최근 국세심판원에서는 문화재 발굴용역 사업을 하는 법인이 자신의 사업을 면세사업으로 알고 거래처에 부가세를 청구하지 않았다면 처분청이 이를 소급해 과세할 수는 없다고 결정했다<2005서4474, 2006. 7. 20>
심판원에 따르면 A법인은 2002 ∼ 2004년 동안 문화재 지표조사용역을 수행하면서 총 4억3651만원의 용역료를 받았다. 그러나 부가가치세법 제12조 제1항, 제16조 규정에 의거 문화재 지표조사용역이 부가가치세 면세용역에 해당된다고 판단해 부가가치세를 청구하지 않았다.
그러나 처분청은 A법인이 부가가치세 면세 요건을 충족하지 못했다고 판단해 부가가치세 6012만7840원을 결정고지했다.
심판원은 결정문을 통해 "A법인의 문화재 발굴용역을 수행한 단체가 학술연구단체에는 해당하나 부가가치세가 면세되기 위해서는 관련해서 공급하는 재화 및 용역 등의 요건이 동시에 충족하여야 한다”면서 "이에 A법인의 발굴조사용역이 면세요건을 충족하지 못했으므로 처분청의 처분은 정당하다”고 밝혔다.
그러나 심판원은 "A법인이 매장문화재 발굴용역 모두를 면세대상 용역으로 알았었고 신의성실 원칙에 따라 부가가치세 징수 또한 하지 않았으므로 면세로 신고한 분에 대해서는 소급해 부가세를 과세하지는 않는다”고 결정했다.
세무사신문 제442호 (2006.08.01)