국세심판원은 최근 처분한 건물과 토지에 대해 처분청이 기준시가비율로 안분 계산해 건물에 대해 부과한 부가가치세가 잘못이라고 판단했다.<국심2005서4034, 2006. 3. 23>

부동산 임대업을 하던 C씨는 2004. 2. 25 대지와 건물을 35억원에 양도하고 건물에 대한 부가가치세 신고하지 않았다. 처분청은 총 양도가액을 토지와 건물의 기준시가비율로 안분 계산해 3421만3460원을 부가가치세로 경정 고지했다.

또 매매계약서의 ‘기타 사항은 부동산 관례에 따른다'는 내용을 들어 건물에 대한 언급이 없었으므로 건물가액이 양도가액에 포함되지 않았다는 C씨의 주장이 일리 없다고 했다.
이에 대해 C씨는 건물이 노후되어 재산가치가 없어 부가가치세를 신고하지 않았다고 주장, 2005. 5. 20 이의신청을 거쳐 2005. 10. 26 심판청구를 제기했다.

국세심판원은 결정문을 통해 "건물 개업일 1993. 4. 3 부터 부동산임대업을 하다가 2004. 2. 29 사업자등록을 폐업신고했음이 국세청 자료에 의해 확인된다”고 밝히고 "폐업시 잔존재화로 과세함에 건물은 소득세법시행령 제62조에 규정하는 감가상각 대상자산이므로 부가가치세법시행령 제49조 제1항 제1호에서 규정하는 산식에 의해 양도당시 시가를 평가하면 건물을 10년이상 보유하였으므로 부가가치세 과세기간 수가 20을 초과해 건물의 부가가치세 과세표준은 ‘0'이 됐다”고 했다.

이에 심판원은 "처분청이 과세표준이 ‘0'인 건물의 양도에 대해 일반적 재화의 공급으로 보아 과세표준을 기준시가에 의해 안분한 후 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다”고 결정했다.

세무사신문 제434호(2006. 4. 1)