쟁      점 (1) 2주택자가 복합주택을 양도하는 경우 고급주택여부 판정시 주택부분의 가액으로 하는 것(청구인)인지, 소득세법시행령 제154조 제3항의 규정에 의하는 것(처분청)인지 여부 (경정)
 
청구번호 2005중1695 결정일자 2006년02월15일 주세목 양도소득세
 
 
심판청구번호 국심 2005중1695(2006. 2. 15.)

주 문

○○○세무서장이 2005.3.2. 청구인에게 한 2003년도분 양도소득세 132,552,870원의 부과처분은 ○○○ 대지 250.2㎡ 및 건물 454.8㎡를 기준시가에 의거 주택부분과 주택이외의 부분으로 안분 계산하고 주택부분에 대하여는 조세특례제한법 제99조의 3의 양도소득세 과세특례 규정에 의거 감면하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

 

이 유

1. 처분개요

청구인은 대한주택공사로부터 취득한 ○○○ 대지 250.2㎡, 건물 454.8㎡(주택부분 310.6㎡, 주택외의 부분 144.2㎡, 이하 "쟁점부동산"이라 한다)를 신축하여 2002.5.7 소유권 보존 등기 후 2003.7.29 양도하고 양도소득세 예정신고를 하였으며, 예정신고시 실지거래가액에 의거 주택외의 부분을 제외한 주택부분만의 양도가액과 취득가액 등에 의하여 산출한 양도소득세 40,214,240원은 조세특례제한법 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】규정에 의하여 감면 신청하고, 감면세액의 20%에 해당하는 농어촌특별세 8,042,840원을 2003.8. 19 자진 납부하였다.

처분청은 쟁점부동산의 실지 양도가액이 770,000,000원으로 6억원을 초과하는 고가주택에 해당하는 것으로 보아 감면을 배제하고 취득가액 415,639,590원과 필요경비 12,203,678원 합계 427,843,268을 차감한 양도차익 342,156,732원에 대하여 2003년도분 양도소득세 132,552,870원을 2005.3.2. 결정 고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2005.4.15 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점부동산 전체의 양도가액이 770,000,000원이나, 쟁점부동산은 주택부분(2층 및 3층)이 310.6㎡이고 주택외의 부분(1층 소매점)이 144.2㎡인 복합주택이며 청구인은 쟁점부동산 이외에 다른 주택을 보유하고 있어 쟁점부동산이 1세대1주택 비과세대상이 아니므로 주택부분만의 가액에 의거 고가주택 여부를 판정하여야 하는 바, 쟁점부동산의 주택부분과 주택이외의 부분 가액을 기준시가로 안분하면 주택부분 가액은 525,966,102원으로 6억원을 초과하지 아니함에도 쟁점부동산 전체 양도가액이 6억원을 초과한다 하여 고가주택으로 보아 감면을 배제하고 양도소득세를 과세한 처분은 부당하므로 주택외의 상가부분에 대한 양도소득세는 과세하더라도 주택부분에 대한 양도소득세는 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

소득세법 시행령 제154조 제3항【1세대1주택의 범위】본문의 규정에 의하여 쟁점부동산은 주택의 면적이 주택외의 면적보다 커 그 전부를 주택으로 보아야 하며, 주택외의 부분을 포함한 쟁점부동산의 실거래가액이 6억원을 초과하므로 고가주택으로 보아 양도소득세 감면을 배제한 처분청의 결정은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

주택부분이 주택이외의 부분보다 큰 복합주택이 1세대1주택 비과세 대상에 해당하지 아니하는 경우 고급주택(6억원 초과) 판정시 주택이외의 부분 가액을 제외하여야 하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제99조의 3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우(2003. 5. 29 개정 ; 주택건설촉진법 부칙) 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정

하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 (2003. 5. 29

개정 ; 주택건설촉진법 부칙) 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조 제3호의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특레제한법 부칙(2002. 12. 11 법률 제6762호) 제29조

【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】① 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

(3) 소득세법 제89조 【비과세양도소득】

다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로

서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득(2002.12.18 개정)

(4) 소득세법 시행령 제156조 【고급주택의 범위】

① 법 제89조 제3호에서 “거주용 건물의 연면적·가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다.(1998.12.31 개정)

1. 다음 각목의 1에 해당하는 단독주택으로서 그 주택에 대한 법 제99조 제1항 제1호 나목의 규정에 의한 기준시가가 4천만원 이상인 것(2000.12.29 개정)

가. 주택의 연면적(제154조 제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실 부분의 면적을 포함한다)이 264제곱미터 이상이고 그 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도 당시의 실지거래가액의 합계액이 6억원을 초과하는 것(1999.9.18 개정)

나. 주택에 부수되는 토지의 연면적이 495제곱미터 이상이고 그 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액이 6억원을 초과하는 것(1999.9.18 개정)

2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실 부분의 면적을 포함한다)이 165제곱미터 이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원을 초과하는 것(1999.9.18 개정)

3. 엘리베이터·에스컬레이터 또는 67제곱미터 이상의 수영장 중 1개 이상의 시설이 설치된 주택(1994.12.31 전면개정)

※ 소득세법시행령 제156조(개정 후)

제156조 【고가주택의 범위】 (2002. 12. 30 제목개정)

① 법 제89조 제3호에서 “가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다. (2002. 12. 30 개정)

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 제154조 제3항 본문의 규

정에 의하여 주택으로 보는 부분(이에 부수되는 토지를 포함한

다)에 해당하는 실지거래가액을 포함한다.(2002.12.30 개정)

③ 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 다가구주택의 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 보아 제1항의 규정을 적용한다. (2002.12.30 개정)

(5) 소득세법 시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】

① 법 제89조 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.(2002.12.30 개정)

③ 법 제89조 제3호의 규정을 적용함에 있어서 하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 부수되

는 토지에 주택외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 면적이 주택외의 면적보다 적거나 같을 때에는 주택외의 부분은 주택으로 보지 아니한다.

(6) 소득세법 시행령 제155조 【1세대 1주택의 특례】

⑮ 제154조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 재정경제부령이 정하는 다가구주택(이하 “다가구주택”이라 한다)을 가구별로 분양하지 아니하고 당해 다가구주택을 하나의 매매단위로 하여 1인에게 양도하거나, 1인으로부터 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하는 경우에는 이를 단독주택으로 본다.

(7) 소득세법 시행규칙 제74조 【다가구주택】

영 제155조 제15항에서 “재정경제부령이 정하는 다가구주택”이라 함은 「건축법 시행령」 별표 1 제1호 다목에 해당하는 것을 말한다. 이 경우 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 본다.

(8) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다. (2000. 12. 29 개정)

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함

께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. (2000. 12. 29 개정)

③ 양도차익을 산정함에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1994. 12. 22 개정)

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점부동산은 지상 3층 건물로 1층 144.2㎡는 소매점으로, 2층 및 3층 310.6㎡는 다가구주택(각 층별 6가구)으로 신축(2002.5.1사용승인)되어 2002.5.7 소유권 보존 등기를 하고 2003.7. 29 양도한 사실이 건축물대장 등에 의하여 확인된다.

(2) 쟁점부동산의 실지 양도가액은 770,000,000원임이 처분청의 양도소득세 실가 조사보고서 및 매매계약서 등에 나타나며, 매매계약서상에는 주택부분과 주택이외의 부분 가액이 구분 기재되지 아니하였다.

(3) 청구인은 쟁점부동산을 양도하고 주택부분만의 양도가액을 570,000,000원으로 하여 산출한 양도소득세 40,214,247원을 조세특례제한법 제99조의 3의 규정에 의하여 감면세액으로 하고 감면세액의 20%에 해당하는 농어촌특별세 8,042,840원을 납부세액으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였으며, 처분청은 쟁점부동산의 실지 양도가액이 770,000,000원으로 소득세법시행령 제156조 제1항에 규정하는 고가주택에 해당하는 것으로 보아 청구인이 신청한감면을 배제하여 양도소득세 132,552,870원을 결정 고지한 사실이

결정결의서 등에 의하여 확인된다.

(4) 청구인의 주민등록등본에 의하면 청구인과 청구인의 남편 김○○○, 자 김○○○, 자 김○○○, 자 김○○○와 함께 ○○○아파트 438-402호에 거주하고 있으며, 남편 김○○○은 ○○○(119.79㎡)를 2002.6.28 취득하여 쟁점부동산 양도일인 2003.7.29 현재 보유하고 있는 것으로 나타난다.

(5) 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제2호에서 자기가 건설한 신축주택의 경우 2001.5.23∼2003.6.30내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택에 대하여는 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로서 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하나, 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세 대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하고 있고 조세특례제한법 부칙(2002.12.11 법률 제6762호) 제29조 제1항에서 이 법 시행전에 종전의 제99조의3 제1항의 규정에 의하여 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인을 받은 주택의 경우 사용승인을 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용하도록 규정하고 있으므로 쟁점부동산이 고급주택에 해당하여 감면대상에서 제외되어야 하는지에 대하여 살펴본다.

(가) 소득세법 제89조 제3호에서 대통령령이 정하는 1세대 1주택과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니한다고 규정하고, 거주용 건물의 연면적·가액 및 시설 등이

대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택을 제외하며, 소득세법시행령 제156조 제1호 가목에서는 소득세법 제89조 제3호에서“거주용 건물의 연면적·가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택”이라 함은 주택의 연면적이 264제곱미터 이상이고 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액이 6억원을 초과하는 것을 말한다고 규정하고, 소득세법시행령 제154조 제3항에서는 소득세법 제89조 제3호의 규정을 적용함에 있어서 하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 부수되는 토지에 주택외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 보나 주택의 면적이 주택외의 면적보다 적거나 같을 때에는 주택외의 부분은 주택으로 보지 아니한다고 규정하고 있다.

(나) 따라서 1세대 1주택으로 양도소득세가 비과세되는 경우 로서 주택부분의 면적이 상가부분 면적보다 큰 복합주택에 해당하는 때에는 상가부분 가액을 주택부분 가액에 포함하여 고급주택 해당여부를 판정하는 것으로 볼 수 있으나, 청구인의 경우와 같이 별도의 아파트를 소유하고 있어 1세대 1주택에 해당하지 아니하는 쟁점부동산을 양도하는 때에는 소득세법 제89조 제3호의 규정을 적용받지 아니하므로 비록 주택부분의 면적이 상가부분 면적보다 큰 복합주택이라 하더라도 주택외의 부분의 가액을 제외하고 고급주택 여부를 판정하여야 할 것으로 보여진다.

(다) 쟁점부동산 중 주택부분의 실거래가액이 6억원을 초과하는지에 대하여 보면, 쟁점부동산 실지양도가액이 770,000,000원이나 주택부분과 주택이외의 부분 가액이 구분되지 아니하여 기준시가에 의거 주택부분과 주택이외의 부분 가액을 안분하면 주택부분의 가액이 525,966,102원으로 600,000,000원에 미달하므로 고급주택에 해당하지 아니한다고 판단된다.(기준시가 안분계산 명세

별첨)

(6) 쟁점부동산이 조세특례제한법 제99조의 3에 규정하는 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면 적용대상인지에 대하여 살펴보면, 청구인이 2001.11.2 대한주택공사로부터 취득한 ○○○ 단독주택 용지에 쟁점부동산을 신축, 2002.5.1 사용승인을 받고 2002.5.7 소유권보존등기를 하였는 바, 이는 조세특례제한법 제99조의3에 규정하는 신축주택 취득기간인 2001.5.23∼2003. 6.30기간 내이고 쟁점부동산 양도일이 2003.7.29로 취득일로부터 5년내 양도에 해당하여 감면적용 요건을 모두 갖춘 것으로 보여진다.

(7) 그러하다면 청구인이 양도한 쟁점부동산은 주택부분의 면적이 상가부분 면적보다 큰 복합주택에 해당하나 1세대 1주택 비과세 대상이 아니므로 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하지 아니함에도 쟁점부동산을 소득세법 제89조 제3호에서 규정하는 고가주택으로 보아 조세특례제한법 제99조의 3의 규정에 의한 감면을 배제한 처분청의 결정은 잘못된 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

◇ 기준시가에 의한 주택부분과 주택이외의 부분 안분계산

1. 주택부분과 주택 이외의 부분 부수 토지 면적 계산

가. 주택부분 부수 토지

310.6㎡

- 토지면적 250.2㎡ × ―――――――――――― = 170.87㎡

상가 144.2㎡+주택 310.6㎡

나. 주택이외의 부분 부수 토지

144.2㎡

- 토지면적 250.2㎡ × ―――――――――――― = 79.33㎡

상가 144.2㎡+주택 310.6㎡

2. 기준시가 계산

가. 주택부분 기준시가 274,962,510원

- 주택 125,793,000 + 부수토지 149,169,510

나. 주택이외부분 기준시가 127,575,090원

- 상가 58,320,000 + 부수토지 69,255,090

3. 쟁점부동산의 실거래가액 계산

가. 주택부분 실거래 양도가액 : 525,966,102원

274,962,510

- 총 양도가액 770,000,000 × ―――――― = 525,966,102원

402,537,600

나. 주택이외의 부분 실거래 양도가액 : 244,033,898원

127,575,090

- 총 양도가액 770,000,000 × ―――――― = 244,033,898원

402,537,600