쟁 점 (1) 2002.12.31 이전에 종전주택이 공사착수되어 2003.5.10 사용승인을 받고 2004.3.22 쟁점주택○○○을 850백만원에 양도한 경우,
양도당시 쟁점주택이 고가주택이라도 개정법의 부칙에 의거 종전 조특법 제99조의 3 규정에 의한 고급주택에 해당하지 않으면 "신축주택의 양도소득세 특례규정"을 적용하여 양도소득세를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부 (취소)
청구번호 2005서3143 결정일자 2005년12월01일 주세목 양도소득세
심판청구번호 국심2005서 3143(2005.12.1)
주 문
○○○세무서장이 2005.8.3 청구인에게 한 2004년 귀속 양도소득세 87,993,600원의 감면(환급)신청에 대한 경정거부처분은 이를 취소한다.
이 유
1. 처분개요
청구인은 1997.3.31 취득한 ○○○가 ○○○(전용면적 111.32㎡로서 이하 “쟁점주택”이라 한다)로 재건축(허가일자 1999.6.3 착공일자 2000.3.16 사용승인일자 2003.5.10)된 후 쟁점주택을 2004.3.22 양도하고 2004.5.15 양도소득세를 실지거래가액에 의하여 예정신고·납부하였다가, 쟁점주택이 2002.12.11 개정된 조세특례제한법 부칙 제29조 제2항의 규정에 의한 양도소득세 과세특례대상이라 하여 2005.5.31 처분청에 쟁점주택의 양도에 대한 2004년 귀속 양도소득세 87,993,600원의 환급을 구하는 내용의 경정청구를 하였으나, 처분청은 쟁점주택의 양도가 양도소득세 과세특례대상에 해당하지 않은 것으로 보아 2005.8.3 청구인에게 경정거부처분을 하였다.
청구인은 이에 불복하여 2005.8.25 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
쟁점주택은 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호에 의한 신축주택으로 2002.12.31 이전에 공사에 착수하여 2003.6.30 이전에 사용승인을 받은 경우에는 경과규정인 조세특례제한법 부칙 제29조 제2항에 따라 종전의 규정에 의하는 것이므로, 쟁점주택이 2002.12.30. 개정된 소득세법시행령 제156조에 따라 고가주택에는 해당되나 종전규정에 의한 고급주택에는 해당하지 아니하며, 따라서 쟁점주택은 신축주택의 과세특례를 적용하여야 함에도 처분청이 양도소득세 감면 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
나. 처분청 의견
쟁점주택은 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 2002.12.31. 이전에 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003.6.30 이전에 사용승인을 받은 경우에 해당하지만, 과세특례배제지역내에 소재한 실지양도가액이 6억원을 초과하는 고가주택으로서 양도소득세 감면대상에 해당하지 않으므로 쟁점주택의 양도에 대해 신축주택의 취득자에 대한 과세특례를 적용하지 아니하고 과세한 처분은 잘못이 없다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
쟁점주택이 조세특례제한법 제99조의 3의 규정에 의한 양도소득세 과세특례가 배제되는 주택에 해당하는지 여부를 가리는 데 있다.
나. 관련법령
(1) 소득세법시행령 제156조(2002.12.30 대통령령 제17825호로 개정된 것)【고가주택의 범위】① 법 제89조 제3호에서 “가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다.
같은법시행령 제156조(2002.12.30 개정전의 것)【고급주택의 범위】법 제89조 제3호에서“거주용건물의 연면적·가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다.
2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이 149제곱미터 이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원을 초과하는 것
(2) 조세특례제한법 제99조의 3(2002.12.11 법률 제6762호로 개정된 것)【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우
2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서“신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.
2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우
신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택
조세특례제한법 제99조의 3(2002.12.11 법률 제6762호로 개정되기 전의 것)【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우
2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서“신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.
2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우
신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택
부칙 (2002.12.11 법률 제6762호로 개정된 것) 제29조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】① 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.
② 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 부동산등기부등본 및 토지대장 등에 의하면, 청구인은 보유하던 주택이 재건축됨에 따라 2003.5.10. 신축주택인 쟁점주택(전용 111.32㎡)에 대한 사용승인을 받았고, 2004.3.22. 실지양도가액 850,000,000원에 양도하였음이 확인되며, 쟁점주택은 2003.1.1. 이후 양도한 것이므로 2002.12.30. 소득세법시행령 제156조의 개정으로 양도당시 고가주택에는 해당되나 개정이전의 규정에 의한 고급주택에는 해당되지 아니한 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.
(2) 청구인은 쟁점주택이 2002.12.11. 개정된 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호에 의한 신축주택으로서 2002.12.31. 이전에 공사에 착수하여 2003.5.10. 사용승인을 받았고, 고가주택이라는 점만 제외하고는 2002.12.11. 개정된 동법 부칙 제29조 제2항의 규정에 의한 양도소득세 감면요건을 구비하고 있으며, 그 부칙 제29조 제2항 제2호에서 "제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다"고 규정하는 바, 여기서 종전의 규정이라 함은 2002.12.11. 개정이전의 조세특례제한법 제99조의 3을 의미하고 단서의 양도소득세의 과세특례대상에서 제외되는 주택은 2002.12.18. 개정전의 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의한 "고급주택"이지 단순히 실지양도가액 6억원을 초과하는 "고가주택"이라 하여 감면대상에서 제외되는 것은 아니라는 주장이다.
(3) 이 건의 경우, 2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호 및 같은법 부칙 제29조 제2항의 규정을 모아보면, 쟁점주택과 같이 자기가 건설한 신축주택으로서 2002.12.31. 이전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003.6.30. 이전에 사용승인 또는 사용검사를 받은 경우에는 개정이전의 같은법 규정이 적용되는 것으로 해석되고, 그 단서규정에 따라 양도소득세의 과세특례 적용대상에서 제외는 주택은 2002.12.18. 개정전의 소득세법 제89조 제3호에서 정한『고급주택』에 한하는 것으로 봄이 타당하며, 설령 위 같은법 부칙 제29조 제2항의 조문이 같은조 제1항과는 달리 "사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택기준을 적용한다"는 단서 조항을 가지고 있지 아니하므로 이를 달리 해석하여야 한다는 것으로 유추할 수도 있겠으나, 위 과세특례규정은 법 시행당시 과세특례요건을 확정적으로 규정한 것이고, 이러한 과세특례혜택을 일부 납세자에게 소급하여 배제하고자 하는 입법취지라면 이를 명시적으로 규정하여야 하므로 그러한 해석은 조세법률주의의 원칙에 부합되지 아니한다고 보여진다.
따라서, 처분청에서 쟁점주택의 양도에 대하여 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례가 적용되지 아니하는 것으로 보아 경정을 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다○○○.
4. 결 론
이건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
