국세심판원은 최근 근소세 환급세액을 받지 못한 근로자가 납부세액에 포함해 종합소득세를 신고하자 처분청이 이중환급으로 보아 과세한 처분을 취소한다고 결정했다<2006서1501, 2006. 7. 13>
심판원에 따르면 A씨는 지난 2004. 9. 30 다니던 회사를 그만 두고 직장을 옮겼고, 회사가 같은 해 12. 5 파산해 폐업하고 전달분까지 원천징수이행상황신고서를 제출했지만, 종업원의 근로소득 원천징수세액 연말정산분에 대해서는 환급신청서를 제출하지 않았다.
직장을 옮긴 A씨는 이듬해 관할 세무서에 직접 종합소득세 확정신고를 하면서 회사에서 원천징수 당했던 세액 131만8000원을 납부세액으로 신고했고, 해당 세무서에서 102만9549원을 환급받았다.
그러나 세무서는 원천징수 세액 중 57만4950원은 전산상으로 확인한 결과 전해 연말정산 때 환급된 것으로 판단해 가산금을 더해 61만2200원을 경정고지했다.
또 관할 세무서는 A씨가 환급을 받지 못했더라도 이는 A씨가 다니던 회사 관할세무서에 신청해 환급받아야지 종합소득세 확정신고를 할 때 이를 이미 납부한 세액에 포함해 A씨 주소지 관할 세무서에 신고하는 것은 허용되지 않는다고 설명했다.
심판원은 이에 대해 “전산자료상 A씨 회사는 환급신청서를 제출하지 않았고, A씨의 회사 관할 세무서는 A씨에게 근로소득세 원천징수 연말정산분을 환급하지 않았다”면서 “A씨와 같은 경우가 빈번하게 발생하는 일도 아니고 모든 과세자료가 전산을 통해 관리되고 있는 만큼 실제 환급 여부를 확인하는게 크게 곤란한 일도 아니다”고 지적했다.
심판원은 “종합소득세 확정신고를 할 때 환급받지 못한 세액을 이미 납부한 세액에 포함하는 것을 금지하는 특별한 조항이 없는 상황에서 관할 세무서가 어디냐의 문제 때문에 이를 허용하지 않는 것은 지나치게 편의적인 조세행정처분”이라며 종합소득세 부과처분을 취소했다.