[질 의]
건물과 토지를 일괄 분양하고자 할 때 상가 분양금액은 건물가액과 토지가액을 회사 임의대로 책정해 분양을 하고 건물의 분양금액으로 부가가치세 과세표준을 신고하고자 하나 세무서에서는 토지가액의 임의책정은 안되고 이 경우 건물·토지가액의 구분이 안되었으므로 기준시가비율로 안분계산을 해야 한다고 합니다. 어떻게 해야 하나요.

[답 변]
사업자가 토지와 토지에 정착된 건물등을 함께 공급하는 경우 그 건물등의 공급가액은 원칙적으로 실지거래가액에 의합니다.(부가가치세법 시행령 48의2 ④)
다만, 예외적으로 실지거래가액중 토지와 건물등의 가액이 불분명한 경우 다음의 방법으로 안분계산합니다.(부가가치세법 시행령 48의2 ④)

1. 감정평가가액이 있는 경우 : 감정평가가액에 비례하여 안분계산

2. 감정평가가액이 없는 경우
① 기준시가가 모두 있는 경우 : 공급계약일 현재 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산
② 기준시가가 없는 경우 : 장부가액(장부가액이 없는 경우 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산

3. 위의 방법을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우 : 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산
따라서, 상가분양금액책정시 건물과 토지가액은 원칙적으로 실지거래가액에 의합니다.
그런데, 질의하신 내용으로 판단해보면 회사가 임의 책정한다는 것은 회사가 매입·건설하는 데 소요된 비용을 감안한 토지가액과 건물가액을 확인해 건물과 토지 분양가액을 책정하는 것으로 보여지고 이에 따라 실지거래가액으로 판단해야 하는 것으로 보여집니다. 
토지가액과 건물가액이 구분된 실지거래가액이 있는 경우란 ‘당사자간에 실지로 거래된 건물가액으로서 매매계약서, 세금계산서등 관련증빙자료에 의해 객관적으로 입증될 수 있는 거래가액’(재경부 부가 22601-123 1992. 8. 11)이며 ‘사업자가 건물의 건축중에 계약시 당초 건축허가조건과 다르게 준공검사 완료되어 당해 건물등의 가액을 증액하여 변경 계약하는 경우 당해 건물등이 완성된 날에 건물등의 과세표준을 수정하는 것’(서삼 46015-10522, 2001. 10. 23)이라고 합니다.

판례에서는 ‘매매계약서상의 실지거래가액이 확인되고 계약서상에 토지 가액과 건물 가액이 구분표시되어 있으며 구분표시된 건물가액과 토지가액이 정상적인 거래등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우 실지거래가액으로 본다’(대법원 93누 18914 1995. 2. 24)고 합니다.

또한, 질의하신 사안이 부동산등을 공급하고 계약서등에서 토지가액과 건물가액을 구분표시해 거래하고 그 사항이 관련 증빙등에 의해 확인되어 정상거래에 비춰 합당하다고 인정되는 경우라면 실지거래가액으로 볼 수 있습니다.
나아가, 매매계약서상 토지와 건물등의 가액이 구분표시되어 있지 않더라도 당사자간 구분해 거래가 이루어짐이 인정되는 경우, 실지거래가액으로 건물등의 가액을 판단할 수 있습니다.

다만, 정상적인 거래등에 비추어 합당하다고 인정되는 지 여부는 사실판단의 문제로서 사안별로 판단하여야 하며 과세관청과 납세자간 이견의 소지가 많을 것으로 판단되며 정상거래등에 비추어 합당하지 못하다면 예외적인 방법으로 감정평가가액, 기준시가등의 방법으로 안분계산하여야 한다고 판단됩니다.

 - 이태석 세무사

세무사신문 제458호(2007. 4. 2)