최근 국세심판원에서 재건축아파트 입주권을 소득세법상 부동산으로 의제했다면 입주권 양도시 장기보유특별공제율을 적용할 때도 입주권 보유기간까지 적용해 계산해야 한다는 결정이 나왔다.<2006서4490, 2007. 3. 28>

심판원에 따르면 A씨는 1996. 5. 1 거주하던 주택에 대해 2004. 10. 31 재건축사업계획 승인을 받아 조합원 자격으로 입주권을 취득했다.

이를 2006. 5. 19 18억5000만원에 양도하고 6억원 초과분에 대해 양도소득세를 신고했다.
이 때 주택 취득일로부터 사업계획 승인일까지의 기간에 대해 장기보유특별공제액을 적용해 양도소득세 3억556만1262원을 납부했다. 그러나 입주권을 보유한 기간에 대해서도 장기보유특별공제를 적용해야 한다고 판단해 8179만6666원 환급을 청구했다.

그러자 처분청은 A씨의 경정청구에 대해 거부 통지했고, A씨는 심판청구를 제기하게 됐다.

이에 대해 심판원은 결정문에서 “장기보유특별공제는 부동산의 양도차익에 대하여만 적용하고 입주권에 대한 장기보유특별공제는 철거된 종전 주택의 보유기간에 대하여만 적용하는 것”이라 밝히고, 그러나  “예외적으로 입주권 중 1세대 1주택 비과세 요건을 갖춰 양도할 경우 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도’ 임에도 이를 주택 양도로 의제해 비과세하고 있다”고 했다.

이와 같이 “A씨의 경우 고가주택에 해당돼 6억원 초과분에 대해 과세했다”면서 “이처럼 소득세법상 당해 입주권을 주택으로 의제한 이상 장기보유특별공제율을 적용함에 있어서도 입주권 보유기간까지 포함하는 것이 타당하다”고 결정했다.

세무사신문 제458호(2007. 4. 2)