쟁 점 (1) 2002.12.31 이전에 종전주택이 공사착수되어 2003.5.10 사용승인을 받고 2003.10.24. 쟁점주택○○○을 990백만원에 양도한 경우, 처분청은 쟁점주택 양도당시 2002.12.28 개정된 법에 의하면 쟁점주택이 고가주택이므로 신축주택의 양도소득세특례대상이 아니라고 보았으나, 개정법의 부칙에 의하면 쟁점주택의 양도는 종전 조특법 제99조의 3 규정을 적용하는 것으로 종전법에 의하면 쟁점주택이 고급주택이 아니므로 쟁점주택의 양도에 대하여 "신축주택의 양도소득세 특례규정"을 적용하여 양도소득세를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부 (취소)
청구번호 2005서3197 결정일자 2005년11월15일 주세목 양도소득세
심판청구번호 국심2005서 3197(2005.11.15)
주 문
○○○세무서장이 2005.8.1. 청구인에게 한 2003년 귀속 양도소득세 92,500,439원 환급 경정청구를 거부한 처분을 취소합니다.
이 유
1. 처분개요
청구인은 2003.10.24 ○○○번지 ○○○호(이하 "쟁점주택"이라 한다)를 양도하고 실지거래가액으로 양도소득금액을 계산한 후 다른 양도소득금액과 통산하여 2003년 귀속 양도소득세 117,976,020원을 신고·납부하였으나, 쟁점주택이 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호 및 동법 부칙 제29조 제2항에 의거 양도소득세 감면대상임을 확인(고급주택에 해당하지 아니함)하고 2005.6.7. 신고 납부한 금액 중에서 92,500,000원을 환급하여 줄 것을 경정청구하였다.
처분청은 2005.8.1. 쟁점주택은 양도당시 실지양도가액이 6억원을 초과하여 고가주택에 해당하는 것으로 보고 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호에 의한 감면대상이 아닌 것으로 판단하여 청구인의 경정청구를 거부하였다.
청구인은 이에 불복하여 2005.8.30. 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
조세특례제한법 부칙 제29조 제2항에 「2003.1.1이전에 공사에 착수하여 2003.6.30. 이전에 사용승인 또는 사용검사를 받은 신축주택은 조세특례제한법 제99조의 3 제1항(신축주택은 100% 세액감면하나 고급주택은 제외)의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다」라고 되어 있고, 소득세법 제89조 및 같은법시행령 제156조에 의하면 「2000.12.18 개정되기 전의 고급주택은 전용면적 149제곱미터를 초과하고 실지거래가액이 6억원초과하는 두가지 요건을 충족하여야 했으나 개정후는 6억원을 초과하면 고가주택에 해당」하는 것으로 되어 있는 바, 위 부칙에서 종전규정을 적용한다는 의미는 개정전일 시점의 고급주택의 개념(6억원 및 149제곱미터 초과)으로 보아야 하고, 쟁점주택은 6억원은 초과하지만 149제곱미터 미만이므로 종전 고급주택 기준에 해당하지 아니하여 감면대상 신축주택이다.
나. 처분청 의견
조세특례제한법 부칙 제29조 제2항의 규정에서 「종전 규정을 적용해야 한다」는 의미는 ○○○ 5대 신도시의 주택은 신축주택 취득기간이 2002.12.31.로 종료되었으나, 2002.12.31. 이전에 공사를 착수한 것이라면 종전규정에 따라 감면을 연장하여 준다는 의미로 해석되므로 쟁점주택이 종전 고급주택에 해당하지 않는다 하여 감면대상이라는 주장은 법령을 잘못 해석한 것이고, 쟁점주택은 사용승인일이 2003.5.10.이고 실지양도가액이 6억원을 초과하므로 사용승인일 기준 고가주택 개념을 적용하여 신축주택에 대한 양도소득세 감면적용을 배제하여야 한다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
쟁점주택이 조세특례제한법 제99조의 3 본문 단서규정에 의해 신축주택 양도일 현재 고가주택에 해당한다고 보아 양도소득세 과세특례를 배제하여 환급거부한 처분의 당부
나. 관련법령
(1) 소득세법
제89조(2002.12.18 법률 제6781호로 개정된 것)【비과세 양도소득】다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득
같은법시행령 제156조(2002.12.30 대통령령 제17825호로 개정된 것)【고가주택의 범위】① 법 제89조 제3호에서“가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과 하는 고가주택”이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도 당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택 면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다.
같은법시행령 제156조(2002.12.30 개정전의 것)【고급주택의 범위】 법 제89조 제3호에서“거주용건물의 연면적·가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다.
2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함 한다)이 149제곱미터 이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원을 초과하는 것
(2) 조세특례제한법
제99조의 3(2002.12.11 법률 제6762호로 개정된 것)【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일 부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우
2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서“신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당 하는 사실이 있는 주택을 제외한다.
2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우
신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택
제99조의 3(2002.12.11 법률 제6762호로 개정되기 전의 것)【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축 주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다(각호생략).
부칙(2002.12.11 법률 제6762호로 개정된 것)제29조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】① 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택기준을 적용한다.
② 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 쟁점주택의 전용면적이 126.31제곱미터이고, 2002.12.31. 이전에 착공하여 2003.5.10. 사용검사필증을 교부받아 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택인 사실에 대하여는 다툼이 없다.
(2) 청구인이 처분청에 제출한 경정청구서(2005.6.) 및 처분청의 경정청구에 대한 회신문○○○에 의하면 쟁점주택에 대하여 신고·납부한 양도소득세 117,976,020원 중 92,500,000원을 환급하여 줄 것을 경정청구한 사실 및 처분청이 위 경정청구에 대하여 사용승인을 받은 날 당시에 쟁점주택이 고가주택에 해당한다는 이유로 환급을 거부한 사실을 확인할 수 있다.
(3) 살피건대, 2002.12.11 법률 제6762호로 개정되기 전의 조세특례제한법(이하 "구조특법"이라 한다) 제99조의3 제1항은 2001.5.23∼2003.6.30 기간 중 취득한 신축주택을 양도소득세의 감면대상으로 규정하면서 동항 단서에서 당해 신축주택이 2002.12.18 법률 제6781호로 개정되기 전의 소득세법(이하 "구소득세법"이라 한다) 제89조 제3호의 규정에 의한 고급주택에 대하여는 감면을 배제하였다.
(4) 한편, 2002.12.11. 구조특법 제99조의3 제1항 단서가 개정되어 2003.1.1.이후 양도분에 대하여는 2002.12.18 법률 제6781호로 개정된 소득세법(이하 "개정소득세법"이라 한다) 제89조 제3호의 규정에 의한 고가주택을 감면대상에서 제외하였으나, 부칙 제29조 제2항에서 당해 신축주택이 개정소득세법 시행일인 2003.1.1.이전에 착공하여 2003.6.30.이전에 사용승인을 받은 경우 구조특법 제99조의3 제1항을 적용하도록 경과규정을 두었으므로 2002.12.31. 이전에 착공하여 2003.5.10. 사용검사필증을 교부 받은 쟁점주택의 양도소득에 대하여는 2002.12.11 법률 제6762호로 개정된 조세특례제한법(이하 "개정조특법"이라 한다) 부칙 제29조 제2항의 규정에 의해 구조특법 제99조의3 제1항을 적용함이 타당하다고 하겠다.
(5) 그런데, 개정소득세법 제89조 제3호 및 동법 시행령 제156조는 1세대 1주택에 대한 양도소득세의 비과세 배제대상을 2003.1.1. 이후 양도하는 분부터 전용면적 149제곱미터 이상이고 실지거래가액이 6억원을 초과하는 고급주택에서 면적규모에 관계없이 실지거래가액이 6억원을 초과하는 고가주택으로 변경하였는바, 쟁점주택은 2003.10.24. 6억원 이상에 양도되어 개정소득세법 제89조 제3호 및 동법 시행령 제156조 제1항의 규정에 의해 고가주택에 해당되나, 전용면적이 126.31제곱미터로 149제곱미터에 미달하여 구소득세법 제89조제3호 및 동법 시행령 제156조제1항의 규정에 의한 고급주택에는 해당되지 아니함을 알 수 있다.
(6) 따라서, 쟁점주택은 2002.12.31. 이전에 공사에 착공하여 2003.5.10. 사용승인을 받은 신축주택으로 구소득세법 제89조 제3호 및 동법 시행령 제156조에 규정된 고급주택에 해당되지 아니하므로 개정조특법 부칙 제29조 제2항 및 구조특법 제99조의3 제1항의 규정에 의해 양도소득세를 감면함이 타당하다고 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
