[질 의] 
전기에 산출세액이 있으나 최저한세를 적용받지 않는 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제가 많아서 납부할 세액이 없습니다. 이 경우 당기 중간예납세액의 계산을 직전 사업년도 실적 기준에 의한 방법을 적용시 납부세액이 없는 것으로 되는데 이 적용방법이 타당한지요.

[답 변]
‘법인세법 제63조 제1항'에 의하면 내국법인으로서 각 사업년도(합병 또는 분할에 의하지 아니하고 새로 설립된 법인의 경우에는 설립 후 최초의 사업년도를 제외한다)의 기간이 6월을 초과하는 법인은 당해 사업년도 개시일부터 6개월간을 중간예납기간으로 하여 당해 사업연도의 직전 사업연도의 법인세로서 확정된 산출세액에서 제1항 각 호의 금액을 공제한 금액을 직전 사업연도의 월수로 나눈 금액에 6을 곱하여 계산한 금액(이하 ‘중간예납세액'이라 한다)을 중간예납기간이 경과한 날로부터 2개월 이내에 대통령이 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서·한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.

다만, 중간예납세액의 납부의무가 있는 내국법인으로서 직전 사업년도의 법인세액이 없는 법인이거나 당해 중간예납기간 만료일까지 직전 사업년도의 법인세액이 확정되지 아니한 법인의 경우와 분할신설법인의 경우와 분할신설법인 및 분할합병의 상대방법인의 분할 후 최초의 사업년도의 경우에는 제4항의 규정(가결산에 의한 방법)에 의하여 중간예납세액을 계산하여 납부하여야 한다.

그리고 ‘예규 서면2팀-1293, 2005. 8. 16' 중간예납신고 관련 내용을 보면 법인이 법인세법 제63조의 규정에 따라 중간예납신고를 함에 있어 직전사업년도 법인세로 확정된 산출세액이 있으나 같은 법 제 63조 제1항 각 호의 금액을 공제한 금액이 ‘0’인 법인은 직전연도 실적에 따라 계산하여 납부할 수 있는 것으로 나와 있습니다.

즉, 위의 내용을 종합해 볼 때 중간예납세액의 계산방법은 3가지로 구분할 수 있다. 첫째, 모든 법인은 가결산에 의한 계산을 할 수 있다. 둘째, 직전사업연도의 확정된 법인세 산출세액이 있는 법인은 직전연도의 실적에 의한 계산방법을 적용한다. 셋째, 직전 사업연도의 산출세액이 없거나 확정되지 아니한 법인은 가결산에 의한 방법을 적용한다.

결론적으로 최저한세 적용대상이 아닌 연구 및 인력개발세액공제로 인하여 직전사업년도에 법인세로 확정된 산출세액이 존재하나 납부할 세액이 없는 경우에는 직전사업연도의 법인세액이 존재하지 아니한 법인으로 보지 아니하므로 ‘법인세법 제 63조 제1항'의 규정에 따라 직전연도 실적에 의한 중간예납을 할 수 있는 것입니다.  

- 이강영 세무사

세무사신문 제443호(2006.8.16)