할 경우 양도소득세를 감면하도록 규정되어 있고, 2002.12.11. 동 규정이 개정되면서 부칙 제29조의 제2항에 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 등을 받은 경우에는 개정전의 규정을 적용하도록 규정되어 있는 바, 쟁점주택은 고급주택에 해당되지 않아 양도소득세 감면요건을 충족하고 있음에도 처분청이 고가주택에 해당됨을 이유로 양도소득세 감면을 부인하는 것은 부당하다.
나. 처분청 의견
조세특례제한법 제99조의 3 제1항을 개정하면서 그 부칙에 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 공사에 착수하여 2003.6.30. 이전에 사용승인을 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다고 규정하였는 바, 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택은 본법에 정한 과세특례배제지역 이외의 신축주택을 의미하는 것이므로 과세특례배제지역에 소재하는 쟁점주택의 경우 종전의 규정이 적용되지 아니하고, 고가주택에 해당하는 경우에는 종전의 규정에 의한 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례가 적용되지 아니한다는 재정경제부의 유권해석○○○도 있으므로 종전의 규정을 적용하여 양도소득세를 감면하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
쟁점주택에 대하여 조세특례제한법 제99조의 3 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례가 적용되는지 여부
나. 관련법령
(1) 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우
2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.
2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우
신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택
(2) 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것) 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우
2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.
2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우
신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택
조세특례제한법 부칙(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것) 제29조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】② 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구인이 보유하던 주택이 재건축됨에 따라 2003.5.10. 신축주택인 쟁점주택(전용면적 126.31㎡)에 대한 사용승인을 받고 2003.9.26. 이를 양도하였는 바, 쟁점주택은 2002.12.30. 소득세법시행령 제156조의 개정규정에 의한 고가주택에는 해당되나 개정이전의 고급주택에 는 해당하지 아니한 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.
(2) 쟁점주택은 2002.12.31. 이전에 공사에 착수하여 2003.5.10. 사용승인을 받았음이 사업계획승인서 등에 의하여 확인된다.
(3) 2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호 및 같은 법 부칙 제29조 제2항을 보면, 쟁점주택과 같이 자기가 건설한 신축주택으로서 2003.1.1. 이전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003.6.30. 이전에 사용승인 또는 사용검사를 받는 경우에는 개정이전의 규정이 적용되는 것으로 해석되고, 따라서 그 단서규정에 따라 양도소득세의 감면적용대상에서 제외되는 주택은 고급주택에 한하는 것으로 보는 것이 타당하다고 하겠다○○○.
(4) 그러하다면, 고급주택에 해당하지 아니하는 쟁점주택의 양도에 대하여 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례가 적용되지 아니한 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
